vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-01-09T17:16:15+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1684Afficher séparément les tubes de PCR différents, même quand ils concernent le...2019-01-09T17:16:15+01:00Vidjil TeamAfficher séparément les tubes de PCR différents, même quand ils concernent le même locusDemande de Yann: quand on fait Vg1-9 et Vg10, on aimerait voir les % par rapport au tube de PCR.
La même question se pose pour quasiment tous les locus, en fonction des tubes utilisés.
- afficher cela comme deux locus différents ? (dan...Demande de Yann: quand on fait Vg1-9 et Vg10, on aimerait voir les % par rapport au tube de PCR.
La même question se pose pour quasiment tous les locus, en fonction des tubes utilisés.
- afficher cela comme deux locus différents ? (dans ce cas, on ne voit plus de grid avec tout le TRG)
- est-ce que le browser est bien robuste au changement de germlines.data ? (difficulté avec germlines.js) ?
- avoir un germlines.data différent par utilisateur / par patient ? ou stocker cela dans le .vidjil ?
- ou bien déjà avoir plusieurs germlines.data (un comme actuel, un Lille, un tubes BIOMED-2, ...) ?
à réfléchir
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1700Statistiques sur le sens de la segmentation de chaque clone2017-11-29T13:41:45+01:00Vidjil TeamStatistiques sur le sens de la segmentation de chaque cloneIl faudrait afficher dans le browser le strand ratio pour chaque clone (avec un warning quand c'est très biaisé).
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Et donc avant, le stocker dans le cpp et l'exporter
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@magiraud @mikael-sIl faudrait afficher dans le browser le strand ratio pour chaque clone (avec un warning quand c'est très biaisé).
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Et donc avant, le stocker dans le cpp et l'exporter
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1744Contrôle de la contamination sur un run2022-07-26T12:08:26+02:00Vidjil TeamContrôle de la contamination sur un runDemandé par Nathalie vendredi dernier au CHR.
"Ce serait bien d'avoir, d'un coup d'oeil, des trucs pour voir tout un run, s'il y a des contaminations en particulier".
Cela rentre dans les réflexions en cours sur "run" / "tags" / ...
...Demandé par Nathalie vendredi dernier au CHR.
"Ce serait bien d'avoir, d'un coup d'oeil, des trucs pour voir tout un run, s'il y a des contaminations en particulier".
Cela rentre dans les réflexions en cours sur "run" / "tags" / ...
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Marc, tu devrais nous expliquer un jour ce que tu fais en interne pour les contaminations.
Y a-t-il une manière de le visualiser ?
Si par exemple on va sur http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=10946&custom=10947&custom=10948&custom=10949&custom=10950&, comment peut-on voir s'il y a des clones communs ?
Entre deux points contigus c'est simple, sinon c'est plus dur;
Un "color by number of samples" ?
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Tiens, si "nb of samples" était une dimension d'affichage, on pourrait faire des trucs rigolos.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1754Select All / Exporter tous les clones2019-01-18T15:34:11+01:00Vidjil TeamSelect All / Exporter tous les cloneshttp://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1233&config=25
Il y a 52 reads segmentées, j'aimerais pouvoir les récupérer...
Ne faudrait-il pas une fonction "Select All" pour tout sélectionner, pour faire ensuite un "Export Fasta" ou autre cho...http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1233&config=25
Il y a 52 reads segmentées, j'aimerais pouvoir les récupérer...
Ne faudrait-il pas une fonction "Select All" pour tout sélectionner, pour faire ensuite un "Export Fasta" ou autre chose ? Même dans les cas normaux, on serait content d'avoir un fasta des 100-200 clones chargés.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1778Diagramme de Venn et log-log2021-11-19T11:06:56+01:00Vidjil TeamDiagramme de Venn et log-logDiagramme de Venn, éventuellement avec slider pour raffiner le top (euh, non, on a déjà ce slider). A deux samples, voire à trois ou quatre ?
Voir aussi #998
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@nobodyDiagramme de Venn, éventuellement avec slider pour raffiner le top (euh, non, on a déjà ce slider). A deux samples, voire à trois ou quatre ?
Voir aussi #998
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1783Indice/index de clonalité ou autres valeurs sur le time graph2019-03-21T10:10:08+01:00Vidjil TeamIndice/index de clonalité ou autres valeurs sur le time graphIl faudrait afficher les nouvelles valeurs calculées dans 'diversity'.
Au minimum dans le getHTMLinfo, au mieux sur la courbe.
C'est peut-être l'occasion de réutiliser ce qui est fait pour afficher les trucs de normalisation (est-ce enc...Il faudrait afficher les nouvelles valeurs calculées dans 'diversity'.
Au minimum dans le getHTMLinfo, au mieux sur la courbe.
C'est peut-être l'occasion de réutiliser ce qui est fait pour afficher les trucs de normalisation (est-ce encore fonctionnel) ? Comment fait-on pour afficher des valeurs arbitraires pour chaque point ?
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getHTMLinfo: fait
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1800should-vdj-to-tap.py: meilleur diff, détailler l'échec2016-11-29T14:40:46+01:00Vidjil Teamshould-vdj-to-tap.py: meilleur diff, détailler l'échecCe serait sympa d'avoir un meilleur diff (pourquoi pas coloré) entre le .should-vdj et ce que donne Vidjil (ou un autre programme). Et éventuellement des résultats à la fin du type "errors in V gene / V allele / N / ...". Et des calculs ...Ce serait sympa d'avoir un meilleur diff (pourquoi pas coloré) entre le .should-vdj et ce que donne Vidjil (ou un autre programme). Et éventuellement des résultats à la fin du type "errors in V gene / V allele / N / ...". Et des calculs plus rigolos sur le N (taille conservée...)
Mais tout cela demanderait de changer le principe actuel de should-vdj-to-tap.py: pour l'instant, on compile une regexp, c'est tout. Pour être plus flexible, on ferait tout à la main (ou bien une suite de regexps).
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1801CD et autres choses utiles pour l'immuno en RNA-Seq2021-11-19T11:06:55+01:00Vidjil TeamCD et autres choses utiles pour l'immuno en RNA-Seq(splité depuis "Classes des Ig en RNA-Seq" #2261 ?)
On ne va pas devenir un outil générique de mapping...
... néanmoins, est-ce que cela ne vaudrait pas le coup de détecter qui pourraient arriver en RNA-Seq ? (voire en capture, cela dé...(splité depuis "Classes des Ig en RNA-Seq" #2261 ?)
On ne va pas devenir un outil générique de mapping...
... néanmoins, est-ce que cela ne vaudrait pas le coup de détecter qui pourraient arriver en RNA-Seq ? (voire en capture, cela dépend du protocole)
Par exemple au moins les CD3, CD4, CD8, CD19, CD45RA/CD45RO... ou d'autres...
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Cela est fortement tentant d'avoir une méthode de segmentation qui fait... uniquement du mapping sur des gènes connus #1724. Hum, c'est interdit par la doxa de Vidjil (recombinaisons)... mais l'intérêt serait toujours de suivre des populations et des ratios (par exemple, un pseudo-germline avec tous les CDx, et les ratios seraient intéressants).
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1887Nouvelle vue, grid avec tous les locus / résumé2020-12-04T14:17:28+01:00Vidjil TeamNouvelle vue, grid avec tous les locus / résuméProposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
...Proposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
Mais on pourrait aussi voir un "mini-scatterplot", comme sur le `TRA` (on ne voit pas les axes, mais on se doute qu'il y a deux paquets).
Les rectangles ne doivent pas être visible, ils montrent juste ce qui peut être regroupé pour que cela tienne tout seul sur 1 ligne ou 2.
Enfin, on verra ce qu'on mettra dans la liste des valeurs (reads, clone, ...). On n'est pas obligé d'avoir la légende, un tooltip pourrait suffire ?
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Il y a beaucoup de nombres, ce n'est pas parsable très facilement. Avoir la vue en histo pour montrer le nombre de reads, clones par système ? Plus une courbe pour montrer un indice de diversité ?
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On peut déjà faire une vue plot (ou bar): `x` = locus, `y` = autre chose (comme size ou...) Mais ce n'est pas très sexy.
L'idée est d'avoir un endroit avec une vue globale. Et de limiter effectivement les nombres à ce qu'on pense le plus important (voire à remplacer les nombres par un truc visuel). Mais peut-être que certaines personnes voudraient voir d'autres informations (par ex le % de productif). Autres propositions bienvenues.
courbe + indice de diversité : voir #1783. Par contre, une courbe avec l'axe `x` qui serait les locus serait confus (pour l'instant on ne fait que des courbes sur le time graph, voir nouvelle tâche)
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1921Créer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)2018-01-10T10:45:58+01:00Vidjil TeamCréer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typi...Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typiquement une vérification Sanger ou une séquence qui vient d'ailleurs.
On pourrait avoir quelque part dans le browser un truc "add virtual clones", qui lance Vidjil sur un petit nombre de clones... et rajoute le résultat au sample courant (avec un flag type "virtual"). À voir si cela ne perturbe pas trop le reste (et serait-ce sauvé dans le .analysis ?)
Autre solution (mais pas dans le même sample) : créer un sample à partir d'une séquence copiée/collée, sans avoir à uploader un fichier.
À discuter.
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Aurélie et Nathalie seraient aussi très contentes si on pouvait faire cela.
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→ sujet projet Armand
* [ ] isQuantifiable()
* [ ] éventuellement nettoyer isVirtual()
* [ ] modifier les différentes vues (pas de graphe, scatterplot différent)
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@nobodyWeb 2018.012017-08-27https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1943Cluster par courbes ayant même dynamique temporelle2021-11-19T11:06:56+01:00Vidjil TeamCluster par courbes ayant même dynamique temporelle
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@magiraud
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@magiraudMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1952Export csv générique sur toute vue grid / bar2017-11-29T13:44:21+01:00Vidjil TeamExport csv générique sur toute vue grid / barPouvoir exporter un .csv correspondant à une vue du scatterplot (clones affichés, axes X/Y/couleur utilisés). En grid comme en bar. Les bios vont adorer, grosse feature pour eux.
Rando 2016: Marc voit comment faire cela.
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@DuezPouvoir exporter un .csv correspondant à une vue du scatterplot (clones affichés, axes X/Y/couleur utilisés). En grid comme en bar. Les bios vont adorer, grosse feature pour eux.
Rando 2016: Marc voit comment faire cela.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1972Sortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représe...2018-06-25T16:48:04+02:00Vidjil TeamSortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représentativité (à la JalView)Cf. mail de Marine du 16/08 17h20 : on a une séquence consensus sortie par Vidjil qui ne fait que ~120bp parce qu'il se passe quelque chose de bizarre dans le FR3 (beaucoup de variabilité apparemment). L'histogramme sur la totalité du co...Cf. mail de Marine du 16/08 17h20 : on a une séquence consensus sortie par Vidjil qui ne fait que ~120bp parce qu'il se passe quelque chose de bizarre dans le FR3 (beaucoup de variabilité apparemment). L'histogramme sur la totalité du consensus (donné par Jalview) est en pièce jointe.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1996Afficher certaines séquences particulières, même en-dessous du -t2020-06-11T11:26:37+02:00Vidjil TeamAfficher certaines séquences particulières, même en-dessous du -tLorsque des séquences d'intérêt sont en dessous du -t 100 de fuse.py on veut qu'elles finissent malgré tout dans le fichier final. Quelle solution retenir ?
* Les passer explicitement en paramètre du fuse.py ? Pas très simple pour notre...Lorsque des séquences d'intérêt sont en dessous du -t 100 de fuse.py on veut qu'elles finissent malgré tout dans le fichier final. Quelle solution retenir ?
* Les passer explicitement en paramètre du fuse.py ? Pas très simple pour notre serveur de faire ça
* Avoir un champ dans le fichier .vidjil qui dise au fuse.py « prends-moi » ? Les champs correspondants aux clones sont assez descriptifs. Là on ajouterait un champ purement « computationnel ». Ça polluerait un peu le fuse…
***
Le champ dans le `.vidjil` pourrrait être un "label", qui ne serait pas forcément oui/non mais pourrait ajouter de la sémantique (comme on faisait il y a longtemps avec l'option "-l"). C'est donc descriptif. (On a déjà "name", qu'on utilise pas comme cela.)
Dans un premier temps, fuse.py pourrait tout simplement garder les séquences avec label. Dans un deuxième, fuse pourrait avoir des paramètres pour spécifiquement garder/ignorer certains labels.
***
Au fait, dans #1007, un vieux commentaire disait :
> "un flag faisant qu'il prend le nom des fichiers fasta comme "name" dans le `.vidjil` (et sort `top: 0`, ou, mieux, un nouveau flag ?)"
On peut effectivement déjà forcer avec `top: 0`. Utiliser "name" ne me semble pas une bonne idée maintenant.
***
Forcer le top : bof, on perd l'info.
Je pense que la situation était différente dans l'autre tâche puisqu'il n' s'agit pas de séquences appartenant réellement au jeu de données. Ce qui n'est pas notre cas ici.
***
nouvelle option `--label` (édité, ancienneemnt `-W`) + d332792 : on a le `label`
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2031Pré-sélectionner un .analysis (standards connus, ...)2019-04-02T11:33:00+02:00Vidjil TeamPré-sélectionner un .analysis (standards connus, ...)On en avait parlé il y a déjà très longtemps (c'était même une fonctionnalité prévue avec Marc au tout début) : le "import analysis" est fantastique, permet par exemple de pré-charger une analyse avec des spikes ou autre chose.
Revenu ...On en avait parlé il y a déjà très longtemps (c'était même une fonctionnalité prévue avec Marc au tout début) : le "import analysis" est fantastique, permet par exemple de pré-charger une analyse avec des spikes ou autre chose.
Revenu au goût du jour par une demande explicite de Michaela :
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Dear Mathieu and Mikael,
as you probably know, we in Kiel are now extensively using Vidjil for the analysis of our routine marker screening data.
We now want to start using spike-ins, because it is necessary for correction of targets representation.
Would it please be possible that we upload the sequences of spike-ins into vidjil and these will be always marked (eg. with diferrent colour), so that we can easily distinguish spike-in sequences from patients' sequences?
Thank you very much for your answer and have a nice weekend,
Michaela
====
Réponse de Mathieu :
=== Preparation, only once
1) Create a « patient » with the name « Spikes » (or what you want).
2) Upload there a Fasta file containing only the spikes (this could be an artificial Fasta file with only a few sequences)
3) Run it (with the same config that you use)
4) Once the run is completed, on the results, color what you want. Moreover, we advise to name the spike clones with a more meaningful label such as « Spike A » (in the list, double-click on the name of the clone). Note that the original name is still accessible, both on the status bar and on the information panel on each clone.
5) Click on « import/export → export analysis ». This will download a very small file that you can store on your computer, renaming it to something like « spikes.analysis »
=== Usage
Each time you have a new patient/sample, once the run is completed
6) Click on « import/export → import analysis » and select the file « spikes.analysis » from your computer. This will color the spikes. This step should be done *before* any other work on the sample, as it may reset some work done.
7) As usual, work on the sample, possibly merging / tagging some clones
8) Then « save patient » will save both the imported spikes and your work on the sample
In the future, we would like to improve this procedure to avoid step 6), but it would require some development.
***
Bref, serait-il possible de faire cela de manière plus intégrée ?
- un "import analysis" qui prenne directement un fichier sur le serveur ?
- un réglage dans la config ou ailleurs qui applique un .analysis dès le fuse ? (euh, les fused ne sont pas les .analysis !)
Liste déroulante quelque part des analysis disponibles ? Ceux qui sont marqués d'une certaine manière ?
Enfin, est-ce que "import analysis" fait bien un reset de tout ? Ou bien un merge ?
***
Autre application possible : tagger certains recombinaisons publiques, et tagger la non-recombinaison Dh7-J (on a parlé de Dh7 à la réunion Inca aujourd'hui)
***
Avec la méthode actuelle, attention au contexte dans lequel le fichier .analysis est généré. S'il contient trop d'informations, cela écraserait celles du sampleset dans lequel il est importé. cf. https://www.producteev.com/workspace/t/58221473b2fa094c7500000d
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2236Faut-il afficher 1000 clones dans le client sur un échantillon ?2019-04-08T14:18:32+02:00Mathieu GiraudFaut-il afficher 1000 clones dans le client sur un échantillon ?Discussion originale et plus fine dans #1382, depuis au moins début 2016.
Réévoqué ce matin avec ~"Paris-Pitié".
On souhaiterait afficher au plus 1000 clones (même sur un échantillon, même sur un seul système, typiquement `IGH` pour ~"b...Discussion originale et plus fine dans #1382, depuis au moins début 2016.
Réévoqué ce matin avec ~"Paris-Pitié".
On souhaiterait afficher au plus 1000 clones (même sur un échantillon, même sur un seul système, typiquement `IGH` pour ~"bio-CLL" ), et que cela ne rame pas. Indépendamment de #1382, cette tâche (uniquement ~client) réfléchit sur la pertinence d'afficher plus de clones.
cc @mikael-s @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2299Afficher d'un coup les clones de plusieurs samples / d'un set2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudAfficher d'un coup les clones de plusieurs samples / d'un setÀ propos des contaminations #1744, nous avons eu la discussion suivante :
> @magiraud : Pour un run, ce serait pertinent de visualiser par défaut un grid tel que "nb of samples / locus"...
> @mikael-s : Sauf que — actuellement — la gr...À propos des contaminations #1744, nous avons eu la discussion suivante :
> @magiraud : Pour un run, ce serait pertinent de visualiser par défaut un grid tel que "nb of samples / locus"...
> @mikael-s : Sauf que — actuellement — la grille porte sur un seul échantillon. On ne verra donc que la contamination de l'échantillon courant dans les autres échantillons.
Une critique similaire (moins importante) pourrait s'appliquer à la fonctionnalité "size (other sample)". Serait-il donc souhaitable de pouvoir voir les clones de *plusieurs* samples en même temps, voire de tous les samples d'un sample set ? Outre les cas mentionnés, on pourrait aussi alors aligner/comparer des clones de samples différents. Y aurait-il d'autres applications, typiquement ~"bio-control" ?
En négatif, cela risquerait de casser fortement nos habitudes (et que deviendrait la boîte en haut à gauche ?) et donc peut-être de nuire à l'~"client-ergonomy" globale.
cc @RyanHerb @flothoni @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2324Bar plots en replicate2019-04-17T14:28:41+02:00Mathieu GiraudBar plots en replicateDans Arrest ~"repseq-Nikos", on peut voir un bar plot de deux expériences (au lieu d'une barre, il y a deux barres côte à côte). On peut même soustraire, comme Nikos le montre à ~"ec-ngs".
Faire cela de notre côté remettrait en cause no...Dans Arrest ~"repseq-Nikos", on peut voir un bar plot de deux expériences (au lieu d'une barre, il y a deux barres côte à côte). On peut même soustraire, comme Nikos le montre à ~"ec-ngs".
Faire cela de notre côté remettrait en cause notre modèle "un sample sélectionné" (mais #2299 aussi), mais surtout, afficherait un clone à deux endroits dans la même vue, ce qui changerait encore plus notre manière de naviguer. Bref, je mettrais bien ~"wont-fix".
cc @flothoni @aurelBZH @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4539stats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un set2023-03-28T16:18:06+02:00Mathieu Giraudstats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un setCertains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur ...Certains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur la page d'un set un bouton "preview all samples" qui fait tout cela d'un coup ? (Derrière, le ~"server-fuse" a déjà été lancé s'ils sont dans le même set #4538)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4548Pouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons ...2020-11-03T09:37:59+01:00Mathieu GiraudPouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons particulières
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioin...
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioinformaticien en lien avec un utilisateur) d'éditer (de manière générique) ces choses ? Et donc de les stocker dans le `.vidjil` / les exporter dans le 'get support' ? En marquant d'une certaine manière (warning ?) que la séquence a été éditée manuellement ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4554Fuse de fichier avec des windows mix de 50 et 60 nt2020-11-06T11:01:24+01:00Thonier FlorianFuse de fichier avec des windows mix de 50 et 60 ntUne question me vient. En routine il y a de cela un temps fort fort lointain, on avait des windows de taille 50, et maintenant nous sommes passé à 60.
Dans ce cas, les nouvelles analyses ne devrait pas être compatible lors du fuse non ?...Une question me vient. En routine il y a de cela un temps fort fort lointain, on avait des windows de taille 50, et maintenant nous sommes passé à 60.
Dans ce cas, les nouvelles analyses ne devrait pas être compatible lors du fuse non ?
De plus, est-ce que l'on test réellement ces comportements de mix inter-version ? Dans le cadre des tests COFRAC des hôpitaux ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4557Avoir un champ type "created/uploaded_time" pour les sets, les samples ?2021-04-20T10:24:36+02:00Mathieu GiraudAvoir un champ type "created/uploaded_time" pour les sets, les samples ?Évoqué ce midi, à propos de !837 : avoir un nouveau champ en BD. Que veut-on exactement ? Création, upload ?
cc @duez @flothoniÉvoqué ce midi, à propos de !837 : avoir un nouveau champ en BD. Que veut-on exactement ? Création, upload ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4579Comment relancer les fuse sur un serveur2020-11-23T13:37:35+01:00Thonier FlorianComment relancer les fuse sur un serveurJ'ai mis à jour fuse pour qu'il remonte un nouveau warning (#4566).
Ce nouveau warning peut avoir une incidence non nul sur une interprétation. Comment est-il possible de relancer les fuse sur un certain nombre d'analyses récentes ? Dan...J'ai mis à jour fuse pour qu'il remonte un nouveau warning (#4566).
Ce nouveau warning peut avoir une incidence non nul sur une interprétation. Comment est-il possible de relancer les fuse sur un certain nombre d'analyses récentes ? Dans ce cas, faut-il aussi avoir la version spécifique du fuse disponible quelque part ? Comment être certain que l'analyse que l'on regarde ait inclut cette fonction lors du fuse ?
* La technique actuellement serait possiblement de conseiller de relancer au moins une analyse puisque l'on sait que le fuse se fera automatiquement une fois celle-ci finit.
* Ne serait-il pas possible de le faire automatiquement ? Dans ce cas, on crash ou on obstrue le serveur car il y en aurait pour très longtemps (et ce n'est pas pour aller en s'améliorant.
* Ne lancer que sur les XXX analyses les plus récentes ?
* Avoir un bouton spécifique dans la page du set sans avoir a relancer une analyse ? Ce bouton ne serait disponible que si la version du fuse est différente par exemple ?
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4667Documentation, avoir un champ de recherhce2021-01-27T11:13:55+01:00Thonier FlorianDocumentation, avoir un champ de recherhceNotre doc est sur Mkdocs, et il existe par défaut un moyen d'avoir une bar de recherche interne à la doc.
En ce moment c'est désactivé. Cela est possiblement provoqué par le fait que nous ayons une version statique de la doc, et non pa...Notre doc est sur Mkdocs, et il existe par défaut un moyen d'avoir une bar de recherche interne à la doc.
En ce moment c'est désactivé. Cela est possiblement provoqué par le fait que nous ayons une version statique de la doc, et non pas un serveur. Il faut vérifier si c'est la raison, et voir quand même si il n'existe pas l'option sur un site statique, ou via un plugin.
L'autre option est de lancer des recherches sur google avec l'option site:vidjil.org/docMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4802Pouvoir affiché plus de clones pour les données de capture2021-05-27T18:07:20+02:00Thonier FlorianPouvoir affiché plus de clones pour les données de captureUn utilisateur avec des données de capture demande à afficher plus de clones. Cela lui est utile puisque dans son cas, il a 390 reads , mais avec 320 clones. On a donc beaucoup de clones avec 1 seul read qui sont cachés de manière semi-a...Un utilisateur avec des données de capture demande à afficher plus de clones. Cela lui est utile puisque dans son cas, il a 390 reads , mais avec 320 clones. On a donc beaucoup de clones avec 1 seul read qui sont cachés de manière semi-aléatoire (reproductible entre 2 lancement; ou entre 2 séquençages ? A priori oui puisque conservé de par la fenêtre).
Une possibilité que je vois est de modifier dans la configuration le top du fuse pour en afficher un seuil plus haut de clonotype. On pourrait utilisé un hack que j'ai déjà testé: on donne un top ex æquo, avec plusieurs occurrence pour un top donné. Ça fonctionne, mais ça n'empêchera pas que beaucoup de clones détériore quand même les performances. (mais moins que par exemple une analyse avec 30 samples).
L'autre point est la limite côté client. Est-il possible d'ajouter une variable dans le fichier vidjil pour repousser le limite de 100 clonotypes ?
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4874Pouvoir relancer uniquement le fuse/post-process2021-10-06T12:38:37+02:00Thonier FlorianPouvoir relancer uniquement le fuse/post-processEn ce moment j'ai du relancer quelques analyses pour faire évoluer le script de post-process.
Le script est assez rapide (quoique...). Mais dans ce cas, on relance aussi le vidjil avant qui lui peut-être assez long inutilement. Autant à...En ce moment j'ai du relancer quelques analyses pour faire évoluer le script de post-process.
Le script est assez rapide (quoique...). Mais dans ce cas, on relance aussi le vidjil avant qui lui peut-être assez long inutilement. Autant à l'usage courant ce n'est pas vraiment gênant, autant pour du dev ou de la mise au point, j'apprécierai de pouvoir oublié la partie vidjil lors des relancements.
Un bouton en dev-mode ? Envisageable pour la la partie serveur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4903Smaller clones; les cacher quand le locus est filtrer2021-11-18T10:05:12+01:00Thonier FlorianSmaller clones; les cacher quand le locus est filtrerJ'y pensais pour !1078, et en plus @x-YLeBri pointe que ça le dérange dans son analyse.
Ça vous va si on les caches par défaut quand le locus est filtré ?
Je l’inclus aussi dans la MR 1078 ou pas ?
Dans la MR !1078, l'idée serait au...J'y pensais pour !1078, et en plus @x-YLeBri pointe que ça le dérange dans son analyse.
Ça vous va si on les caches par défaut quand le locus est filtré ?
Je l’inclus aussi dans la MR 1078 ou pas ?
Dans la MR !1078, l'idée serait aussi de cacher les clones de distributions "vides" dans la liste.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4984Primers; inclure les primers D2022-04-07T14:33:02+02:00Thonier FlorianPrimers; inclure les primers DIl semble que les séquences DJ ne trouve pas de primers.
Il faut vérifier le bon fonctionnement et si on peut les inclure.Il semble que les séquences DJ ne trouve pas de primers.
Il faut vérifier le bon fonctionnement et si on peut les inclure.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4990Pouvoir afficher plus de clone top par locus2023-06-29T16:43:00+02:00Thonier FlorianPouvoir afficher plus de clone top par locusUn example : https://app.vidjil.org/50163-56?
Si on cache les locus TRB pour voir le TRG, nous ne voyons plus aucuns clones dans le graph timeline.
@duez pointe le faite que nous avons une limite dans le client, mais que celle-ci ne p...Un example : https://app.vidjil.org/50163-56?
Si on cache les locus TRB pour voir le TRG, nous ne voyons plus aucuns clones dans le graph timeline.
@duez pointe le faite que nous avons une limite dans le client, mais que celle-ci ne prend pas en compte le locus mais juste le top du clone.
En relation avec le top par système de l'algo.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5000La normalisation n'est pas rechargée lors de l'ouverture d'une analyse.2022-04-25T16:50:41+02:00Thonier FlorianLa normalisation n'est pas rechargée lors de l'ouverture d'une analyse.On sauvegarde bien des informations relatives aux normalisations dans le fichier analysis, pourtant, nous ne le rechargeons pas à la réouverture.
Il n'y a pas d'erreur lors du chargement. Je ne sais pas si l'option avait été implémenté...On sauvegarde bien des informations relatives aux normalisations dans le fichier analysis, pourtant, nous ne le rechargeons pas à la réouverture.
Il n'y a pas d'erreur lors du chargement. Je ne sais pas si l'option avait été implémentée ou si elle a été perdue au cours du temps...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5004Le filtre par locus doit-il être rappelé depuis le menu filter ?2022-05-03T15:19:02+02:00Thonier FlorianLe filtre par locus doit-il être rappelé depuis le menu filter ?Je m'aperçois que l'on a plusieurs affichage des filtres depuis le menu, mais le filtre par locus n'est pas présent.
Il fait peut-être doublon avec ce que l'on voit dans le panel info, mais j'ai la sensation que ce serait plus clair et ...Je m'aperçois que l'on a plusieurs affichage des filtres depuis le menu, mais le filtre par locus n'est pas présent.
Il fait peut-être doublon avec ce que l'on voit dans le panel info, mais j'ai la sensation que ce serait plus clair et explicite.
A discuter et possiblement fermer sans traiter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5005Afficher quand même les segments d'un clonotype après renommage ?2022-05-03T15:29:00+02:00Thonier FlorianAfficher quand même les segments d'un clonotype après renommage ?Je m'aperçois que dans tuto, on test le renommage d'un clone. Après celui-ci, nous n'avons plus nul part afficher sa dénomination VDJ sans avoir à ouvrir la panel info (ou bien certains axe du scatterplot).
Est-il souhaitable d'avoir en...Je m'aperçois que dans tuto, on test le renommage d'un clone. Après celui-ci, nous n'avons plus nul part afficher sa dénomination VDJ sans avoir à ouvrir la panel info (ou bien certains axe du scatterplot).
Est-il souhaitable d'avoir en plus afficher ses VDJ sous forme courte après le nouveau nom ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5007Avoir un message flash lorsque l'on tente d'envoyer un mix de locus à imgt2022-05-04T12:15:41+02:00Thonier FlorianAvoir un message flash lorsque l'on tente d'envoyer un mix de locus à imgtIMGT nécessite d'avoir déclaré en amont le locus (à minima IG/TR).
Si on envoi un mix de clones sélectionnés, nous n'avons pas d'erreur, mais seulement l'un des deux recevra une information.
Il faut soit envoyer deux requêtes distincte...IMGT nécessite d'avoir déclaré en amont le locus (à minima IG/TR).
Si on envoi un mix de clones sélectionnés, nous n'avons pas d'erreur, mais seulement l'un des deux recevra une information.
Il faut soit envoyer deux requêtes distinctes avec les TR d'un côté, puis les IG de l'autre, soit avoir un message flash indiquant qu'il faut modifier la sélection.
Au passage, je me suis aussi déjà posé la question d'envoyer plusieurs requêtes si nous avons plus de 10 clonotypes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5015Axes : pouvoir filtrer les clones en fonction de l'axe de leur couleur, avec ...2022-05-12T10:24:46+02:00Mikaël SalsonAxes : pouvoir filtrer les clones en fonction de l'axe de leur couleur, avec un axe continuQuand on sélectionne une couleur, on a des possibilités de filtrage lorsque la valeur est discrète (par ex. tag, productivité). Mais lorsque la valeur est continue, on pourrait aussi vouloir filtrer par valeur (par exemple uniquement les...Quand on sélectionne une couleur, on a des possibilités de filtrage lorsque la valeur est discrète (par ex. tag, productivité). Mais lorsque la valeur est continue, on pourrait aussi vouloir filtrer par valeur (par exemple uniquement les clones qui n'apparaissent que dans 1 sample ou uniquement les clones avec tel % d'identité, etc).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5022Afficher le nombre des clonotypes non filtrés2022-05-18T10:08:54+02:00Thonier FlorianAfficher le nombre des clonotypes non filtrésLors du TP, on demande de filtrer avec une séquence donnée et de dire combien il reste de clonotype.
Il n'y a en réalité pars de moyen simple de la faire. Il faut sélectionner un à un les clonotype restant dans la liste, ou bien faire ...Lors du TP, on demande de filtrer avec une séquence donnée et de dire combien il reste de clonotype.
Il n'y a en réalité pars de moyen simple de la faire. Il faut sélectionner un à un les clonotype restant dans la liste, ou bien faire un drag sur le scatterplot (mais qui n'affiche que ceux qui ont une valeur pour la sample courant).
Je propose que l'on fasse dans ce cas un affichage flash avec ces 2 informations distinctes. Quoique l'on ne saura pas dans ce cas la donnée sample par sample...
On pourrait imaginer une zone pour l'afficher, mais ça me semble discutable d'y dédié une zone, et où ? dans le panel info ?
En écrivant ces lignes, je me demande si avoir dans la liste des samples depuis le menu du graph un nombre en bout de ligne avec le nombre de clonotypes restants qu'importe le nombre de filtre mis en place.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5023Avoir le champs search des séquences dynamique2022-05-17T18:13:59+02:00Thonier FlorianAvoir le champs search des séquences dynamiqueUne demande/remarque d'une utilisatrice lors du workshop. J'ai évoqué la place pour mettre de nouvelles informations (cf #5022). Il est apparut que le champ filtre est peu souvent utilisé et que l'on pourrait le cacher lorsqu'il ne l'est...Une demande/remarque d'une utilisatrice lors du workshop. J'ai évoqué la place pour mettre de nouvelles informations (cf #5022). Il est apparut que le champ filtre est peu souvent utilisé et que l'on pourrait le cacher lorsqu'il ne l'est pas comme cela ce fait sur pas mal de site maintenant.
Cela libérerai de la place pour l'affichage du sélecteur d'axes de la clonelist ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5024Afficher la couleur du tag sur l'étoile même lorsqu'un autre axe est séléctionné2022-05-18T08:34:29+02:00Thonier FlorianAfficher la couleur du tag sur l'étoile même lorsqu'un autre axe est séléctionnéJe ne suis pas certain que ce soit une bonne idée pour la compréhension globale.
On pourrait donner la couleur du tag sur l'icône étoile du clonotype même lorsque la couleur est différente. Utile ? A voir, mais une suggestion lors du w...Je ne suis pas certain que ce soit une bonne idée pour la compréhension globale.
On pourrait donner la couleur du tag sur l'icône étoile du clonotype même lorsque la couleur est différente. Utile ? A voir, mais une suggestion lors du workshop.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5026Comment savoir qu'un sample/set est déjà analysé par un humain ?2022-05-20T16:31:12+02:00Thonier FlorianComment savoir qu'un sample/set est déjà analysé par un humain ?Des utilisatrices du workshop me demandaient comment tagger qu'un sample était déjà fait. Idem pour un sample.
Je n'ai pas trouvé de réponse. Il faudrait un champ, une checkbox pour dire que celui-ci est fait.
Demande une réflexion.Des utilisatrices du workshop me demandaient comment tagger qu'un sample était déjà fait. Idem pour un sample.
Je n'ai pas trouvé de réponse. Il faudrait un champ, une checkbox pour dire que celui-ci est fait.
Demande une réflexion.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5052REndre la page (pre)process dispo aux non admins, sans droits de modification2022-07-05T17:12:33+02:00Thonier FlorianREndre la page (pre)process dispo aux non admins, sans droits de modificationCela permet de voir les CLI
Il ne devrait pas y avoir grand choses à cacher non ?
Voir le contrôleurCela permet de voir les CLI
Il ne devrait pas y avoir grand choses à cacher non ?
Voir le contrôleurhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5065Warning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers2022-10-12T12:03:08+02:00Thonier FlorianWarning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrai...~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrait déjà pouvoir les détecter et indiquer que les séquences sont extrêmement similaires. Probablement déjà la cas, mais nous n'avons pas accès aux données pour le moment. -> Il y a déjà bien le warning W53 (highly similar).
* [ ] Être plus spécifique en indiquant que la variation est située au niveau du primer. Pour ça, il faut être capable d'exploiter les données des primers.
* [ ] À terme, pouvoir en faire un merge automatique depuis l'algo, mais dans ce cas il faut trancher sur le nucléotide à privilégier. Dans le cas présent, les deux clonotypes sont présent dans la même proportion. S'appuyer sur la séquence germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5068New axis: locus including incomplete2022-10-03T11:42:49+02:00Thonier FlorianNew axis: locus including incompleteA feature asked during a meeting: Possibility to merge locus+incomplete in some case (scatterplot).
Create this axis can be easy, but we need to think about the repercussion on other showed values or scatterplot with splitted locus val...A feature asked during a meeting: Possibility to merge locus+incomplete in some case (scatterplot).
Create this axis can be easy, but we need to think about the repercussion on other showed values or scatterplot with splitted locus value.
Axis `V/5' gene`automatically split scatterplot by locus. Should we create a new axis or add a new settings checkbox as "merge with incomplete". In this case, clonotype should keep their own color or not ? Limited to scatterplot or not ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5096Report; shortcut to hide all other sample2023-03-28T16:15:28+02:00Thonier FlorianReport; shortcut to hide all other sampleAs for locus, a shortcut shift+click to hide all other samples present in the report.
Also, if we choose to directly hide sample from graph-list, update export menu too.As for locus, a shortcut shift+click to hide all other samples present in the report.
Also, if we choose to directly hide sample from graph-list, update export menu too.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5097Report; include image in comment section or in other place2023-03-28T16:14:57+02:00Thonier FlorianReport; include image in comment section or in other placeA feature asked by ~"LIL-Lille" : A way to add an external image inside the report.
If saved, we should include these pictures.
In the present case, we can also try to import raw data from the page that generate picture and rerender ...A feature asked by ~"LIL-Lille" : A way to add an external image inside the report.
If saved, we should include these pictures.
In the present case, we can also try to import raw data from the page that generate picture and rerender that inside report... But it is another point.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5117artifact sequence; be able to substract them from number of reads2023-01-25T17:30:48+01:00THONIER Florianartifact sequence; be able to substract them from number of readsWhen a clone is tagged as noise/artifact, we should offer the possiblity to subsrat is value from what is proportion of reads shown.
ex: IGH D7-27//J1. If it is seen at 50% and hidden or tagged as noise, other clone still at the same s...When a clone is tagged as noise/artifact, we should offer the possiblity to subsrat is value from what is proportion of reads shown.
ex: IGH D7-27//J1. If it is seen at 50% and hidden or tagged as noise, other clone still at the same size.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5119How to store value inside warnings ?2023-01-31T14:37:03+01:00THONIER FlorianHow to store value inside warnings ?Some warnings include more precise text than just warning description. For example `Bad evalue; 0.2`or something of this type.
On an external script I made, some warnings are throw with this type of behavior. Should we ad a field in wa...Some warnings include more precise text than just warning description. For example `Bad evalue; 0.2`or something of this type.
On an external script I made, some warnings are throw with this type of behavior. Should we ad a field in warning for this?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5124Fuse; How to merge clonotype with various windows/ids length ?2023-03-01T10:54:49+01:00THONIER FlorianFuse; How to merge clonotype with various windows/ids length ?I was looking on analysis made with multiple configurations on the same sample file.
Window length parameter is not constant and the fuse don't work.
How can we resolve this ? I was naively thinking about `if the smaller window fit ins...I was looking on analysis made with multiple configurations on the same sample file.
Window length parameter is not constant and the fuse don't work.
How can we resolve this ? I was naively thinking about `if the smaller window fit inside the bigger we can merge`. But in this case, with the longer windows configuration, a clonotype on configuration `multi` (windows of 60nt length) is splitted into multiple smaller clonotype for configuration `clonality` (full sequence windows).
It is a one-to-many relationship. If it is easy to create a link at the fuse step, how to use it in client ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5146Don't return to last created user when creation failed2023-05-24T11:57:36+02:00THONIER FlorianDon't return to last created user when creation failedOn the server, when we try to create an user with incomplete or invalid informations, the server return last valid created user, without notification of failed.
We must modifify it to stay on creation form and indicate error.
Don't kn...On the server, when we try to create an user with incomplete or invalid informations, the server return last valid created user, without notification of failed.
We must modifify it to stay on creation form and indicate error.
Don't know if we should work on client validation or server, probably both of them for security.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5148Open an analysis by drag and drop2023-05-24T15:25:31+02:00THONIER FlorianOpen an analysis by drag and dropSometimes, I want to open a local vidjil file in the client. It is always frustratting to navigate to the correct file that is 10 click away from the current location but to see it in my navigator and not be able to draging it in the cli...Sometimes, I want to open a local vidjil file in the client. It is always frustratting to navigate to the correct file that is 10 click away from the current location but to see it in my navigator and not be able to draging it in the client directly.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5162Contrôleur pour supprimer les données associées à un compte2024-01-18T14:50:43+01:00Mikaël SalsonContrôleur pour supprimer les données associées à un compteIl faudrait pouvoir supprimer toutes les données associées à un compte.
À faire avec prudence néanmoins quand l'utilisateur appartient à un groupe commun.
On se pose la question du RGPD : les données uploadées et analysées sont-elles de...Il faudrait pouvoir supprimer toutes les données associées à un compte.
À faire avec prudence néanmoins quand l'utilisateur appartient à un groupe commun.
On se pose la question du RGPD : les données uploadées et analysées sont-elles des données personnelles et soumises au RGPD (ie. si un utilisateur nous demande à tout supprimer de ce qu'il a uploadé est-on obligé de le faire, a fortiori quand il est dans un groupe) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5167Can create generic set with some rules to select samples to import2023-10-11T18:14:43+02:00THONIER FlorianCan create generic set with some rules to select samples to importI want for a meta-analysis create a set with some samples that have in my case a similar tags.
That make me think about a dynamic playlist for music, with a list of rules to compose it.
It could be usefull to be able de to create a set...I want for a meta-analysis create a set with some samples that have in my case a similar tags.
That make me think about a dynamic playlist for music, with a list of rules to compose it.
It could be usefull to be able de to create a set by giving some rules, for example tags, number of reads, age of patient, disease, ...).
In this case, sample of a set should probably be constant with a refresh button if needed to update list.
This would improve usage of server for research purpose I presume.
This usage could also be benifit for appstats.
A button to generate a fuse without needing of relaunch an analysis should also be present I think.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5172consensus sequence length: mix of sequence with a nucleotide mix at a positio...2023-10-18T17:56:11+02:00THONIER Florianconsensus sequence length: mix of sequence with a nucleotide mix at a position in the V geneSee sample 59910-50, with either configurations [IGH](https://app.vidjil.org/59910-2?clone=26) or [no-clusterign](https://app.vidjil.org/59910-50?).
We can see that in multi, top clonotype have a short consensus length for read that are...See sample 59910-50, with either configurations [IGH](https://app.vidjil.org/59910-2?clone=26) or [no-clusterign](https://app.vidjil.org/59910-50?).
We can see that in multi, top clonotype have a short consensus length for read that are able to get entire V gene. We can see in no clustering that top 2 clonotypes have a mix of C/T at this specific position that cut the consensus sequence.
In these case, maybe we can extend consensus but show (but how?) the mix of nucleotides.
* bypass mix with a color scale to represent variation. Can also be used to show variation in case of merge of clonotype.
* hover can show precise values variationhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5173Merge clonotype on exact VDJ sequence (excluding primers)2023-10-19T14:34:09+02:00THONIER FlorianMerge clonotype on exact VDJ sequence (excluding primers)In some case, user upload data with primers. We have in these cases mix of primer of various length able to be used for a same clonotype. And in some configuration (no-clustering), we saw 2 clonotypes or more that are an artefact.
As p...In some case, user upload data with primers. We have in these cases mix of primer of various length able to be used for a same clonotype. And in some configuration (no-clustering), we saw 2 clonotypes or more that are an artefact.
As position and size of primer can vary, we can't make only a trimming of it.
Can we make a merge based on sequence but limited to Vstart ?
See case here: [59910-50?clone=27,35,45,81](https://app.vidjil.org/59910-50?clone=27,35,45,81)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5193log flash; add a copy to clipboard icon2023-11-09T10:49:36+01:00THONIER Florianlog flash; add a copy to clipboard iconI change a flash message, including now the url called.
I dont' know if it is usefull to include this type of information (server internal error url) in flash message as we should have a ticket on our side with this value.
But is ther...I change a flash message, including now the url called.
I dont' know if it is usefull to include this type of information (server internal error url) in flash message as we should have a ticket on our side with this value.
But is there some case where it can be usefull to user to keep a trace of error ?
Another reason is that if you try to select text in it, it close.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5259search field; include creator user ?2024-02-21T14:18:06+01:00THONIER Floriansearch field; include creator user ?A specific case for ~"LIL-Lille" : a patient have the same last name that a user of the team.
The search return all patients created by this users and inside the list the expected patient. Should we ?
A search with both last and firs...A specific case for ~"LIL-Lille" : a patient have the same last name that a user of the team.
The search return all patients created by this users and inside the list the expected patient. Should we ?
A search with both last and first name don't work.
One day, we will probably improve search we capacity to include field for search.
Until this time, what should we do ?Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5260user group don't show name anymore since release 2024.012024-02-23T10:32:02+01:00THONIER Florianuser group don't show name anymore since release 2024.01We don't get anymore name of user in information of a personal group.
Is it a feature or a bug ?We don't get anymore name of user in information of a personal group.
Is it a feature or a bug ?Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5261Preprocess with vdj filter for large capture files ?2024-03-27T14:00:29+01:00THONIER FlorianPreprocess with vdj filter for large capture files ?We have number of user that load large file with small part of vdj in it. Should we make a preprocess that launch a vidjil-algo filter on it and delete temp data to save disk space and gain fluidity on real analysis ?
We still have iss...We have number of user that load large file with small part of vdj in it. Should we make a preprocess that launch a vidjil-algo filter on it and delete temp data to save disk space and gain fluidity on real analysis ?
We still have issue on upload data to server but it is already the case.Web 2024.04