vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:33:50+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1255Send to IMGT/IgBlast en multi-système2016-11-29T14:33:50+01:00Vidjil TeamSend to IMGT/IgBlast en multi-systèmeSelon le système de la séquence sélectionnée, on doit donner les bons paramètres pour que la segmentation avec IMGT/IgBlast se fasse sur le bon système (par défaut il semble l'envoyer en TRG)
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Prendre le système de la plus séquence sé...Selon le système de la séquence sélectionnée, on doit donner les bons paramètres pour que la segmentation avec IMGT/IgBlast se fasse sur le bon système (par défaut il semble l'envoyer en TRG)
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Prendre le système de la plus séquence sélectionnée la plus abondante (car si on a sélectionné des séquences de systèmes différents, cela ne va de toute façon pas marcher pour tout le monde)
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Euh... Demo L3 → clone principal IGH → igBlast → le fait en TRB et non pas en IGH
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>>ba13fdc55ebd097
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1251Cmd-S sous OS X ?2016-11-29T14:33:47+01:00Vidjil TeamCmd-S sous OS X ?
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#1249
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#1249https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1250voir interaction avec boites de texte2016-11-29T14:33:47+01:00Vidjil Teamvoir interaction avec boites de texte
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#1249
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#1249https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1249Ctrl-S (save)2016-11-29T14:33:47+01:00Vidjil TeamCtrl-S (save)Cross-platform (?) : http://stackoverflow.com/questions/93695/best-cross-browser-method-to-capture-ctrls-with-jquery
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#1250, #1251
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@DuezCross-platform (?) : http://stackoverflow.com/questions/93695/best-cross-browser-method-to-capture-ctrls-with-jquery
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#1250, #1251
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1243'color by system' ne fonctionne pas2016-11-29T14:33:40+01:00Vidjil Team'color by system' ne fonctionne pas>> 46c54dc0118c0d
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@Duez>> 46c54dc0118c0d
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1241mutli-germline: on élague si pas de clones2016-11-29T14:33:39+01:00Vidjil Teammutli-germline: on élague si pas de clones>>1972bc0a3315f
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youpi
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@Duez>>1972bc0a3315f
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youpi
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1240Le browser ne s'ouvre pas sur Lynx 2.8.8 et Links 2.72016-11-29T14:33:38+01:00Vidjil TeamLe browser ne s'ouvre pas sur Lynx 2.8.8 et Links 2.7Plus sérieusement, si le javascript est désactivé, on arrive sur une page où tout est bloqué mais on ne le sait pas. Un petit message serait le bienvenu (et donc en haut du html pour être accessible sous Lynx :)
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c35278b
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@DuezPlus sérieusement, si le javascript est désactivé, on arrive sur une page où tout est bloqué mais on ne le sait pas. Un petit message serait le bienvenu (et donc en haut du html pour être accessible sous Lynx :)
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c35278b
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1238multi-system : optimiser l'affichage pour les gros multi-system (6+system)2016-11-29T14:33:36+01:00Vidjil Teammulti-system : optimiser l'affichage pour les gros multi-system (6+system)
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1236germlines.js: mise à jour des séquences2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil Teamgermlines.js: mise à jour des séquencesMarc, tu as un script quelque part qui crée le .js ? Il faudrait le relancer... (et le mettre dans le git, à côté de split-from-imgt.py). Note qu'il y a maintenant des fichiers isolés (type TRDD2-01.fa, et il y aura aussi KDE.fa), certai...Marc, tu as un script quelque part qui crée le .js ? Il faudrait le relancer... (et le mettre dans le git, à côté de split-from-imgt.py). Note qu'il y a maintenant des fichiers isolés (type TRDD2-01.fa, et il y aura aussi KDE.fa), certaines séquences peuvent être en double.
Ou bien, à terme, faire que le javascript accède directement aux séquences dans les fichiers fasta dans germline (et dans ce cas, plus besoin de js/germline.js vu que le reste est dans germline.data)
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>>faire que le javascript accède directement aux séquences dans les fichiers fasta dans germline
On peut parser n'importe quel fichier texte en javascript sauf les fichiers locaux (toujours la même restriction le javascript n'a pas a accéder aux fichiers de l'utilisateur) donc faisable mais il faut abandonner le offline
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donc pour l'instant le germline.js est une bonne solution (pas parfaite, mais bon)
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séquences a jour ainsi que le script déplacé dans /germline
>> 41b25020ac88a0
>> 948fead4f8d6fec
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e4d33ac : script rajouté dans get-germline
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1235germlines.data: l'utiliser dans le browser2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil Teamgermlines.data: l'utiliser dans le browserEn particulier générer les axes V/J qu'il faut, et prendre l'ordre du fichier pour ordonner les germlines (l'ordre alphabétique ne marche pas, TRA, TRB, TRG, TRD, hihihi)
Et supprimer icon de js/germline.js (la color, tu pourrais aussi ...En particulier générer les axes V/J qu'il faut, et prendre l'ordre du fichier pour ordonner les germlines (l'ordre alphabétique ne marche pas, TRA, TRB, TRG, TRD, hihihi)
Et supprimer icon de js/germline.js (la color, tu pourrais aussi la mettre dans germline.data...)
***
from >> 56b44b5769782a80d
to >> 3c485fbb4a5c31
les germlines/custom germlines sont construit en live en utilisant germlines.data
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Génial, cela fonctionne parfaitement
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1228add/+= pour Fasta2016-11-29T14:33:28+01:00Vidjil Teamadd/+= pour FastaIl faudrait un opérateur pour ajouter à un Fasta un autre Fasta.
Soit en mode '+=', soit en recontruisant une autre séquence.
Mikaël, est-ce déjà possible par une combinaison magique de '>>' et '<<' ?
Utilisation : en entrée, plusieurs ...Il faudrait un opérateur pour ajouter à un Fasta un autre Fasta.
Soit en mode '+=', soit en recontruisant une autre séquence.
Mikaël, est-ce déjà possible par une combinaison magique de '>>' et '<<' ?
Utilisation : en entrée, plusieurs répertoires V pour un même germline (TRDV et TRDD) (que ce soit donné par plusieurs -V en ligne de commande ou par le germline.data), et on veut stocker tout cela dans un seul germline->rep_5
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096ab90, merci Mikaël
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1226Pouvoir spécifier plusieurs -V ou -J sur la ligne de commande2016-11-29T14:33:27+01:00Vidjil TeamPouvoir spécifier plusieurs -V ou -J sur la ligne de commandePour le germline custom, être capable de faire -V TRDV.fa -V TRDD2.fa
(même si on pourra le faire aussi par germline.data)
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422964c
modulo le += sur Fasta :-)
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@magiraud @mikael-sPour le germline custom, être capable de faire -V TRDV.fa -V TRDD2.fa
(même si on pourra le faire aussi par germline.data)
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422964c
modulo le += sur Fasta :-)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1224fuse.py2016-11-29T14:33:25+01:00Vidjil Teamfuse.py
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#1221
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#1221https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1223js2016-11-29T14:33:25+01:00Vidjil Teamjs
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#1221
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#1221https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1222c++2016-11-29T14:33:25+01:00Vidjil Teamc++
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#1221
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#1221https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1221récupérer les germlines custom depuis les .data, et s'en servir dans le browser2016-11-29T14:33:25+01:00Vidjil Teamrécupérer les germlines custom depuis les .data, et s'en servir dans le browserMarc a bien fait de stocker les germlines custom dans le .data. Il reste à ce servir de cette info :)
***
Marc, dans le c++, tu peux trouver les noms de fichiers dans germline->f_reps_[345].
Il peut y avoir plusieurs fichiers pour le V (...Marc a bien fait de stocker les germlines custom dans le .data. Il reste à ce servir de cette info :)
***
Marc, dans le c++, tu peux trouver les noms de fichiers dans germline->f_reps_[345].
Il peut y avoir plusieurs fichiers pour le V (le D, le J).
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c++ output custom germline >> 8bee7be387dafb634b
js load custom germline >> 941126bade392549f
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Super !
Cela marche effectivement sur rbx (voir UPNT 14-08)
... j'ai du cependant éditer le fichier "fused" à la main pour ne laisser qu'un bloc custom.
On va faire d'abord simple, supposer que tous les customs sont identiques (idéalement le vérifier) et garder le premier.
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#1222, #1223, #1224
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1219Droit de lancement vidjil : sur toutes les configs, par config ?2016-11-29T14:33:20+01:00Vidjil TeamDroit de lancement vidjil : sur toutes les configs, par config ?Avant de donner à des utilisateurs le droit d'éxécuter vidjil, il faudrait nettoyer les configs...
et d'ailleurs, donne-leur t-on le droit d'éxécuter toutes les configs, ou juste certaines ?
A voir, pour ne pas que cela soit trop lourd ...Avant de donner à des utilisateurs le droit d'éxécuter vidjil, il faudrait nettoyer les configs...
et d'ailleurs, donne-leur t-on le droit d'éxécuter toutes les configs, ou juste certaines ?
A voir, pour ne pas que cela soit trop lourd au point de vue permissions
***
On a discuté la semaine dernière : pas de droits pour l'instant, on laisse accès à Nikos à toutes les configs. À rediscuter dans quelques temps.
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ok pour droits par config !
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Génial
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1212Messages d'information ou d'erreur en arrière plan2017-11-09T12:37:03+01:00Vidjil TeamMessages d'information ou d'erreur en arrière planQuand on est sur le serveur avec la fenêtre principale affichée, maintenant qu'elle a une dimension proportionnelle à la taille du navigateur, elle cache les notifications qui apparaissent en bas à gauche. Ce qui est évidemment problémat...Quand on est sur le serveur avec la fenêtre principale affichée, maintenant qu'elle a une dimension proportionnelle à la taille du navigateur, elle cache les notifications qui apparaissent en bas à gauche. Ce qui est évidemment problématique ;)
***
d71903334f
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1204Parser le MultiGermlines depuis germlines.data2016-11-29T14:33:09+01:00Vidjil TeamParser le MultiGermlines depuis germlines.dataRien d'urgent, pas besoin que cela soit fait pour 2014.10
***
fonction MultiGermline::MultiGermline(string f_germlines_json) à compléter...
***
pour la release 2014.12
***
Non, par pour décembre. Pour 2015.01 ?
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Remonté. Cela permettr...Rien d'urgent, pas besoin que cela soit fait pour 2014.10
***
fonction MultiGermline::MultiGermline(string f_germlines_json) à compléter...
***
pour la release 2014.12
***
Non, par pour décembre. Pour 2015.01 ?
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Remonté. Cela permettrait de jouer de manière plus générique avec les incomplets
(et pourquoi pas d'avoir des mécanisme d'optimisation semi-automatiques pour les graines et autres)
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json parser ?
https://bitbucket.org/zserge/jsmn/src/6979f2e6ffa5?at=default
http://lionet.livejournal.com/118853.html (russe)
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json parser ?
https://bitbucket.org/zserge/jsmn/src/6979f2e6ffa5?at=default
http://lionet.livejournal.com/118853.html (russe)
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json parser ?
https://bitbucket.org/zserge/jsmn/src/6979f2e6ffa5?at=default
http://lionet.livejournal.com/118853.html (russe)
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json parser ?
https://bitbucket.org/zserge/jsmn/src/6979f2e6ffa5?at=default
http://lionet.livejournal.com/118853.html (russe)
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json parser ?
https://bitbucket.org/zserge/jsmn/src/6979f2e6ffa5?at=default
http://lionet.livejournal.com/118853.html (russe)
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https://github.com/nlohmann/json
-une librairie moderne (2eme en popularité sur github alors qu'elle a a peine plus d'un an)
-license MIT
-possibilité de l'inclure avec un seul fichier .h
-on a presque l'impression de faire du json en c++
exemple :
json j2 = {
{"pi", 3.141},
{"happy", true},
{"name", "Niels"},
{"nothing", nullptr},
{"answer", {
{"everything", 42}
}},
{"list", {1, 0, 2}},
{"object", {
{"currency", "USD"},
{"value", 42.99}
}}
};
oui oui c'est bien du c++
testé sur vidjil mais il faut rajouter -std=c++11
***
Aha...
> testé sur vidjil mais il faut rajouter -std=c++11
Il y a une tâche "C++11" dans le bugtracker.
En fait, au tout début de Vidjil C++, il y a >2 ans, David avait voulu faire du C++11 et on avait dit non... car on n'arrivait tout simplement pas à compiler / installer les trucs.
Bref, discussion à passer sur la tâche C++11.
Si on accepte C++11, pas de pb pour ton choix.
***
Donc ok, une fois que watir est fait :)
***
(Stocker la lib dans algo/lib)
***
(et donc, sur branche c++11 pour l'instant)
***
pour release 2014.03 ?
***
Notons que cela dépend de c++11, et qu'il faut d'abord qu'on progresse en intégration continue. Bref, on ralentit un peu cette tâche, on a d'autres choses à faire en mars...
***
merci
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1203Fichiers compressés pour le c++2016-11-29T14:33:08+01:00Vidjil TeamFichiers compressés pour le c++Proposition pour faire simple : si un fichier est en .gz / .zip / .bz2, au moment où il est sauvegardé, on le décompresse.
(En fait ce n'est pas si simple, cela demande de vérifier qu'il ne fait bien qu'un seul fichier et qu'il ne va p...Proposition pour faire simple : si un fichier est en .gz / .zip / .bz2, au moment où il est sauvegardé, on le décompresse.
(En fait ce n'est pas si simple, cela demande de vérifier qu'il ne fait bien qu'un seul fichier et qu'il ne va pas pourrir le répertoire d'upload : est-ce que cela peut être vérifié)
(On pourrait ensuite réfléchir à une compression du reste et à tout sauvegarder, mais ce n'est pas urgent du tout.)
***
Bingo : Salamanca nous a envoyé deux fichiers en .gz.
Ce que j'ai fait, à la main : décompresser (dans /mnt/upload/uploads), puis un lien symbolique
ln -s xxxxx.fa xxxxx.fa.gz (la DB croit toujours que le fichier s'appelle .gz)
***
Rebelote, nouvel envoi de Salamanca
3a44cbc16e, gunzip-sequences.py, à lancer par www-data.
Quelle sera la bonne solution ? à discuter :
- soit le serveur lance gunzip-sequences.py
- ou bien décompression de chaque fichier
- soit traité par vidjil.cpp ?
***
se linker à <zlib.h> (optionnel, avec #ifdef)
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gzstream : http://www.cs.unc.edu/Research/compgeom/gzstream/
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header-only version of gstream : https://gist.github.com/piti118/1508048
peut-être trop confidentiel ?
***
27e8474..ef122da
***
@magiraud @mikael-s