vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-12-11T13:15:15+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1591server/apache2_install.sh2020-12-11T13:15:15+01:00Vidjil Teamserver/apache2_install.shContrairement à server/ngnix_install.sh, server/apache2_install.sh n'a pas été mis a jour depuis très longtemps. Est-ce encore fonctionnel ? Garder ou supprimer ?
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@nobodyContrairement à server/ngnix_install.sh, server/apache2_install.sh n'a pas été mis a jour depuis très longtemps. Est-ce encore fonctionnel ? Garder ou supprimer ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1496Valgrind: avoir la raison d'un build loupé dans le mail2020-12-11T13:06:01+01:00Vidjil TeamValgrind: avoir la raison d'un build loupé dans le mailC'est à eux qu'il faut demander : https://wiki.jenkins-ci.org/display/JENKINS/Valgrind+Plugin
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@mikael-sC'est à eux qu'il faut demander : https://wiki.jenkins-ci.org/display/JENKINS/Valgrind+Plugin
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1260lancement régulier ?2020-12-11T13:04:03+01:00Vidjil Teamlancement régulier ?
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#1257
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#1257https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1257compare-last-results : être plus fin, lancement régulier2020-12-11T13:03:49+01:00Vidjil Teamcompare-last-results : être plus fin, lancement régulier
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#1258, #1259, #1260
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@magiraud
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#1258, #1259, #1260
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1174samples/edit file : voir si un fichier est déjà là2020-12-11T12:58:47+01:00Vidjil Teamsamples/edit file : voir si un fichier est déjà là
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1161Message d'erreur si "import analysis" ne fonctionne pas2020-12-11T12:58:17+01:00Vidjil TeamMessage d'erreur si "import analysis" ne fonctionne pas
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1159Vérifier les droits lors de l'upload du fichier2020-12-11T12:57:51+01:00Vidjil TeamVérifier les droits lors de l'upload du fichierSi on n'a pas les droits sur le répertoire, le fichier apparaît quand même dans la liste, alors qu'il ne devrait pas. Et on devrait avoir un message d'erreur indiquant l'impossibilité de l'upload.
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Mikaël, de quels droits parles-tu ? ...Si on n'a pas les droits sur le répertoire, le fichier apparaît quand même dans la liste, alors qu'il ne devrait pas. Et on devrait avoir un message d'erreur indiquant l'impossibilité de l'upload.
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Mikaël, de quels droits parles-tu ? sur fichier, sur patient ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1158Message d'erreur si chargement .data ne marche pas2020-12-11T12:57:30+01:00Vidjil TeamMessage d'erreur si chargement .data ne marche pasFilip : "I've tried to import my vidjil.data file to the new version of browser but
it seems to be broken. It doesn't import any data when I click on start
button."
Peut-être qu'il n'a pas la bonne version du .data, mais un message d'er...Filip : "I've tried to import my vidjil.data file to the new version of browser but
it seems to be broken. It doesn't import any data when I click on start
button."
Peut-être qu'il n'a pas la bonne version du .data, mais un message d'erreur serait le bienvenu :-) Un catchall de toutes les exceptions qui peuvent arriver à ce niveau ?
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Peut-être que cela marche avec le bug corrigé aujourd'hui dans 7b4029582
Vérifier que le truc est bien bétonné.
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Il y a un cas rigolo où cela ne marche toujours pas, si on met un fichier analysis à la place de data, hihihi.
Evidemment, on peut faire des tests en plus, mais il y aura toujours le cas où un fichier malformé pourra faire bugguer une partie. Bref, un catch de toutes les exceptions me semble une bonne solution, au moins pour indiquer "Parse failed."
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J'insiste, c'est primordial, surtout quand on est en train de changer le format .data...
-> un catch de toutes les exceptions me semble une bonne solution, au moins pour indiquer "Parse failed."
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y compris "see result TRG"
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descendu, on n'a plus eu de problème récemment
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1060Tags dans le .clntab pour les clones virtuels ou les clones à forcer2020-12-11T12:56:51+01:00Vidjil TeamTags dans le .clntab pour les clones virtuels ou les clones à forcer
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1041courbes visualisées en "stack plot"2020-12-11T12:56:36+01:00Vidjil Teamcourbes visualisées en "stack plot"linéaire, donc écrasé pour petits clones (c'est en particulier pour cela que le other par paquet pourrait être intéressant)
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@Duezlinéaire, donc écrasé pour petits clones (c'est en particulier pour cela que le other par paquet pourrait être intéressant)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/982revoir download controller2020-12-11T12:54:29+01:00Vidjil Teamrevoir download controllerséparer les controller pour download .data . analysis
mettre la sécurité a la déclaration du model db.py et non dans le controller
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@Duezséparer les controller pour download .data . analysis
mettre la sécurité a la déclaration du model db.py et non dans le controller
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1016Légende des points si trop de points2020-12-11T12:53:39+01:00Vidjil TeamLégende des points si trop de points*-go enlevé, Je ne suis pas sûr que le biais soit une bonne idée.
Retirer une légende sur deux ? Décaler en y une légende sur deux ?
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@Duez*-go enlevé, Je ne suis pas sûr que le biais soit une bonne idée.
Retirer une légende sur deux ? Décaler en y une légende sur deux ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4589My Account/Usage : remplacer "Group user_XX" par quelque chose comme "Persona...2020-12-10T09:20:16+01:00Mathieu GiraudMy Account/Usage : remplacer "Group user_XX" par quelque chose comme "Personal group user_XX"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4590My Account/Usage : enlever le 's' quand il n'y a qu'un seul patient/run/set2020-12-10T09:20:01+01:00Mathieu GiraudMy Account/Usage : enlever le 's' quand il n'y a qu'un seul patient/run/sethttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4604Test germline de dev : les remettre dans les schedules en allow_failure ?2020-12-09T15:13:43+01:00Mathieu GiraudTest germline de dev : les remettre dans les schedules en allow_failure ?Vu par @duez : job [#886520](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886520) failed for 67f76cb479c12f8ace678ed0bd257127cc60749b
C'est le même test que dans !839. C'est normal que ces tests échouent quand on a une mise à jour en in...Vu par @duez : job [#886520](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886520) failed for 67f76cb479c12f8ace678ed0bd257127cc60749b
C'est le même test que dans !839. C'est normal que ces tests échouent quand on a une mise à jour en instance.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4180Nouvelle vue dessinant les chromosomes et les locus2020-12-04T14:19:03+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue dessinant les chromosomes et les locusÉvoqué avec @mikael-s et @duez
Probablement mauvaise idée ~"wont-fix": avoir une vue où serait dessinés les locus sur les chromosome, type figures des publis Biomed 2, pour mieux réaliser d'un coup d'oeil sur quels chromosomes/locus se ...Évoqué avec @mikael-s et @duez
Probablement mauvaise idée ~"wont-fix": avoir une vue où serait dessinés les locus sur les chromosome, type figures des publis Biomed 2, pour mieux réaliser d'un coup d'oeil sur quels chromosomes/locus se sont passés les recombinaisons.
(En utilisant les dessins qui auraient du être fait il y a quelques temps par un graphiste ?)
Mais comment représenter les recombinaisons ? Des points/bars à des positions ?
#3192 (et #1887) sont probablement plus réalisables.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4359URL: problème si l'on recharge une page en local2020-12-02T20:07:45+01:00Thonier FlorianURL: problème si l'on recharge une page en localEn lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il...En lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il m'est arrivé de me voir bloquer par la gestion des URLs.
Les url finissent parfois par un `?` et je me retrouve avec une erreur 404.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4432URL: chaîne de réécriture visible2020-12-02T20:07:40+01:00Mathieu GiraudURL: chaîne de réécriture visible
http://app.vidjil.org/25736-25
nginx répond de suite, mais, le temps que tout soit chargé, il faut 5 à 20 secondes avant que la réécriture ne se refasse
http://app.vidjil.org/25736-25
nginx répond de suite, mais, le temps que tout soit chargé, il faut 5 à 20 secondes avant que la réécriture ne se refassemarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1097Ne pas afficher result tant qu'un fichier n'a pas fini de "runner"2020-11-13T19:54:19+01:00Vidjil TeamNe pas afficher result tant qu'un fichier n'a pas fini de "runner"
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4546vidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clones2020-11-02T09:48:05+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clonesActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothoniActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothoni