vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-06T09:51:29+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5242VDJaffine avec gaps multiples de 32024-02-06T09:51:29+01:00Mathieu GiraudVDJaffine avec gaps multiples de 3
C'est probablement pertinent de favoriser les indels multiples de 3.
Implémentable par trois matrices de gap_extension au lieu d'une, je ne sais pas s'il y a un truc pour faire plus simple.
Bien après #2768.
C'est probablement pertinent de favoriser les indels multiples de 3.
Implémentable par trois matrices de gap_extension au lieu d'une, je ne sais pas s'il y a un truc pour faire plus simple.
Bien après #2768.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5058.gitlab-ci.yml: ajouter `release*` aux jobs de release ?2022-08-23T10:42:44+02:00Mathieu Giraud.gitlab-ci.yml: ajouter `release*` aux jobs de release ?https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#release
En particulier, depuis Gitlab 15.3, on peut spécifier tag git/description/...https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#release
En particulier, depuis Gitlab 15.3, on peut spécifier tag git/description/...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5046API : savoir que c'est l'API qui a envoie certaines requêtes2022-06-24T12:41:15+02:00Mathieu GiraudAPI : savoir que c'est l'API qui a envoie certaines requêtes
Déjà logguer ces accès, peut-être un jour mettre des limites...
@flothoni : "lors du login, avoir un champ qui n'est mis que par le web"
Déjà logguer ces accès, peut-être un jour mettre des limites...
@flothoni : "lors du login, avoir un champ qui n'est mis que par le web"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4987mkdocs : autre thème et/ou retravail css2022-04-07T17:14:18+02:00Mathieu Giraudmkdocs : autre thème et/ou retravail cssSuite à !1158, on n'a plus le scroll sur la navbar.
Mais bon, on pourrait aussi regarder les autres thèmes et partir sur autre chose.Suite à !1158, on n'a plus le scroll sur la navbar.
Mais bon, on pourrait aussi regarder les autres thèmes et partir sur autre chose.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4982Color by sample : mettre en gris les clones taggués "standard" et autres ?2022-04-07T09:22:10+02:00Mathieu GiraudColor by sample : mettre en gris les clones taggués "standard" et autres ?Discuté hier avec @flothoni. Voir sur L3.
Après, on peut aussi les cacher...Discuté hier avec @flothoni. Voir sur L3.
Après, on peut aussi les cacher...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4981Rapports : retour UI pas clair sur clic sur monter/descendre2022-10-03T17:40:51+02:00Mathieu GiraudRapports : retour UI pas clair sur clic sur monter/descendreQuand on bouge un bloc, le bloc courant disparaît instatanément, ce n'est pas très aisé de se rendre compte de ce qu'il se passe.
cc @duezQuand on bouge un bloc, le bloc courant disparaît instatanément, ce n'est pas très aisé de se rendre compte de ce qu'il se passe.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4975Récupérer les subsets ?2023-03-28T16:17:20+02:00Mathieu GiraudRécupérer les subsets ?Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4958Tutorial en cypress2022-03-23T13:48:02+01:00Mathieu GiraudTutorial en cypress
Après le ~"com-vw-vidjil-workshop" ?
Après le ~"com-vw-vidjil-workshop" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4956Récupérer pour gitlab des artefacts XML JUnit avec QUnit ?2022-02-23T15:02:23+01:00Mathieu GiraudRécupérer pour gitlab des artefacts XML JUnit avec QUnit ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4939CLI11 : utiliser les Validators2022-01-26T17:14:11+01:00Mathieu GiraudCLI11 : utiliser les Validators
Suite à !1123.
Amélioré depuis la version 2.0: https://github.com/CLIUtils/CLI11#validators
On peut donc spécifier si les arguments sont des entiers, des flottants... et avoir un message d'erreur cohérent, dès le parsing de l'option.
Suite à !1123.
Amélioré depuis la version 2.0: https://github.com/CLIUtils/CLI11#validators
On peut donc spécifier si les arguments sont des entiers, des flottants... et avoir un message d'erreur cohérent, dès le parsing de l'option.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4938Use nlohmann json "Extended diagnosis messages" for parsing .g ?2022-01-26T17:14:11+01:00Mathieu GiraudUse nlohmann json "Extended diagnosis messages" for parsing .g ?Suite à !1123, une nouveauté de 3.10: https://json.nlohmann.me/home/exceptions/#extended-diagnostic-messages
Voir si `#define JSON_DIAGNOSTICS 1` suffirait et nous serviraitSuite à !1123, une nouveauté de 3.10: https://json.nlohmann.me/home/exceptions/#extended-diagnostic-messages
Voir si `#define JSON_DIAGNOSTICS 1` suffirait et nous serviraithttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4895Interleaved R1&R2 fastq.gz2021-11-04T17:17:19+01:00Mathieu GiraudInterleaved R1&R2 fastq.gzMentionné par un usager.
Est-ce un format standard ?
Probablement ~"wont-fix", mais juste indiquer dans la ~doc qu'on ne prend pas cela ?
cc @flothoniMentionné par un usager.
Est-ce un format standard ?
Probablement ~"wont-fix", mais juste indiquer dans la ~doc qu'on ne prend pas cela ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4878validate-links.py: asynchrone ?2021-10-12T12:27:49+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py: asynchrone ?
On pourrait probablement gagner du temps de build.
On pourrait probablement gagner du temps de build.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4854Plusieurs -g avec des espèces différentes ?2021-09-21T08:28:54+02:00Mathieu GiraudPlusieurs -g avec des espèces différentes ?Depuis !1010 :
> À voir, que se passe-t-il quand il y a plusieurs .g avec des infos contradictoires de species ou autre ? Ce n'était pas traité jusqu'à présent.
Est-ce qu'on refuserait cela ?Depuis !1010 :
> À voir, que se passe-t-il quand il y a plusieurs .g avec des infos contradictoires de species ou autre ? Ce n'était pas traité jusqu'à présent.
Est-ce qu'on refuserait cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4847Un preprocess sans sortie json devrait être accepté2021-09-17T16:55:57+02:00Mathieu GiraudUn preprocess sans sortie json devrait être acceptéhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4822URL et sliders du sp12021-08-10T16:54:52+02:00Mathieu GiraudURL et sliders du sp1https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4795Avoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivité2023-03-28T16:24:46+02:00Mathieu GiraudAvoir plusieurs nuances de pink pour la non-productivitéPermettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Permettrait de voir d'un coup d'oeil certaines choses type non-pattern.Web 2023.10Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4777Rationaliser les appels à build_from_json2021-04-28T12:10:42+02:00Mathieu GiraudRationaliser les appels à build_from_jsonVu à l'occasion de #4775: il y a deux fois `multigermline->build_from_json()` très semblables (dans les cas standard, le deuxième lance `homo-sapiens/homo-sapiens.g` et ne mène à rien).
Suite de #3293 ?Vu à l'occasion de #4775: il y a deux fois `multigermline->build_from_json()` très semblables (dans les cas standard, le deuxième lance `homo-sapiens/homo-sapiens.g` et ne mène à rien).
Suite de #3293 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4760Germlines custom -V / -J et findCDR3()2021-04-15T12:49:44+02:00Mathieu GiraudGermlines custom -V / -J et findCDR3()
Dans `germline.cpp`, pour ce qui vient d'un `.g`:
```
bool regular = (code.find("+") == string::npos);
rep_5 = BioReader(2, "|", regular ? CYS104_IN_GAPPED_V : 0) ;
rep_4 = BioReader(2, "|") ;
rep_3 = BioReader(2, "|", regular...
Dans `germline.cpp`, pour ce qui vient d'un `.g`:
```
bool regular = (code.find("+") == string::npos);
rep_5 = BioReader(2, "|", regular ? CYS104_IN_GAPPED_V : 0) ;
rep_4 = BioReader(2, "|") ;
rep_3 = BioReader(2, "|", regular ? PHE118_TRP118_IN_GAPPED_J : 0) ;
```
(mais nous n'avons pas cela pour une des méthodes).
En tout cas, le `code` vau `custom` et ne permet pas de différencier si on cherche ou pas des CDR3. À vérifier, il n'est pas impossible que l'on cherche toujours ou jamais des CDR3 (avec `-3`), indépendamment du fait que la germline le permette ou pas.
Mais bon, on ne peut pas y faire grand chose...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4757axes: avoir plus de place (responsive ?) pour les légendes longues2021-06-11T14:47:03+02:00Mathieu Giraudaxes: avoir plus de place (responsive ?) pour les légendes longuesSuite à !940
![ax](/uploads/acbffa2ca7be0fd02f1916c835270355/ax.jpg)Suite à !940
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