vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-01-19T18:35:17+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/888export html : exporter les infos du modèle, mécanisme générique depuis json2024-01-19T18:35:17+01:00Vidjil Teamexport html : exporter les infos du modèle, mécanisme générique depuis json- mécanisme générique depuis json
- infos sur version Vidjil, runs, ... le plus possible doit être retraçable
- cela déborde quand beaucoup de points ?
-copier-coller
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Témoignage de Ludovic "On a souvent des réunions p...- mécanisme générique depuis json
- infos sur version Vidjil, runs, ... le plus possible doit être retraçable
- cela déborde quand beaucoup de points ?
-copier-coller
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Témoignage de Ludovic "On a souvent des réunions patients... et on discute uniquement sur papier"
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Exporter toutes les infos... sauf celles qui sont déjà mises ailleurs ? (nom/prénom/birth/id)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/889Exporter toutes les infos...2017-04-12T14:32:44+02:00Vidjil TeamExporter toutes les infos...
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#888
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#888https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/890... sauf celles qui sont déjà mises ailleurs ? (nom/prénom/birth/id)2017-04-12T14:32:47+02:00Vidjil Team... sauf celles qui sont déjà mises ailleurs ? (nom/prénom/birth/id)
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#888
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#888https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/905bouton play2016-11-29T14:29:05+01:00Vidjil Teambouton playbouton play, défile entre les clones avec quelques secondes d'arrêt sur chaque point
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done, il reste a rajouter un peu de css
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ok. mis comme terminé, le css/bouton est avec la tâche "design"
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@Duezbouton play, défile entre les clones avec quelques secondes d'arrêt sur chaque point
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done, il reste a rajouter un peu de css
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ok. mis comme terminé, le css/bouton est avec la tâche "design"
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/913body-block2017-04-11T05:55:53+02:00Vidjil Teambody-blockles clones peuvent se body-block s'ils ont exactement le meme x ou y (prevoir un peu de variation sur la force d'attraction pour les debloquer)
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@Duezles clones peuvent se body-block s'ils ont exactement le meme x ou y (prevoir un peu de variation sur la force d'attraction pour les debloquer)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/923chasse aux pixels2018-11-20T08:47:34+01:00Vidjil Teamchasse aux pixels
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@magiraud @Duez
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@magiraud @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/926Traitement des options : supprimer docopt, choisir autre solution2017-10-19T19:44:34+02:00Vidjil TeamTraitement des options : supprimer docopt, choisir autre solutionle traitement des options prend 1/3 du code de vidjil.cpp. Et c'est redondant.
Des expériences avaient été faites au début 2014, mais rien de concluant.
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http://docopt.org
Leur format d'entrée est... bluffant, je ne l'avais pas compri...le traitement des options prend 1/3 du code de vidjil.cpp. Et c'est redondant.
Des expériences avaient été faites au début 2014, mais rien de concluant.
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http://docopt.org
Leur format d'entrée est... bluffant, je ne l'avais pas compris ce matin.
https://github.com/docopt/docopt.c
L'implémentation c n'a pas l'air super complète, mais on pourrait y arriver peut-être.
Ou bien la C++11...
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https://github.com/docopt/docopt.cpp
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mvoui, attendre un peu avant de prendre décision docopt
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> Mathieu : tools/align.cpp utilise docopt
> Mikaël : Euh… docopt ? « Note that GCC-4.8 will not work due to its missing the regex module. »
> On n'est pas en train de dire qu'il faut installer gcc 4.8 partout ?
Je ne m'en étais pas rendu compte, aïe, cela passait chez moi avec le clang par défaut.
Effectivement, gcc 4.8 ne passe pas, et 4.9 passe.
De plus, pour tools/align.cpp docopt m'avait presque convaincu, mais pour vidjil.cpp le traitement est plus complexe, je ne suis pas sûr que cela nous convienne. Bref, attendre beaucoup avant de changer cela pour vidjil.cpp et/ou trouver d'autres solutions.
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Rediscuter de docopt, lui donner encore une chance...
Et si cela ne peut pas marcher, l'enlever.
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Docopt, c'est toujours pour gcc 4.9 minimum (et on s'est déjà amusés à mettre à jour g++/clang sur un certain nombre de slaves l'année dernière)
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@nobodyAlgo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/929vidjil.cpp: .json doit avoir les même limites que stdout2017-09-12T18:28:05+02:00Vidjil Teamvidjil.cpp: .json doit avoir les même limites que stdoutactuellement, il faut mettre -% 0 -R 1 -z 9999, sinon on a plein de "unsegmented" dans l'interface, et les bios se demandent ce qu'il se passe
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euh ?
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@nobodyactuellement, il faut mettre -% 0 -R 1 -z 9999, sinon on a plein de "unsegmented" dans l'interface, et les bios se demandent ce qu'il se passe
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euh ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/950.vdj : inclure (IMGT-)CDR3 ?2016-11-29T14:29:42+01:00Vidjil Team.vdj : inclure (IMGT-)CDR3 ?cela suppose qu'on sache le trouver...
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Fait depuis longtemps (champ seg)
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@nobodycela suppose qu'on sache le trouver...
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Fait depuis longtemps (champ seg)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/973Automatiser création pseudo-germlines, en particulier Dd2-Dd3, get-germline i...2017-12-04T14:55:59+01:00Vidjil TeamAutomatiser création pseudo-germlines, en particulier Dd2-Dd3, get-germline incompletJe ne sais pas pourquoi la deadline est aujourd'hui.
Le but serait déjà d'avoir les fichiers suivants, une séquence par fichier :
- TRDD2.fa
- TRDD3.fa
- IGKKDE.fa
- IGKINTRON.fa
Pour la combinaison (TRDV + TRDD2), cela devrait s...Je ne sais pas pourquoi la deadline est aujourd'hui.
Le but serait déjà d'avoir les fichiers suivants, une séquence par fichier :
- TRDD2.fa
- TRDD3.fa
- IGKKDE.fa
- IGKINTRON.fa
Pour la combinaison (TRDV + TRDD2), cela devrait se faire directement par germlines.data / parser C++.
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0818249 : Dd2 et Dd3
Il reste KDE et INTRON, on les récupère où ?
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C'est Aurélie qui nous les avait envoyé. On les met sur vidjil.org ?
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Ok, vidjil.org/germline (donc pour l'instant sur bioinfo...).
Avant de le fixer dans le marbre (peut-être en le rentrant en dur dans le git vidjil, dans germline), on refera des tests voir si les séquences sont bonnes / trop courtes / trop longues.
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J'attends donc juste que vdj/web soit déployé sur bioinfo pour le mettre dans le script :)
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Bon, je les ai mis à la main sur rbx.
0ad7c6b
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à faire plus tard : vérifier les séquences, les mettre directement dans le git vidjil
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c'est bon actuellement
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/981alertes à l'utilisateur en fonction de certaines raisons de non-segmentation2018-11-20T09:34:53+01:00Vidjil Teamalertes à l'utilisateur en fonction de certaines raisons de non-segmentation
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/982revoir download controller2020-12-11T12:54:29+01:00Vidjil Teamrevoir download controllerséparer les controller pour download .data . analysis
mettre la sécurité a la déclaration du model db.py et non dans le controller
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@Duezséparer les controller pour download .data . analysis
mettre la sécurité a la déclaration du model db.py et non dans le controller
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/983Fusionner plusieurs germline avec fuse.py2016-11-29T14:30:11+01:00Vidjil TeamFusionner plusieurs germline avec fuse.pyIl y a l'option --merge pour ça, mais sur bioinfo-inria, sur les jeux de données CBP-084-*.data le merge n'a fonctionné que pour un point, il a fallu modifier à la main le fichier .data obtenu pour ajouter les noms des 4 points dans le c...Il y a l'option --merge pour ça, mais sur bioinfo-inria, sur les jeux de données CBP-084-*.data le merge n'a fonctionné que pour un point, il a fallu modifier à la main le fichier .data obtenu pour ajouter les noms des 4 points dans le champ "point" du fichier JSON, pour qu'il soit accepté par le serveur.
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Très vieux et plus un problème depuis longtemps
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/987fuse.py doit fonctionner même si certains fichiers sont vides/inexistants par...2022-07-01T11:45:50+02:00Vidjil Teamfuse.py doit fonctionner même si certains fichiers sont vides/inexistants par bug C++
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/991Déselection des clones dans l'aligneur2016-11-29T14:30:19+01:00Vidjil TeamDéselection des clones dans l'aligneurCliquer sur le pourcentage ne permet pas la désélection, ce qui n'est pas intuitif (d'autant que le curseur en forme de main apparaît)
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>> 71545cd2f4e75f21703
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@DuezCliquer sur le pourcentage ne permet pas la désélection, ce qui n'est pas intuitif (d'autant que le curseur en forme de main apparaît)
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>> 71545cd2f4e75f21703
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/992Surligner la ligne survolée dans l'aligneur2016-11-29T14:30:19+01:00Vidjil TeamSurligner la ligne survolée dans l'aligneurLorsqu'on veut supprimer certaines lignes, il faut cliquer à gauche, mais il faut être sûr que la souris soit sur la bonne ligne, avoir une aide visuelle (avec le surlignement) serait utile
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>> 88066ad0eb1c17b
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bien, bien plus prat...Lorsqu'on veut supprimer certaines lignes, il faut cliquer à gauche, mais il faut être sûr que la souris soit sur la bonne ligne, avoir une aide visuelle (avec le surlignement) serait utile
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>> 88066ad0eb1c17b
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bien, bien plus pratique
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/997Séquences manquantes2016-11-29T14:30:23+01:00Vidjil TeamSéquences manquantesa-t-on un moyen de savoir quelles séquences manquent ?
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autre tâche mieux détaillée
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@nobodya-t-on un moyen de savoir quelles séquences manquent ?
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autre tâche mieux détaillée
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1001Align puis ajout autre seqs: complètement décalées2016-11-29T14:30:26+01:00Vidjil TeamAlign puis ajout autre seqs: complètement décalées
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1002dynprog: Gotoh / gaps multiples2016-11-29T14:30:26+01:00Vidjil Teamdynprog: Gotoh / gaps multiplesdoublon
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Fait, reste à trouver les bons paramètres...
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@nobodydoublon
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Fait, reste à trouver les bons paramètres...
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1004interesting substrings: permettre d'avoir une (ou une liste de) chaîne(s) int...2016-11-29T14:30:28+01:00Vidjil Teaminteresting substrings: permettre d'avoir une (ou une liste de) chaîne(s) intéressantes qui ne seront pas suppriméesvidjil@bioinfo-inria:~/vdj/data/runs/14-07-Nijmegen[]$ python /home/vidjil/vdj/progs/utils/rename.py --prefix 3 -n *.fastq
30c_1_5mMMgCl2_ION_RESEARCH_IonXpress_001_Auto_user_02--172-PA_Research_Jos_20140220_657_2014-02-25.fastq -> 30c_1...vidjil@bioinfo-inria:~/vdj/data/runs/14-07-Nijmegen[]$ python /home/vidjil/vdj/progs/utils/rename.py --prefix 3 -n *.fastq
30c_1_5mMMgCl2_ION_RESEARCH_IonXpress_001_Auto_user_02--172-PA_Research_Jos_20140220_657_2014-02-25.fastq -> 30c_1_501
30c_1_5mMMgCl2_ION_RESEARCH_IonXpress_002_Auto_user_02--172-PA_Research_Jos_20140220_657_2014-02-25.fastq -> 30c_1_502
30c_2_5mMMgCl2_ION_RESEARCH_IonXpress_005_Auto_user_02--172-PA_Research_Jos_20140220_657_2014-02-25.fastq -> 30c_2_505
30c_2_5mMMgCl2_ION_RESEARCH_IonXpress_006_Auto_user_02--172-PA_Research_Jos_20140220_657_2014-02-25.fastq -> 30c_2_506
30c_2mMMgCl2_ION_RESEARCH_IonXpress_003_Auto_user_02--172-PA_Research_Jos_20140220_657_2014-02-25.fastq -> 30c_203
30c_2mMMgCl2_ION_RESEARCH_IonXpress_004_Auto_user_02--172-PA_Research_Jos_20140220_657_2014-02-25.fastq -> 30c_204
On aimerait dire "mM" (ou "mMMgCl2") est intéressant, à garder
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@mikael-s