vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-20T18:16:57+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1676Séparateurs milliers/décimal2022-06-20T18:16:57+02:00Vidjil TeamSéparateurs milliers/décimalActuellement nous sommes incohérents :
- séparateur décimal : "." (car javascript)
- mais model.js: toStringThousands : séparateur milliers " "
Cela me fait mal au coeur à mettre "," comme séparateur de milliers, mais ce serait plus...Actuellement nous sommes incohérents :
- séparateur décimal : "." (car javascript)
- mais model.js: toStringThousands : séparateur milliers " "
Cela me fait mal au coeur à mettre "," comme séparateur de milliers, mais ce serait plus cohérent à court terme
Et on peut faire une vrai i18n un jour.
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J'ai essayé le "," comme séparateur de milliers, argh, l'européen continental que je suis n'aime pas :
segmented 519,680 reads (89.39%)
2 clones, 1,212,434 reads
Bref, je préfère mettre pour l'instant cela sous le tapis... on verra si les Anglais s'en aperçoivent un jour :)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1665minifier JS ?2017-11-29T13:56:18+01:00Vidjil Teamminifier JS ?https://github.com/mishoo/UglifyJS2 ? Autre chose ?
Utiliité ? (comme on a besoin de MB pour télécharger les .vidjil, est-ce que cela vaut le coup de compresser un peu les .js ?)
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@Duezhttps://github.com/mishoo/UglifyJS2 ? Autre chose ?
Utiliité ? (comme on a besoin de MB pour télécharger les .vidjil, est-ce que cela vaut le coup de compresser un peu les .js ?)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1650Convention_de_codage ou ConventionDeCodage ?2019-12-02T18:12:51+01:00Vidjil TeamConvention_de_codage ou ConventionDeCodage ?
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@magiraud @mikael-s
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1620Vidjil-all-slaves directement après coverage ?2019-03-05T14:42:50+01:00Vidjil TeamVidjil-all-slaves directement après coverage ?Vidjil-coverage dure 4 min
valgrind-unit dure > 20 min
On doit donc souvent attendre ~ 25 minutes avant d'avoir des bugs (ou des résolutions) dans all-slaves.
Ne faudrait-il pas lancer all-slaves directement après coverage (quitte à su...Vidjil-coverage dure 4 min
valgrind-unit dure > 20 min
On doit donc souvent attendre ~ 25 minutes avant d'avoir des bugs (ou des résolutions) dans all-slaves.
Ne faudrait-il pas lancer all-slaves directement après coverage (quitte à supprimer valgrind-unit, puisque valgrind est inclus dans all-slaves) ?
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Vidjil-coverage lance déjà les tests. Ils passent sur meccano alors qu'ils ne passent pas sur all slaves, c'est pas de chance. Mais le rôle de valgrind-unit est de faire une première passe de valgrind sur les tests unitaires pour voir s'il n'y a pas de problème dessus avant de lancer ces tests unitaires avec valgrind sur *tous* les slaves (pour éviter d'avoir tous les slaves qui râlent en même temps, c'est même toi qui l'avait demandé).
Dans ce cas les tests semblent passer sous debian (c'est pour ça que ça franchit successivement coverage et valgrind-unit sans souci) mais foire sur le all-slaves.
Supprimer valgrind-unit n'améliorerait pas la situation actuelle mais obligerait à lancer les tests sur tous les slaves même quand il y a un problème basique impactant tous les slaves. Ici le problème n'impacte pas tous les slaves, donc on ne voit pas l'intérêt de valgrind-unit…
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ok. Effectivement, la dépendance unit > all-slaves-unit est justifée.
Pour boucler la boucle, on pourrait avoir:
coverage (meccano) 4' > all-slaves (sans unit) 4' > unit 20' > all-slaves (avec unit) 20 '
mais cela en fait un de plus...
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1604Le calcul de la e-valeur devrait prendre en compte le -t2018-04-10T12:28:09+02:00Vidjil TeamLe calcul de la e-valeur devrait prendre en compte le -tSi on ne garde que x nucléotides pour les germlines V ou J, le calcul de la e-valeur ne doit se faire que sur une longueur inférieure ou égale à x, même si la séquence est beaucoup plus longue : il est impossible d'avoir plus de x k-mers...Si on ne garde que x nucléotides pour les germlines V ou J, le calcul de la e-valeur ne doit se faire que sur une longueur inférieure ou égale à x, même si la séquence est beaucoup plus longue : il est impossible d'avoir plus de x k-mers V (et même x - s + 1) par exemple.
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ok
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Tout doit se faire dans kmerstore.h
- en entrée, les insert() reçoivent et utilisent keep_only : à stocker
- en sortie, getProbabilityAtLeastOrAbove()
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68fef14. Quitte à prendre en compte le -t, autant être plus générique : si on n'a inséré que des choses de 200 ou moins, le calcul devrait prendre en compte ces 200.
Pour faire le changement souhaité, il faut maintenant faire quelque chose du type :
int n_max = atMostMaxSizeIndexing(length) - getS() + 1;
dans getProbabilityAtLeastOrAbove()
Mais j'ai maintenant des doutes : veut-on remplacer vraiment n par n_max dans toute cette fonction ? Est-ce que le index_load n'a pas déjà pris cela en compte ?
Bref, je te laisse voir :-)
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Dans une séquence de longueur 200, même si on n'a inséré que des séquences de longueur 100 :
- la proba d'avoir exactement 18 k-mers est toujours la même ?
- et celle d'avoir 150 k-mers ? Elle est faible... mais pas nulle (et d'ailleurs, on trouvera des séquences chimériques avec cela). Est-ce que le but est de mettre cela à zéro ?
ou bien est-ce que cela doit être fait finalement dans affectanalyser.cpp:160 ? Qu'est-ce que cela signifie ?
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La proba d'avoir 18 k-mers par hasard est plus élevée dans une séquence de longueur 200 que de longueur 100. De manière générale, il existe au moins une valeur t pour laquelle t k-mers dans 100nt est significatif mais pas t dans 200nt.
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ok pour la longueur de la séquence observée, mais est-ce que cela dépend de la longueur de la séquence insérée ? (Cette dépendence ne serait-elle pas déjà dans le index_load ?)
En tout cas, si tu penses avoir la formule, vas-y :-)
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Je pense que je ne comprends pas ce que tu veux dire :)
Par exemple pour l'instant on calcule la probabilité à gauche sur toute la longueur jusqu'à first_pos_max. Ce qui est très bien puisque cela évite de prendre en compte le N (dans lequel on ne s'attend pas à avoir de k-mers). Là c'est la même chose : on ne veut pas prendre en compte le début du V puisqu'on ne s'attend pas à avoir de k-mers dedans.
Autrement dit, entre un read qui contient 100nt de V et un read qui contient 300nt du même V, on ne devrait pas avoir une e-valeur différente (avec -t 100).
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Après réflexion collective, un segment de 200, même avec -t 100, contient aussi un certain nb de kmers "aléatoires" dans les 100 premiers nt, qui fait que le calcul de la e-valeur serait tout de même bon (à peu près).
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1591server/apache2_install.sh2020-12-11T13:15:15+01:00Vidjil Teamserver/apache2_install.shContrairement à server/ngnix_install.sh, server/apache2_install.sh n'a pas été mis a jour depuis très longtemps. Est-ce encore fonctionnel ? Garder ou supprimer ?
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@nobodyContrairement à server/ngnix_install.sh, server/apache2_install.sh n'a pas été mis a jour depuis très longtemps. Est-ce encore fonctionnel ? Garder ou supprimer ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1583Makefile: ne pas regénérer vidjil et align.cgi quand pas besoin2016-11-29T14:38:13+01:00Vidjil TeamMakefile: ne pas regénérer vidjil et align.cgi quand pas besoinMême sans rien modifier, un make refait toujours vidjil et align.cgi
- vidjil.o: c'est à cause de git-version.h, qui est toujours regénéré même si cela n'a pas changé
- align.cgi : je ne sais aps
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ab1e8ea: git-version.h.
Il reste le...Même sans rien modifier, un make refait toujours vidjil et align.cgi
- vidjil.o: c'est à cause de git-version.h, qui est toujours regénéré même si cela n'a pas changé
- align.cgi : je ne sais aps
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ab1e8ea: git-version.h.
Il reste les exécutables vidjil et align.cgi
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e04751b et 9f3e2d8
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1568Nettoyage des fausses dates2018-11-20T09:10:55+01:00Vidjil TeamNettoyage des fausses datesIl faudrait supprimer / demander à nos utilisateurs de supprimer les dates pipo.
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@magiraud @mikael-sIl faudrait supprimer / demander à nos utilisateurs de supprimer les dates pipo.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1556Méta-données : technique de séquençage2023-03-02T09:42:32+01:00Vidjil TeamMéta-données : technique de séquençageDNA-seq, RNA-seq, Capture, PCR, nested PCR... (plusieurs choix possibles...)
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Ping. ADT, Aurélien ?
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@magiraud @mikael-sDNA-seq, RNA-seq, Capture, PCR, nested PCR... (plusieurs choix possibles...)
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Ping. ADT, Aurélien ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1516Color by locus2016-11-29T14:37:21+01:00Vidjil TeamColor by locusMarc, dans 1fcc4967, tu avais commenté "color by locus". Y-avait-il une raison particulière ?
Je l'ai remis, et cela a l'air de bien fonctionner.
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et aussi cluster ? à voir
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On va dire que c'est bon
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@DuezMarc, dans 1fcc4967, tu avais commenté "color by locus". Y-avait-il une raison particulière ?
Je l'ai remis, et cela a l'air de bien fonctionner.
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et aussi cluster ? à voir
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On va dire que c'est bon
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1515SortMeVDJ : extraction/tri de reads suivant les locus2021-01-19T10:27:12+01:00Vidjil TeamSortMeVDJ : extraction/tri de reads suivant les locusCommande -c sort pour trier les reads, même non segmentés, suivant les différents locus. Est-ce que ce serait utile ?
Peut-être avec des seuils (IGH pour ceux qui ont significativement plus de k-mers IGH que d'autres).
Ou utiliser tout ...Commande -c sort pour trier les reads, même non segmentés, suivant les différents locus. Est-ce que ce serait utile ?
Peut-être avec des seuils (IGH pour ceux qui ont significativement plus de k-mers IGH que d'autres).
Ou utiliser tout simplement SortMeRNA ?
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Et le filtre capture comme le filtre IMGT ne sont pas si loins...
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FS a battu cette nuit un record : 1.97 GB, 22 M reads, pour... 3 reads segmentées
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=606&config=2
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(lien avec place sur le serveur, virer tout sauf les séquences qui ont un peu de k-mers VDJ)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1496Valgrind: avoir la raison d'un build loupé dans le mail2020-12-11T13:06:01+01:00Vidjil TeamValgrind: avoir la raison d'un build loupé dans le mailC'est à eux qu'il faut demander : https://wiki.jenkins-ci.org/display/JENKINS/Valgrind+Plugin
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@mikael-sC'est à eux qu'il faut demander : https://wiki.jenkins-ci.org/display/JENKINS/Valgrind+Plugin
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1475Récupérer des données par FTP/HTTP ou autre2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamRécupérer des données par FTP/HTTP ou autreOn en parlait il y a très longtemps : on pourrait, au lieu d'uploader, donner une URL à télécharger. Cela pourrait revenir au goût du jour avec ceux qui ont des très grosses données : une transmission directe de leur serveur au notre ser...On en parlait il y a très longtemps : on pourrait, au lieu d'uploader, donner une URL à télécharger. Cela pourrait revenir au goût du jour avec ceux qui ont des très grosses données : une transmission directe de leur serveur au notre serait plus efficace qu'un upload browser.
Mais... peut-être que finalement on ne souhaite pas faciliter tant que cela l'import de fichiers de 10 GB ! Le wont-fix me tente :-)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1466/reports2020-08-27T11:38:45+02:00Vidjil Team/reportsMikael:
Je veux bien mais le répertoire reports/ n'existe pas ce qui fait foirer
le build Vidjil-valgrind
(https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-Valgrind/10/console).
Et pourquoi ne mettre que les fichiers valgrind ? et pas les tap ? (...Mikael:
Je veux bien mais le répertoire reports/ n'existe pas ce qui fait foirer
le build Vidjil-valgrind
(https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-Valgrind/10/console).
Et pourquoi ne mettre que les fichiers valgrind ? et pas les tap ? (mais
dans ce cas il faut probablement modifier la config des jobs sur Jenkins).
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Mathieu : on a déjà unit_gcovr, should_gcovr et cppcheck qui remplissent reports (avec du xml). (Pour un éventuelle utilisation de sonar #3858, c'est bien si on sait où tout aller chercher.)
.tap : pourquoi pas (should_get, should-vdj, browser unit ?)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1444Se passer de org-babel-tangle ?2016-11-29T14:36:24+01:00Vidjil TeamSe passer de org-babel-tangle ?1702465: cela passe aussi sur Travis, et apparament cela passait déjà sur Jenkins.
Franchement, very very low. On pourrait
- mettre un message "the tests also require the org-mode package", et on s'en sort ainsi,
- ou bien ne pas lan...1702465: cela passe aussi sur Travis, et apparament cela passait déjà sur Jenkins.
Franchement, very very low. On pourrait
- mettre un message "the tests also require the org-mode package", et on s'en sort ainsi,
- ou bien ne pas lancer le test si la commande n'est pas dispo. Peut-être plus propre, tu ne voulais pas faire une dépendance aux should_get ?
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merci Mikaël
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1441fuse.py: si le fichier .vidjil est malformé, erreur propre2022-11-30T16:53:45+01:00Vidjil Teamfuse.py: si le fichier .vidjil est malformé, erreur propre
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1436Nomenclature : 5/3, L/R, Donnor/Acceptor ?2017-04-04T13:02:16+02:00Vidjil TeamNomenclature : 5/3, L/R, Donnor/Acceptor ?Question de Nikos à Marie-Paule + re-mentionné par Mikaël dans son talk
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@nobodyQuestion de Nikos à Marie-Paule + re-mentionné par Mikaël dans son talk
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1401algo/tools: réparer cut.cpp2017-08-28T15:57:38+02:00Vidjil Teamalgo/tools: réparer cut.cppcut.cpp peut être éventuellement intéressant, à réparer (+ tester / should)
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@nobodycut.cpp peut être éventuellement intéressant, à réparer (+ tester / should)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1345Python 3 pour web2py / web3py2022-06-29T18:49:19+02:00Vidjil TeamPython 3 pour web2py / web3pyweb2py → non pour l'instant, et apparament il ne sont pas prêt de le faire
Il reste `fuse.py` et le reste → mais on en inclut aussi depuis le server, donc attention
Bref bof pour l'instant.
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web2py, toujours pas de nouvelles là-des...web2py → non pour l'instant, et apparament il ne sont pas prêt de le faire
Il reste `fuse.py` et le reste → mais on en inclut aussi depuis le server, donc attention
Bref bof pour l'instant.
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web2py, toujours pas de nouvelles là-dessus : https://groups.google.com/forum/#!topic/web2py/UKcWKU66qnA
(pour info, Algomus passe en python3, après 2 ans de tergiversations)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1325Est-ce que toutes les classes CSS sont utilisées ?2021-07-01T12:05:19+02:00Vidjil TeamEst-ce que toutes les classes CSS sont utilisées ?Y aurait-il une manière générique de vérifier quelles sont les classes CSS utilisées ou non ?
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https://www.npmjs.org/package/css-coverage ? ou alors https://stackoverflow.com/questions/8762498/tool-to-check-for-unused-css-styles-and-c...Y aurait-il une manière générique de vérifier quelles sont les classes CSS utilisées ou non ?
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https://www.npmjs.org/package/css-coverage ? ou alors https://stackoverflow.com/questions/8762498/tool-to-check-for-unused-css-styles-and-coverage ?
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@nobody