vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-03-31T15:24:00+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4740"Unknown" tant qu'on n'a pas envoyé sur IMGT ?2021-03-31T15:24:00+02:00Mathieu Giraud"Unknown" tant qu'on n'a pas envoyé sur IMGT ?The following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_498331): (+1 comment)
> C'est voulu le point (et la zone verte #4737) l...The following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_498331): (+1 comment)
> C'est voulu le point (et la zone verte #4737) lorsqu'on n'a pas les informations d'IMGT sur la productivité et le % d'identité ? Quand on a passe la souris au dessus du point on a un popup nous affichant « unknown ».
>
> ![aligner](/uploads/855c08725c89447119f426ea398f0758/aligner.png)
Mais bon, que mettre d'autre ? Rien au lieu de "unknown" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4729Ouvrir le fichier de reads avant d'ouvrir les germlines2021-03-22T09:24:59+01:00Mathieu GiraudOuvrir le fichier de reads avant d'ouvrir les germlinesL'erreur `opening file` quand on donne un fichier de reads inexistant ne se voit que quelques secondes après le lancement de vidjil-algo. Le fichier pourrait être ouvert (même sans rien lire) avant cela.L'erreur `opening file` quand on donne un fichier de reads inexistant ne se voit que quelques secondes après le lancement de vidjil-algo. Le fichier pourrait être ouvert (même sans rien lire) avant cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4706--gz, windows.fa.gz, et valgrind2021-04-19T20:20:03+02:00Mathieu Giraud--gz, windows.fa.gz, et valgrindDepuis [!917](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/917#note_471397):
> `valgrind-functionnal` loupe sur un [gzip-out.should](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/985760#L675). Problablement un `delete` oublié,...Depuis [!917](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/917#note_471397):
> `valgrind-functionnal` loupe sur un [gzip-out.should](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/985760#L675). Problablement un `delete` oublié, mais je pensais avoir fait attention... mais où est-il ? Je ne le vois pas.
>
> ```
> cd should-get-tests ; valgrind -v --tool=memcheck --leak-check=full --show-reachable=yes --trace-children=yes --error-exitcode=1 ../../..//vidjil-algo --clean-memory -g ../../..//germline/homo-sapiens.g:TRG --gz ../data//clones_simul.fa
> ```
>
> Et... chez moi, cela passe, pourquoi ? Sur `kapla` (`/home/gitlab-runner/builds/ziJxcFPn/0/vidjil/vidjil/algo/tests`), on retrouve bien l'erreur, mais je n'arrive pas à avoir les symboles, même avec un `make -C ../.. DEBUG="-ggdb -fno-omit-frame-pointer"` (essayé aussi d'autres combinaisons de flags sans succès).
Voir aussi la suite de la discussion.
Reverter 986899bbe et comprendre ce qu'il se passe.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4699vidjil-algo: pouvoir prendre des séquences en ligne de commande2021-02-15T14:24:17+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: pouvoir prendre des séquences en ligne de commandeDepuis !887, il est agréable de pouvoir faire
`echo ">seq\ngggtcttactactgtgcctgtgacaccacaccgataaactcatctttggaaaaggaacccg" | ./vidjil-algo --all -g germline -`
Va-t-on plus loin avec une option type `--seq` pour prendre directement des...Depuis !887, il est agréable de pouvoir faire
`echo ">seq\ngggtcttactactgtgcctgtgacaccacaccgataaactcatctttggaaaaggaacccg" | ./vidjil-algo --all -g germline -`
Va-t-on plus loin avec une option type `--seq` pour prendre directement des séquences ? (peut-être même sans header fasta ?)
Cela pourrait faciliter le débuggage / valgrind quand nécessaire, mais c'est vraiment ~"priority-1-low".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4697Mieux afficher les ratios très faibles2021-02-12T18:30:41+01:00Mathieu GiraudMieux afficher les ratios très faibles- ~cpp : `0.000644% of 126748894 reads`
- ~client, zone info: `0.00%` en rouge (pas très informatif)
Alors que dans le ~client, on affiche mieux les faibles pourcentages dans ~"client-cloneList" ?- ~cpp : `0.000644% of 126748894 reads`
- ~client, zone info: `0.00%` en rouge (pas très informatif)
Alors que dans le ~client, on affiche mieux les faibles pourcentages dans ~"client-cloneList" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4696--filter-reads : renommer "detected.fa"2021-03-26T05:26:28+01:00Mathieu Giraud--filter-reads : renommer "detected.fa"!906 : "filtered.fa" serait plus juste ici.
Voir aussi #4692.!906 : "filtered.fa" serait plus juste ici.
Voir aussi #4692.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4664Avoir un outil pour manipuler/comparer les .affects2023-12-15T09:47:01+01:00Mathieu GiraudAvoir un outil pour manipuler/comparer les .affects
- stats sur les `.affects`
- diff entre deux `.affects` sur un read voire sur un ensemble de reads
- stats sur les `.affects`
- diff entre deux `.affects` sur un read voire sur un ensemble de readshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4653vidjil-algo : prendre plusieurs fichiers ?2021-01-21T08:27:12+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo : prendre plusieurs fichiers ?J'ai deux fichiers (indépendants ?) à analyser. Est-ce que cela ferait sens que vidjil-algo accepte d'un coup plusieurs fichiers ?
Mais...
- est-ce que ce serait juste une "concaténation" (~"!-easy") ? Bref cela éviterait juste d'avoi...J'ai deux fichiers (indépendants ?) à analyser. Est-ce que cela ferait sens que vidjil-algo accepte d'un coup plusieurs fichiers ?
Mais...
- est-ce que ce serait juste une "concaténation" (~"!-easy") ? Bref cela éviterait juste d'avoir à faire une concaténation
- ou sinon, si c'est un lancement indépendant sur chaque fichier, attention, problèmes avec le multiplieur de ~"bio-e-value" et même la présentation des résultats... non, si on veut des lancements indépendants, autant lancer deux fois
Cas d'usage:
- on a des R1/R2 non mergeables, ou bien R1/R2/R3..., ou bien déjà partiellemnent mergés, ou bien des barcodes différents... et on veut juste "lancer sur tout" (clairement les fichiers ne sont pas indépendants, mais bon, en les concaténant et en prenant un gros multiplieur justement on ne fait pas de bêtises)
- plein de petits fichiers fasta à analyser à un endroit (et là encore, moins de bêtises à lancer une fois avec un gros multiplieur que de lancer 100 fois vidjil-algo...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4624Séquences avec du V-INTRON ou avant2021-01-05T10:53:04+01:00Mathieu GiraudSéquences avec du V-INTRON ou avantDiscussion ensemble à partir de #4621, @mikael-s et @flothoni : a-t-on déjà V-INTRON ?
- http://www.imgt.org/download/LIGM-DB/ftable_doc.html (on n'a que les V-REGION)
- https://mixcr.readthedocs.io/en/master/geneFeatures.html#v-gene-st...Discussion ensemble à partir de #4621, @mikael-s et @flothoni : a-t-on déjà V-INTRON ?
- http://www.imgt.org/download/LIGM-DB/ftable_doc.html (on n'a que les V-REGION)
- https://mixcr.readthedocs.io/en/master/geneFeatures.html#v-gene-structure
- Voir aussi http://www.imgt.org/FAQ/#question57 IGKV1-39*02
Avoir pour certains cas des ~"bio-germlines" plus grandes, avec up ?
Problèmes pouvant arriver:
- génomique, calcul productivité ?
- ARN (sans le V-INTRON), bon alignement ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4623Enlever lessc de js/lib/info.txt ?2021-01-04T09:53:46+01:00Mathieu GiraudEnlever lessc de js/lib/info.txt ?
```
less : dynamic stylesheet
* @version less-1.5.0
* @author Alexis Sellier
* @link <self@cloudhead.net> / http://lesscss.org/
* @license apache v2
```
Voir ...
```
less : dynamic stylesheet
* @version less-1.5.0
* @author Alexis Sellier
* @link <self@cloudhead.net> / http://lesscss.org/
* @license apache v2
```
Voir b795ea59f3a (et 9a8c272d). Mais `lessc` est désormais en version 4.0, et il me semble que nulle part on embarque son code: aucune occurrence de `lessc` dans tout notre code excepté dans `/browser/css/Makefile`. Peut-on donc enlever cette référence dans `info.txt` ?
Mais alors... d'où l'installe-t-on, en particulier pour ~"server-docker" ? Ce serait déjà inclus dans l'image `nginx` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4610MyAccount / Usage pour admin2021-02-09T16:10:50+01:00Mathieu GiraudMyAccount / Usage pour adminÀ un moment, Ryan nous avait montré une page "Usage" qui, pour les admins, montrait tout les groupes. Je ne me souviens même plus si on avait demandé de l'enlever, c'est possible.
De mon côté sur app quand je suis loggué en admin je ne...À un moment, Ryan nous avait montré une page "Usage" qui, pour les admins, montrait tout les groupes. Je ne me souviens même plus si on avait demandé de l'enlever, c'est possible.
De mon côté sur app quand je suis loggué en admin je ne vois que "mes" infos, et je dois faire un impersonate pour accéder aux stats.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4604Test germline de dev : les remettre dans les schedules en allow_failure ?2020-12-09T15:13:43+01:00Mathieu GiraudTest germline de dev : les remettre dans les schedules en allow_failure ?Vu par @duez : job [#886520](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886520) failed for 67f76cb479c12f8ace678ed0bd257127cc60749b
C'est le même test que dans !839. C'est normal que ces tests échouent quand on a une mise à jour en in...Vu par @duez : job [#886520](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886520) failed for 67f76cb479c12f8ace678ed0bd257127cc60749b
C'est le même test que dans !839. C'est normal que ces tests échouent quand on a une mise à jour en instance.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4590My Account/Usage : enlever le 's' quand il n'y a qu'un seul patient/run/set2020-12-10T09:20:01+01:00Mathieu GiraudMy Account/Usage : enlever le 's' quand il n'y a qu'un seul patient/run/sethttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4589My Account/Usage : remplacer "Group user_XX" par quelque chose comme "Persona...2020-12-10T09:20:16+01:00Mathieu GiraudMy Account/Usage : remplacer "Group user_XX" par quelque chose comme "Personal group user_XX"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4559Simplifier voir limiter/interdire la requête SampleSet pour les admins ?2021-02-09T16:11:39+01:00Mathieu GiraudSimplifier voir limiter/interdire la requête SampleSet pour les admins ?Ne bloque pas !832.
Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/832#note_405028 :
> en tant qu'admin : 11s (\~1,4s sur app actuellement)
Comme en tant qu'admin on arrive souvent sur cette page, ne pourrait-on pas avo...Ne bloque pas !832.
Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/832#note_405028 :
> en tant qu'admin : 11s (\~1,4s sur app actuellement)
Comme en tant qu'admin on arrive souvent sur cette page, ne pourrait-on pas avoir une requête simplifiée pour les admins... voire pas de requête du tout ?
Ou... faire avec !837 que "My Account" soit la page par défaut (à voir combien de temps met la requête...)
Si un admin veut vraiment aller voir des données, il peut faire un impersonnate ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4546vidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clones2020-11-02T09:48:05+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clonesActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothoniActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4537Compare samples : mettre en avant les process les plus récents ?2020-10-21T09:39:47+02:00Mathieu GiraudCompare samples : mettre en avant les process les plus récents ?
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de ...
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de retrouver
- Ou afficher différement ? Par exemple griser les process qui ne sont pas les plus récents ?
C'est certes un cas très particulier (on le relance souvent L3), peut-être ~"priority-1-low".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4518vmi et raccourcis claviers2020-10-13T18:43:39+02:00Mathieu Giraudvmi et raccourcis claviers
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4517visu3/sp2 et raccourcis claviers2020-10-13T18:43:40+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 et raccourcis claviersÀ propos de #4513, mais ~"priority-1-low"
Les raccourcis claviers n'affectent pas visu3/sp2.
- Pourquoi pas, enlever alors les `[x]` devant les presets ?
- Ou bien avoir un raccourci type Alt + 3 ?À propos de #4513, mais ~"priority-1-low"
Les raccourcis claviers n'affectent pas visu3/sp2.
- Pourquoi pas, enlever alors les `[x]` devant les presets ?
- Ou bien avoir un raccourci type Alt + 3 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4507À la création d'un serveur, demander deux fois le mot de passe admin2020-10-06T09:24:48+02:00Mathieu GiraudÀ la création d'un serveur, demander deux fois le mot de passe adminSinon on peut se tromper et ensuite avoir à relancer un serveur ;)
cc @duezSinon on peut se tromper et ensuite avoir à relancer un serveur ;)
cc @duez