vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-11-02T10:45:08+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3604vmi et info : X5 sur deux lignes au lieu de trois2018-11-02T10:45:08+01:00Mathieu Giraudvmi et info : X5 sur deux lignes au lieu de troisDiscuté avec @RyanHerb, probablement vient de `flex`.
~"priority\-1\-low" car a priori n'affecte que des cas particuliers type Demo X5.Discuté avec @RyanHerb, probablement vient de `flex`.
~"priority\-1\-low" car a priori n'affecte que des cas particuliers type Demo X5.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2450Scatterplot responsive : adapter l'axe et le nombre de labels2018-10-16T09:58:29+02:00Mathieu GiraudScatterplot responsive : adapter l'axe et le nombre de labelsQuand on a peu de place en largeur, on devrait afficher moins de labels.
Voir aussi #2421.
cc @heto @RyanHerbQuand on a peu de place en largeur, on devrait afficher moins de labels.
Voir aussi #2421.
cc @heto @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1206dynprog: allouer S, B (et aussi gap1/2/linkgap) en une seule fois2018-06-13T10:29:57+02:00Vidjil Teamdynprog: allouer S, B (et aussi gap1/2/linkgap) en une seule foisFait (partiellement) pour B qui n'est pas alloué en une fois mais de manière linéaire au lieu de quadratique. Sur un jeu avec 30 FineSegmentation, on divise le temps par 5.
-> probablement 66277bef (2014)
***
Super, c'est déjà très bie...Fait (partiellement) pour B qui n'est pas alloué en une fois mais de manière linéaire au lieu de quadratique. Sur un jeu avec 30 FineSegmentation, on divise le temps par 5.
-> probablement 66277bef (2014)
***
Super, c'est déjà très bien comme cela.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1890Grid / Bar : Ajouter courbes ?2018-04-16T16:10:54+02:00Vidjil TeamGrid / Bar : Ajouter courbes ?À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules...À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules courbes sont celles du time graph), et parfois cela n'a pas de sens sur des données non numériques (locus, nom des allèles, ou lien entre "?" et reste).
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3114Filtrage de BioReader sans re-réserver de la mémoire2018-04-03T17:03:11+02:00Mathieu GiraudFiltrage de BioReader sans re-réserver de la mémoireÉchange par mail, @magiraud, à propose de #3080 :
> Actuellement on a pas de moyen d’accéder à une séquence quelconque d’un BioReader.
>- effectivement #3080 est possible (comme méthode de `BioReader` ?). J’ai l’impression qu’elle va re...Échange par mail, @magiraud, à propose de #3080 :
> Actuellement on a pas de moyen d’accéder à une séquence quelconque d’un BioReader.
>- effectivement #3080 est possible (comme méthode de `BioReader` ?). J’ai l’impression qu’elle va recréer un autre `BioReader` en O(répertoire filtré) avec *réservation mémoire* et écritures, c’est un peu bourrin… on pourrait certes dire que c’est peu comparé au O(répertoire filtré x taille read) de `align_against_collection` (qui réserve aussi de la mémoire au passage).
>- y aurait-il sinon une manière de le faire avec une méthode d’un `BioReader` qui, à partir d’une liste d’identifiant, itère et renvoie les séquences ? Même si c’est en O(répertoire initial) au début, il pourrait y avoir ensuite des changements dans `BioReader` qui fait cela en O(répertoire filtré)
@mikael-s :
> Oui ça serait possible mais pas sûr que cela change grand chose : l'utilisation mémoire restera négligeable par rapport à celle de la programmation dynamique.
Bref on fait #3080 comme prévu, pas de soucis pour cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3000Option pour afficher le json bien formaté sur stdout et/ou format_json plus i...2018-01-19T11:16:30+01:00Mathieu GiraudOption pour afficher le json bien formaté sur stdout et/ou format_json plus intéressantPlusieurs tests visent le json (`cat bla.vidjil | python format_json.py`).
J'ai plusieurs fois été frustré de ce que je pouvais tester dans le json. Une sortie "une ligne par clone" serait agréable à tester. Avoir une option pour cela d...Plusieurs tests visent le json (`cat bla.vidjil | python format_json.py`).
J'ai plusieurs fois été frustré de ce que je pouvais tester dans le json. Une sortie "une ligne par clone" serait agréable à tester. Avoir une option pour cela dans `format_json` ? Ou bien dans le ~cpp ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2238Avoir une doc au format manpage pour le paquet algo2017-12-13T07:22:14+01:00Ryan HerbertAvoir une doc au format manpage pour le paquet algoOn pourrait avoir une man page qui s'installe avec le paquet debian de l'algo.
https://liw.fi/manpages/On pourrait avoir une man page qui s'installe avec le paquet debian de l'algo.
https://liw.fi/manpages/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1395Mettre à jour la BIL2017-12-04T14:55:50+01:00Vidjil TeamMettre à jour la BILInformation extraite automatiquement pour le RAWEB, à mettre à jour.
***
j'ai fait une passe mais il reste des choses à compléter
***
Fait une passe à l'instant.
***
@magiraud @mikael-sInformation extraite automatiquement pour le RAWEB, à mettre à jour.
***
j'ai fait une passe mais il reste des choses à compléter
***
Fait une passe à l'instant.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1706Couleurs : est-ce qu'on met une coloration par défaut ?2017-12-04T11:20:35+01:00Vidjil TeamCouleurs : est-ce qu'on met une coloration par défaut ?Comparaison avec ARResT : Florian trouve plus joli le fait d'avoir déjà des colorations. A discuter.
***
@Cyanael @mikael-s @magiraudComparaison avec ARResT : Florian trouve plus joli le fait d'avoir déjà des colorations. A discuter.
***
@Cyanael @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1665minifier JS ?2017-11-29T13:56:18+01:00Vidjil Teamminifier JS ?https://github.com/mishoo/UglifyJS2 ? Autre chose ?
Utiliité ? (comme on a besoin de MB pour télécharger les .vidjil, est-ce que cela vaut le coup de compresser un peu les .js ?)
***
@Duezhttps://github.com/mishoo/UglifyJS2 ? Autre chose ?
Utiliité ? (comme on a besoin de MB pour télécharger les .vidjil, est-ce que cela vaut le coup de compresser un peu les .js ?)
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1734Conserver la notification actuelle lors de la suppression d'une notification2017-11-09T12:15:30+01:00Vidjil TeamConserver la notification actuelle lors de la suppression d'une notificationActuellement dans l'interface admin, lorsque l'on supprime une notification, nous sommes redirigés vers l'index des notifications sans notification de sélectionnée.
Il serait bon de conserver la notification en cours (simplement pour des...Actuellement dans l'interface admin, lorsque l'on supprime une notification, nous sommes redirigés vers l'index des notifications sans notification de sélectionnée.
Il serait bon de conserver la notification en cours (simplement pour des raisons de fluidité)
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2608N'afficher que les patients avec des mise à jours non encore visualisées par ...2017-10-17T16:49:57+02:00Thonier FlorianN'afficher que les patients avec des mise à jours non encore visualisées par l'utilisateurOriginalement dans #2607 :
> - toutes les analyses non encore visualisées.
>
> - un mix des trois (au choix les XXX dernier jobs ou bien si ca dépasse les jobs depuis XXX jours, avec e nplus une colonne qui indique si il reste un jobs ...Originalement dans #2607 :
> - toutes les analyses non encore visualisées.
>
> - un mix des trois (au choix les XXX dernier jobs ou bien si ca dépasse les jobs depuis XXX jours, avec e nplus une colonne qui indique si il reste un jobs en attente sur ce patient.
Je me demande si il ne serait aps possible de filtrer la liste des patients avec uniquement les patients (ou runs/sets, comme d'hab) qui ont reçu une update non encore vue par l'utilisateur.
@RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2709Support des langages LTR et concaténation de chaînes2017-10-17T08:38:53+02:00Mathieu GiraudSupport des langages LTR et concaténation de chaînesPouvons-nous rentrer un nom de patient en arabe ?
Apparament oui, mais on voit ensuite "خلدون ابن (36)" à la place de "Toto Tata (36)". Voir sur `dev`.Pouvons-nous rentrer un nom de patient en arabe ?
Apparament oui, mais on voit ensuite "خلدون ابن (36)" à la place de "Toto Tata (36)". Voir sur `dev`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2159Filtre plus flexible sur les germlines choisies par -g2017-07-10T17:01:29+02:00Mathieu GiraudFiltre plus flexible sur les germlines choisies par -gSuite à #2134, on aimerait avoir des filtres plus flexibles pour choisir les germlines dans l'algo, peut-être même des regexp (mais en faisant attention à ne pas demander trop d'échappements, `+` est un caractère qui nous sert dans les l...Suite à #2134, on aimerait avoir des filtres plus flexibles pour choisir les germlines dans l'algo, peut-être même des regexp (mais en faisant attention à ne pas demander trop d'échappements, `+` est un caractère qui nous sert dans les locus).
* [ ] Discuter sur ce que l'on voudrait `:IG*`, `:IGH*`, `:*+`, peut-être `:!*+` ?
* [ ] Comment l'implémenter ?
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1436Nomenclature : 5/3, L/R, Donnor/Acceptor ?2017-04-04T13:02:16+02:00Vidjil TeamNomenclature : 5/3, L/R, Donnor/Acceptor ?Question de Nikos à Marie-Paule + re-mentionné par Mikaël dans son talk
***
@nobodyQuestion de Nikos à Marie-Paule + re-mentionné par Mikaël dans son talk
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2286Utilisateurs: pays et position2017-03-22T21:15:38+01:00Mathieu GiraudUtilisateurs: pays et positionUniquement pour de la ~com, par exemple pour la carte des utilisateurs... mais aussi pour mieux connaître nos utilisateurs.
Si l'on veut se mettre aux emoji (🇨🇳 🇫🇷...) l'avantage est qu'ils suivent les codes à deux lettres ISO 3166-1.
...Uniquement pour de la ~com, par exemple pour la carte des utilisateurs... mais aussi pour mieux connaître nos utilisateurs.
Si l'on veut se mettre aux emoji (🇨🇳 🇫🇷...) l'avantage est qu'ils suivent les codes à deux lettres ISO 3166-1.
(Au passage, rigolo chez moi, entre "write" et "preview", ce n'est pas le même set d'emojis).
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2189Lever un warning si on utilise -3 avec des séquences non gappées2017-02-16T18:59:40+01:00Mathieu GiraudLever un warning si on utilise -3 avec des séquences non gappéesVoir discussion dans #2187.
cc @mikael-sVoir discussion dans #2187.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1760Une séquence ambiguë à tort ? -42017-02-04T10:11:36+01:00Vidjil TeamUne séquence ambiguë à tort ? -4Hier, tu as dit à un moment "c'est bizarre que cette séquence soit ambigüe".
Tu te souviens de laquelle c'était ?
***
C'est quand tu faisais un -4 (sur les données de Florian ?), en xxx la séquence passait en unknown alors qu'il y avait ...Hier, tu as dit à un moment "c'est bizarre que cette séquence soit ambigüe".
Tu te souviens de laquelle c'était ?
***
C'est quand tu faisais un -4 (sur les données de Florian ?), en xxx la séquence passait en unknown alors qu'il y avait pas mal de delta à la fin qui était bien reconnu
***
Ah, ok, si c'est -4 c'est expérimental :-)
***
Euh… pourquoi le calcul de l'ambigu différerait entre le -4 et le reste ?
***
C'est une bonne question.
***
J’ai comparé 0ce12ff et 783d0b1 (diff: changements de la semaine dernière, plus de reads en ambiguous)
/vidjil -g germline/ -i -K ~/notable/data_translocation.fasta
Une séquence passe de only V en too few V/J, et c’est mieux ainsi.
Bref, pas de soucis avec les dernières modifs.
Avec -4, pas encore tout compris ce qu’il se passe, mais rien d’urgent de ce côté, on verra cela en janvier.
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1699Générer des .fa.gz pour les gros get_reads2016-11-29T14:39:37+01:00Vidjil TeamGénérer des .fa.gz pour les gros get_readsMais quand on commence, on ne sait pas encore si c'est gros ou pas.
Une option en command-line ?
***
@mikael-sMais quand on commence, on ne sait pas encore si c'est gros ou pas.
Une option en command-line ?
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1318CSS : uniformiser les parties à mettre en couleur2016-11-29T14:34:41+01:00Vidjil TeamCSS : uniformiser les parties à mettre en couleurMême au survol ce sont les classes graph_select et circle_select qui sont utilisées (cf. test watir)
***
En fait oui elles sont bien utilisées. Au temps pour moi. En revanche il n'y a pas de list_focus. La couleur pour le focus de la lis...Même au survol ce sont les classes graph_select et circle_select qui sont utilisées (cf. test watir)
***
En fait oui elles sont bien utilisées. Au temps pour moi. En revanche il n'y a pas de list_focus. La couleur pour le focus de la liste est gérée dans updateColor() de clone.js. Ça serait bien d'avoir un truc uniforme entre les différentes parties à mettre en couleur (graph, scatterplot et liste) (et avoir une classe CSS est plus facilement testable qu'un changement de couleur).
***
@Duez