vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-11-13T19:39:15+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3744Avoir un bouton pour generer un mot de passe aléatoire2020-11-13T19:39:15+01:00Thonier FlorianAvoir un bouton pour generer un mot de passe aléatoireUne petite fonction simple à mettre en place, avec un bouton associé, et accessoirement une div pour l'afficher
Lors de la création de compte, j'ouvre généralement à côté une page qui génère des mot de passe suivant des critères de cara...Une petite fonction simple à mettre en place, avec un bouton associé, et accessoirement une div pour l'afficher
Lors de la création de compte, j'ouvre généralement à côté une page qui génère des mot de passe suivant des critères de caractères et de complexités. Je laisse pas défaut, je génère, copie, colle dans l'interface vidjil.
On pourrait imaginer une fonction similaire et simple qui génère le mot de passe, le colle dans le contenu des div, et/ou le copie en même temps dans le presse papier.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4554Fuse de fichier avec des windows mix de 50 et 60 nt2020-11-06T11:01:24+01:00Thonier FlorianFuse de fichier avec des windows mix de 50 et 60 ntUne question me vient. En routine il y a de cela un temps fort fort lointain, on avait des windows de taille 50, et maintenant nous sommes passé à 60.
Dans ce cas, les nouvelles analyses ne devrait pas être compatible lors du fuse non ?...Une question me vient. En routine il y a de cela un temps fort fort lointain, on avait des windows de taille 50, et maintenant nous sommes passé à 60.
Dans ce cas, les nouvelles analyses ne devrait pas être compatible lors du fuse non ?
De plus, est-ce que l'on test réellement ces comportements de mix inter-version ? Dans le cadre des tests COFRAC des hôpitaux ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4548Pouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons ...2020-11-03T09:37:59+01:00Mathieu GiraudPouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons particulières
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioin...
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioinformaticien en lien avec un utilisateur) d'éditer (de manière générique) ces choses ? Et donc de les stocker dans le `.vidjil` / les exporter dans le 'get support' ? En marquant d'une certaine manière (warning ?) que la séquence a été éditée manuellement ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1412Avertir s'il y a des mutations dans les 5/10 bases les plus proches de la jon...2020-10-14T11:29:53+02:00Vidjil TeamAvertir s'il y a des mutations dans les 5/10 bases les plus proches de la jonction(Yann, 10 février)
Pas si facile. Disons que cela rentre dans la réflexion globale sur le FineSegmenter et l'affichage dans le Segmenter.
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@nobody(Yann, 10 février)
Pas si facile. Disons que cela rentre dans la réflexion globale sur le FineSegmenter et l'affichage dans le Segmenter.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4502Warning sur le formulaire d'upload des fichiers suivant les noms2020-09-30T11:13:23+02:00Thonier FlorianWarning sur le formulaire d'upload des fichiers suivant les nomsJ'imagine 2 erreurs classiques qu'il serait possible d'éviter aisément par ce warning:
* Glisser deux fois le même fichier; devrait être simple à détecter. Là on met le champs en rouge très visible
* Glisser deux fichiers dont le noms di...J'imagine 2 erreurs classiques qu'il serait possible d'éviter aisément par ce warning:
* Glisser deux fois le même fichier; devrait être simple à détecter. Là on met le champs en rouge très visible
* Glisser deux fichiers dont le noms diverges franchement: Je ne suis pas certain de la facilité ou de la propreté d'un tel code, mais on pourrait imaginer que des fichiers qui divergent par plus que R1/R2 ne sont pas conformes.
Ensuite dans les deux cas, ouvrir un popup/modal si l'utilisateur clique sur `submit samples`. Celui-ci listant les erreurs présentes et demandant de confirmer le choix si l'utilisateur pense que c'est bon quand même.
Pour autant que je sache, par défaut les séquenceurs appliquent déjà une politique de nommage par défaut assez strict.
Attention, j'ai déjà vu des associations de fichiers R1/R3 aussi (avec les UMI).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4496Avoir un preset locus/size2020-09-29T12:33:01+02:00Mikaël SalsonAvoir un preset locus/sizeUtilisé à l'APHP : leur permet de voir s'il y a une distribution polyclonale selon les locus.Utilisé à l'APHP : leur permet de voir s'il y a une distribution polyclonale selon les locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4494Avoir des tooltip sur les contenus des différents tableaux2020-09-28T17:12:28+02:00Thonier FlorianAvoir des tooltip sur les contenus des différents tableaux@mikael-s depuis #4493
>et de toute façon sur mon écran je ne vois pas R1/R2 car c'est trop court
J'ai aussi souvent ce cas justement, à plein d'endroit dans les tables. On devrait pouvoir avoir un tooltip au hover (balise `title` en f...@mikael-s depuis #4493
>et de toute façon sur mon écran je ne vois pas R1/R2 car c'est trop court
J'ai aussi souvent ce cas justement, à plein d'endroit dans les tables. On devrait pouvoir avoir un tooltip au hover (balise `title` en fait) qui indique le contenu de la colonne quand on n'a pas la place.
Ce serait déjà une amélioration mineur en attendant de faire une refont du HTML/CSS de ces colonnes (je ne me souviens pas de l'issue correspondante...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4101Get the number of current logged-in users2020-09-23T20:27:49+02:00Thonier FlorianGet the number of current logged-in users@meidanis ask me if it is possible to see the number of current users logged on the browser.
For the moment, we haven't an easy way to see it from the client. And we didn't mention the way to do it directly from the server neither.
cc ...@meidanis ask me if it is possible to see the number of current users logged on the browser.
For the moment, we haven't an easy way to see it from the client. And we didn't mention the way to do it directly from the server neither.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1880Lier à VDJdb2020-09-10T11:03:40+02:00Vidjil TeamLier à VDJdbhttps://github.com/antigenomics/vdjdb-standalone
Par API ? On peut déjà lancer leur serveur, mais ils vont bientôt en avoir un.
Attendre un peu.
Ou bien on prend juste les données.
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Ils ont un serveur http://vdjdb.cdr3.net
(avec une...https://github.com/antigenomics/vdjdb-standalone
Par API ? On peut déjà lancer leur serveur, mais ils vont bientôt en avoir un.
Attendre un peu.
Ou bien on prend juste les données.
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Ils ont un serveur http://vdjdb.cdr3.net
(avec une belle API et intégration continue travis/github)
(Klatzmann va compléter vdjdb avec insulin xxx)
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puis faire coucou à Shugay (en profiter pour dire que format-analysis.org est à jour + release 2016.07)
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leur doc indique que des requêtes POST fonctionnent, mais sauf erreur de ma part, il s'agit d'une websocket qui est utilisée, et je n'ai pas réussi à faire fonctionner les exemples avec curl
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@magiraud @RyanHerbThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1951Légende sur l'export svg2020-08-04T10:09:29+02:00Vidjil TeamLégende sur l'export svgRando 2016: suggéré par un anonyme. Des détails ?
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@nobodyRando 2016: suggéré par un anonyme. Des détails ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4439Pouvoir donner un meilleur nom sur les labels de graph2020-07-30T19:42:17+02:00Thonier FlorianPouvoir donner un meilleur nom sur les labels de graphOn charge les données et généralement on laisse le nom du fichier inchangé en sorti de run pour permettre un meilleur suivit au besoin et ne pas faire d'erreur d'identité. Ce nom est parfois non spécifique. Pourtant, des fois on aimerai ...On charge les données et généralement on laisse le nom du fichier inchangé en sorti de run pour permettre un meilleur suivit au besoin et ne pas faire d'erreur d'identité. Ce nom est parfois non spécifique. Pourtant, des fois on aimerai pouvoir indiquer un nom plus spécifique.
J'ai un autre cas en tête. J'ai manipulé des fichiers en lot pour tester des preprocess. J'ai sorti les fichiers dans différents sous-dossiers en fonction des paramètres pour ne pas inonder le dossier hôte. Mais je n'ai pas répliqué l'information sur les noms de fichiers pour rester lisible. Donc que le fichier soit passer par le preprocess A ou B, il aura à la fin de même nom. Une fois chargé sur le serveur, je me retrouve alors avec une comparaison de fichier qui ont tous le même nom. Pour faire les choses correctement, j'ai préciser lors du chargement des données les paramètres via les champs info et le tags. Mais sur la timeline, cette information n’apparaît pas.
J'ai peut-être tort de ne pas changer les noms des fichiers en fct des paramètres, masi il y aurait de totues façon un moment ou ça risque de devenir illisible. Je n'ai pas de solution pour le moment.
Possibilités:
* On permet de renommer le fichier tel qu'affiché dans un nouveau champs (tout en conservant le nom original pour l'identitovigilance)
* Avec le nouveau tooltip visible sur le graph, on permet de voir les informations du champs info, ou a minima des tags de ce champs pour ne pas encombrer.
* Je renomme les fichiers avant de les charger
Dans le même genre, il y aurait aussi l'option d'afficher les nom des patients en label si j'ouvre un run, (ou des runs si j'ouvre un patient)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4442Avoir accès au md5sum des fichiers du serveur2020-07-30T19:32:14+02:00Thonier FlorianAvoir accès au md5sum des fichiers du serveurJ'ai uploadé des données sur le serveur, et il semble qu'il y ai une erreur dans les noms des fichiers et dans les attributions aux patients.
Pour corriger, j'aimerai avoir les md5sum des fichiers (ou autre) pour permettre de vérifier ...J'ai uploadé des données sur le serveur, et il semble qu'il y ai une erreur dans les noms des fichiers et dans les attributions aux patients.
Pour corriger, j'aimerai avoir les md5sum des fichiers (ou autre) pour permettre de vérifier que les données que j'ai renommées au sample XX du patient YY corresponde bien à ce que j'ai en local.
On n'a pas l'information en base ? Sinon il faudrait soit icône sur la page base de données pour l'afficher comme une alerte, soit un tooltip (#4421 :smiling_imp: ).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4441warning 69 (Several genes with equal probability) ; pouvoir corriger automati...2020-07-30T18:47:08+02:00Thonier Florianwarning 69 (Several genes with equal probability) ; pouvoir corriger automatiquement ou verifier un peu plusOn a parfois un warning disant que 'lon a le choix entre plusieurs segments.
On pourrait imaginer un bouton qui permette de mettre ces genes dans le segmenter et de les comparer, avec une option pour valider l'un par rapport à l'autre d...On a parfois un warning disant que 'lon a le choix entre plusieurs segments.
On pourrait imaginer un bouton qui permette de mettre ces genes dans le segmenter et de les comparer, avec une option pour valider l'un par rapport à l'autre de façon plus ou moins automatique.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1638Replicats pour gommer des erreurs de PCR/séquençage2020-07-30T11:29:27+02:00Vidjil TeamReplicats pour gommer des erreurs de PCR/séquençageMikaël: "[Marine et Fred] font des réplicats : est-ce qu'on aurait un moyen de prendre ça en compte pour gommer les erreurs de PCR/séquençage (plus facilement PCR que séquençage) ?"
Mmm... tu veux dire marquer deux samples comme replica...Mikaël: "[Marine et Fred] font des réplicats : est-ce qu'on aurait un moyen de prendre ça en compte pour gommer les erreurs de PCR/séquençage (plus facilement PCR que séquençage) ?"
Mmm... tu veux dire marquer deux samples comme replicats, et, pour les soucis de PCR, détecter des situations comme celles qu'on a vue dans l'article / courbe log-log ? (pour les clustériser ensuite) Quelque part, cela veut dire prendre en compte la différence de % comme un des composants de la distance entre clones.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3857Comparaison / overlap de répertoires via le client vidjil2020-07-29T18:36:20+02:00Mathieu GiraudComparaison / overlap de répertoires via le client vidjil(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des ...(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des possibilités du client, donc des comparaisons basées sur un nombre raisonnable de clones (mais attention à #2506 : discussion dans #3855). Nos solutions actuelles sont l'observation du ~client-graph et le préset ~client-log-log #998.
- Créer des samples virtuels ? `A\B` et `B\A`, `A or B`, `A and B`, voire `A xor B` ? Permet ensuite d'étudier pleinement ce sample virtuel selon des axes au choix.
- Modifier des samples existants ? (hum)
- Avoir un filtre pour, sans toucher aux samples, n'afficher que les clones avec une certaine relation avec un sample particulier ? ~"client-filter"
- autres idées ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4404Pouvoir donner des dates relatives entre timepoint2020-07-10T09:41:29+02:00Thonier FlorianPouvoir donner des dates relatives entre timepointJ'ai voulu manipuler des données de publications. Je n'ai pas les dates exactes d’échantillonnage, mais juste les dates relatives entre les samples (T0; t0+7j; ...)
Pour le moment nous n'avons pas moyen d'indiquer de tel informations. J...J'ai voulu manipuler des données de publications. Je n'ai pas les dates exactes d’échantillonnage, mais juste les dates relatives entre les samples (T0; t0+7j; ...)
Pour le moment nous n'avons pas moyen d'indiquer de tel informations. J'ai donc mis des dates fictives en commençant t0 au 1er janvier 2000, et essayer de calculer les autres dates en fonction de ce repère.
Je ne sais pas comment faire pour rentrer cette information. Un format spécial, un nouveau champ ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4402Pouvoir modifier les samples en lot2020-07-10T09:29:33+02:00Thonier FlorianPouvoir modifier les samples en lotJ'ai chargé les données d'une publication contenant 7 samples.
Après lecture de la publication, j'ai décidé de rajouter des informations qui n'étaient pas présentes dans la description des données. Malheureusement, j'ai du ouvrir un pa...J'ai chargé les données d'une publication contenant 7 samples.
Après lecture de la publication, j'ai décidé de rajouter des informations qui n'étaient pas présentes dans la description des données. Malheureusement, j'ai du ouvrir un par un les samples pour ajouter cette information. Une version ou l'on pourrait mettre à jour un ensemble de sample aurait été plus rapide.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4160Pouvoir ouvrir directement la page run sans passer par patient2020-07-07T02:31:15+02:00Thonier FlorianPouvoir ouvrir directement la page run sans passer par patienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4309Afficher la sequence colorée d'un clone dans le getHTMLinfo2020-06-23T12:14:51+02:00Thonier FlorianAfficher la sequence colorée d'un clone dans le getHTMLinfoPour le moment, la méthode pour le faire passe par l'objet `Sequence`, qui est très fortement imbriqué avec le `Segmenter`.
Il faudrait donc modifier celui-ci pour y ajouter des bypass en cas de besoin et juste afficher l'information sa...Pour le moment, la méthode pour le faire passe par l'objet `Sequence`, qui est très fortement imbriqué avec le `Segmenter`.
Il faudrait donc modifier celui-ci pour y ajouter des bypass en cas de besoin et juste afficher l'information sans les parties permettant d'ajouter des espaces, gaps, mutations,...
Il y a quelques fois ou un simple `if semgenter != undefined` suffit, mais d'autre ou ce n'est pas possible.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4367Ouvrir un seul sample; lien dans le menu pour revenir aux sets parents2020-06-23T10:41:23+02:00Thonier FlorianOuvrir un seul sample; lien dans le menu pour revenir aux sets parentsEn mix avec #2728 et #2442: Serait-il envisageable d'avoir dans le menu de l'analyse (celui qui s'affiche sous le nom du patient une fois une analyse ouverte) les liens menant aux sets le comprenant.
Pour l'instant, la meilleur solutio...En mix avec #2728 et #2442: Serait-il envisageable d'avoir dans le menu de l'analyse (celui qui s'affiche sous le nom du patient une fois une analyse ouverte) les liens menant aux sets le comprenant.
Pour l'instant, la meilleur solution que nous proposons pour #2442 est de faire un compare sample avec un seul sample. @anne nous faisait la remarque que dans ce cas, nous ne pouvons retourner au set parent, et que pire, elle perdait aussi les informations sur le patients. Si nous mettons des liens à cet endroit, on simplifierait la démarche pour remonter à son/ses sets tout en permettant d'améliorer une peu l'identitovigilance.
Cela n'empêche pas aussi de corriger ce qui est affiché dans ce menu dans le cas d'un compare samples, avec un ou plusieurs samples. Si il n'y a qu'un seul sample, l'emplacement me semble idéal. Si il y en a plusieurs je n'en suis pas aussi certain. des lignes de plus dans le log me semble plus approprié par exemple.