vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-20T12:20:36+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5184Py4web; delete web2py2024-02-20T12:20:36+01:00THONIER FlorianPy4web; delete web2pyWhen should we delete all occurrences to web2py ? before/after release of py4web ? release+1 ?
* [ ] Documentation
* [ ] Server
* [ ] Tests
* [ ] Makefile
Other points to suggest ?When should we delete all occurrences to web2py ? before/after release of py4web ? release+1 ?
* [ ] Documentation
* [ ] Server
* [ ] Tests
* [ ] Makefile
Other points to suggest ?Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3770Documenter les besoins mémoire de vidjil-algo2024-02-05T15:37:43+01:00Mathieu GiraudDocumenter les besoins mémoire de vidjil-algoDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3652#note_179079.
Ajouter les CD, du même ordre de grandeur que les IGHV (100 kbp), pourrait mettre à plat certaines machines sur ~"dev\-ci"... alors que le même job s'éxécute en 2 sec...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3652#note_179079.
Ajouter les CD, du même ordre de grandeur que les IGHV (100 kbp), pourrait mettre à plat certaines machines sur ~"dev\-ci"... alors que le même job s'éxécute en 2 secondes sur un portable. Est-ce parce que les CD ont une structure particulière (beaucoup plus de k-mers que les IGH dans leur ensemble, donc plus de ~"cpp\-mem") ? Il suffit qu'on passe au-dessus d'une limite et on swappe.
Indépendamment des CD, cela pose la question de l'efficacité et de ce qu'on conseille comme machines.
`server.md` indique :
> vidjil-algo typically uses approx. 1.2GB of RAM to run on a 1GB `.fastq` and will take approx. 5+ minutes.
> Therefore in order to process requests from a single user with a few samples,
> any standard multi-core processor with 2GB RAM will be enough.
Est-ce à mettre à jour après !78 ? Ces infos devraient être aussi dans `vidjil-algo.md`.
Enfin, si on conseille 2GB de RAM et si nos slaves ont 1GB de RAM, c'est tout à notre honneur, on teste dans des conditions plus difficiles... mais est-ce que ~"tests\-speed" serait amélioré avec des slaves qui auraient tous 2GB ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2710Méta-données de démo réalistes, utiliser ci.sql dans les tests, tests unitair...2024-01-25T14:15:00+01:00Mathieu GiraudMéta-données de démo réalistes, utiliser ci.sql dans les tests, tests unitaire qui vérifient vraiment les réponsesJe suis en train de mettre sur `dev` (user `u3`) un jeu de données crédible, notamment avec des tags #2683 un peu cohérents. Essai d'une liste de noms un peu variée, bien que fort occidentale, mais bon, ~"ec-ngs". Voir si, quand ce sera ...Je suis en train de mettre sur `dev` (user `u3`) un jeu de données crédible, notamment avec des tags #2683 un peu cohérents. Essai d'une liste de noms un peu variée, bien que fort occidentale, mais bon, ~"ec-ngs". Voir si, quand ce sera fait, on essaie de récupérer les tags pour une série de screenshots.
```
Florbela Espanca 1894-12-08
Paulina Wilkońska 1815
Camilla Collett 1813-01-23
Διονύσιος Σολωμός 1798-04-08
Vasile Alecsandri 1801-07-21
Sophia Elisabet Brenner 1659-04-29
Marin Držić 1508
老子 6 BCE
Emil Aarestrup 1800-12-04
Božena Němcová 1820-02-04
ابن خلدون (Ibn Khaldoûn), 1332-05-27
Willem Bilderdijk 1756-09-07
Johann Wolfgang Goethe, 1749-08-28
George Sand 1804-02-01
Dante Alighieri 1265
Friedrich von Schiller 1759
Miguel de Cervantes 1547-09-29
Jane Austeen 1775-12-16
```Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5221Tag; add them to doc2024-01-24T18:04:04+01:00THONIER FlorianTag; add them to docWe can extract default list of tags to insert them in doc.
Maybe class them by type (disease, locus, sequencing protocol, ...).We can extract default list of tags to insert them in doc.
Maybe class them by type (disease, locus, sequencing protocol, ...).Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5134Refresh admin.md documentation2024-01-22T15:27:45+01:00Mikaël SalsonRefresh admin.md documentation@flothoni points some inconsistencies in the `admin.md` documentation.@flothoni points some inconsistencies in the `admin.md` documentation.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5183Py4web; update documentation2024-01-22T14:14:19+01:00THONIER FlorianPy4web; update documentationSome documentation need to be added and updated, on dev, usage, migration, ...Some documentation need to be added and updated, on dev, usage, migration, ...Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2328Clarifier ce que sont les clusters2024-01-19T18:26:06+01:00Mathieu GiraudClarifier ce que sont les clustershttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4121Documenter les tags des runners2024-01-18T10:55:50+01:00Mathieu GiraudDocumenter les tags des runnersDocumenter ce qu'il faut pour les différents tags des runners. (Voire consturire les runners par ~"server-docker" ~"dev-ci" ?)
(Les parties de déploiement, spécifiques à ~"#-team" et qui nécessitent des clés particulières, doivent être ...Documenter ce qu'il faut pour les différents tags des runners. (Voire consturire les runners par ~"server-docker" ~"dev-ci" ?)
(Les parties de déploiement, spécifiques à ~"#-team" et qui nécessitent des clés particulières, doivent être clairement identifiées et optionnelles.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4538Devrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?2023-11-09T11:04:58+01:00Mathieu GiraudDevrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résul...Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résultats ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1652small_example.html ne fonctionne pas sous FF et Chrome2023-06-29T13:18:36+02:00Vidjil Teamsmall_example.html ne fonctionne pas sous FF et ChromeLe chargement ne se fait pas correctement : il faut redimensionner la fenêtre pour voir les clones et aucune interaction n'est possible (les clics sur les clones ou sur les systèmes ne produisent aucun effet).
***
@magiraud @mikael-sLe chargement ne se fait pas correctement : il faut redimensionner la fenêtre pour voir les clones et aucune interaction n'est possible (les clics sur les clones ou sur les systèmes ne produisent aucun effet).
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1589API des controlleurs : documenter2023-06-29T10:23:44+02:00Vidjil TeamAPI des controlleurs : documenterPour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Pour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3901Faire une première config spike/MRD de test2023-06-28T17:34:41+02:00Mathieu GiraudFaire une première config spike/MRD de testvidjil#3838
Prendre le script de Joao ?
Un autre "jouet" (par exemple divise par 2 IGH mais pas TRG) ?vidjil#3838
Prendre le script de Joao ?
Un autre "jouet" (par exemple divise par 2 IGH mais pas TRG) ?Web 2023.10Thonier FlorianThonier Florian2021-09-24https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4256Documenter le filtre de graphe2023-06-22T10:09:58+02:00Mathieu GiraudDocumenter le filtre de graphe
Incluant aussi !636
Incluant aussi !636Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5139Document analysis configurations2023-06-21T15:11:48+02:00Mathieu GiraudDocument analysis configurationshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3088Pear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dump2023-05-23T15:50:12+02:00Thonier FlorianPear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dumpUn utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):...Un utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 734, in run_pre_process
(stdoutdata, stderrdata) = p.communicate()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 796, in communicate
self.wait()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1376, in wait
pid, sts = _eintr_retry_call(os.waitpid, self.pid, 0)
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 476, in _eintr_retry_call
return func(*args)
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 901, in <lambda>
signal.signal(signal.SIGTERM, lambda signum, stack_frame: sys.exit(1))
SystemExit: 1
```
Je pense qu'il s'agit d'une erreur de surcharge dans la mémoire, mais je ne peux pas accéder à vda pour voir les logs (connexion au chu), et les logs dispo depuis l'interface sont trop récents.
A vérifier lorsque je peux accéder au serveur.
En tout cas je ne suis pas certain qu'il s'agisse d'un bug à proprement parler si cela vient de la mémoire.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5136Warnings: documenter pour les usagers2023-05-03T14:40:26+02:00Mathieu GiraudWarnings: documenter pour les usagersOn a https://www.vidjil.org/doc/warnings/ (générée à partir de warning.md), mais c'est encore un peu cryptique
Avoir une explication orientée usager, 1-3 phrase par warning, surtout pour ceux qui sont "fréquents". D'ailleurs, lesquels s...On a https://www.vidjil.org/doc/warnings/ (générée à partir de warning.md), mais c'est encore un peu cryptique
Avoir une explication orientée usager, 1-3 phrase par warning, surtout pour ceux qui sont "fréquents". D'ailleurs, lesquels sont les plus fréquents ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2859Terminologie des locus : documenter le +2023-03-28T16:48:53+02:00Mathieu GiraudTerminologie des locus : documenter le +@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorial@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorialWeb 2021.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4736Follow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentation2023-03-28T16:35:40+02:00Thonier FlorianFollow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentationThe following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelqu...The following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelques part sur cette fonction.
>
> C'est possible de la faire après cette MR pour ne pas géner le freeze mais ce serait mieux avec.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3646Document normalize_reads in doc/vidjil-format.md2023-03-28T16:34:30+02:00Mathieu GiraudDocument normalize_reads in doc/vidjil-format.md#3645#3645Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1992app/analyze: exposer/documenter une API2023-03-28T16:21:00+02:00Vidjil Teamapp/analyze: exposer/documenter une APIShugay et d'autres seraient contents de pouvoir utiliser cela.
(Mais attention, pour l'instant bloquant pour le reste du serveur ?)
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@nobodyShugay et d'autres seraient contents de pouvoir utiliser cela.
(Mais attention, pour l'instant bloquant pour le reste du serveur ?)
***
@nobodyWeb 2022.12