vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:34:41+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1318CSS : uniformiser les parties à mettre en couleur2016-11-29T14:34:41+01:00Vidjil TeamCSS : uniformiser les parties à mettre en couleurMême au survol ce sont les classes graph_select et circle_select qui sont utilisées (cf. test watir)
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En fait oui elles sont bien utilisées. Au temps pour moi. En revanche il n'y a pas de list_focus. La couleur pour le focus de la lis...Même au survol ce sont les classes graph_select et circle_select qui sont utilisées (cf. test watir)
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En fait oui elles sont bien utilisées. Au temps pour moi. En revanche il n'y a pas de list_focus. La couleur pour le focus de la liste est gérée dans updateColor() de clone.js. Ça serait bien d'avoir un truc uniforme entre les différentes parties à mettre en couleur (graph, scatterplot et liste) (et avoir une classe CSS est plus facilement testable qu'un changement de couleur).
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1313admin: dans la table "user list", voir quelques détails2016-11-29T14:34:37+01:00Vidjil Teamadmin: dans la table "user list", voir quelques détailsOn commence à avoir bcp d'utilisateurs. On pourrait voir dans la table :
- combien de fichiers ils ont uploadé (et taille totale)
- leurs droits
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- leurs groupes
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fait depuis longtemps :)
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@DuezOn commence à avoir bcp d'utilisateurs. On pourrait voir dans la table :
- combien de fichiers ils ont uploadé (et taille totale)
- leurs droits
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- leurs groupes
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fait depuis longtemps :)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1300Petits clones qui frétillent2016-11-29T14:34:26+01:00Vidjil TeamPetits clones qui frétillentDepuis la dernière modif du moteur physique, si on met bcp de clones, les petits clones autour du gros ont tendance à frétiller. Voir particulièrement sur Demo L3 en multi.
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Mvoui, pas si gênant, ou cela a diminué
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Non observé depu...Depuis la dernière modif du moteur physique, si on met bcp de clones, les petits clones autour du gros ont tendance à frétiller. Voir particulièrement sur Demo L3 en multi.
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Mvoui, pas si gênant, ou cela a diminué
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Non observé depuis longtemps
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1273Raisons de non-segmentation : remettre à plat, documenter ?2019-11-21T12:10:16+01:00Vidjil TeamRaisons de non-segmentation : remettre à plat, documenter ?Les commits jusqu'à 41b4f07 peuvent nous faire demander si les raisons de non-segmentation sont bien rangées.
En particulier STRAND par rapport à AMBIGUOUS.
On pourra faire cela pour heuristique 1.9 ou 2.0.
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Un read uniquement avec d...Les commits jusqu'à 41b4f07 peuvent nous faire demander si les raisons de non-segmentation sont bien rangées.
En particulier STRAND par rapport à AMBIGUOUS.
On pourra faire cela pour heuristique 1.9 ou 2.0.
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Un read uniquement avec des J est classifié parfois en tant que #UNSEG ambiguous, ce qui n'est pas vraiment attendu, parfois en tant que too few V.
Exemple :
#UNSEG ambiguous
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J _
Mais aussi :
#UNSEG too few V
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+J+J+J
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Ce n'est pas trop flou, c'est clairement un bug. Peut-être lié avec l'autre potentiel de ce matin :)
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>TRDD2*01-TRDJ1*01
CCTTCCTACACACCGATAAACTCATCTTTGGAAAAGGAACCCGTGTGACTGTGGAACCAA
#UNSEG ambiguous
_ _ _ _ _ _ _ _ _+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J+J
>TRDV3*01-TRDD3*01
ATCTCTCCAGTAAGGACTGAAGACAGTGCCACTTACTACTGTGCCTTTAGACTGGGGGATACG
#UNSEG ambiguous
+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V+V _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
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En fait c'est bien à cause de 41b4f07105.
Si on détecte 10 k-mers, passe en AMBIGUOUS. Ce n'est pas très informatif, et surtout ce n'est pas souhaité si on fait derrière des réarrangements incomplets.
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a8df78e, on n'aura plus ce bug.
Mais il faudra toujours remettre un jour les raisons de non-segmentation à plat, strand / detect.
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Beaucoup mieux depuis 1f1f16e.
Mais une remise à plat serait toujours la bienvenue.
Autant faire cela après germlines.data et Aho-Corasick...
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Et documenter cela.
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Fait depuis 2015-05 et 2015-06
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1264Réuploader un fichier garde le nom d'origine2017-01-05T10:06:49+01:00Vidjil TeamRéuploader un fichier garde le nom d'origineLorsqu'on réuploade un fichier pour remplacer un mauvais fichier par le bon, le nom n'est pas modifié. Ça se discute, mais est-ce réellement souhaitable : j'uploade un fichier toto.fastq mais je conserve le nom tata.fastq, qui était le n...Lorsqu'on réuploade un fichier pour remplacer un mauvais fichier par le bon, le nom n'est pas modifié. Ça se discute, mais est-ce réellement souhaitable : j'uploade un fichier toto.fastq mais je conserve le nom tata.fastq, qui était le nom du fichier uploadé à l'origine. Cela peut être déroutant.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1260lancement régulier ?2020-12-11T13:04:03+01:00Vidjil Teamlancement régulier ?
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#1257
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#1257https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1259warnings par mail si cela baisse ?2018-11-20T12:11:10+01:00Vidjil Teamwarnings par mail si cela baisse ?
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#1257
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#1257https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1258accepter si on segmente des reads en plus2018-11-20T12:11:16+01:00Vidjil Teamaccepter si on segmente des reads en plus
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#1257
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#1257https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1257compare-last-results : être plus fin, lancement régulier2020-12-11T13:03:49+01:00Vidjil Teamcompare-last-results : être plus fin, lancement régulier
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#1258, #1259, #1260
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@magiraud
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#1258, #1259, #1260
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1233Zéro warning à la compilation2020-06-19T20:44:01+02:00Vidjil TeamZéro warning à la compilationTu y es presque :)
J'imagine que le Level 2 demande ensuite un truc plus méchant que `-Wall`
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Il y a pas mal de warning sur des paramètres inutilisés, ce qui ne me choque pas vraiment. Par contre il y a des choses sur KmerSignals q...Tu y es presque :)
J'imagine que le Level 2 demande ensuite un truc plus méchant que `-Wall`
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Il y a pas mal de warning sur des paramètres inutilisés, ce qui ne me choque pas vraiment. Par contre il y a des choses sur KmerSignals qui ne me semble pas utilisé. On vire ?
Une idée d'options violentes : http://stackoverflow.com/a/401276
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b5820f2, ignorer localement -Wunused-parameter
2bf619e, make paranoid
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90e0102 : zéro warning chez moi
... mais pas avec make paranoid :)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1229N, autres nucléotides étendus2020-02-21T21:20:02+01:00Vidjil TeamN, autres nucléotides étenduscore/tools.cpp:complement_nucleotide(66-76) pourrait faire croire que l'on gère d'autres nucléotides que A, C, G, T. Il n'en est évidemment rien :
- KmerStore::get() ne renvoie qu'un seul kmer
- et même dans dynprog, Cost::substitution...core/tools.cpp:complement_nucleotide(66-76) pourrait faire croire que l'on gère d'autres nucléotides que A, C, G, T. Il n'en est évidemment rien :
- KmerStore::get() ne renvoie qu'un seul kmer
- et même dans dynprog, Cost::substitution fait seulement (a == b)
Si on y tient :
- autoriser des caractères étendus dans les reads > trop complexe à gérer, risque de ralentir
(****mais que se passe t-il actuellement ? si N ? il faudrait être clair***)
- autoriser des caractères étendus dans les germlines > pas plus simple, mais pour le coup cela ne ralentirait pas
Bofbof. Utiilité ?
***
- en sortie : voir "representative"
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l'automate rendrait certaines choses possibles (en le faisant grossir, certes)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1206dynprog: allouer S, B (et aussi gap1/2/linkgap) en une seule fois2018-06-13T10:29:57+02:00Vidjil Teamdynprog: allouer S, B (et aussi gap1/2/linkgap) en une seule foisFait (partiellement) pour B qui n'est pas alloué en une fois mais de manière linéaire au lieu de quadratique. Sur un jeu avec 30 FineSegmentation, on divise le temps par 5.
-> probablement 66277bef (2014)
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Super, c'est déjà très bie...Fait (partiellement) pour B qui n'est pas alloué en une fois mais de manière linéaire au lieu de quadratique. Sur un jeu avec 30 FineSegmentation, on divise le temps par 5.
-> probablement 66277bef (2014)
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Super, c'est déjà très bien comme cela.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1180vidjil.cpp : modulariser selon les différentes commandes2021-04-28T07:51:49+02:00Vidjil Teamvidjil.cpp : modulariser selon les différentes commandes
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@mikael-s
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1174samples/edit file : voir si un fichier est déjà là2020-12-11T12:58:47+01:00Vidjil Teamsamples/edit file : voir si un fichier est déjà là
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1167Clones sans representative ?2016-11-29T14:32:40+01:00Vidjil TeamClones sans representative ?Dans vidjil.cpp, il y a du code pour gérer le cas où un clone n'a pas de representative.
Est-ce que cela arrive vraiment ? Est-ce que dans le pire des cas, la representative ne devrait pas être la window ?
Faire aussi un .should_get ou u...Dans vidjil.cpp, il y a du code pour gérer le cas où un clone n'a pas de representative.
Est-ce que cela arrive vraiment ? Est-ce que dans le pire des cas, la representative ne devrait pas être la window ?
Faire aussi un .should_get ou un test sur un cas limite.
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d54bc1e oui la représentative sort au moins la window
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14b16e9 : qui eut cru que -r 2000 ne fonctionnait pas ?
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f2450b0
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1161Message d'erreur si "import analysis" ne fonctionne pas2020-12-11T12:58:17+01:00Vidjil TeamMessage d'erreur si "import analysis" ne fonctionne pas
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1159Vérifier les droits lors de l'upload du fichier2020-12-11T12:57:51+01:00Vidjil TeamVérifier les droits lors de l'upload du fichierSi on n'a pas les droits sur le répertoire, le fichier apparaît quand même dans la liste, alors qu'il ne devrait pas. Et on devrait avoir un message d'erreur indiquant l'impossibilité de l'upload.
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Mikaël, de quels droits parles-tu ? ...Si on n'a pas les droits sur le répertoire, le fichier apparaît quand même dans la liste, alors qu'il ne devrait pas. Et on devrait avoir un message d'erreur indiquant l'impossibilité de l'upload.
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Mikaël, de quels droits parles-tu ? sur fichier, sur patient ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1158Message d'erreur si chargement .data ne marche pas2020-12-11T12:57:30+01:00Vidjil TeamMessage d'erreur si chargement .data ne marche pasFilip : "I've tried to import my vidjil.data file to the new version of browser but
it seems to be broken. It doesn't import any data when I click on start
button."
Peut-être qu'il n'a pas la bonne version du .data, mais un message d'er...Filip : "I've tried to import my vidjil.data file to the new version of browser but
it seems to be broken. It doesn't import any data when I click on start
button."
Peut-être qu'il n'a pas la bonne version du .data, mais un message d'erreur serait le bienvenu :-) Un catchall de toutes les exceptions qui peuvent arriver à ce niveau ?
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Peut-être que cela marche avec le bug corrigé aujourd'hui dans 7b4029582
Vérifier que le truc est bien bétonné.
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Il y a un cas rigolo où cela ne marche toujours pas, si on met un fichier analysis à la place de data, hihihi.
Evidemment, on peut faire des tests en plus, mais il y aura toujours le cas où un fichier malformé pourra faire bugguer une partie. Bref, un catch de toutes les exceptions me semble une bonne solution, au moins pour indiquer "Parse failed."
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J'insiste, c'est primordial, surtout quand on est en train de changer le format .data...
-> un catch de toutes les exceptions me semble une bonne solution, au moins pour indiquer "Parse failed."
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y compris "see result TRG"
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descendu, on n'a plus eu de problème récemment
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1156css: noms plus explicites que db.column_12021-07-12T18:00:30+02:00Vidjil Teamcss: noms plus explicites que db.column_1
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1145Le lancement de fuse.py devrait être configurable dans la config2016-11-29T14:32:25+01:00Vidjil TeamLe lancement de fuse.py devrait être configurable dans la configUn champ libre dans chaque config pour les options de fuse (-t 100 pour l'instant)
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C'est configurable, mais pas encore utilisé, je crois...
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7b004db.
Attention, penser à mettre "-t 100" pour toutes les configs dans vos serveurs lo...Un champ libre dans chaque config pour les options de fuse (-t 100 pour l'instant)
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C'est configurable, mais pas encore utilisé, je crois...
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7b004db.
Attention, penser à mettre "-t 100" pour toutes les configs dans vos serveurs locaux.
Fait pour rbx.
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@Duez