vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-02-04T10:01:44+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1853Patient en haut à gauche : ajouter âge2021-02-04T10:01:44+01:00Vidjil TeamPatient en haut à gauche : ajouter âgeTout en haut à gauche, on pourrait voir John Doe (34y).
34y (ou 6m, ou rien) est déjà calculé par un controlleur, mais ce n'est peut-être pas facile à récupérer.
Le jour où on aura le sexe #1558, on pourra mettre éventuellement en plus ...Tout en haut à gauche, on pourrait voir John Doe (34y).
34y (ou 6m, ou rien) est déjà calculé par un controlleur, mais ce n'est peut-être pas facile à récupérer.
Le jour où on aura le sexe #1558, on pourra mettre éventuellement en plus icon-female/-male/-other.
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Plutôt que l'icône on pourrait colorer le nom en bleu ou rose.
(pardon, je sors)
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1671Mettre à disposition les reads segmentés2017-05-23T15:36:21+02:00Vidjil TeamMettre à disposition les reads segmentésAvec certaines options, on peut avoir des fichiers intéressants à donner à l'utilisateur.
Évidemment `-u` / `-U`, mais potentiellement d'autres choses. Le log complet (euh, on l'a déjà ailleurs) par exemple.
De plus, d'autres program...Avec certaines options, on peut avoir des fichiers intéressants à donner à l'utilisateur.
Évidemment `-u` / `-U`, mais potentiellement d'autres choses. Le log complet (euh, on l'a déjà ailleurs) par exemple.
De plus, d'autres programmes ont sûrement des fichiers de sortie aussi intéressant.
Bref, trouver un mécanisme flexible pour transmettre $n$ fichiers à l'utilisateur.
Cela permet d'avoir toute la puissance de l'algo même si certains trucs ne sont pas exploités par le browser.
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@nobodyWeb 2017.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1616Changer germline/genes : voir changements de stats induits2017-05-22T15:25:49+02:00Vidjil TeamChanger germline/genes : voir changements de stats induits(mis sur tâche à part, autant segmenter les tâches)
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Quelles sont les stats qui varient ?
le nombres de locus, les pourcentages, la evalue ? Lesquels sont automatiques ou lesquelles faut-ils traitées ?
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Le plus visible sont les inf...(mis sur tâche à part, autant segmenter les tâches)
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Quelles sont les stats qui varient ?
le nombres de locus, les pourcentages, la evalue ? Lesquels sont automatiques ou lesquelles faut-ils traitées ?
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Le plus visible sont les infos à haut à gauche :
total 764 757 reads
segmented 634 014 reads (82.90%)
selected locus 634 014 reads (82.90%) <--- cela peut changer
On les voit aussi quand on sélectionne des clones, en bas à droite (8 clones, 4534 reads, X.X%) et quand on fait export fasta ou bien export report. Mais normalement toutes ces choses prennent leurs infos au même endroit ?
regarde en particulier :
- model.js:update_selected_system
- clone.js:getPrintableSize et les autres fonctions appelées
(On ne change pas la evalue, c'est donné en amont par le C++)
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ok
Je trouve les infos du log auss ia changer. C'est une seul variable texte, générée directement par vidjil.
Question d'approche : Pour modifier ses valeurs, il vaut mieux parser ça dans un objet, changer la/les valeurs, recalculer la répartition/stats, et resortir le résultat sous forme de string ?
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Changement fait, mais pas encore les tests (je galère encore un peu).
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1574Envoyer des clones à BLAST2016-11-29T14:38:06+01:00Vidjil TeamEnvoyer des clones à BLASTIl faudrait un bouton "Blast" à côté de "IgBlast". En particulier lorsqu'on récupère des reads "xxx", on veut savoir ce qu'il y a dedans.
Mikaël, tu as l'air d'utiliser souvent Ensembl, le génome browser est joli et cela fait européen. ...Il faudrait un bouton "Blast" à côté de "IgBlast". En particulier lorsqu'on récupère des reads "xxx", on veut savoir ce qu'il y a dedans.
Mikaël, tu as l'air d'utiliser souvent Ensembl, le génome browser est joli et cela fait européen. Peux-tu regarder, ou au moins dire quelles options tu utilises ?
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J'avais regardé ils ont une API mais pas pour lancer Blast il faudra passer par la simulation de formulaire aussi.
http://www.ensembl.org/Multi/Tools/Blast?db=core
J'utilise les options par défaut. Le hic (petit, mais quand même), c'est que les séquences sont cherchées sur l'humain par défaut. Pour la souris ou le rat… il faudrait changer.
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ok... il n'y a plus qu'à trouver un volontaire pour faire cela (crossDomain.js / segmenter.js) :-)
Dans un premier temps, si l'humain fonctionne, c'est déjà cela (est-ce que la souris et le rat fonctionnent sur IMGT et IgBlast ?)
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utiliser aussi les fonctions exportFasta du modèle ?
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Fait.
J'ai utiliser l'API, et mis les paramètres de bases.
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Bien. Chez moi cela fonctionne... mais pour un clone.
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1477Voir les séquences germlines2016-11-29T14:36:50+01:00Vidjil TeamVoir les séquences germlinesDemande de Yann
- au minimum, lui envoyer une fois pour toute les séquences
- peut-être trouver un meilleur mécanisme pour exporter cela à la demande (type sortie de ./vidjil -A dans export)
***
Mail envoyé avec les séquences
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Dans l...Demande de Yann
- au minimum, lui envoyer une fois pour toute les séquences
- peut-être trouver un meilleur mécanisme pour exporter cela à la demande (type sortie de ./vidjil -A dans export)
***
Mail envoyé avec les séquences
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Dans le menu "import/export", on aimerait avoir une entrée "export Fasta (selected clones, with germline)" qui sort en plus les V et J des clones sélectionnés. Tatiana, pourrais-tu regarder cela ?
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Ce serait toujours une fonctionnalité très intéressante...
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Je confirme que ce serait très utile.
Ce matin, pour répondre à Jona, j'ai du repasser par un terminal faire ./vidjil -A :-)
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Super, c'est quasi bon !
// y a-t-il une raison de tester qu'ils ne soient pas "undefined" ?
Et oui : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=850&config=26
sélectionner la séquence ?/?, export > bug
Plus généralament, germline[germName][listGene[i]] peut louper pour d'autres raisons (un germline non présent dans germline.js)
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http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=845&config=25
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1473Axes génériques, depuis .json (coverage, evalue...)2021-07-12T16:09:41+02:00Vidjil TeamAxes génériques, depuis .json (coverage, evalue...)Être capable d'afficher n'importe quelle donnée passée dans le .json.
Notons que l'auto-découverte (comme pour le segmenter) peut ne pas être toujours très robuste et faire du bruit dans certains cas. Une solution acceptable pourrait êt...Être capable d'afficher n'importe quelle donnée passée dans le .json.
Notons que l'auto-découverte (comme pour le segmenter) peut ne pas être toujours très robuste et faire du bruit dans certains cas. Une solution acceptable pourrait être de demander à l'utilisateur de fournir une liste "axis" indiquant les axes à considérer (et en profiter pour demander le type entier / flottant / ..., ce qui peut être difficile à deviner).
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Après réflexion, oui, il faudrait vraiment un mécanisme générique pour qu'on puisse spécifier quels axes on veut et ce qu'ils signifient (et on peut en profiter pour passer une chaîne d'aide) :
En ce moment, on aimerait pouvoir afficher
_coverage, en float, entre 0 et 1, "Coverage of the representative"
seg._evalue, en float, en échelle log, "E-value (number of k-mers)"
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ping
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Revenu au goût du jour le mois dernier avec "productive".
"Axes" veut dire x, y, et aussi couleur.
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@nobodyRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1471Axes génériques : refactor scatterplot2017-04-27T08:15:50+02:00Vidjil TeamAxes génériques : refactor scatterplotJuste pour mémoire.
Rajouter un axe d'analyse ne devrait se faire qu'à un seul endroit, et il devrait être visible dans les axes du Grid/Bar plot, dans ceux de tri de la liste, dans ceux de coloration de la liste...
Un axe peut être...Juste pour mémoire.
Rajouter un axe d'analyse ne devrait se faire qu'à un seul endroit, et il devrait être visible dans les axes du Grid/Bar plot, dans ceux de tri de la liste, dans ceux de coloration de la liste...
Un axe peut être (cela pourrait être spécifié à l'initialisation) :
- booléen (productif / pas productif) (faut-il distinguer de discret ?)
- discret (gènes V)
- numérique entier
- numérique float
(faut-il distinguer les cas entiers/float ? à priori oui pour ne pas faire n'importe quoi dans les échelles de la Grid/BarPlot) #2360
- numérique float entre 0% et 100% (faut-il distinguer ?)
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@DuezRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1449Afficher les .affects dans le browser2016-11-29T14:36:28+01:00Vidjil TeamAfficher les .affects dans le browserVu ce que Marc a mis en place pour le CDR3, cela devrait être facile d'afficher des .affects sur les séquences , type :
+H+H _ _ _ +K _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ +h+h+h+h+h
Est-ce que le truc fonctionnerait ...Vu ce que Marc a mis en place pour le CDR3, cela devrait être facile d'afficher des .affects sur les séquences , type :
+H+H _ _ _ +K _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ +h+h+h+h+h
Est-ce que le truc fonctionnerait si on met plusieurs features "H" dans une même séquence ?
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- côté cpp:
- Lorsque l'option '-K' est mise, mettre aussi les .affects dans le json .vidjil ... (en debug, typiquement avec -X 100)
- et sinon, on pourrait aussi le faire par défaut pour les séquences FineSegmentées... ou avec option ?
- côté .js : à voir
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On discute de cela jeudi matin
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- côté .js : c'est bon. 35cd4fe8
Il suffit de mettre dans le .vidjil un { start:"0", stop:"xxx", seq:" ") avec la séquence des affects (un seul caractère, pas deux, tant pis pour le +/-).
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C'est parfait ainsi. Un bon jeu d'options est ainsi -!KAX 100 -1 -k 10, comme dans la config 'debug-100-k10' sur rbx.
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1375Raccourci clavier : shift-N pour normalisation2017-10-23T11:33:42+02:00Vidjil TeamRaccourci clavier : shift-N pour normalisationShift-N devrait pouvoir activer/désactiver la normalisation (ou cycler entre les normalisations s'il y en a plusieurs)
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@CyanaelShift-N devrait pouvoir activer/désactiver la normalisation (ou cycler entre les normalisations s'il y en a plusieurs)
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1298API : accès à la visu d'un patient2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamAPI : accès à la visu d'un patientScénario : on veut montrer quelque chose à des collèges sur un patient particulier, on a envie de leur donner l'URL qui permet de voir directement le suivi d'un patient donné avec une config donnée plutôt que de leur dire cliquez ici, là...Scénario : on veut montrer quelque chose à des collèges sur un patient particulier, on a envie de leur donner l'URL qui permet de voir directement le suivi d'un patient donné avec une config donnée plutôt que de leur dire cliquez ici, là, puis là.
***
Par exemple http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=15&config=2 (avec un bouton share pour récupérer l'URL ou alors Vidjil nous met automatiquement à cette URL-là lorsqu'on visualise le suivi d'un patient).
Ou mieux : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=CasMax&config=IGH-500
***
Je vote plutôt pour http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=15&config=2
parce que les noms des patients (...) et surtout des configs peuvent changer.
(et aussi par anonymat, les URLs sont stockées partout, pas génial de balancer les noms des patients)
Peut-être hasher cela pour que ce soit moins translucide ?
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=df541da5&config=2
***
(et voir comment cela se passe lorsqu'ils ne sont pas loggués, peuvent-ils être redirigés comme il le faut lors du log)
***
>> 167408d80c424
-redirection ok
-shortcut ("?patient=15&config=2") ok
pour changer l'url sans recharger la page
history.pushState('plop', 'plop', '/browser/index.html?patient=32&config=5');
pour le bouton share (copie dans le presse papier >> need flash)
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Excellent.
Et je ne connaissais pas pushState, et cela fonctionne même sur mon navigateur propriétaire :)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1195Pouvoir trier les tableaux de la base de données par n'importe quelle colonne2016-11-29T14:33:02+01:00Vidjil TeamPouvoir trier les tableaux de la base de données par n'importe quelle colonnePar exemple un clic sur le nom de la colonne.
Cela devient difficile (en particulier pour l'admin) de s'y retrouver dans les grands tableaux :-)
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>>1ad4f563370158
***
super
***
@DuezPar exemple un clic sur le nom de la colonne.
Cela devient difficile (en particulier pour l'admin) de s'y retrouver dans les grands tableaux :-)
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>>1ad4f563370158
***
super
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1076Passer d'un point de suivi au suivant/précédent avec les flèches directionnelles2016-11-29T14:31:30+01:00Vidjil TeamPasser d'un point de suivi au suivant/précédent avec les flèches directionnellesc'est absolument génial
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@Duezc'est absolument génial
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1052Sélection de tous les clones Vx-Jy sur le scatterplot2016-11-29T14:31:09+01:00Vidjil TeamSélection de tous les clones Vx-Jy sur le scatterplotPour un x et/ou un y fixé
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Pour l'instant, tous les Vx *ou* tous les *Jy*, en cliquant sur le nom du V ou du J.
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Est-ce que cela pourrait étendu à tous les axes ? (Cliquer sur longueur du clone sélectionne les clones de cette longu...Pour un x et/ou un y fixé
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Pour l'instant, tous les Vx *ou* tous les *Jy*, en cliquant sur le nom du V ou du J.
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Est-ce que cela pourrait étendu à tous les axes ? (Cliquer sur longueur du clone sélectionne les clones de cette longueur).
Pas si évident, car dès que les variables sont plus au moins continues, l'axe n'est pas affiché tous les 1. Il faudrait que le clic sélectionne ceux qui sont plus près de cet axe que des autres axes...
Bref, c'est déjà bien si cela fonctionne pour Vx ou Jy.
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Tatiana, est-ce que tu pourrais regarder cela ? Avant il faut demander à Marc si le mécanisme d'axe est suffisament stable (je crois que oui maintenant). Et essayer de faire un truc directement générique, même pour les valuers continues :-)
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- Axe X : presque ok (ne fonctionne pas en échelle log)
- Axe Y : moyen (fonctionne seulement quand le point est vraiment sur l'axe)
- Pas de désélection automatique
- Tests en cours de création
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@Cyanael @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1044afficher "7 clones (54554 reads, 31.2%)"2016-11-29T14:31:03+01:00Vidjil Teamafficher "7 clones (54554 reads, 31.2%)"
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#1043
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#1043https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1043Stats sur les clones sélectionnés2016-11-29T14:31:03+01:00Vidjil TeamStats sur les clones sélectionnésA minima le nombre de reads et le pourcentage correspondant aux clones sélectionnés et possiblemement des stats supplémentaires (distrib des V ? stats sur la jonction ? distib des N ?)
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Tout à droite de #bot-bar, on peut déjà mettre "...A minima le nombre de reads et le pourcentage correspondant aux clones sélectionnés et possiblemement des stats supplémentaires (distrib des V ? stats sur la jonction ? distib des N ?)
***
Tout à droite de #bot-bar, on peut déjà mettre "7 clones (54554 reads, 31.2%)"
Les stats supplémentaires, on verra plus tard.
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bonsoir Tatiana,
Voici la première tâche qu'on te donnera demain : quand on a un clone, ou plusieurs clones sélectionnés, on aimerait pouvoir savoir quelle est la taille de la sélection. Ce sera l'occasion de t'initier au Javascript... et au code du browser, dans browser/js.
On en parle demain matin, bonne soirée...
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Manque le code css pour bien mettre au bon endroit
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css: 7972734
merci Tatiana !
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#1044
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1013Bascule entre plusieurs jeux de données, on doit se souvenir des .analysis et...2019-03-19T18:38:25+01:00Vidjil TeamBascule entre plusieurs jeux de données, on doit se souvenir des .analysis et des paramètres d'affichage (nb de clones, vue en cours)En ce moment, si on fait des réglages (que ce soit des fusions de clones ou autre), on perd tout si on va voir un autre jeu de données.
***
Faudrait-il sauvegarder dans .analysis les différents paramètres ?
***
Doublon "Proposer de sauve...En ce moment, si on fait des réglages (que ce soit des fusions de clones ou autre), on perd tout si on va voir un autre jeu de données.
***
Faudrait-il sauvegarder dans .analysis les différents paramètres ?
***
Doublon "Proposer de sauvegarder l'analyse avant de changer de fichier (pour éviter de perdre des heures de travail)"
***
Quand on bascule entre plusieurs jeux, cela doit être transparents, sans proposer à l'utilisateur (scénario: on discute de plusieurs patients, on fait des aller-retours entre 2-3 jeux... ce n'est qu'à la fin qu'on sauvegarde, ou toujours en arrière-plan ?)
***
Voir aussi la tâche "Stockage des préférences" #878
***
normalisé ou pas, avec quel clone
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/992Surligner la ligne survolée dans l'aligneur2016-11-29T14:30:19+01:00Vidjil TeamSurligner la ligne survolée dans l'aligneurLorsqu'on veut supprimer certaines lignes, il faut cliquer à gauche, mais il faut être sûr que la souris soit sur la bonne ligne, avoir une aide visuelle (avec le surlignement) serait utile
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>> 88066ad0eb1c17b
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bien, bien plus prat...Lorsqu'on veut supprimer certaines lignes, il faut cliquer à gauche, mais il faut être sûr que la souris soit sur la bonne ligne, avoir une aide visuelle (avec le surlignement) serait utile
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>> 88066ad0eb1c17b
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bien, bien plus pratique
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/971sélection rectangulaire sur le graph, pb si on dépasse du bord2018-11-20T09:22:02+01:00Vidjil Teamsélection rectangulaire sur le graph, pb si on dépasse du bordJe vois au moins un bug :
Si on dépasse du graphe, lacher le bouton ne fait rien.
Cela rend difficile (voire impossible) la sélection de paquets près du "bord"
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mvoui ?
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@RyanHerb @DuezJe vois au moins un bug :
Si on dépasse du graphe, lacher le bouton ne fait rien.
Cela rend difficile (voire impossible) la sélection de paquets près du "bord"
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mvoui ?
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/940faire aussi CMD_GERMLINES avec le MultiGermline2016-11-29T14:29:34+01:00Vidjil Teamfaire aussi CMD_GERMLINES avec le MultiGermline
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#930
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#930https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/939Le Germline choisi est transféré à vidjil.cpp2016-11-29T14:29:34+01:00Vidjil TeamLe Germline choisi est transféré à vidjil.cpp
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