vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:42:49+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1977maintenir le « color by » en changeant de patient2016-11-29T14:42:49+01:00Vidjil Teammaintenir le « color by » en changeant de patientdemande d'Aurélie. Mikaël, c'est bon ?
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06b78fb
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@mikael-sdemande d'Aurélie. Mikaël, c'est bon ?
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06b78fb
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1976Couleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()2021-03-17T14:14:12+01:00Vidjil TeamCouleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle ser...Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle serait contente d'un color by locus, mais d'autres veulent d'autre chose.
Pb: les camemberts sont 'forcément' en 'color by locus'
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Une solution possible : garder les mêmes couleurs que le "color by", et ne pas colorer les camemberts si on n'est pas en color by locus.
→ 1 seul jeu de couleur dans le rapport
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Le camembert du color by locus en niveaux de gris va être illisible. Ça ne me choque pas que les courbes soient colorées par tag et les camemberts par locus (surtout qu'il y a la légende pour les camemberts). Cela peut valoir le coup de marquer comment ont été colorées les courbes à côté du graphe pour lever toute ambiguité.
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@DuezWeb 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1974Nouvelle dimension 'nb samples with this clone', comparaison de samples2019-11-26T12:26:51+01:00Vidjil TeamNouvelle dimension 'nb samples with this clone', comparaison de samplesComment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
En attendant une nouvelle vue, quelque chose d'intéressant serait déjà d'avoir une dimension indiquant le nombre de samples dans lequel le clone...Comment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
En attendant une nouvelle vue, quelque chose d'intéressant serait déjà d'avoir une dimension indiquant le nombre de samples dans lequel le clone est présent, pour le scatterplot comme pour la couleur.
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3c3ee70, 11f0afa
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1969calcul representative, arrêt length_longest_run, quality et vitesse2016-11-29T14:42:43+01:00Vidjil Teamcalcul representative, arrêt length_longest_run, quality et vitesseLe calcul de la représentative (core/representative.cpp) s'arrête dès que :
(sequence.sequence.size() <= length_longest_run)
Dans certains cas (segment_lec.fq), cela va s'arrêter dès la première séquence. Cela date de 2013 et n'a ja...Le calcul de la représentative (core/representative.cpp) s'arrête dès que :
(sequence.sequence.size() <= length_longest_run)
Dans certains cas (segment_lec.fq), cela va s'arrêter dès la première séquence. Cela date de 2013 et n'a jamais été modifié (6d46103 sur git vdj).
Cela semble toujours la bonne solution pour le calcul de la séquence, mais pour la qualité moyenne, il faut continuer. Voir 67b7a6b sur windows_quality. Vérifier si cela est bien raisonnable, en particulier sur la vitesse de l'ensemble.
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Pas d'incidence sur la vitesse de l'ensemble.
Branche window_quality mergée dans dev.
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,73s user 0,26s system 99% cpu 16,099 total
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,52s user 0,22s system 99% cpu 15,762 total
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,71s user 0,25s system 99% cpu 16,069 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,58s user 0,22s system 99% cpu 15,866 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,62s user 0,24s system 99% cpu 15,968 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 16,42s user 0,26s system 99% cpu 16,741 total
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1939VidjilAuth.get_permission(): le cache est-il fonctionnel ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamVidjilAuth.get_permission(): le cache est-il fonctionnel ?oui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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@mikael-soui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1926fuse.py garde les infos du meilleur top2019-08-20T10:23:35+02:00Vidjil Teamfuse.py garde les infos du meilleur topJe ne sais pas si c'est vraiment une tâche, mais bon.
Quand il fusionne plusieurs points, fuse garde les infos du meilleur "top":
fuse.py, 109:
#keep other data who don't need to be concat
if other.d["top"] < self.d["top"] :
(...Je ne sais pas si c'est vraiment une tâche, mais bon.
Quand il fusionne plusieurs points, fuse garde les infos du meilleur "top":
fuse.py, 109:
#keep other data who don't need to be concat
if other.d["top"] < self.d["top"] :
(code pas changé depuis > 2 ans)
Cela concerne en particulier "sequence", "seg" et "name".
Est-ce bien ce que l'on veut ? On pourrait le documenter.
Se met-on a faire des cas particulier si la séquence de l'un est bien plus longue que celle de l'autre ? (mais alors, il faut prendre "seg" en cohérence) ?
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Oui et c'est problématique cf cette tâche (doublon ?) : https://producteev.com/workspace/t/576d311cb2fa096b4b000000
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0d40d04
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@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1925Segmenter: pouvoir mettre les V et J germline dedans...2019-02-13T08:40:03+01:00Vidjil TeamSegmenter: pouvoir mettre les V et J germline dedans...On en avait parlé il y a longtemps, y compris au début du travail de François.
-> Avoir un bouton pour mettre les V et J d'une séquence dans le segmenter.
(et même, cela pourrait mettre plusieurs séquences si ambiguités)
(voir auss...On en avait parlé il y a longtemps, y compris au début du travail de François.
-> Avoir un bouton pour mettre les V et J d'une séquence dans le segmenter.
(et même, cela pourrait mettre plusieurs séquences si ambiguités)
(voir aussi "Créer un nouveau clone artificiel", qui permettrait de mettre autre chose).
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@RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1924Bouton "get support" dans le browser2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamBouton "get support" dans le browserUne fonctionnalité premium :-)
Le menu "help" pourrait être réorganisé en "help & support", avec l'aide actuelle et aussi une nouvelle entrée "get support" qui prépare un mail comme ci-dessous, et ouvre directement un lien "mailto".
""...Une fonctionnalité premium :-)
Le menu "help" pourrait être réorganisé en "help & support", avec l'aide actuelle et aussi une nouvelle entrée "get support" qui prépare un mail comme ci-dessous, et ouvre directement un lien "mailto".
"""
Dear Vidjil team, I have a question on the results I obtain on the following sample:
XXX url XXX
XXX clone1: XXX
XXX clone2: XXX
""
Si, à ce moment, des clones sont sélectionnés, ils apparaîtraient dans le mail.
(voir aussi "FineSegmenter d'un petit nombre de clones", l'idée de pouvoir rapporter un problème sur une séquence)
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(J'ai du expliquer deux fois hier à Myriam et Michaela de nous envoyer un mail, et ce n'est vraiment pas la première fois qu'on doit faire cela, et autant avoir les infos qui peuvent nous servir...)
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Super ! Peux-tu pousser ?
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801ebb2 et b370c68.
Parfait (à part le "rebase" oublié), c'est prêt à aller en prod, merci Tatiana pour tout !
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1920Retour à l'utilisateur lorsque la requête prend un peu de temps2017-11-24T11:05:20+01:00Vidjil TeamRetour à l'utilisateur lorsque la requête prend un peu de tempsÀ partir de quelques dixièmes de seconde, afficher « Loading » en haut de la page, puis au bout de une seconde « Still loading » avec un fond un peu plus voyant. Cela ne changera rien aux timeouts, mais cela devrait éviter que les utilis...À partir de quelques dixièmes de seconde, afficher « Loading » en haut de la page, puis au bout de une seconde « Still loading » avec un fond un peu plus voyant. Cela ne changera rien aux timeouts, mais cela devrait éviter que les utilisateurs appuient de nombreuses fois sur le bouton (en pensant que la requête n'a pas été prise en compte), surchargeant encore plus le serveur.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1919Multi-threader web2py2017-03-22T17:36:24+01:00Vidjil TeamMulti-threader web2pyApparemment web2py par défaut devrait être multi-threadé, voir pourquoi il ne l'est pas. Cela pourrait résoudre pas mal de timeouts.
***
Tiens, on apprend des choses au redémarrage de web2py :
*** Python threads support is disabled. You...Apparemment web2py par défaut devrait être multi-threadé, voir pourquoi il ne l'est pas. Cela pourrait résoudre pas mal de timeouts.
***
Tiens, on apprend des choses au redémarrage de web2py :
*** Python threads support is disabled. You can enable it with --enable-threads ***
***
Après vérification, nous avons 4 processus web2py qui tournent. D'après ce post: https://groups.google.com/forum/#!topic/web2py/mPdn1ClxLTI c'est tout à fait ce qu'il faut avoir.
Les requêtes sont encore bloquantes.
Activer le flag enable-threads n'a rien changé sur mon environnement.
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@RyanHerbWeb 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1891Après merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparables2018-04-18T08:59:51+02:00Vidjil TeamAprès merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparablesRemarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
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Les clones restent cliquable...Remarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
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Les clones restent cliquables (dans la liste ou le scatterplot) et donc on peut toujours les comparer.
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Ah oui... pas pour moi (pas de sélection multiple). C'est donc un autre bug.
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Effectivement, on peut faire cette sélection... mais ce n'est pas clair.
En fait, quand on ouvre un clone, tout est grisé, mais pas sélectionné, ce n'est pas facile de comprend pas que les sous-clones ne sont pas encore sélectionnés (le reste du temps, ce qui est grisé dans la liste est aussi sélectionné). Le rectangle noir autour du cluster n'est pas très cohérent.
Enlever ce grisé ?
(Au passage, les rectangles noirs ne sont pas très clairs : gris plus léger ?)
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@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1857CDR3 / JUNCTION color by productive2016-11-29T14:41:24+01:00Vidjil TeamCDR3 / JUNCTION color by productivemerci
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@magiraud @mikael-smerci
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1849sample_set_run : API URL cassée2016-11-29T14:41:20+01:00Vidjil Teamsample_set_run : API URL casséeOn voit des choses comme cela :
http://test.vidjil.org/browser/?sample_set_id=undefined&config=3
http://app.vidjil.org/beta/browser/?sample_set_id=undefined&config=26
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merci Marc, cela fonctionne (sur app) ! app est testable.
Sur tes...On voit des choses comme cela :
http://test.vidjil.org/browser/?sample_set_id=undefined&config=3
http://app.vidjil.org/beta/browser/?sample_set_id=undefined&config=26
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merci Marc, cela fonctionne (sur app) ! app est testable.
Sur test, il reste un micro-truc: Vue sample_set_id/index.html, bouton en bas : renvoie une URL sample_set_id, mais devrait plutôt retourner une URL patient quand c'est le cas.
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ok, cela ira
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1847Afficher le SHA1 du git browser et server quelque part depuis le web2019-11-22T18:19:15+01:00Vidjil TeamAfficher le SHA1 du git browser et server quelque part depuis le webCe serait utile pour la prod, pour beta, pour test...
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@nobodyCe serait utile pour la prod, pour beta, pour test...
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@nobodyMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1834VidjilInfoWriter, close ? "log" de MiXCR2016-11-29T14:41:11+01:00Vidjil TeamVidjilInfoWriter, close ? "log" de MiXCRCouou Ryan, avais-tu pu récupérer les deux fichiers de log de MiXCR ? Il faudrait qu'ils soient dans le champ "log" du .vidjil.
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Au temps pour moi, tu le fais dans task.py, et cela marche bien. merci !
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@RyanHerbCouou Ryan, avais-tu pu récupérer les deux fichiers de log de MiXCR ? Il faudrait qu'ils soient dans le champ "log" du .vidjil.
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Au temps pour moi, tu le fais dans task.py, et cela marche bien. merci !
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1825annotations: affichage par défaut, en gris2016-12-27T16:14:19+01:00Vidjil Teamannotations: affichage par défaut, en grisOn en avait parlé il y a quelque temps : si les champs sont vides (ou composés uniquement d'espaces), ce serait bien de voir "Comment on patient" et "Comment on sample" affiché en *gris*.
Ce n'est pas vraiment une valeur par défaut : s...On en avait parlé il y a quelque temps : si les champs sont vides (ou composés uniquement d'espaces), ce serait bien de voir "Comment on patient" et "Comment on sample" affiché en *gris*.
Ce n'est pas vraiment une valeur par défaut : si on double-clique dessus, alors le champ est bien vide. C'est juste pour aider/inciter les utilisateurs à remplir ce champ (surtout ceux qui ont rien mis dans "info", qui arrivent sur la page et qui peuvent se demander ce que sont ces boîtes.)
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attribut placeholder : http://www.w3schools.com/tags/att_textarea_placeholder.asp
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merci Mikaël !
0a8268e. Ryan, je te laisse vérifier que je n'ai pas fait de bêtises, j'ai changé le span en textarea, tout a l'air de fonctionner.
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cela dit placeholder fonctionne aussi avec span normalement (j'ai mis le lien vers textarea car je pensais qu'il s'agissait d'un textarea).
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Mmm... j'avais essayé, cela ne marchait pas. Cela dit, moralement ce champ est bien un textarea.
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Dans l'absolut, il aurait été possible de mettre des placeholders avec du css dans les spans.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1804Serveur lille, configuration2018-04-16T16:47:07+02:00Vidjil TeamServeur lille, configurationIl faut vraiment que Mikaël et Mathieu regardent aussi comment se connecter au serveur lillois :-) Vendredi ou lundi.
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Devient moins urgent.
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@magiraud @mikael-sIl faut vraiment que Mikaël et Mathieu regardent aussi comment se connecter au serveur lillois :-) Vendredi ou lundi.
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Devient moins urgent.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1803Accepter plusieurs -g dans la ligne de commande2016-11-29T14:40:48+01:00Vidjil TeamAccepter plusieurs -g dans la ligne de commandemulti_germline::build_from_json devrait pouvoir être appelé plusieurs fois,
pour pouvoir faire des choses du type :
-g germline/germlines.data -g germline/classes.data
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4dbb40c
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@nobodymulti_germline::build_from_json devrait pouvoir être appelé plusieurs fois,
pour pouvoir faire des choses du type :
-g germline/germlines.data -g germline/classes.data
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4dbb40c
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1786Documentation2016-11-29T14:40:37+01:00Vidjil TeamDocumentationAvant le workshop, ce serait bien de faire une passe d'ensemble sur la doc.
Pour qui est-elle destinée ? Contenu ?
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Je ferme les tâches qui disent "il faut plus de doc". Ce n'est pas assez précis.
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@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-sAvant le workshop, ce serait bien de faire une passe d'ensemble sur la doc.
Pour qui est-elle destinée ? Contenu ?
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Je ferme les tâches qui disent "il faut plus de doc". Ce n'est pas assez précis.
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@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1763Factoriser les doublons entre list.js et segmenter.js2017-05-23T13:59:36+02:00Vidjil TeamFactoriser les doublons entre list.js et segmenter.js`.div_elem()` m'a l'air partiellement dupliqué entre `clone.js` et `segmenter.js`
Je m'en suis rendu compte en faisant... la même modif quasiment au même endroit pour `.getShortName()`
Y aurait-il moyen de factoriser les parties comm...`.div_elem()` m'a l'air partiellement dupliqué entre `clone.js` et `segmenter.js`
Je m'en suis rendu compte en faisant... la même modif quasiment au même endroit pour `.getShortName()`
Y aurait-il moyen de factoriser les parties communes ?
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Durant les derniers jours, j'ai fait plusieurs fois des modifs en double à ces endroits... ce serait bien de factoriser, si possible.
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ping
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@nobodyWeb 2017.05