vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-01-25T09:40:58+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5018Alignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correct2023-01-25T09:40:58+01:00Mikaël SalsonAlignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correctQuand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoi...Quand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoie bien des tirets pour toutes les séquences.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4958Tutorial en cypress2022-03-23T13:48:02+01:00Mathieu GiraudTutorial en cypress
Après le ~"com-vw-vidjil-workshop" ?
Après le ~"com-vw-vidjil-workshop" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4543tests tutorial : extraire .tex à partir d'un/plusieurs .rb2020-11-20T18:08:01+01:00Mathieu Giraudtests tutorial : extraire .tex à partir d'un/plusieurs .rbSuite à https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/812/diffs#note_392032 (et orthogonal à !812) :
> Probablement que l'autre sens (.tex extrait à partir du .rb) serait moins gênant
Je pense aussi qu'il est plus important ...Suite à https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/812/diffs#note_392032 (et orthogonal à !812) :
> Probablement que l'autre sens (.tex extrait à partir du .rb) serait moins gênant
Je pense aussi qu'il est plus important d'avoir la coloration du code (et review...) en `.rb` qu'en `.tex`.
On pourrait donc extraire un .tex (ou .md #3574).
Points à regarder :
> a-t-on ce qu'il faut pour gérer proprement les inclusions (plusieurs fichiers .rb, et #4504) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4504Mieux fragmenter le tutorial ?2022-05-20T11:23:13+02:00Mathieu GiraudMieux fragmenter le tutorial ?
En 2019, nous avions fait "Day 1" et "Day 2", en ne donnant pas tout d'un coup. En 2020, on a donné les 11 pages, je ne suis pas sûr que cette taille incite à tout faire.
Générer deux (ou trois) .pdf indépendants, avec des noms adapté...
En 2019, nous avions fait "Day 1" et "Day 2", en ne donnant pas tout d'un coup. En 2020, on a donné les 11 pages, je ne suis pas sûr que cette taille incite à tout faire.
Générer deux (ou trois) .pdf indépendants, avec des noms adaptés, et les référencer tels quels depuis www.vidjil.org/doc ?
Derrière, penser chacun des 2-3 tutoriaux comme indépendants, pouvant être fait sans faire le reste ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4488Tester par validate-links.py le tutorial2020-09-28T00:34:40+02:00Mathieu GiraudTester par validate-links.py le tutorialDeamnderait de changer la regex pour les urls / mettre une option.
Éviterait par exemple #4485.
Voir #2880.Deamnderait de changer la regex pour les urls / mettre une option.
Éviterait par exemple #4485.
Voir #2880.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4487Tuto : parler de AIRR et d'export de tous les clones2020-09-28T07:34:03+02:00Mathieu GiraudTuto : parler de AIRR et d'export de tous les clonesExport ? Import ?
Probablement quelque part vers les questions `70-80`.
cc @flothoniExport ? Import ?
Probablement quelque part vers les questions `70-80`.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4486Tuto : parler de Genescan et des distributions2020-12-04T12:06:09+01:00Mathieu GiraudTuto : parler de Genescan et des distributionsC'est tout de même une des features majeures de cette année.
Mettre une question juste après la `4`, faire dire si le sample est mono/polyclonal ?
Les distributions, c'est naturel, pas la peine d'expliquer, ou peut-être ce qu'il se pass...C'est tout de même une des features majeures de cette année.
Mettre une question juste après la `4`, faire dire si le sample est mono/polyclonal ?
Les distributions, c'est naturel, pas la peine d'expliquer, ou peut-être ce qu'il se passe dans la questions `8`.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3801Tutorial : traduire les nouveautés en français2020-12-04T12:06:09+01:00Mathieu GiraudTutorial : traduire les nouveautés en françaisSuite à #3718/#3800.
Vendredi après 17h.Suite à #3718/#3800.
Vendredi après 17h.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3473Avoir un tutoriel pour les amdinistrateurs2020-09-18T11:34:20+02:00Thonier FlorianAvoir un tutoriel pour les amdinistrateursPour l'instant, nous n'avons qu'un tutoriel pour les utilisateurs. Il serait intéressant de faire un petit tuto qui viendrait compléter la documentation pour les administrateurs, avec notamment les étapes pour créer un preprocess qui peu...Pour l'instant, nous n'avons qu'un tutoriel pour les utilisateurs. Il serait intéressant de faire un petit tuto qui viendrait compléter la documentation pour les administrateurs, avec notamment les étapes pour créer un preprocess qui peuvent être assez complexes et qui me semble très lourdes par la documentation.
On pourrait ainsi splitter la documentation pour qu'elle présente les étapes générales et la logique, et d'un autre côté voir les aspects plus techniques pour les preprocess et l'installation des différents algo.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2867Tuto : clone V11-J3 introuvable2020-09-18T11:34:20+02:00Tatiana RocherTuto : clone V11-J3 introuvable@aurelBZH indique qu'il faut remplacer par V9-J3, comme ailleurs dans le TP.@aurelBZH indique qu'il faut remplacer par V9-J3, comme ailleurs dans le TP.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2864Doc/Tuto : à partir de quel seuil apparaissent les warnings ?2020-09-18T11:34:20+02:00Tatiana RocherDoc/Tuto : à partir de quel seuil apparaissent les warnings ?A expliquer dans la doc et dans le tuto.
Question posée par ~"PAR-Debré"A expliquer dans la doc et dans le tuto.
Question posée par ~"PAR-Debré"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2715Tutorial video / screencast2020-09-18T11:34:19+02:00Mathieu GiraudTutorial video / screencastNikos ~"repseq-Nikos" va préparer des tutoriels vidéos pour ARReST. Cela peut être une très bonne idée.Nikos ~"repseq-Nikos" va préparer des tutoriels vidéos pour ARReST. Cela peut être une très bonne idée.