vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-13T10:13:13+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4733L'interface admin ne permet plus de partager des sets à d'autres groupes2021-04-13T10:13:13+02:00Mathieu GiraudL'interface admin ne permet plus de partager des sets à d'autres groupes@duez : "maintenant les permissions sont sur les sets, pas sur les patients" (cela fait probablement au moins 1 an !)
Marc voit comment changer cela.@duez : "maintenant les permissions sont sur les sets, pas sur les patients" (cela fait probablement au moins 1 an !)
Marc voit comment changer cela.Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4760Germlines custom -V / -J et findCDR3()2021-04-15T12:49:44+02:00Mathieu GiraudGermlines custom -V / -J et findCDR3()
Dans `germline.cpp`, pour ce qui vient d'un `.g`:
```
bool regular = (code.find("+") == string::npos);
rep_5 = BioReader(2, "|", regular ? CYS104_IN_GAPPED_V : 0) ;
rep_4 = BioReader(2, "|") ;
rep_3 = BioReader(2, "|", regular...
Dans `germline.cpp`, pour ce qui vient d'un `.g`:
```
bool regular = (code.find("+") == string::npos);
rep_5 = BioReader(2, "|", regular ? CYS104_IN_GAPPED_V : 0) ;
rep_4 = BioReader(2, "|") ;
rep_3 = BioReader(2, "|", regular ? PHE118_TRP118_IN_GAPPED_J : 0) ;
```
(mais nous n'avons pas cela pour une des méthodes).
En tout cas, le `code` vau `custom` et ne permet pas de différencier si on cherche ou pas des CDR3. À vérifier, il n'est pas impossible que l'on cherche toujours ou jamais des CDR3 (avec `-3`), indépendamment du fait que la germline le permette ou pas.
Mais bon, on ne peut pas y faire grand chose...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4706--gz, windows.fa.gz, et valgrind2021-04-19T20:20:03+02:00Mathieu Giraud--gz, windows.fa.gz, et valgrindDepuis [!917](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/917#note_471397):
> `valgrind-functionnal` loupe sur un [gzip-out.should](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/985760#L675). Problablement un `delete` oublié,...Depuis [!917](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/917#note_471397):
> `valgrind-functionnal` loupe sur un [gzip-out.should](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/985760#L675). Problablement un `delete` oublié, mais je pensais avoir fait attention... mais où est-il ? Je ne le vois pas.
>
> ```
> cd should-get-tests ; valgrind -v --tool=memcheck --leak-check=full --show-reachable=yes --trace-children=yes --error-exitcode=1 ../../..//vidjil-algo --clean-memory -g ../../..//germline/homo-sapiens.g:TRG --gz ../data//clones_simul.fa
> ```
>
> Et... chez moi, cela passe, pourquoi ? Sur `kapla` (`/home/gitlab-runner/builds/ziJxcFPn/0/vidjil/vidjil/algo/tests`), on retrouve bien l'erreur, mais je n'arrive pas à avoir les symboles, même avec un `make -C ../.. DEBUG="-ggdb -fno-omit-frame-pointer"` (essayé aussi d'autres combinaisons de flags sans succès).
Voir aussi la suite de la discussion.
Reverter 986899bbe et comprendre ce qu'il se passe.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1180vidjil.cpp : modulariser selon les différentes commandes2021-04-28T07:51:49+02:00Vidjil Teamvidjil.cpp : modulariser selon les différentes commandes
***
@mikael-s
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4777Rationaliser les appels à build_from_json2021-04-28T12:10:42+02:00Mathieu GiraudRationaliser les appels à build_from_jsonVu à l'occasion de #4775: il y a deux fois `multigermline->build_from_json()` très semblables (dans les cas standard, le deuxième lance `homo-sapiens/homo-sapiens.g` et ne mène à rien).
Suite de #3293 ?Vu à l'occasion de #4775: il y a deux fois `multigermline->build_from_json()` très semblables (dans les cas standard, le deuxième lance `homo-sapiens/homo-sapiens.g` et ne mène à rien).
Suite de #3293 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4757axes: avoir plus de place (responsive ?) pour les légendes longues2021-06-11T14:47:03+02:00Mathieu Giraudaxes: avoir plus de place (responsive ?) pour les légendes longuesSuite à !940
![ax](/uploads/acbffa2ca7be0fd02f1916c835270355/ax.jpg)Suite à !940
![ax](/uploads/acbffa2ca7be0fd02f1916c835270355/ax.jpg)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1017model.js, select germline: warning si système pas connu2021-06-24T15:49:10+02:00Vidjil Teammodel.js, select germline: warning si système pas connuEt faut-il un endroit unique (c++/browser/fuse) où sont décrits les germlines (voir autres tâches "germline") ?
***
@DuezEt faut-il un endroit unique (c++/browser/fuse) où sont décrits les germlines (voir autres tâches "germline") ?
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1325Est-ce que toutes les classes CSS sont utilisées ?2021-07-01T12:05:19+02:00Vidjil TeamEst-ce que toutes les classes CSS sont utilisées ?Y aurait-il une manière générique de vérifier quelles sont les classes CSS utilisées ou non ?
***
https://www.npmjs.org/package/css-coverage ? ou alors https://stackoverflow.com/questions/8762498/tool-to-check-for-unused-css-styles-and-c...Y aurait-il une manière générique de vérifier quelles sont les classes CSS utilisées ou non ?
***
https://www.npmjs.org/package/css-coverage ? ou alors https://stackoverflow.com/questions/8762498/tool-to-check-for-unused-css-styles-and-coverage ?
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4806Les icones +/- reste même après la suppression de tous les clones d'un cluster2021-07-01T12:17:40+02:00Thonier FlorianLes icones +/- reste même après la suppression de tous les clones d'un clusterhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1328Que devrait indiquer le menu "analysis" tout comme les #visu.axis_select pour...2021-07-09T18:28:38+02:00Vidjil TeamQue devrait indiquer le menu "analysis" tout comme les #visu.axis_select pour des systèmes bizarres ?Quand on sélectionne TRD+, cela peut faire bizarre de voir les menus & co raconter "gene V" / "gene J". On pourrait avoir "gene V+D2" et "gene J+D3". En fait cela dépend des données : s'il y a beaucoup de V (plus le D2) cela passe, sinon...Quand on sélectionne TRD+, cela peut faire bizarre de voir les menus & co raconter "gene V" / "gene J". On pourrait avoir "gene V+D2" et "gene J+D3". En fait cela dépend des données : s'il y a beaucoup de V (plus le D2) cela passe, sinon cela fait bizarre.
Mais je ne vois pas de bonne solution, cela dépend de chaque germline bizzare (et afficher "5'" ne serait pas clair pour tout le monde). Bref, proposition : ne rien changer pour l'instant...
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1156css: noms plus explicites que db.column_12021-07-12T18:00:30+02:00Vidjil Teamcss: noms plus explicites que db.column_1
***
@nobody
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4822URL et sliders du sp12021-08-10T16:54:52+02:00Mathieu GiraudURL et sliders du sp1https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1721Sauvegarde du tri de la liste des patients2021-08-26T14:02:05+02:00Vidjil TeamSauvegarde du tri de la liste des patients
***
@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraud
***
@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1680Export fasta: afficher d'une certaine manière les bases enlevées sur la germline2021-08-27T11:06:14+02:00Vidjil TeamExport fasta: afficher d'une certaine manière les bases enlevées sur la germlinepar exemple, si /-4 KDE :
>KDE...
ggagCCCTACAAGT
Minuscules : simple. (mais pb convention ?)
Couleur, parenthèses, italique ? peu .fa - compatible
Remarque de Tatiana : que faire si plusieurs séquences ? Afficher les V/J plusieurs foi...par exemple, si /-4 KDE :
>KDE...
ggagCCCTACAAGT
Minuscules : simple. (mais pb convention ?)
Couleur, parenthèses, italique ? peu .fa - compatible
Remarque de Tatiana : que faire si plusieurs séquences ? Afficher les V/J plusieurs fois ? Faire une option ?
à réfléchir avant de s'y lancer
***
On aurait aussi pu faire un équivalent de junction analyser:
atcgatcgatcgtagcatcatc
atcgAtcaAAA
TATTatcatc
... mais non, il faut résister à l'envie, le but est que le segmenter avec l'affichage des germline fasse cela.
Bref, on se limite pour cette tâche à un truc simple, qui garde la compatibilité avec un .fa
***
Discuté aussi vendredi dernier.
On pourrait aller vers deux exports :
1) Un export fasta brut, comme actuellement (avec en particulier les V/D/J à la fin, groupés). Utilisation bioinfo derrière.
2) Un export avec alignement du read contre germline V/D/J, avec espaces / tiret, et majuscules/minuscules dans les germlines V/D/J pour mutations. Éventuellement avec des infos de score, e-value... Et même avec couleurs (on se rapproche du rapport...), mais en restant basé texte pour copie facile.
Le 2) est très tentant, mais fera peut-être doublon avec le segmenter ? Pas si sûr, et ce serait très agréable d'avoir cela pour nous aider à faire les .should-vdj et discuter ensemble de segmentation. D'ailleurs, même une fois que le segmenter fera ce qu'on veut, une fonctionnaité d'export du segmenter sera la bienvenue !
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2059Légende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axe2021-09-15T19:19:47+02:00Mathieu GiraudLégende générique : Filtrer / sélectionner / afficher les clones suivant un axeMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagsMotivation venant de #2054 : on aimerait faire un toggle générique sur tout axe (#1471), de la même manière qu'on peut filtrer/afficher les tagshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4847Un preprocess sans sortie json devrait être accepté2021-09-17T16:55:57+02:00Mathieu GiraudUn preprocess sans sortie json devrait être acceptéhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4854Plusieurs -g avec des espèces différentes ?2021-09-21T08:28:54+02:00Mathieu GiraudPlusieurs -g avec des espèces différentes ?Depuis !1010 :
> À voir, que se passe-t-il quand il y a plusieurs .g avec des infos contradictoires de species ou autre ? Ce n'était pas traité jusqu'à présent.
Est-ce qu'on refuserait cela ?Depuis !1010 :
> À voir, que se passe-t-il quand il y a plusieurs .g avec des infos contradictoires de species ou autre ? Ce n'était pas traité jusqu'à présent.
Est-ce qu'on refuserait cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2364axes: affichage de la valeur particulière '?' (ou '0' pour log)2021-09-29T17:21:04+02:00Mathieu Giraudaxes: affichage de la valeur particulière '?' (ou '0' pour log)Afficher de manière particulière '?' pour qu'on distingue mieux des autres valeurs.
Par exemple en cassant la ligne et/ou en décalant légèrement pour qu'il y ait plus d'espace.
(voire ajouter un label vide après '?').Afficher de manière particulière '?' pour qu'on distingue mieux des autres valeurs.
Par exemple en cassant la ligne et/ou en décalant légèrement pour qu'il y ait plus d'espace.
(voire ajouter un label vide après '?').Web 2021.11marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4878validate-links.py: asynchrone ?2021-10-12T12:27:49+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py: asynchrone ?
On pourrait probablement gagner du temps de build.
On pourrait probablement gagner du temps de build.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4859.gitlab-ci-compilers: rules pour manual / release2021-10-19T17:57:07+02:00Mathieu Giraud.gitlab-ci-compilers: rules pour manual / releaseLes seules différence entre manual et release sont des `when`/`only`.
C'est probablement factorisable avec [`rules`](https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/index.html#rules).
Orthogonal à #4858 ?Les seules différence entre manual et release sont des `when`/`only`.
C'est probablement factorisable avec [`rules`](https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/index.html#rules).
Orthogonal à #4858 ?