vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-11-09T12:15:30+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1734Conserver la notification actuelle lors de la suppression d'une notification2017-11-09T12:15:30+01:00Vidjil TeamConserver la notification actuelle lors de la suppression d'une notificationActuellement dans l'interface admin, lorsque l'on supprime une notification, nous sommes redirigés vers l'index des notifications sans notification de sélectionnée.
Il serait bon de conserver la notification en cours (simplement pour des...Actuellement dans l'interface admin, lorsque l'on supprime une notification, nous sommes redirigés vers l'index des notifications sans notification de sélectionnée.
Il serait bon de conserver la notification en cours (simplement pour des raisons de fluidité)
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1719Analyse en profondeur du comportement du DAL web2py2022-06-20T15:47:17+02:00Vidjil TeamAnalyse en profondeur du comportement du DAL web2pyL'idée est de pouvoir se rendre compte de tout ce qu'il se passe au niveau du DAL lorsqu'une requête est lancée. Il semble y avoir des requêtes qui sont parfois lentes alors nous aimerions savoir si il s'agit d'un problème au niveau du D...L'idée est de pouvoir se rendre compte de tout ce qu'il se passe au niveau du DAL lorsqu'une requête est lancée. Il semble y avoir des requêtes qui sont parfois lentes alors nous aimerions savoir si il s'agit d'un problème au niveau du DAL ou non.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/17080914-pap-IGH+.should-vdj.fa2022-06-20T11:29:49+02:00Vidjil Team0914-pap-IGH+.should-vdj.fadonne maintenant bien deux fois la même chose, mais TODO, légèrement différent de ce qui est indiqué
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@mikael-sdonne maintenant bien deux fois la même chose, mais TODO, légèrement différent de ce qui est indiqué
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1706Couleurs : est-ce qu'on met une coloration par défaut ?2017-12-04T11:20:35+01:00Vidjil TeamCouleurs : est-ce qu'on met une coloration par défaut ?Comparaison avec ARResT : Florian trouve plus joli le fait d'avoir déjà des colorations. A discuter.
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@Cyanael @mikael-s @magiraudComparaison avec ARResT : Florian trouve plus joli le fait d'avoir déjà des colorations. A discuter.
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@Cyanael @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1699Générer des .fa.gz pour les gros get_reads2016-11-29T14:39:37+01:00Vidjil TeamGénérer des .fa.gz pour les gros get_readsMais quand on commence, on ne sait pas encore si c'est gros ou pas.
Une option en command-line ?
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@mikael-sMais quand on commence, on ne sait pas encore si c'est gros ou pas.
Une option en command-line ?
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1665minifier JS ?2017-11-29T13:56:18+01:00Vidjil Teamminifier JS ?https://github.com/mishoo/UglifyJS2 ? Autre chose ?
Utiliité ? (comme on a besoin de MB pour télécharger les .vidjil, est-ce que cela vaut le coup de compresser un peu les .js ?)
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@Duezhttps://github.com/mishoo/UglifyJS2 ? Autre chose ?
Utiliité ? (comme on a besoin de MB pour télécharger les .vidjil, est-ce que cela vaut le coup de compresser un peu les .js ?)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1650Convention_de_codage ou ConventionDeCodage ?2019-12-02T18:12:51+01:00Vidjil TeamConvention_de_codage ou ConventionDeCodage ?
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@magiraud @mikael-s
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1556Méta-données : technique de séquençage2023-03-02T09:42:32+01:00Vidjil TeamMéta-données : technique de séquençageDNA-seq, RNA-seq, Capture, PCR, nested PCR... (plusieurs choix possibles...)
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Ping. ADT, Aurélien ?
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@magiraud @mikael-sDNA-seq, RNA-seq, Capture, PCR, nested PCR... (plusieurs choix possibles...)
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Ping. ADT, Aurélien ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1515SortMeVDJ : extraction/tri de reads suivant les locus2021-01-19T10:27:12+01:00Vidjil TeamSortMeVDJ : extraction/tri de reads suivant les locusCommande -c sort pour trier les reads, même non segmentés, suivant les différents locus. Est-ce que ce serait utile ?
Peut-être avec des seuils (IGH pour ceux qui ont significativement plus de k-mers IGH que d'autres).
Ou utiliser tout ...Commande -c sort pour trier les reads, même non segmentés, suivant les différents locus. Est-ce que ce serait utile ?
Peut-être avec des seuils (IGH pour ceux qui ont significativement plus de k-mers IGH que d'autres).
Ou utiliser tout simplement SortMeRNA ?
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Et le filtre capture comme le filtre IMGT ne sont pas si loins...
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FS a battu cette nuit un record : 1.97 GB, 22 M reads, pour... 3 reads segmentées
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=606&config=2
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(lien avec place sur le serveur, virer tout sauf les séquences qui ont un peu de k-mers VDJ)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1436Nomenclature : 5/3, L/R, Donnor/Acceptor ?2017-04-04T13:02:16+02:00Vidjil TeamNomenclature : 5/3, L/R, Donnor/Acceptor ?Question de Nikos à Marie-Paule + re-mentionné par Mikaël dans son talk
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@nobodyQuestion de Nikos à Marie-Paule + re-mentionné par Mikaël dans son talk
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1345Python 3 pour web2py / web3py2022-06-29T18:49:19+02:00Vidjil TeamPython 3 pour web2py / web3pyweb2py → non pour l'instant, et apparament il ne sont pas prêt de le faire
Il reste `fuse.py` et le reste → mais on en inclut aussi depuis le server, donc attention
Bref bof pour l'instant.
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web2py, toujours pas de nouvelles là-des...web2py → non pour l'instant, et apparament il ne sont pas prêt de le faire
Il reste `fuse.py` et le reste → mais on en inclut aussi depuis le server, donc attention
Bref bof pour l'instant.
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web2py, toujours pas de nouvelles là-dessus : https://groups.google.com/forum/#!topic/web2py/UKcWKU66qnA
(pour info, Algomus passe en python3, après 2 ans de tergiversations)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1325Est-ce que toutes les classes CSS sont utilisées ?2021-07-01T12:05:19+02:00Vidjil TeamEst-ce que toutes les classes CSS sont utilisées ?Y aurait-il une manière générique de vérifier quelles sont les classes CSS utilisées ou non ?
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https://www.npmjs.org/package/css-coverage ? ou alors https://stackoverflow.com/questions/8762498/tool-to-check-for-unused-css-styles-and-c...Y aurait-il une manière générique de vérifier quelles sont les classes CSS utilisées ou non ?
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https://www.npmjs.org/package/css-coverage ? ou alors https://stackoverflow.com/questions/8762498/tool-to-check-for-unused-css-styles-and-coverage ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1318CSS : uniformiser les parties à mettre en couleur2016-11-29T14:34:41+01:00Vidjil TeamCSS : uniformiser les parties à mettre en couleurMême au survol ce sont les classes graph_select et circle_select qui sont utilisées (cf. test watir)
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En fait oui elles sont bien utilisées. Au temps pour moi. En revanche il n'y a pas de list_focus. La couleur pour le focus de la lis...Même au survol ce sont les classes graph_select et circle_select qui sont utilisées (cf. test watir)
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En fait oui elles sont bien utilisées. Au temps pour moi. En revanche il n'y a pas de list_focus. La couleur pour le focus de la liste est gérée dans updateColor() de clone.js. Ça serait bien d'avoir un truc uniforme entre les différentes parties à mettre en couleur (graph, scatterplot et liste) (et avoir une classe CSS est plus facilement testable qu'un changement de couleur).
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1233Zéro warning à la compilation2020-06-19T20:44:01+02:00Vidjil TeamZéro warning à la compilationTu y es presque :)
J'imagine que le Level 2 demande ensuite un truc plus méchant que `-Wall`
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Il y a pas mal de warning sur des paramètres inutilisés, ce qui ne me choque pas vraiment. Par contre il y a des choses sur KmerSignals q...Tu y es presque :)
J'imagine que le Level 2 demande ensuite un truc plus méchant que `-Wall`
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Il y a pas mal de warning sur des paramètres inutilisés, ce qui ne me choque pas vraiment. Par contre il y a des choses sur KmerSignals qui ne me semble pas utilisé. On vire ?
Une idée d'options violentes : http://stackoverflow.com/a/401276
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b5820f2, ignorer localement -Wunused-parameter
2bf619e, make paranoid
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90e0102 : zéro warning chez moi
... mais pas avec make paranoid :)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1206dynprog: allouer S, B (et aussi gap1/2/linkgap) en une seule fois2018-06-13T10:29:57+02:00Vidjil Teamdynprog: allouer S, B (et aussi gap1/2/linkgap) en une seule foisFait (partiellement) pour B qui n'est pas alloué en une fois mais de manière linéaire au lieu de quadratique. Sur un jeu avec 30 FineSegmentation, on divise le temps par 5.
-> probablement 66277bef (2014)
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Super, c'est déjà très bie...Fait (partiellement) pour B qui n'est pas alloué en une fois mais de manière linéaire au lieu de quadratique. Sur un jeu avec 30 FineSegmentation, on divise le temps par 5.
-> probablement 66277bef (2014)
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Super, c'est déjà très bien comme cela.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1180vidjil.cpp : modulariser selon les différentes commandes2021-04-28T07:51:49+02:00Vidjil Teamvidjil.cpp : modulariser selon les différentes commandes
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@mikael-s
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1070Envoi d'un mail lorsque le job est terminé2023-03-02T08:41:01+01:00Vidjil TeamEnvoi d'un mail lorsque le job est terminéCe serait relativement faisable. Mais est-ce souhaitable ? L'interaction est habituellement plus rapide. On pourrait par exemple recevoir un mail lors des rares cas où cela dure plus de 10-15 minutes.
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@nobodyCe serait relativement faisable. Mais est-ce souhaitable ? L'interaction est habituellement plus rapide. On pourrait par exemple recevoir un mail lors des rares cas où cela dure plus de 10-15 minutes.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1041courbes visualisées en "stack plot"2020-12-11T12:56:36+01:00Vidjil Teamcourbes visualisées en "stack plot"linéaire, donc écrasé pour petits clones (c'est en particulier pour cela que le other par paquet pourrait être intéressant)
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@Duezlinéaire, donc écrasé pour petits clones (c'est en particulier pour cela que le other par paquet pourrait être intéressant)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1017model.js, select germline: warning si système pas connu2021-06-24T15:49:10+02:00Vidjil Teammodel.js, select germline: warning si système pas connuEt faut-il un endroit unique (c++/browser/fuse) où sont décrits les germlines (voir autres tâches "germline") ?
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@DuezEt faut-il un endroit unique (c++/browser/fuse) où sont décrits les germlines (voir autres tâches "germline") ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/965fuse.py, autres prog python: PEP82019-08-20T11:31:19+02:00Vidjil Teamfuse.py, autres prog python: PEP8