vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-02-01T19:15:11+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1338noms des fichiers .data et .analysis exportés2017-02-01T19:15:11+01:00Vidjil Teamnoms des fichiers .data et .analysis exportés
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#1332
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#1332https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1337nom du fichier .csv2017-02-01T19:15:05+01:00Vidjil Teamnom du fichier .csv
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#1332
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#1332https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1336(et le backdoor du search, mais ok)2017-02-01T19:14:23+01:00Vidjil Team(et le backdoor du search, mais ok)
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#1332
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#1332https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1335export pdf2017-02-01T19:14:13+01:00Vidjil Teamexport pdf
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#1332
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#1332https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1334page des fichiers fasta d'un patient2017-02-01T19:15:02+01:00Vidjil Teampage des fichiers fasta d'un patient
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#1332
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#1332https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1333nom du patient transféré dans le .analysis (et affiché dans le info)2017-02-01T19:14:58+01:00Vidjil Teamnom du patient transféré dans le .analysis (et affiché dans le info)
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#1332
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#1332https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1332Anonymisation : il reste quelques endroits en clair2020-05-26T12:14:23+02:00Vidjil TeamAnonymisation : il reste quelques endroits en clairinfo.html: 0f8cad8
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bien
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#1333, #1334, #1335, #1336, #1337, #1338, #1339
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@Duezinfo.html: 0f8cad8
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bien
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#1333, #1334, #1335, #1336, #1337, #1338, #1339
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1326Stats sur clones sélectionnés : position2022-06-20T10:11:13+02:00Vidjil TeamStats sur clones sélectionnés : positionRéfléchir si la position est optimale. (Les autres quantités sont à gauche, pas à droite).
De plus, quand on est en :hover sur un clone, faut-il changer ou non le comportement des stats ?
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@nobodyRéfléchir si la position est optimale. (Les autres quantités sont à gauche, pas à droite).
De plus, quand on est en :hover sur un clone, faut-il changer ou non le comportement des stats ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1320Tooltip sur 'e', 'X' et autres éléments2021-11-23T15:32:55+01:00Vidjil TeamTooltip sur 'e', 'X' et autres élémentsà voir quand on aura déjà mis les icônes, ce sera plus générique
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@nobodyà voir quand on aura déjà mis les icônes, ce sera plus générique
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1313admin: dans la table "user list", voir quelques détails2016-11-29T14:34:37+01:00Vidjil Teamadmin: dans la table "user list", voir quelques détailsOn commence à avoir bcp d'utilisateurs. On pourrait voir dans la table :
- combien de fichiers ils ont uploadé (et taille totale)
- leurs droits
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- leurs groupes
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fait depuis longtemps :)
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@DuezOn commence à avoir bcp d'utilisateurs. On pourrait voir dans la table :
- combien de fichiers ils ont uploadé (et taille totale)
- leurs droits
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- leurs groupes
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fait depuis longtemps :)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1300Petits clones qui frétillent2016-11-29T14:34:26+01:00Vidjil TeamPetits clones qui frétillentDepuis la dernière modif du moteur physique, si on met bcp de clones, les petits clones autour du gros ont tendance à frétiller. Voir particulièrement sur Demo L3 en multi.
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Mvoui, pas si gênant, ou cela a diminué
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Non observé depu...Depuis la dernière modif du moteur physique, si on met bcp de clones, les petits clones autour du gros ont tendance à frétiller. Voir particulièrement sur Demo L3 en multi.
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Mvoui, pas si gênant, ou cela a diminué
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Non observé depuis longtemps
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1273Raisons de non-segmentation : remettre à plat, documenter ?2019-11-21T12:10:16+01:00Vidjil TeamRaisons de non-segmentation : remettre à plat, documenter ?Les commits jusqu'à 41b4f07 peuvent nous faire demander si les raisons de non-segmentation sont bien rangées.
En particulier STRAND par rapport à AMBIGUOUS.
On pourra faire cela pour heuristique 1.9 ou 2.0.
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Un read uniquement avec d...Les commits jusqu'à 41b4f07 peuvent nous faire demander si les raisons de non-segmentation sont bien rangées.
En particulier STRAND par rapport à AMBIGUOUS.
On pourra faire cela pour heuristique 1.9 ou 2.0.
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Un read uniquement avec des J est classifié parfois en tant que #UNSEG ambiguous, ce qui n'est pas vraiment attendu, parfois en tant que too few V.
Exemple :
#UNSEG ambiguous
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J _
Mais aussi :
#UNSEG too few V
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+J+J+J
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Ce n'est pas trop flou, c'est clairement un bug. Peut-être lié avec l'autre potentiel de ce matin :)
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>TRDD2*01-TRDJ1*01
CCTTCCTACACACCGATAAACTCATCTTTGGAAAAGGAACCCGTGTGACTGTGGAACCAA
#UNSEG ambiguous
_ _ _ _ _ _ _ _ _+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J
>TRDV3*01-TRDD3*01
ATCTCTCCAGTAAGGACTGAAGACAGTGCCACTTACTACTGTGCCTTTAGACTGGGGGATACG
#UNSEG ambiguous
+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
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En fait c'est bien à cause de 41b4f07105.
Si on détecte 10 k-mers, passe en AMBIGUOUS. Ce n'est pas très informatif, et surtout ce n'est pas souhaité si on fait derrière des réarrangements incomplets.
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a8df78e, on n'aura plus ce bug.
Mais il faudra toujours remettre un jour les raisons de non-segmentation à plat, strand / detect.
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Beaucoup mieux depuis 1f1f16e.
Mais une remise à plat serait toujours la bienvenue.
Autant faire cela après germlines.data et Aho-Corasick...
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Et documenter cela.
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Fait depuis 2015-05 et 2015-06
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1264Réuploader un fichier garde le nom d'origine2017-01-05T10:06:49+01:00Vidjil TeamRéuploader un fichier garde le nom d'origineLorsqu'on réuploade un fichier pour remplacer un mauvais fichier par le bon, le nom n'est pas modifié. Ça se discute, mais est-ce réellement souhaitable : j'uploade un fichier toto.fastq mais je conserve le nom tata.fastq, qui était le n...Lorsqu'on réuploade un fichier pour remplacer un mauvais fichier par le bon, le nom n'est pas modifié. Ça se discute, mais est-ce réellement souhaitable : j'uploade un fichier toto.fastq mais je conserve le nom tata.fastq, qui était le nom du fichier uploadé à l'origine. Cela peut être déroutant.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1260lancement régulier ?2020-12-11T13:04:03+01:00Vidjil Teamlancement régulier ?
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#1257
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#1257https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1259warnings par mail si cela baisse ?2018-11-20T12:11:10+01:00Vidjil Teamwarnings par mail si cela baisse ?
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#1257
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#1257https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1258accepter si on segmente des reads en plus2018-11-20T12:11:16+01:00Vidjil Teamaccepter si on segmente des reads en plus
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#1257
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#1257https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1257compare-last-results : être plus fin, lancement régulier2020-12-11T13:03:49+01:00Vidjil Teamcompare-last-results : être plus fin, lancement régulier
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#1258, #1259, #1260
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@magiraud
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#1258, #1259, #1260
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1174samples/edit file : voir si un fichier est déjà là2020-12-11T12:58:47+01:00Vidjil Teamsamples/edit file : voir si un fichier est déjà là
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1167Clones sans representative ?2016-11-29T14:32:40+01:00Vidjil TeamClones sans representative ?Dans vidjil.cpp, il y a du code pour gérer le cas où un clone n'a pas de representative.
Est-ce que cela arrive vraiment ? Est-ce que dans le pire des cas, la representative ne devrait pas être la window ?
Faire aussi un .should_get ou u...Dans vidjil.cpp, il y a du code pour gérer le cas où un clone n'a pas de representative.
Est-ce que cela arrive vraiment ? Est-ce que dans le pire des cas, la representative ne devrait pas être la window ?
Faire aussi un .should_get ou un test sur un cas limite.
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d54bc1e oui la représentative sort au moins la window
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14b16e9 : qui eut cru que -r 2000 ne fonctionnait pas ?
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f2450b0
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1161Message d'erreur si "import analysis" ne fonctionne pas2020-12-11T12:58:17+01:00Vidjil TeamMessage d'erreur si "import analysis" ne fonctionne pas
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@Duez
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@Duez