vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-11-23T16:53:31+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1644Stats sur les clones2021-11-23T16:53:31+01:00Vidjil TeamStats sur les clonesSur tous les fichiers sur rbx :
- distribution des locus
- quelles sont les clones trouvés en "xxx" ?
- quels sont les clones trouvés avec une insertion de plus de 10 ?
La BDD des clones pourrait répondre à cela... mais on pourrai...Sur tous les fichiers sur rbx :
- distribution des locus
- quelles sont les clones trouvés en "xxx" ?
- quels sont les clones trouvés avec une insertion de plus de 10 ?
La BDD des clones pourrait répondre à cela... mais on pourrait déjà avoir bcp de réponses relativement rapidement en scriptant sur les fichiers résultats `*.vidjil`.
***
(ou sur un sous-ensemble de clones, "filter")
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1642-w all, pour une autre configuration 'clonality' très stricte, sur toute la s...2020-04-15T09:18:24+02:00Vidjil Team-w all, pour une autre configuration 'clonality' très stricte, sur toute la séquencePeut-être pas tout le read.
***
Si, si, tout le read ! Je veux au moins essayer un `-w all`.
Si les données viennent de PCR, on peut avoir des reads débutant / finissant au nucléotide près.
***
Discuté à ~"PAN-Necker" :
> Si les ...Peut-être pas tout le read.
***
Si, si, tout le read ! Je veux au moins essayer un `-w all`.
Si les données viennent de PCR, on peut avoir des reads débutant / finissant au nucléotide près.
***
Discuté à ~"PAN-Necker" :
> Si les données viennent de PCR, on peut avoir des reads débutant / finissant au nucléotide près.
"C'est peu probable, si 1% d'erreur et > 100 bp, et bien rien ne va se ressembler"
"Sauf si le 1% est biaisé vers toujours les même erreurs"
***
@magiraud @mikael-sAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1641Avoir plus d'infos sur le « other »2019-10-29T14:41:44+01:00Vidjil TeamAvoir plus d'infos sur le « other »On n'en sait pas assez, il faut un meilleur contrôle pour savoir ce qui peut se cacher. D'autres le font (miXCR, IMSeq)…
***
Voir une gaussienne serait rassurant (distrib longeur, CDR3, clone/reads) ? Les longueurs, on a tout ou presque....On n'en sait pas assez, il faut un meilleur contrôle pour savoir ce qui peut se cacher. D'autres le font (miXCR, IMSeq)…
***
Voir une gaussienne serait rassurant (distrib longeur, CDR3, clone/reads) ? Les longueurs, on a tout ou presque...
La question pourrait devenir : "que peut-on analyser facilement et se souvenir dans le BinReadStorage et/ou réanalyser à la fin ?"
***
La longueur n'a pas de sens sur MiSeq
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1639Export svg générique sur toute vue grid / bar2016-11-29T14:38:53+01:00Vidjil TeamExport svg générique sur toute vue grid / barEn fait on a déjà export csv... y aurait-il intérêt à avoir un export pour un plot donné ? Pas sûr.
***
Si, il nous faut une manière d'exporter une vue autre que par une capture d'écran :-)
***
Discuté lors du VW16. People want to expor...En fait on a déjà export csv... y aurait-il intérêt à avoir un export pour un plot donné ? Pas sûr.
***
Si, il nous faut une manière d'exporter une vue autre que par une capture d'écran :-)
***
Discuté lors du VW16. People want to export data.
***
Marc, pourrais-tu regarder l'export svg s'il te plaît ? merci.
***
Export svg : ok, merci Marc. Export csv: autre tâche
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1633Envoyer des clones à BLAST : plusieurs clones2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil TeamEnvoyer des clones à BLAST : plusieurs clonesQuand on en a plusieurs clones sélectionnés, cela ouvre plusieurs onglets (dangereux si on a 20 ou 50 clones sélectionnés)... et chez moi, seul le premier onglet marche, les autres sont en erreur
Est-ce que l'API permet d'envoyer plusie...Quand on en a plusieurs clones sélectionnés, cela ouvre plusieurs onglets (dangereux si on a 20 ou 50 clones sélectionnés)... et chez moi, seul le premier onglet marche, les autres sont en erreur
Est-ce que l'API permet d'envoyer plusieurs séquences d'un coup, et de garder les choses propres sur un onglet ?
On peut sinon créer un fichier fasta (on a tout ce qu'il faut de notre côté), et l'envoyer d'un coup à Blast ?
***
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/node68.html
Apparement avec QUERY_FILE on peut soumettre un fichier, mais c'est que avec MegaBlast. À voir...
***
Si, cela doit être possible même pour Blast... en fait l'API a l'air d'être la même que quand on remplit un formulaire (en POST cela pourrait passer, peut-être) via http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch
Et cela a l'air d'être simplement un QUERY.
***
J'avais commencé a regarder ça hier pour le faire par post justement, mais ça me semblait compliqué plus compliqué que l'api. Je vais regarder si on peut fournir le fichier même hors megablast.
D'ailleur, une contre indication pour megablast ? Si on a un gros jeu de séquence c'est peut-être préférable
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1575Enregistrer les analyses globalement, par patient, pas par config2020-02-25T10:51:33+01:00Vidjil TeamEnregistrer les analyses globalement, par patient, pas par configQuand on navigue entre plusieurs configs, il faut tout recommencer. On pourrait hésiter pour certains éléments (les couleurs, les merges, et encore), mais pour d'autres non (les noms des points).
Bref, par simplicité, on pourrait décide...Quand on navigue entre plusieurs configs, il faut tout recommencer. On pourrait hésiter pour certains éléments (les couleurs, les merges, et encore), mais pour d'autres non (les noms des points).
Bref, par simplicité, on pourrait décider de ne sauver qu'un seul .analysis par patient. (Cela veut dire qu'il pourrait y avoir plusieurs tailles de fenêtre différent.) Cela permettrait dès maintenant de mieux naviguer entre plusieurs configs, de mieux faire les transitions entre versions/configs, et ce sera encore plus vrai dans le futur, si on a d'autres logiciels.
- qu'en pensez-vous ? est-ce souhaitable ?
- est-ce difficile ou pas ?
- et, si on le fait, il faudra regarder la transition (pas de soucis si un seul fichier .analysis sauvé pour une seule config, sinon regarder à la main, mais il n'y aura pas beaucoup de cas).
***
discuté la semaine dernière ensemble, Marc trouvait cela faisable... ce serait très souhaitable et simplifierait beaucoup de choses.
Pour mémoire, cela veut bien dire qu'il y a des clones mentionnés dans le .analysis qui ne concernent peut-être pas la config en cours, mais que ces infos doivent tout de même être sauvegardées.
***
> d29c81d6
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1574Envoyer des clones à BLAST2016-11-29T14:38:06+01:00Vidjil TeamEnvoyer des clones à BLASTIl faudrait un bouton "Blast" à côté de "IgBlast". En particulier lorsqu'on récupère des reads "xxx", on veut savoir ce qu'il y a dedans.
Mikaël, tu as l'air d'utiliser souvent Ensembl, le génome browser est joli et cela fait européen. ...Il faudrait un bouton "Blast" à côté de "IgBlast". En particulier lorsqu'on récupère des reads "xxx", on veut savoir ce qu'il y a dedans.
Mikaël, tu as l'air d'utiliser souvent Ensembl, le génome browser est joli et cela fait européen. Peux-tu regarder, ou au moins dire quelles options tu utilises ?
***
J'avais regardé ils ont une API mais pas pour lancer Blast il faudra passer par la simulation de formulaire aussi.
http://www.ensembl.org/Multi/Tools/Blast?db=core
J'utilise les options par défaut. Le hic (petit, mais quand même), c'est que les séquences sont cherchées sur l'humain par défaut. Pour la souris ou le rat… il faudrait changer.
***
ok... il n'y a plus qu'à trouver un volontaire pour faire cela (crossDomain.js / segmenter.js) :-)
Dans un premier temps, si l'humain fonctionne, c'est déjà cela (est-ce que la souris et le rat fonctionnent sur IMGT et IgBlast ?)
***
utiliser aussi les fonctions exportFasta du modèle ?
***
Fait.
J'ai utiliser l'API, et mis les paramètres de bases.
***
Bien. Chez moi cela fonctionne... mais pour un clone.
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1554Pourcentages par système en bas à droite2023-06-29T14:59:02+02:00Vidjil TeamPourcentages par système en bas à droitepas si simple
getPrintableSize() est défini dans clone.js, ok si tous les clones viennent du même système.
Que faire si on sélectionne des clones de plusieurs systèmes différents ? (Dans ce cas, n'avoir que le % global ?) (sauf si même...pas si simple
getPrintableSize() est défini dans clone.js, ok si tous les clones viennent du même système.
Que faire si on sélectionne des clones de plusieurs systèmes différents ? (Dans ce cas, n'avoir que le % global ?) (sauf si même groupe de système)
***
Bof… c'est une infomation qu'on a si on se concentre sur un seul système. Et si on commence à afficher plein de pourcentages (global, par système, par système similaires…) ça va commencer à ne plus être très lisible (et pourquoi l'afficher ici mais pas dans la liste ?).
***
à inclure dans la réflexion sur en bas à droite.
C'est fait pour l'instant s'il y a qu'un système, à voir si cela pourrait être amélioré.
***
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=297&config=11 sélectionner le clone avec l'intron.
C'est sur deux lignes (ce qui décale le segmenteur), pas super lisible et on se retrouve avec trois pourcentages dont on ne comprend pas bien à quoi ils correspondent
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1546Rechercher sur le brin complémentaire aussi / revcomp2017-07-10T17:01:50+02:00Vidjil TeamRechercher sur le brin complémentaire aussi / revcompDans la box search sur la liste.
***
Relativement simple et utile !
***
list.js:704, fonction filter()
***
Je viens de faire la fonction. Je l'ai pusher sur master (je n'y ai pas repensé).
***
ok... mais pourquoi une accolade a sauté dan...Dans la box search sur la liste.
***
Relativement simple et utile !
***
list.js:704, fonction filter()
***
Je viens de faire la fonction. Je l'ai pusher sur master (je n'y ai pas repensé).
***
ok... mais pourquoi une accolade a sauté dans list.js ? J'ai l'impression que cela ne passe plus tout à fait :)
Au fait, tu peux faire, pour revoir ton commit : git show 5c43ecaf
(Et c'est conseillé d'installer / utiliser gitk pour voir les commits)
***
un fausse manip sur un copié-collé.
Corrigé.
***
Super ! Idéalement, il faudrait faire un test.
Voir browser/test/QUnit/testFiles.list_test.js, ligne 85
list.filter("test2")
Le test est pour l'instant uniquement sur le nom du clone, il faudrait qu'il y en ait un sur la séquence, et un autre sur la séquence en revcomp (Les clones de test sont définis dans data_test.js).
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1545Résultat bizarre sur R1/R22016-12-08T11:36:57+01:00Vidjil TeamRésultat bizarre sur R1/R2Plein d'utilisateurs font du PE → comment les fusionner ? Et avant de savoir comment on fait : le fait-on ?
***
Pour mémoire, mail de Thomas (04/12/2014) :
I think that assembling the paired ends is not so dangerous since Illumina sequen...Plein d'utilisateurs font du PE → comment les fusionner ? Et avant de savoir comment on fait : le fait-on ?
***
Pour mémoire, mail de Thomas (04/12/2014) :
I think that assembling the paired ends is not so dangerous since Illumina sequencing is quite accurate and PEAR (the program I used: http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/pear/doc.html) is conservative and should even correct for decreasing base quality reads in Illumina seq.
***
1) on pourrait avoir cette compétence, par exemple comprendre PEAR et voir s'il a des options potables, pour pouvoir nous-même nous en servir si besoin et/ou conseiller nos utilisateurs
2) par contre, savoir si on met cela dans Vidjil... cela risque de ne pas être facile, intégration à trouver avec le serveur bof bof.
***
PEAR: de toute manière on ne peut pas l'intégrer, licence restrictive
***
On a donc eu des questions à ce sujet de Alice, Thomas, Florian, et Manuel.
***
PEAR: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/30/5/614.long
http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/pear/
Cela a l'air solide et efficace.
***
pRESTO : http://clip.med.yale.edu/presto/
... que du pre-processing, dont un assemblage
La license est un chouia mieux que celle de PEAR (ici, c'est du CC Legal Code Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0), mais ce n'est pas l'idéal non plus (pas si libre...)
***
Même question de Marie.
***
C'est peut-être la question qui revient le plus souvent de nos utilisateurs... il faudra faire quelque chose, au moins conseiller des options.
***
Filip nous a envoyé des trucs sur pRESTO, à regarder
***
presto : licence CC NC-BY
***
Re-évoqué ce soir (Frédéric). Il faudrait planifier cela dans les prochains mois.
***
À discuter tranquillement après le workshop
***
Marc: "vendredi soir, c'est fait" ;-)
***
Simona (Monza) comme Myriam (Paris) veulent être mises au courant quand c'est bon.
***
- prod-server + prod-browser mis sur dev
- runs et pre-process mis en beta-mode, visible sur http://app.vidjil.org/beta
***
Envoyé à Bruxelles
***
Envoyé aussi à Davi/Myriam et à Simona.
***
La Pitié a essayé (patients 2262 à 2265 entre autres). On a des reads de plus de 350bp en IGH :)
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7639&config=26 et choisir « Clone average read length » pour x et mettre l'histogramme
***
Nos utilisatrices sont formidables. Jona a uploadé R1 et R2 séparément et a également testé le merge de R1 et R2 (en conservant R2). Résultat ici en IGH : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2339&config=2 ou ici en IGH + TRG : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=2339&config=32
Petit hic : en IGH il y a moins de reads analysés pour les reads mergés que sur les reads R2. Je ne comprends pas comment cela est possible. Une idée ?
***
Jona a remis des fichiers de ce genre, en testant toutes les combinaisons possibles. Pas de différence en nombre de reads (en prenant en compte les reads discardés par Pear) : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=16208&config=30
Les autres données ne sont plus accessibles. Considérons le problème résolu.
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1477Voir les séquences germlines2016-11-29T14:36:50+01:00Vidjil TeamVoir les séquences germlinesDemande de Yann
- au minimum, lui envoyer une fois pour toute les séquences
- peut-être trouver un meilleur mécanisme pour exporter cela à la demande (type sortie de ./vidjil -A dans export)
***
Mail envoyé avec les séquences
***
Dans l...Demande de Yann
- au minimum, lui envoyer une fois pour toute les séquences
- peut-être trouver un meilleur mécanisme pour exporter cela à la demande (type sortie de ./vidjil -A dans export)
***
Mail envoyé avec les séquences
***
Dans le menu "import/export", on aimerait avoir une entrée "export Fasta (selected clones, with germline)" qui sort en plus les V et J des clones sélectionnés. Tatiana, pourrais-tu regarder cela ?
***
Ce serait toujours une fonctionnalité très intéressante...
***
Je confirme que ce serait très utile.
Ce matin, pour répondre à Jona, j'ai du repasser par un terminal faire ./vidjil -A :-)
***
Super, c'est quasi bon !
// y a-t-il une raison de tester qu'ils ne soient pas "undefined" ?
Et oui : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=850&config=26
sélectionner la séquence ?/?, export > bug
Plus généralament, germline[germName][listGene[i]] peut louper pour d'autres raisons (un germline non présent dans germline.js)
***
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=845&config=25
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1472Axes : tag, locus ?2016-11-29T14:36:46+01:00Vidjil TeamAxes : tag, locus ?On pourrait voir les "tags" comme les "locus" comme des axes génériques (discrets).
Attention, cela ne signifie pas qu'on va tout reprogrammer, les tags et surtout les locus ont des rôles bien particulier. Mais on pourrait simplement ajo...On pourrait voir les "tags" comme les "locus" comme des axes génériques (discrets).
Attention, cela ne signifie pas qu'on va tout reprogrammer, les tags et surtout les locus ont des rôles bien particulier. Mais on pourrait simplement ajouter un axe d'analyse qui permettrait de faire des plots comparant les locus, ou de voir le %GC selon les locus...
***
68b4349
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1471Axes génériques : refactor scatterplot2017-04-27T08:15:50+02:00Vidjil TeamAxes génériques : refactor scatterplotJuste pour mémoire.
Rajouter un axe d'analyse ne devrait se faire qu'à un seul endroit, et il devrait être visible dans les axes du Grid/Bar plot, dans ceux de tri de la liste, dans ceux de coloration de la liste...
Un axe peut être...Juste pour mémoire.
Rajouter un axe d'analyse ne devrait se faire qu'à un seul endroit, et il devrait être visible dans les axes du Grid/Bar plot, dans ceux de tri de la liste, dans ceux de coloration de la liste...
Un axe peut être (cela pourrait être spécifié à l'initialisation) :
- booléen (productif / pas productif) (faut-il distinguer de discret ?)
- discret (gènes V)
- numérique entier
- numérique float
(faut-il distinguer les cas entiers/float ? à priori oui pour ne pas faire n'importe quoi dans les échelles de la Grid/BarPlot) #2360
- numérique float entre 0% et 100% (faut-il distinguer ?)
***
@DuezRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1469Récupérer les reads d'un clone2019-09-18T15:20:16+02:00Vidjil TeamRécupérer les reads d'un clone- grep exact sur la window
- ou relancer vidjil, il kmer-segmente et renvoie ceux qui ont une certaine window.
(Pour ne pas faire long, on pourrait se limiter aux 1000 premières séquences matchantes... et encore)
***
Remonté. Ce se...- grep exact sur la window
- ou relancer vidjil, il kmer-segmente et renvoie ceux qui ont une certaine window.
(Pour ne pas faire long, on pourrait se limiter aux 1000 premières séquences matchantes... et encore)
***
Remonté. Ce serait vraiment bien.
***
620027d..427bd13
Fonctionnel... pour les admins.
1) Charger des données (par exemple SOL(548) en IGH...)
2) Le menu dév doit être visible (Ctrl-A)
3) clone → info → "get_reads"
Cela schedule une task avec l'option "grep_reads"
4) en revenant sur la db, quand c'est fini, "dl"
5) effacer le task/run, pour ne pas polluer les prochains fuse :-)
***
À discuter ensemble de comment rendre cela plus souple et fonctionnel pour les utilisateurs.
Est-ce une bonne idée, ou pas, d'utiliser db.results_file ? Quiite à tagguer pour que ce ne soit pas dans le fuse ?
En tout cas, pour que ce ne soit pas bloquant, il faut le scheduler... on a donc soit la solution de revenir, comme maintenant, sur la page db, soit de faire une attente bloquante uniquement pour l'utilisateur.
***
-> donc oui, on peut stocker db.results_file, mais faire les choses proprement pour que cela ne pollue pas notre sortie principale (et pas que ce soit fusé !)
Donc à mettre sur une autre zone de l'écran patient/info.
Regarder aussi pourquoi cela ne marche pas sur certains fichiers.
***
@magiraud2019-03-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1452Config 'debug kmers' sur le serveur2016-11-29T14:36:31+01:00Vidjil TeamConfig 'debug kmers' sur le serveurLorsque les tâches '-X' et '.affects dans le browser' auront été faites, faire une config "debug k-mers" avec des bonnes options pour débugguer les k-mers directement dans le browser+serveur.
***
Config 'debug-100-k10', avec -!KAX 100 -1...Lorsque les tâches '-X' et '.affects dans le browser' auront été faites, faire une config "debug k-mers" avec des bonnes options pour débugguer les k-mers directement dans le browser+serveur.
***
Config 'debug-100-k10', avec -!KAX 100 -1 -k 10
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1451rajouter un argument "stop_after" à WindowExtractor::extract2016-11-29T14:36:30+01:00Vidjil Teamrajouter un argument "stop_after" à WindowExtractor::extract
***
#1450
***
#1450https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1450Option '-X', s'arrêter après un certain nombre de clones2017-01-26T09:29:03+01:00Vidjil TeamOption '-X', s'arrêter après un certain nombre de clonesOn aimerait avoir une option "-X 100" qui dise au C++ de s'arrêter après avoir traité 100 clones. Ce serait très utile pour débugguer, en combinaison avec "-A".
rajouter un argument "stop_after" à WindowExtractor::extract", puis option ...On aimerait avoir une option "-X 100" qui dise au C++ de s'arrêter après avoir traité 100 clones. Ce serait très utile pour débugguer, en combinaison avec "-A".
rajouter un argument "stop_after" à WindowExtractor::extract", puis option dans le main.
***
Merci Tatiana !
J'ai fait trois commits derrière, regarde-les (par exemple avec git log ou avec gitk)
Je réouvre la tâche, car tes commits ont fait que les tests ne passent plus.
"make test", depuis vidjil/ lance d'abord les tests unitaires
Il y a au moins un souci algo/test/testSegment.cpp
Deux principes :
- obligé : on ne doit pas casser les tests, ou si on le fait, c'est une urgence et on répare le plus vite possible (c'est le cas en ce moment). (C'est pour cela qu'un bon principe est de faire "make test" avant un push.
- souhaitable : rajouter un ou des tests quand on a une nouvelle fonctionnalité (voir la tâche suivante)
***
#1451
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1449Afficher les .affects dans le browser2016-11-29T14:36:28+01:00Vidjil TeamAfficher les .affects dans le browserVu ce que Marc a mis en place pour le CDR3, cela devrait être facile d'afficher des .affects sur les séquences , type :
+H+H _ _ _ +K _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ +h+h+h+h+h
Est-ce que le truc fonctionnerait ...Vu ce que Marc a mis en place pour le CDR3, cela devrait être facile d'afficher des .affects sur les séquences , type :
+H+H _ _ _ +K _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ +h+h+h+h+h
Est-ce que le truc fonctionnerait si on met plusieurs features "H" dans une même séquence ?
***
- côté cpp:
- Lorsque l'option '-K' est mise, mettre aussi les .affects dans le json .vidjil ... (en debug, typiquement avec -X 100)
- et sinon, on pourrait aussi le faire par défaut pour les séquences FineSegmentées... ou avec option ?
- côté .js : à voir
***
On discute de cela jeudi matin
***
- côté .js : c'est bon. 35cd4fe8
Il suffit de mettre dans le .vidjil un { start:"0", stop:"xxx", seq:" ") avec la séquence des affects (un seul caractère, pas deux, tant pis pour le +/-).
***
C'est parfait ainsi. Un bon jeu d'options est ainsi -!KAX 100 -1 -k 10, comme dans la config 'debug-100-k10' sur rbx.
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1434Focus2016-11-29T14:36:16+01:00Vidjil TeamFocusLorsqu'un certain nombre de clones sont sélectionnés, on pourrait avoir un bouton "focus" qui ne garde que les clones sélectionnés.
On pourrait ainsi plus facilement, sélectionner un paquet de clones (par exemple même V/J), puis change...Lorsqu'un certain nombre de clones sont sélectionnés, on pourrait avoir un bouton "focus" qui ne garde que les clones sélectionnés.
On pourrait ainsi plus facilement, sélectionner un paquet de clones (par exemple même V/J), puis changer complètement les axes pour faire autre chose :
- sélection pour mieux grouper
- ou tout simplement des stats dans tous les sens : Quelle est la distribution des CDR3 de ce paquet de clones ?
J'ai l'impression que cela pourrait être fait assez (très ?) facilement avec le .isFiltered des clones.
Comme c'est le même mécanisme que "search", peut-être mettre ce bouton à côté de search, et trouver un moyen que quand on est focus, on le sait (est-ce que le X de search annulerait aussi le focus ?)
***
09de66e ... 52fc4b7
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1373scatterplot : longueur du CDR3 (nucl et AA) comme axe d'analyse2016-11-29T14:35:27+01:00Vidjil Teamscatterplot : longueur du CDR3 (nucl et AA) comme axe d'analyseKiller feature pour Frédéric (et aussi Necker).
Permet de différencier les répertoires sélectionnés des non-sélectionnés.
Visualisation pseudo-genscan à laquelle ils sont habitués 'depuis 30 ans'.
Et... chose similaire proposée par Nikos...Killer feature pour Frédéric (et aussi Necker).
Permet de différencier les répertoires sélectionnés des non-sélectionnés.
Visualisation pseudo-genscan à laquelle ils sont habitués 'depuis 30 ans'.
Et... chose similaire proposée par Nikos.
***
(demandé aussi par Yann, 10 février)
***
merci !
***
@Duez