vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-28T14:30:15+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2268Compare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récente...2019-02-28T14:30:15+01:00Thonier FlorianCompare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récentes par configSeconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués ...Seconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués voire en 3 exemplaires. Nous avons effectivement relancé les analyses ce matin car nous avons fait des modifications dans les attributions fichiers FastQ-patients mais je n’avais pas remarqué les fois précédentes que Vidjil conservait les analyses précédentes. Est-ce normal ? N’alourdissons nous pas inutilement l’espace disque ? Nous avons volontairement écrasés l’analyse précédente et je trouve du coup que cela est plutôt source de confusion.
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Pour ce point, à savoir le fait d'avoir plusieurs entrées lors d'un compare sample pour un même point, c'est exacte aussi.
Je ne sais pas si c'est un comportement souhaité ou non. En regardant dans la doc, il y a bien une mention d'un tel comportement, mais je ne sais pas si ça rentre dans cette catégorie, sachant que lorsque une nouvelle analyse est effectuée, l'ancienne reste.
> Note that even when the input sequences are deleted, the server is still able to display the results of previous analyses
Si c'est un comportement souhaité, ne peut-on pas imaginé un bouton filtre pour n'afficher que la dernière analyse pour un set de données et rendre la selection plsu aisé dans la majorité des cas ?
Dans le cas contraire, je n'ai pas encore cherché l'origine du bug.
cc @RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2116Sélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateur2018-06-04T10:24:06+02:00Mikaël SalsonSélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateurExcellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite...Excellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite main (`cursor: pointer`).
Il me semble que c'est géré par D3. Je ne suis pas sûr que ce soit aussi simple que ça en a l'air.
@magiraud @RyanHerb @tydax @flothoni Web 2017.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1945Tooltips riches dans la webapp : implémentation2019-01-10T15:21:23+01:00Vidjil TeamTooltips riches dans la webapp : implémentationDescription un peu complète et lien vers la doc. Si la tooltip apparaît plus rapidement qu'un "title" c'est mieux aussi. Exemple, sans bibliothèque JS (à part JQuery) : https://codepen.io/jamilhijjawi/pen/lIwbK
***
Remarque de Marc duran...Description un peu complète et lien vers la doc. Si la tooltip apparaît plus rapidement qu'un "title" c'est mieux aussi. Exemple, sans bibliothèque JS (à part JQuery) : https://codepen.io/jamilhijjawi/pen/lIwbK
***
Remarque de Marc durant la rando : on crée beaucoup de contenu dynamiquement, bref cela impose de relancer le .js (soit sur tout, soit sur l'objet nouvellement créé).
Solution purement CSS dans features/tooltip (ce qu'avait fait François), simplification/re-travail en cours.
***
@magiraud @mikael-sWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1944Clarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommer2021-05-25T10:05:29+02:00Vidjil TeamClarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommerÉventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Éventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2264Problème avec fuse suite à hotfix/analysis_sample_id2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonProblème avec fuse suite à hotfix/analysis_sample_idLes tests ne passent plus suite à e636f75d et b01dde04 qui ont servi à corriger les tests fonctionnels (#2229) suite à #2176.
Il y a un problème sur [fuse-doc.should_get](tools/tests/fuse-doc.should_get) :
```
15:37:36 ./should-to-tap....Les tests ne passent plus suite à e636f75d et b01dde04 qui ont servi à corriger les tests fonctionnels (#2229) suite à #2176.
Il y a un problème sur [fuse-doc.should_get](tools/tests/fuse-doc.should_get) :
```
15:37:36 ./should-to-tap.sh fuse-doc.should_get
15:37:36 Launching ' python ../fuse.py ../../doc/analysis-example1.vidjil ../../doc/analysis-example2.vidjil; cat fused.vidjil | python ../format_json.py -1 -u'
15:37:36 Traceback (most recent call last):
15:37:36 File "../fuse.py", line 771, in <module>
15:37:36 main()
15:37:36 File "../fuse.py", line 728, in main
15:37:36 jlist_fused = jlist_fused + jlist
15:37:36 File "../fuse.py", line 401, in __add__
15:37:36 obj.d["samples"] = self.d["samples"] + other.d["samples"]
15:37:36 File "../fuse.py", line 102, in __add__
15:37:36 self.d, len(self.d["reads"]),
15:37:36 KeyError: 'reads'
15:37:36 cat: fused.vidjil: No such file or directory
15:37:36 Traceback (most recent call last):
15:37:36 File "../format_json.py", line 15, in <module>
15:37:36 print(json.dumps(json.loads(json_data),
15:37:36 File "/usr/lib/python2.7/json/__init__.py", line 326, in loads
15:37:36 return _default_decoder.decode(s)
15:37:36 File "/usr/lib/python2.7/json/decoder.py", line 366, in decode
15:37:36 obj, end = self.raw_decode(s, idx=_w(s, 0).end())
15:37:36 File "/usr/lib/python2.7/json/decoder.py", line 384, in raw_decode
15:37:36 raise ValueError("No JSON object could be decoded")
15:37:36 ValueError: No JSON object could be decoded
15:37:36 ==> ./fuse-doc.tap
15:37:36
15:37:36
15:37:36 ========================================================================
15:37:36 fuse-doc.should_get failed (0 instead of 1)
15:37:36 e1:"segmented": [335662, 335662, 410124]
```
Cela casse Vidjil-coverage.
cc @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2485Procédure de création de plusieurs comptes là où il n'y en avait qu'un2021-02-03T19:44:30+01:00Mathieu GiraudProcédure de création de plusieurs comptes là où il n'y en avait qu'unQuelle est la bonne pratique lorsqu'on crée des utilisateurs pour un hôpital là où il y avait un seul compte ?
Demande de @flothoni:
> Je viens de créer les utilisateurs, et je cherche maintenant à les attribuer au même groupe.
> Pou...Quelle est la bonne pratique lorsqu'on crée des utilisateurs pour un hôpital là où il y avait un seul compte ?
Demande de @flothoni:
> Je viens de créer les utilisateurs, et je cherche maintenant à les attribuer au même groupe.
> Pour ça j'en créé un nouveau. Cependant que deviennent les données déjà renseignées par K. ?
> Trois options :
> * créer un nouveau groupe hopitalXXX et mettre le groupe parent sur son groupe user
> * modifier son groupe user_142 en hopitalXXX... et lui créer un nouveau groupe perso
> * créer un nouveau grp hopitalXXX et modifier les droits sur chacun de ses patients pour les réassigner.
Qu'elle est la meilleur solution svp ? la 3eme non ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2519Restes de "patient" pour les sample sets2017-09-12T17:29:01+02:00Mathieu GiraudRestes de "patient" pour les sample setsSuite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db....Suite à #2512, est-ce que quelqu'un peut m'éclairer sur les restes de `patient` dans les vues `sample_set/` ?
---
`sample_set/all.html`
```
{{if auth.can_create_patient():}}
sample_set/all.html-<span class="button2" onclick="db.call('{{=helper.get_add_route()}}')"> + new {{=helper.get_type_display()}} </span>
```
Le droit `create_patient` signifie-t-il bien qu'on a le droit de créer tout type de sample sets ? Il faudrait dans ce cas mettre à jour la doc et renommer ce qui est visible en "create sample sets (patients, runs, ...)"
---
`sample_set/custom.html`
```
<td class="column_200"> patient </td>
```
à changer ?
---
`sample_set/index.html`
```
<td> <a {{if row.sequence_file.data_file == None :}} {{=XML("class='inactive' title='file is missing' ")}}
{{else:}} href="{{=URL('patient','download', scheme='https',
```
Euh ?
---
`sample_set/permission.html`
```
{{if not auth.can_modify_patient(request.vars["id"]) :}}
<div>you need admin access on this patient if you want to change permission </div>
```
Euh ? Permission générique de modifier un sample_set ?
---
cc @RyanHerb, @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2535Documenter ce qu'il faut pour un nouveau serveur2020-08-27T12:01:37+02:00Mathieu GiraudDocumenter ce qu'il faut pour un nouveau serveurVoir vdj#6 et vdj#330.
Je crois bien qu'il y avait quelque part des documents pour expliquer ce dont on avait besoin pour un nouveau serveur (que tu avais fait @flothoni à Necker, ou peut-être @RyanHerb) ?
Est-ce tout dans `doc/server....Voir vdj#6 et vdj#330.
Je crois bien qu'il y avait quelque part des documents pour expliquer ce dont on avait besoin pour un nouveau serveur (que tu avais fait @flothoni à Necker, ou peut-être @RyanHerb) ?
Est-ce tout dans `doc/server.org` ? D'autres documents ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2538Explication des droits d'accès pour les utilisateurs2023-03-01T16:50:16+01:00Mathieu GiraudExplication des droits d'accès pour les utilisateursY a-t-il dans `user.org` une mention des droits ? Et dans le ~client ?
cc @flothoniY a-t-il dans `user.org` une mention des droits ? Et dans le ~client ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2545Documenter vmi.js et vmi_mocker.js2023-03-01T15:39:01+01:00Mathieu GiraudDocumenter vmi.js et vmi_mocker.js2017-06-30https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4734doc usager nouvel aligneur2021-05-05T15:21:49+02:00Mathieu Girauddoc usager nouvel aligneur
Après !836
- un screenshot ou deux
- ...
- expliquer `#`
Après !836
- un screenshot ou deux
- ...
- expliquer `#`Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2083Doc pour Ngnix2023-03-01T16:53:50+01:00Mathieu GiraudDoc pour Ngnixdoc/server.org contient les infos pour Apache (sont-elles toujours à jour ?).
Il devrait aussi y avoir quelques infos pour Nginx.
@mikael-sdoc/server.org contient les infos pour Apache (sont-elles toujours à jour ?).
Il devrait aussi y avoir quelques infos pour Nginx.
@mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2553Documenter légèrement BAM2017-08-30T09:09:13+02:00Mathieu GiraudDocumenter légèrement BAM@mikael-s, dans !67
> However I think this should remain a hidden feature for two reasons:
>
> 1. A BAM file is generally obtained by aligning reads to reference sequences. This could make people think they have to align their reads be...@mikael-s, dans !67
> However I think this should remain a hidden feature for two reasons:
>
> 1. A BAM file is generally obtained by aligning reads to reference sequences. This could make people think they have to align their reads beforehand.
>
> 1. In the case of paired-end sequencing, there is only one BAM file (but two FASTQ files). So the people could provide a single BAM file where reads have not been merged.
On pourrait mettre exactement ce type d'infos dans `doc/algo.org`, et ne pas en faire la pub dans `doc/user.org` et sur le serveur.Algo 2017.07Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1879Seuil pour les D, e-valeur2020-10-14T11:25:55+02:00Vidjil TeamSeuil pour les D, e-valeurVW16: deux écoles.
* 4nt (Hélène ~"PAR-Debré" ), pour éviter de faire un primer qui tombe dedans
* 8nt (c'est bien cela ?), (Frédéric ~"Paris-Pitié" , "vieux papiers")
Et nous, on a dit "euh, 5nt". Sommes-nous confiant dans notre c...VW16: deux écoles.
* 4nt (Hélène ~"PAR-Debré" ), pour éviter de faire un primer qui tombe dedans
* 8nt (c'est bien cela ?), (Frédéric ~"Paris-Pitié" , "vieux papiers")
Et nous, on a dit "euh, 5nt". Sommes-nous confiant dans notre calcul de e-valeur pour les D ?
***
Oui c'est bien cela. Le seuil de 8nt correspond à un seuil immuno pour avoir un D qui ait du sens.
***
segment.cpp, FineSegmenter::FineSegmentD
`float evalue_D = multiplier * (r-l) * germline->rep_4.totalSize() * segment_cost.toPValue(box_DD->score[0].first);`
Ouf, `(r-l) `est bien la taille de la zone considérée.
Calcul à priori correct... sauf qu'il dépend de` .toPValue`, donc de `K` et `lambda` qui sont fixés à la légère (mais qui ne devraient pas changer l'ordre de grandeur)
***
Depuis 2016.08, on peut jouer avec `-E`.
Avec e6ffb91, on a perdu 6 séquences de .should-vdj VDDJ.
Retravailler là-dessus, voir s'il faut des seuils différents pour premier D et D suivants, peut-être retravailler sur le score et/ou K/lambda.
***
ping, voir "Configuration trop stringeante sur la recherche du D" #2002
***
@magiraud @mikael-sAlgo -- ImportantThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4224Avoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel...2021-05-05T15:20:46+02:00Thonier FlorianAvoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel, le web et les slidesJe suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'ap...Je suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'apercevoir que watir a une option pour faire des [screenshot](http://watir.com/guides/screenshots/) inclut par défaut. J'imagine qu'il serait intéressant à certains endroit bien placer de pouvoir générer des screenshot qui seront ensuite exploiter comme illustration dans le tuto/manuel.
Il faudrait imaginer un job en plus dans le CI pour ensuite exporter les images, voir pour faire des crop automatiques de celle-ci pour se concentrer sur la partie intéréssante.Web 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2581Tip of the day : avoir une liste de 20 tips2017-10-06T13:47:35+02:00Mathieu GiraudTip of the day : avoir une liste de 20 tipsProposition de @Cyanael et de tous
Voir aussi #1320 / #1945Proposition de @Cyanael et de tous
Voir aussi #1320 / #1945Web 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2582Tip of the day : implémentation2017-11-17T12:10:37+01:00Mathieu GiraudTip of the day : implémentationVoir #2581
cc @RyanHerbVoir #2581
cc @RyanHerbRyan HerbertRyan Herbert2017-11-10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2588Documentation responsive2022-06-21T13:55:10+02:00Mathieu GiraudDocumentation responsivehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2594Tip of the day: images2017-11-20T15:10:51+01:00Mathieu GiraudTip of the day: imagesEssai dans f0fd50c.
- Fixer la taille (ici 300x300) ou pas ?
- Avoir un pointeur plus gros que normal ?
- Privilégier les jeux de Démo LIL-L3/L4 ?
Voir #2582.Essai dans f0fd50c.
- Fixer la taille (ici 300x300) ou pas ?
- Avoir un pointeur plus gros que normal ?
- Privilégier les jeux de Démo LIL-L3/L4 ?
Voir #2582.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2629Le texte "(focus on some clones)" devrait être plus visible2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudLe texte "(focus on some clones)" devrait être plus visibleDiscussion avec @flothoni sur #2626 (pas sûr que ce soit lié).
On pourrait voir mieux qu'on est en focus, peut-être avec un fond de couleur.
Attendre #2245 ?Discussion avec @flothoni sur #2626 (pas sûr que ce soit lié).
On pourrait voir mieux qu'on est en focus, peut-être avec un fond de couleur.
Attendre #2245 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2631Informer sur la version requise des compilateurs2017-11-19T19:27:05+01:00Mathieu GiraudInformer sur la version requise des compilateursAlgo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2675Documenter les branches dans dev.org2023-03-01T16:18:46+01:00Mathieu GiraudDocumenter les branches dans dev.orgNous devrions documenter dans `dev.org` la signification de nos différentes branches, qu'elles soient déjà traitées par ~"dev-ci" ou non.
(Même si certains points dépend du ~"server-hosting", ce sont clairement des points qui dépendent ...Nous devrions documenter dans `dev.org` la signification de nos différentes branches, qu'elles soient déjà traitées par ~"dev-ci" ou non.
(Même si certains points dépend du ~"server-hosting", ce sont clairement des points qui dépendent du projet `vidjil`.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2679Un primo-utilisateur ne voit pas le lien "See results"2022-06-21T14:56:10+02:00Mathieu GiraudUn primo-utilisateur ne voit pas le lien "See results"Un utilisateur en contact avec @flothoni :
> Thanks a lot , I got result in multi+inc+xxx It seems an XML file.
> If I only want LGH V, D, J name in the result txt file, Is anyway I can do this?
Manifestement il a cliqué sur le lien ...Un utilisateur en contact avec @flothoni :
> Thanks a lot , I got result in multi+inc+xxx It seems an XML file.
> If I only want LGH V, D, J name in the result txt file, Is anyway I can do this?
Manifestement il a cliqué sur le lien `multi+inc+xxx` à côté de l'échantillon... Est-ce que ce n'est pas assez clair ? Comment mieux l'indiquer ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2710Méta-données de démo réalistes, utiliser ci.sql dans les tests, tests unitair...2024-01-25T14:15:00+01:00Mathieu GiraudMéta-données de démo réalistes, utiliser ci.sql dans les tests, tests unitaire qui vérifient vraiment les réponsesJe suis en train de mettre sur `dev` (user `u3`) un jeu de données crédible, notamment avec des tags #2683 un peu cohérents. Essai d'une liste de noms un peu variée, bien que fort occidentale, mais bon, ~"ec-ngs". Voir si, quand ce sera ...Je suis en train de mettre sur `dev` (user `u3`) un jeu de données crédible, notamment avec des tags #2683 un peu cohérents. Essai d'une liste de noms un peu variée, bien que fort occidentale, mais bon, ~"ec-ngs". Voir si, quand ce sera fait, on essaie de récupérer les tags pour une série de screenshots.
```
Florbela Espanca 1894-12-08
Paulina Wilkońska 1815
Camilla Collett 1813-01-23
Διονύσιος Σολωμός 1798-04-08
Vasile Alecsandri 1801-07-21
Sophia Elisabet Brenner 1659-04-29
Marin Držić 1508
老子 6 BCE
Emil Aarestrup 1800-12-04
Božena Němcová 1820-02-04
ابن خلدون (Ibn Khaldoûn), 1332-05-27
Willem Bilderdijk 1756-09-07
Johann Wolfgang Goethe, 1749-08-28
George Sand 1804-02-01
Dante Alighieri 1265
Friedrich von Schiller 1759
Miguel de Cervantes 1547-09-29
Jane Austeen 1775-12-16
```Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2715Tutorial video / screencast2020-09-18T11:34:19+02:00Mathieu GiraudTutorial video / screencastNikos ~"repseq-Nikos" va préparer des tutoriels vidéos pour ARReST. Cela peut être une très bonne idée.Nikos ~"repseq-Nikos" va préparer des tutoriels vidéos pour ARReST. Cela peut être une très bonne idée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2722Écrire un document sur la qualité logicielle2019-03-19T11:16:06+01:00Mathieu GiraudÉcrire un document sur la qualité logicielleNotre doc de dev détaille déjà les tests. Nous devrions cependant avoir un document à destination des utilisateurs décrivant la qualité et liant si possible vers des résultats de tests.
vdj#500Notre doc de dev détaille déjà les tests. Nous devrions cependant avoir un document à destination des utilisateurs décrivant la qualité et liant si possible vers des résultats de tests.
vdj#500https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2729Mieux documenter les droits d'accès et ce qui est anonymisé2017-10-17T17:21:34+02:00Mathieu GiraudMieux documenter les droits d'accès et ce qui est anonymiséLes noms des fichiers Fasta contiennent parfois des données sensibles (et certains s'en servent exprès, #1362), et à plusieurs endroits on peut afficher ce type d'information, même sans droit `anon` #2285 #2725.
@mikael-s disait sur #27...Les noms des fichiers Fasta contiennent parfois des données sensibles (et certains s'en servent exprès, #1362), et à plusieurs endroits on peut afficher ce type d'information, même sans droit `anon` #2285 #2725.
@mikael-s disait sur #2725 :
> c'est déjà un problème pour plein d'endroits puisque dans le `sequence_file.data_file....` le nom du fichier d'origine est encodé en base 16 et qu'on a accès à ce nom un peu partout (bien-sûr c'est moins immédiat en base 16 qu'en plein texte)
et même
> on a évidemment accès au nom du fichier d'origine directement dans l'interface.
Bref, on ne va pas probablement changer cela. Il s'agit donc de :
- mieux documenter dans `doc/user.org` ce que fait le droit `anon`
- de mettre un warning sur ces possibilités de fuite de données en cas de partage de données même sans droit `anon`.
- lier ces sections d'aide depuis le formulaire de changement de droitshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2742CLI: pouvoir ordonner les groupes d'options dans le -h2018-06-17T17:23:40+02:00Mathieu GiraudCLI: pouvoir ordonner les groupes d'options dans le -hBloque #2732.
Les groupes d’options sont par ordre alphabétique. Nous voulons avoir un ordre plus pertinent. Au pire, si on n'arrive pas, on mettra des 1/2/3 sur les groupes.Bloque #2732.
Les groupes d’options sont par ordre alphabétique. Nous voulons avoir un ordre plus pertinent. Au pire, si on n'arrive pas, on mettra des 1/2/3 sur les groupes.Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2744Tip of the day : édition et mise en prod2019-08-19T15:28:09+02:00Mathieu GiraudTip of the day : édition et mise en prodAprès #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.Après #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.2017-11-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2745Tooltips / Lien vers de l'aide dans l'application web2019-03-19T19:37:56+01:00Mathieu GiraudTooltips / Lien vers de l'aide dans l'application web@mikael-s, dans #1945 :
> Mettre de l'info dans la webapp, cela fait partie du support. C'est important.
> https://speakerdeck.com/djo/lobsession-du-service-client-chez-captain-train
Rediscuté en réunion hier avec @aurelBZH, @Cyanael e...@mikael-s, dans #1945 :
> Mettre de l'info dans la webapp, cela fait partie du support. C'est important.
> https://speakerdeck.com/djo/lobsession-du-service-client-chez-captain-train
Rediscuté en réunion hier avec @aurelBZH, @Cyanael et @RyanHerb. Il devrait y avoir de l'aide (discrète) sur beaucoup d'éléments...
On peut débuter en mettant des choses du type :
~~`<span class='help'><a link="user#processing-samples-configs">Configs</a> are set of options to run an analysis program on the sample</span>`~~
-> non, compléter `js/doc.js`, voir ci dessous
Quand on le peut, on fait des liens vers des sections de `doc/user.md` (ici http://www.vidjil.org/doc/user#processing-samples-configs).
Cette tâche se concentre sur la rédaction de ce type liens d'aide pertinent (discussion sur l'implémentation et le rendu: #1945).Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1077Quelles versions de navigateur demande-t-on a nos usagers ?2021-11-11T10:39:32+01:00Vidjil TeamQuelles versions de navigateur demande-t-on a nos usagers ?
**Ici ~"!-reflexion", voir les stats sur #2417.**
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* IE : ne passe pas sur IE 9.0 (cf mails avec Jos), pourtant 2011 :-). Passe avec IE 10.0 ?
* IE : il semble que cela passe sur IE 10.0
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rempli browser.org, mais avec des versi...
**Ici ~"!-reflexion", voir les stats sur #2417.**
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* IE : ne passe pas sur IE 9.0 (cf mails avec Jos), pourtant 2011 :-). Passe avec IE 10.0 ?
* IE : il semble que cela passe sur IE 10.0
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rempli browser.org, mais avec des versions blindées actuelles... il faudrait enquêter plus pour donner des versions plus raisonnables (et aussi vérifier pour IE 10)
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Il faudrait une URL publique sans authentification pour lancer des « tests » (basiques) en utilisant des sites comme http://browsershots.org/ ou http://www.browserstack.com
Sur rbx on pourrait même utiliser le paramètre ?data pour tester la visualisation de http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil sur plein de navigateurs. Bien sûr il faudrait désactiver la vérification du navigateur pour ces tests (avec un param dans l'URL ?).
Ou alors on peut interagir directement avec browserling.com (mais ça demande pas mal de temps).
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Excellente idée...
et c'est déjà le cas : http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil ne demande pas d'authentification
Essayé sur browsershots.org, mais n'arrive pas à lire robots.txt (alors que j'en ai rajouté un dans sites-available)
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browserling, je ne connaissais pas. Rigolo, et il faut se dépécher en 3 minutes :)
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Yououh ! http://browsershots.org/http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil
(robots: c'était peut-être juste un problème de cache.)
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FF: le 21 a l'air de marcher... mais d'autres (22, 27, 28, 31) ne sont pas passés (pb juste temporaire ?)
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Chrome: à partir du 20, cela a l'air correct (mais boites de bug dans plusieurs versions ensuite) ?
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Bizarre pour FF, sur browserling j'avais pu jouer avec FF4 et ça marchait bien.
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Obtenir d'anciennes versions de Chrome : https://google-chrome.en.uptodown.com/ubuntu/old
(si qq1 connait une astuce pour avoir plusieurs versions en parallèle, je suis preneur).
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J'ai trouvé ça: http://stackoverflow.com/questions/10541225/cross-browser-testing-all-major-browsers-on-one-machine#10541484 mais je n'ai pas encore testé
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#1078, #1079, #1080
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@RyanHerb @Duez @mikael-s @aurelBZHWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2754Histogramme et axe y2018-08-14T22:21:53+02:00Mathieu GiraudHistogramme et axe yVu par @flothoni.
L'axe `y` ne change pas la taille des barres des histogrammes.
En théorie il change juste l'ordre des clones dans chaque barre... mais cela ne fonctionne plus.
Et, même dans ce cas, il faudrait mieux le documenter.
Br...Vu par @flothoni.
L'axe `y` ne change pas la taille des barres des histogrammes.
En théorie il change juste l'ordre des clones dans chaque barre... mais cela ne fonctionne plus.
Et, même dans ce cas, il faudrait mieux le documenter.
Bref, on pourrait enlever la légende "axe y", elle est plus trompeuse qu'autre chose.
Enlever/cacher aussi la boîte "axe y" ou autre ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2755Documenter l'utilisation de Docker2017-12-13T09:31:43+01:00Mathieu GiraudDocumenter l'utilisation de Docker`doc/server.org` pourrait contenir des infos sur l'installation Docker.
Il faudra d'ailleurs un jour qu'on fasse une journée tutorial Docker pour tous, puis qu'on communique sur cette installation.`doc/server.org` pourrait contenir des infos sur l'installation Docker.
Il faudra d'ailleurs un jour qu'on fasse une journée tutorial Docker pour tous, puis qu'on communique sur cette installation.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2769Est-ce raisonnable d'avoir load_backup sur le web ?2020-09-23T20:09:58+02:00Mathieu GiraudEst-ce raisonnable d'avoir load_backup sur le web ?Discussion avec @RyanHerb et @mikael-s
Vu #2352, ce n'est peut-être pas raisonnable d'avoir un bouton qui fait `load_backup`. On ne peut
- au minimum, mettre dans le texte affiché de vérifier les erreurs après coup
- ou récupérer e...Discussion avec @RyanHerb et @mikael-s
Vu #2352, ce n'est peut-être pas raisonnable d'avoir un bouton qui fait `load_backup`. On ne peut
- au minimum, mettre dans le texte affiché de vérifier les erreurs après coup
- ou récupérer et afficher les erreurs (une notification ne suffit pas...) mais dangereux, si cela loupe...
- ou pourquoi pas retirer le bouton... et documenter ce qu'il faut fairehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2774Tip of the day: image2017-11-20T15:13:20+01:00Mathieu GiraudTip of the day: imageSuite à #2582, afficher l'image qui est dans `doc/tips` si elle est présente.Suite à #2582, afficher l'image qui est dans `doc/tips` si elle est présente.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2776Mettre à jour le tutoriel pour les TPs2017-11-20T19:18:05+01:00Mathieu GiraudMettre à jour le tutoriel pour les TPsQue mettre à jour dans le tutoriel ? Nouveautés 2016/17 ? Autres points ?
On le limite plutôt aux aspects clients. (Serveur: limiter à ce qui est accessible à partir du compte Demo ?).
@flothoni fait déjà une première passe, merci à toi...Que mettre à jour dans le tutoriel ? Nouveautés 2016/17 ? Autres points ?
On le limite plutôt aux aspects clients. (Serveur: limiter à ce qui est accessible à partir du compte Demo ?).
@flothoni fait déjà une première passe, merci à toi, et on en discute ce mercredi à 14h.
Voir aussi #2058 vdj#195 vdj#352Web 2017.112017-11-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2790Samples dans plusieurs sample sets et .analysis : documenter2017-11-17T13:30:45+01:00Mathieu GiraudSamples dans plusieurs sample sets et .analysis : documenterUn sample est dans un patient et un run.
Je mets un clone en rouge dans le patient (ou je merge des clones, ou je renomme un clone). Que devient-il dans le run ? Et après un nouveau fuse éventuel du run ?
Je sais qu'on en avait déjà dis...Un sample est dans un patient et un run.
Je mets un clone en rouge dans le patient (ou je merge des clones, ou je renomme un clone). Que devient-il dans le run ? Et après un nouveau fuse éventuel du run ?
Je sais qu'on en avait déjà discuté et décidé quand @RyanHerb et Marc avaient mis en place les sample sets. Il faut peut-être juste bien expliquer ce qu'il se passe et le documenter.
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2801Tip of the day : ne pas l'afficher si on n'est pas loggué2017-11-20T07:11:29+01:00Mathieu GiraudTip of the day : ne pas l'afficher si on n'est pas logguéSi on n'est pas loggué, on a le "tip of the day" qui arrive à la connexion. Or on est encore loin de pouvoir essayer : il faut se logguer puis aller chercher un résultat.
Idéalement, on aimerait afficher le "tip of the day" uniquement a...Si on n'est pas loggué, on a le "tip of the day" qui arrive à la connexion. Or on est encore loin de pouvoir essayer : il faut se logguer puis aller chercher un résultat.
Idéalement, on aimerait afficher le "tip of the day" uniquement après un `loadDataUrl`... mais qu'une seule fois par session, ce qui n'est peut-être pas simple.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2824Tutoriel : dire de filtrer par #Demo2020-09-28T00:25:09+02:00Mikaël SalsonTutoriel : dire de filtrer par #DemoQuand les gens ont plein d'échantillon, ils ne trouvent pas le Démo.Quand les gens ont plein d'échantillon, ils ne trouvent pas le Démo.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2839Tuto : déplacer l'utilisation des shortcut H et G2020-09-28T00:25:10+02:00Thonier FlorianTuto : déplacer l'utilisation des shortcut H et GAu cours du TP, plusieurs utilisateurs n'ont pas pu utiliser les shortcut H et G comme demandé car il n'y avait pas d'effet.
Si on recharge la page, on retrouve un fonctionnement normal.
La source du bug est peut-être a chercher dans...Au cours du TP, plusieurs utilisateurs n'ont pas pu utiliser les shortcut H et G comme demandé car il n'y avait pas d'effet.
Si on recharge la page, on retrouve un fonctionnement normal.
La source du bug est peut-être a chercher dans l'une des étapes du TPhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2859Terminologie des locus : documenter le +2023-03-28T16:48:53+02:00Mathieu GiraudTerminologie des locus : documenter le +@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorial@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorialWeb 2021.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2863Tuto : allèle "only not *01"2020-09-28T00:25:10+02:00Tatiana RocherTuto : allèle "only not *01"Expliquer dans le tuto à quoi il sert de cacher seulement les allèles *01.Expliquer dans le tuto à quoi il sert de cacher seulement les allèles *01.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2864Doc/Tuto : à partir de quel seuil apparaissent les warnings ?2020-09-18T11:34:20+02:00Tatiana RocherDoc/Tuto : à partir de quel seuil apparaissent les warnings ?A expliquer dans la doc et dans le tuto.
Question posée par ~"PAR-Debré"A expliquer dans la doc et dans le tuto.
Question posée par ~"PAR-Debré"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2865Tuto : annotations dans la marge trop petites2020-09-28T00:25:14+02:00Tatiana RocherTuto : annotations dans la marge trop petitesLors du TP il y avait des +60ans =)Lors du TP il y avait des +60ans =)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2867Tuto : clone V11-J3 introuvable2020-09-18T11:34:20+02:00Tatiana RocherTuto : clone V11-J3 introuvable@aurelBZH indique qu'il faut remplacer par V9-J3, comme ailleurs dans le TP.@aurelBZH indique qu'il faut remplacer par V9-J3, comme ailleurs dans le TP.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2870Mieux expliquer le "cluster" sur le client2017-11-22T13:00:23+01:00Tatiana RocherMieux expliquer le "cluster" sur le clientLors du tuto, Aurélie a eu une petite conversation avec Sofie (Helsinki) pour lui expliquer dans quels cas elle utilisait le bouton cluster.
Lors des présentations auprès d'utilisateurs, on ne fait que leur dire que c'est à eux, biologis...Lors du tuto, Aurélie a eu une petite conversation avec Sofie (Helsinki) pour lui expliquer dans quels cas elle utilisait le bouton cluster.
Lors des présentations auprès d'utilisateurs, on ne fait que leur dire que c'est à eux, biologistes, de faire le cluster. Les nouveaux utilisateurs pourraient être perdus.
Est ce qu'on pourrait rajouter des exemples de cluster, ou demander à quelqu'un de le faire ? Ou autre idée
?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2872Tips : shift-click pour cacher tous les locus sauf un2017-11-22T12:57:04+01:00Tatiana RocherTips : shift-click pour cacher tous les locus sauf unA rajouter dans les tips.A rajouter dans les tips.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2880Tester le tutorial + CI2021-02-11T08:00:05+01:00Mathieu GiraudTester le tutorial + CISi on était pervers du test, on pourrait mettre des commandes dans le tutorial pour lancer des tests ~"dev-tests-watir" qui feraient le tutorial (ou bien avoir un test ~"dev-tests-watir", avec des commentaires, qui, une fois extraits, do...Si on était pervers du test, on pourrait mettre des commandes dans le tutorial pour lancer des tests ~"dev-tests-watir" qui feraient le tutorial (ou bien avoir un test ~"dev-tests-watir", avec des commentaires, qui, une fois extraits, donnent le tutorial).
Pas sûr que cela apporte grand chose, normalement toutes les fonctionnalités sont déjà testées par ailleurs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2884Mieux documenter les causes de non segmentation "UNSEG"2017-11-29T13:16:41+01:00Tatiana RocherMieux documenter les causes de non segmentation "UNSEG"Les décrire plus clairement dans la doc ou faire des bulles contextuelles au passage de la souris ?Les décrire plus clairement dans la doc ou faire des bulles contextuelles au passage de la souris ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2889Bypass your cache2020-02-11T11:17:12+01:00Mathieu GiraudBypass your cacheOriginellement dans #2734 :
On doit souvent dire aux utilisateurs de recharger Vidjil. Une suggestion pour indiquer de recharger le cache :
"Note that you should fully reload Vidjil to take into account these changes. Usually `shift+F5...Originellement dans #2734 :
On doit souvent dire aux utilisateurs de recharger Vidjil. Une suggestion pour indiquer de recharger le cache :
"Note that you should fully reload Vidjil to take into account these changes. Usually `shift+F5` or `control+F5` works, see https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Bypass_your_cache ."
Est-ce que cette phrase est bonne ?
Est-ce que ce type de phrase aurait aussi sa place quelque part dans la doc ?
(#2734 parle de comment réduire le besoin de ceci.)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2920Documenter germline/homo-sapiens.g et les méthodes de recombinaison2020-09-22T10:49:35+02:00Mathieu GiraudDocumenter germline/homo-sapiens.g et les méthodes de recombinaisonEn faisant !75/!76, je me rends compte que ni `doc/vidjil-algo.md`, ni `doc/locus.md` ne détaillent la syntaxe de `homo-sapiens.g`.
Derrière les questions de syntaxe, il y a aussi les questions de méthodes de recombinaison... qui ne so...En faisant !75/!76, je me rends compte que ni `doc/vidjil-algo.md`, ni `doc/locus.md` ne détaillent la syntaxe de `homo-sapiens.g`.
Derrière les questions de syntaxe, il y a aussi les questions de méthodes de recombinaison... qui ne sont tout simplement pas expliquées. Même si on peut renvoyer aux papiers, la ~doc doit fournir quelques éléments d'explications.
- la différence entre `53` et `543` peut sembler triviale, mais autant le dire.
- `MAX12` est évoquées cryptiquement dans `vidjil-algo.md`, c'est un peu mieux dans `locus.md`... alprs que c'est une option quasi "par défaut"
- `MAX1U` n'est pas évoqué (mais pas utilisé / à retester ?)
- et la nouvelle ONE #1724 (et d'ailleurs, trouver mieux que 31581d712d ?)
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From duplicate #4012:
vidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources. Beyond the `-V / `-D`/`-J`options, the`.g\` file is very flexible. However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to manage customization" vdj#919.
We should ensure that this is properly documented. What is the syntax of the `.g` file, and what are the recommended steps for anyone wishing to better use a custom germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2950Tester l'installation via Docker sur une machine personnelle2018-10-16T10:59:45+02:00Mathieu GiraudTester l'installation via Docker sur une machine personnelleCe serait bien que quelqu'un qui ne soit pas @RyanHerb suive ce qui est dans est `doc/server.org` #2755 pour arriver à une installation complète sur sa machine.
Ce serait bien que quelqu'un qui ne soit pas @RyanHerb suive ce qui est dans est `doc/server.org` #2755 pour arriver à une installation complète sur sa machine.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2954Mettre à jour la documentation Docker2018-10-16T11:11:38+02:00Mathieu GiraudMettre à jour la documentation DockerSuite à #2755, dans `doc/server.org`
- mentionner Docker Hub (y a-t-il d'ailleurs un endroit standard où on documente des Docks ?)
- vu tout ce qui a été fait pour %"prod-server-lil", mettre à jour s'il y a eu des changements
Tout sera...Suite à #2755, dans `doc/server.org`
- mentionner Docker Hub (y a-t-il d'ailleurs un endroit standard où on documente des Docks ?)
- vu tout ce qui a été fait pour %"prod-server-lil", mettre à jour s'il y a eu des changements
Tout sera alors prêt pour #2950 :-)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2982Shorter / shifted w: documenter (algo.org, user.org)2018-01-31T09:21:21+01:00Mathieu GiraudShorter / shifted w: documenter (algo.org, user.org)Suite à #2913/!141.Suite à #2913/!141.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3003Makefile et Makefile.algo, séquence de make2018-02-01T10:01:27+01:00Mathieu GiraudMakefile et Makefile.algo, séquence de makeEt retravailler si besoin les `Makefile`, et/ou en refaire un global, mais en sachant exactement ce qu'on met dedans, voir `release_check` dans fac04b1.
Voir #2255, #2999. Prépare aussi #1491.Et retravailler si besoin les `Makefile`, et/ou en refaire un global, mais en sachant exactement ce qu'on met dedans, voir `release_check` dans fac04b1.
Voir #2255, #2999. Prépare aussi #1491.Algo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3004Passer la doc en markdown2018-09-07T08:17:05+02:00Mathieu GiraudPasser la doc en markdownVoir comment conserver (ou même améliorer) l'export html. Ou bien voir directement si on passe à readthedocs ou autre chose ?
* [ ] ~~Adapter [org-babel-tangle.py](tools/org-babel-tangle.py) au Markdown~~ -> #3348
* [x] Utiliser un con...Voir comment conserver (ou même améliorer) l'export html. Ou bien voir directement si on passe à readthedocs ou autre chose ?
* [ ] ~~Adapter [org-babel-tangle.py](tools/org-babel-tangle.py) au Markdown~~ -> #3348
* [x] Utiliser un convertisseur Markdown → HTML pour la génération automatique des fichiers (cf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3004#note_78478) -> voir finalement 97890159Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3005Génération doc html2018-07-10T11:34:20+02:00Mathieu GiraudGénération doc htmlLe `emacs -batch $^ -f "org-html-export-to-html"` n'a jamais fonctionné en batch chez moi (et comme certaines releases ont été faites en .tar.gz depuis chez moi, ce n'est pas sûr que tous les fichiers `html` étaient toujours à jour et/o...Le `emacs -batch $^ -f "org-html-export-to-html"` n'a jamais fonctionné en batch chez moi (et comme certaines releases ont été faites en .tar.gz depuis chez moi, ce n'est pas sûr que tous les fichiers `html` étaient toujours à jour et/ou aient été inclus dans les dernières releases).
Bref dans !97 c'est pour l'instant commenté... à voir si on le met ou pas. Les `.org` sont de toute façon bien présents. Tout cela sera probablement obsolète par #3004.Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3011Short / shifted window : re-rendre cohérent le message sur stdout2018-01-29T20:08:49+01:00Mathieu GiraudShort / shifted window : re-rendre cohérent le message sur stdoutSuite à !141, le message historique sur stdout `found 11835 100-windows in 13152 reads` (provient au moins de 2013.07 !) est parfois inexact: ce ne sont pas que des 100-windows.
Ne mettre que le nombre de window non raccourcies ? (bof...Suite à !141, le message historique sur stdout `found 11835 100-windows in 13152 reads` (provient au moins de 2013.07 !) est parfois inexact: ce ne sont pas que des 100-windows.
Ne mettre que le nombre de window non raccourcies ? (bof).
Retirer "100-" ? Mettre une autre formulation ?Algo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3015Support de gcc 7.3 ?2018-06-21T17:46:46+02:00Mathieu GiraudSupport de gcc 7.3 ?`doc/algo.org:` Vidjil-algo will not work with a =g++= 7.0 or above.
On devrait avoir au moins 7.2 vu #2615.
Est-ce que 7.3 fonctionne ?`doc/algo.org:` Vidjil-algo will not work with a =g++= 7.0 or above.
On devrait avoir au moins 7.2 vu #2615.
Est-ce que 7.3 fonctionne ?Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3021Avoir un fichier qui teste tous les warnings ou presque2018-06-26T10:40:27+02:00Mathieu GiraudAvoir un fichier qui teste tous les warnings ou presque#2247
Pour l’instant les warnings sont dans des should-get différents. Pourquoi pas, mais ce serait intéressant d’avoir aussi un fichier qui donnerait plusieurs clones avec chacun un warning différent, un peu dans l'esprit de `Demo-X5`....#2247
Pour l’instant les warnings sont dans des should-get différents. Pourquoi pas, mais ce serait intéressant d’avoir aussi un fichier qui donnerait plusieurs clones avec chacun un warning différent, un peu dans l'esprit de `Demo-X5`. Cela ferait une bonne ~doc pour ces wanrings.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3022Mettre à jour Demo-X52019-03-06T08:52:26+01:00Mathieu GiraudMettre à jour Demo-X5Aurait-on des systèmes / recombinaisons particulières qui mériteraient d'être dans `Demo-X5` ?Aurait-on des systèmes / recombinaisons particulières qui mériteraient d'être dans `Demo-X5` ?Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3027Sortir partiellement vidjil-h-examples.should-get vers un nouveau stage de test2018-06-26T10:41:01+02:00Mathieu GiraudSortir partiellement vidjil-h-examples.should-get vers un nouveau stage de testDepuis ee762649 / f7c71ba pour #2635, les tests mettent 7 minutes de plus pour se lancer deux fois sur LIL-L4.
J'avais mis dans un premier temps `-x 10000` pour que cela soit plus rapide, mais le but est bien de montrer dans l'aide des...Depuis ee762649 / f7c71ba pour #2635, les tests mettent 7 minutes de plus pour se lancer deux fois sur LIL-L4.
J'avais mis dans un premier temps `-x 10000` pour que cela soit plus rapide, mais le but est bien de montrer dans l'aide des commandes utiles en situation réelle.
Cela pourrait encore s'empirer si on en met dans `doc/algo.org` (ce qui est souhaitable).
Pour %"Algo 2017.11" cela peut aller, mais pour la suite (et surtout pour notre ~"dev-ci" régulière), il faudrait sortir ces choses longues vers un stage appelé rarement comme valgrind.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3029Client : afficher les warnings, se servir éventuellement du code2018-02-20T19:46:10+01:00Mathieu GiraudClient : afficher les warnings, se servir éventuellement du codeOriginellement dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_65739 :
> Le ~client pourrait
>
> - afficher le message en `:hover` (!139), mais aussi getHTMLInfo et autres
> - lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant a...Originellement dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_65739 :
> Le ~client pourrait
>
> - afficher le message en `:hover` (!139), mais aussi getHTMLInfo et autres
> - lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
> - voire faire un truc plus futé sur certains warnings -> mvouaisMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3037Compléter la documentation sur Docker2018-10-16T11:11:38+02:00Mikaël SalsonCompléter la documentation sur DockerSi on n'est pas habitué de Docker, il semble y avoir certaines étapes qui sont implicites dans [doc/dev.org](doc/dev.org) (en particulier par rapport à l'installation et l'utilisation de `docker-compose`.Si on n'est pas habitué de Docker, il semble y avoir certaines étapes qui sont implicites dans [doc/dev.org](doc/dev.org) (en particulier par rapport à l'installation et l'utilisation de `docker-compose`.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3060Aide détaillée sur les warnings2021-02-03T09:21:42+01:00Mathieu GiraudAide détaillée sur les warningsDepuis #3029 :
> Lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
Partir de `warnings.md`, y mettre une doc plus complète, l'extraire quelque part ?Depuis #3029 :
> Lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
Partir de `warnings.md`, y mettre une doc plus complète, l'extraire quelque part ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3067test unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjil2018-03-07T11:35:24+01:00Mathieu Giraudtest unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjilVu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@R...Vu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@RyanHerb fait un fix rapide. Il faudra qu'on voie comment faire cela plus proprement... Derrière, c'est une question de ~doc: est-ce qu'on a bien quelque part ce qu'il faut pour montrer un .vidjil d'un sample, puis de plusieurs samples ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3086Documenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.org2018-04-13T12:49:06+02:00Mathieu GiraudDocumenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.orgVoir aussi #2797Voir aussi #2797https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3088Pear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dump2023-05-23T15:50:12+02:00Thonier FlorianPear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dumpUn utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):...Un utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 734, in run_pre_process
(stdoutdata, stderrdata) = p.communicate()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 796, in communicate
self.wait()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1376, in wait
pid, sts = _eintr_retry_call(os.waitpid, self.pid, 0)
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 476, in _eintr_retry_call
return func(*args)
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 901, in <lambda>
signal.signal(signal.SIGTERM, lambda signum, stack_frame: sys.exit(1))
SystemExit: 1
```
Je pense qu'il s'agit d'une erreur de surcharge dans la mémoire, mais je ne peux pas accéder à vda pour voir les logs (connexion au chu), et les logs dispo depuis l'interface sont trop récents.
A vérifier lorsque je peux accéder au serveur.
En tout cas je ne suis pas certain qu'il s'agisse d'un bug à proprement parler si cela vient de la mémoire.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3104Comment organiser les recombinaisons vdj mediées2018-08-07T09:17:20+02:00Thonier FlorianComment organiser les recombinaisons vdj mediéesOn est confronté avec ikaros et ERG à un nouveau type de germline. Il faut prévoir une protocole assez flexible pour permettre d'intégré à la volée des systèmes similaires.
Pour l'instant je propose de passer par un germline ``homo-sapi...On est confronté avec ikaros et ERG à un nouveau type de germline. Il faut prévoir une protocole assez flexible pour permettre d'intégré à la volée des systèmes similaires.
Pour l'instant je propose de passer par un germline ``homo-sapiens-xxx.g`` spécifique de toutes ces configurations.
Je rajouterais aussi dans ce cas un point dans le doc du germline pour expliquer la démarche (il doit déjà y avoir un mot de souvenir).
cf #2139;
cc @magiraud @mikael-sThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3105should.py : recodage, diffusion2018-04-20T17:53:38+02:00Mathieu Giraudshould.py : recodage, diffusionÀ la journée INCa-BioinfoDiag, on s'est rendu compte qu'un des outils qui pourrait être utilisé par d'autres est ce joli script. On pourrait le re-diffuser.
Ce qui serait intéressant serait d'avoir des exemples "auto-suffisants", type ...À la journée INCa-BioinfoDiag, on s'est rendu compte qu'un des outils qui pourrait être utilisé par d'autres est ce joli script. On pourrait le re-diffuser.
Ce qui serait intéressant serait d'avoir des exemples "auto-suffisants", type commande de shell (et pas vidjil-algo), pour accompagner cette diffusion. Le script comme les exemples pourraient être dans un dossier `tools/should-to-tap/`. Ou ping #1491...
Au passage, `algo/tests/should-status.py` est aussi générique.Algo 2018.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3175Documenter le processus de A à Z pour déployer sur un serveur sous Docker2018-10-16T11:11:39+02:00Mikaël SalsonDocumenter le processus de A à Z pour déployer sur un serveur sous DockerOn a de la doc concernant la construction des paquets ou l'utilisation de Docker. Mais il manque un pas à pas complet qui permette de savoir comment mettre à jour (ou installer) un serveur avec Docker. Cette doc pourra évidemment faire ...On a de la doc concernant la construction des paquets ou l'utilisation de Docker. Mais il manque un pas à pas complet qui permette de savoir comment mettre à jour (ou installer) un serveur avec Docker. Cette doc pourra évidemment faire référence à ce qui existe déjà.
Pour avoir une idée de ce qu'il peut manquer comme information (voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/issues/644#note_84839)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3180Documenter le multi-upload2020-09-28T00:23:36+02:00Mathieu GiraudDocumenter le multi-uploadMettre à jour `doc/user.org` en s'inspirant par exemple
- de la news mise sur le serveur
- et du retour de certains utilisateurs depuis la mise en prod : qu'avons-nous mal expliqué ?
Y aurait-il aussi des choses à reformuler sur le...Mettre à jour `doc/user.org` en s'inspirant par exemple
- de la news mise sur le serveur
- et du retour de certains utilisateurs depuis la mise en prod : qu'avons-nous mal expliqué ?
Y aurait-il aussi des choses à reformuler sur le nouveau formulaire pour que ce soit plus clair ?
A priori rien à changer dans le tutorial (pas d'upload ?)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3196.vidjil: better document `top` and/or make it optionnal2019-07-23T10:03:08+02:00Mathieu Giraud.vidjil: better document `top` and/or make it optionnalIn https://github.com/ablab/y-tools/commit/41687407b738436b2c05615afa24548f83fbc595#diff-dfa29d568694d4d8189ce3e61b44972dR79
@eodus assigns a `"top": 1` for every clone. We are doing almost the same in `vidjil-algo` (`json_clone["top"] =...In https://github.com/ablab/y-tools/commit/41687407b738436b2c05615afa24548f83fbc595#diff-dfa29d568694d4d8189ce3e61b44972dR79
@eodus assigns a `"top": 1` for every clone. We are doing almost the same in `vidjil-algo` (`json_clone["top"] = 0`).
It looks like that the actual `top` value used in the ~client is then computed by fuse.py. We should investigate and better document the value.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3295Options : bikeshedding noms longs, suppression de certains noms courts2019-03-12T11:53:57+01:00Mathieu GiraudOptions : bikeshedding noms longs, suppression de certains noms courtsÀ faire après !105. Forte charge émotionnelle, avec 49 options :-)
- noms longs partout ou pas ? Peut-être `-V` n'a pas besoin de nom court. Mais c'est presque un élément de `doc`, ce n'est pas impossible qu'on aie à la fois `-g, --ger...À faire après !105. Forte charge émotionnelle, avec 49 options :-)
- noms longs partout ou pas ? Peut-être `-V` n'a pas besoin de nom court. Mais c'est presque un élément de `doc`, ce n'est pas impossible qu'on aie à la fois `-g, --germline` et `-3, --cdr3`.
- supprimer certains noms courts ? Évidemment pas ceux auquel on est habitués... Mais pourquoi pas pour les options obsures.Algo 2018.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3313Déplacer la documentation de Filter2018-06-27T14:14:47+02:00Cyprien BoréeDéplacer la documentation de FilterPour simplifier la lecture de la classe `FilterWithACAutomaton` et pour centraliser les informations sur le code, certains commentaires sur l'explication du fonctionnement de la classe doivent se trouver dans `doc/dev.org`.Pour simplifier la lecture de la classe `FilterWithACAutomaton` et pour centraliser les informations sur le code, certains commentaires sur l'explication du fonctionnement de la classe doivent se trouver dans `doc/dev.org`.Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3348doc en .md : org-babel-tangle.py pour les tests browser2018-07-12T15:12:19+02:00Mathieu Girauddoc en .md : org-babel-tangle.py pour les tests browserExtrait de #3004 : Adapter [org-babel-tangle.py](/vidjil/vidjil/blob/dev/tools/org-babel-tangle.py) au MarkdownExtrait de #3004 : Adapter [org-babel-tangle.py](/vidjil/vidjil/blob/dev/tools/org-babel-tangle.py) au MarkdownMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3349doc en .md en anchors pour l'aide depuis le client2018-07-12T11:26:54+02:00Mathieu Girauddoc en .md en anchors pour l'aide depuis le clientAvec .md + mkdocs, plus besoin d'anchors, c'est le nom de la section qui est une anchor.
Vérifier les liens et adapter si besoin.Avec .md + mkdocs, plus besoin d'anchors, c'est le nom de la section qui est une anchor.
Vérifier les liens et adapter si besoin.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3350Faire un artefact avec la doc .html et le déployer2019-12-04T22:30:17+01:00Mathieu GiraudFaire un artefact avec la doc .html et le déployerDemande aussi de finir la doc .md pour client #3348 #3349.Demande aussi de finir la doc .md pour client #3348 #3349.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3362À quoi sert le ref dans les fichiers .g / à quoi sert germline_id2018-09-07T09:43:25+02:00Mikaël SalsonÀ quoi sert le ref dans les fichiers .g / à quoi sert germline_idLors d'une mise à jour du germline il est nécessaire de mettre à jour les fichiers `.g` afin de faire passer le test `should-get-tests/11-get-saved-germline-id.should-get`.
Le champ `"ref"` des fichiers germlines renseigne une version p...Lors d'une mise à jour du germline il est nécessaire de mettre à jour les fichiers `.g` afin de faire passer le test `should-get-tests/11-get-saved-germline-id.should-get`.
Le champ `"ref"` des fichiers germlines renseigne une version précise des germlines. Pourquoi ? À quoi cela sert ? Je comprends qu'il soit nécessaire d'avoir une version minimale mais je ne vois pas l'utilité d'imposer une version (et de devoir la changer à chaque mise à jour des germlines).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3363Documenter le format utilisé dans les fichiers `.g`2018-09-07T08:06:36+02:00Mikaël SalsonDocumenter le format utilisé dans les fichiers `.g`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3364Vérifier tous les liens de la doc, internes comme externe2020-01-22T10:42:10+01:00Mathieu GiraudVérifier tous les liens de la doc, internes comme externeVoir #3349... mais aussi les liens externes : on a encore des liens sur `rby` !
Faire un script et le mettre en CI.
Plus simple à faire sur le résultat (build *.html).
Il y a sûrement des outils qui existent, sinon quelques lignes de p...Voir #3349... mais aussi les liens externes : on a encore des liens sur `rby` !
Faire un script et le mettre en CI.
Plus simple à faire sur le résultat (build *.html).
Il y a sûrement des outils qui existent, sinon quelques lignes de python feront bien l'affaire.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3368Réparer Vidjil-deploy-doc2020-08-27T11:32:01+02:00Mikaël SalsonRéparer Vidjil-deploy-docSuite à !202. Il faut mettre à jour le job Jenkins `Vidjil-deploy-doc` et installer le nécessaire sur le slave.Suite à !202. Il faut mettre à jour le job Jenkins `Vidjil-deploy-doc` et installer le nécessaire sur le slave.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3369Tester tools/validate-links.py2020-05-20T18:47:09+02:00Mikaël SalsonTester tools/validate-links.pySuite à !202 il faudra tester ce script (doctests par exemple), ce qui pourra servir de documentation.Suite à !202 il faudra tester ce script (doctests par exemple), ce qui pourra servir de documentation.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3413Vocabulaire vidjil-algo Kmer/Fine2020-06-11T22:18:26+02:00Mathieu GiraudVocabulaire vidjil-algo Kmer/Fine@mikael\-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/245#note_108065
> Il y a _analyze_ qui est utilisé dans deux sens : pour l'heuristique et pour la désignation VDJ. Je trouve que ça n'aide pas à la compréhension.
Mille f...@mikael\-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/245#note_108065
> Il y a _analyze_ qui est utilisé dans deux sens : pour l'heuristique et pour la désignation VDJ. Je trouve que ça n'aide pas à la compréhension.
Mille fois oui !!! On est souvent embêté, pour l'instant c'était "full analysis" ou "further analysis" pour `Fine` et effectivement c'est confus.
> Je pense qu'il faudrait parler de VDJ designation ou VDJ assignment dans le 2è cas et donc dans les options ne pas avoir du `analysis` partout.
Pourquoi pas ! C'est bien "assignment" et pas "assignation".
Il faudrait avoir un verbe et un nom commun. Cela donnerait, avec d'autres possibilités :
- "V(D)J genes designation" / "to design V(D)J genes" (verbe bof ?)
- "V(D)J genes assignment" / "to assign V(D)J genes"
- ~~"V(D)J genes labeling" / "to label V(D)J genes"~~ -> conflit avec "labeled sequences"
- ~~"V(D)J genes tagging" / "to tag V(D)J genes"~~ -> conflit avec "tag" dans client
- "V(D)J genes identification" / "to identify V(D)J gene"
- autres ?
(cc @RyanHerb : y a-t-il des expressions qui font bizarre en anglais (en américain plutôt :-)) ?)
Pendant qu'on y est, pourrait-on être encore plus précis sur la première phase et utiliser par exemple "recombination detection" / "to detect recombinations" (modulo #1724, hihihi) ? Ce qui permettrait de garder "analysis" / "analyzed reads" pour le process global.
Une fois décidé, cela s'appliquera
- [ ] aux noms des options !245
- [ ] `doc/vidjil-algo.md`
- [ ] quelques messages dans `vidjil.cpp`
- [ ] dans le client, voir s'il y a des choses
- [ ] com, site web
- [ ] slides de présentation
(Au passage, j'ai encore changé des "segment" la semaine dernière :-)Algo 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3445serveur delocalisé; problème à l'installation; job coincés en queue2021-02-09T17:27:33+01:00Thonier Florianserveur delocalisé; problème à l'installation; job coincés en queueUn utilisateur souhaite installer localement le serveur.
Ils font face à un souci dans l’installation puisque toutes leurs analyses restent en `queue`. A distance, il y a malheureusement beaucoup de source d'erreurs possibles, et je ne ...Un utilisateur souhaite installer localement le serveur.
Ils font face à un souci dans l’installation puisque toutes leurs analyses restent en `queue`. A distance, il y a malheureusement beaucoup de source d'erreurs possibles, et je ne suis pas trop au point sur l'aspect serveur.
Cela me fait penser à vdj#631. Je vais leur demander si ils sont passé par la version docker ou non. Mais dans ce cas, l'erreur de vdj#631 devrait être corrigé sur la dernière version non ?
Dans le cas contraire, qu'elles sont les informatiions qui peuvent nous aider ? les logs du serveur, de l'app vidjil ?
cc: @RyanHerb @mikael\-s @magiraud
PS: voici leur mail explicatif:
>Thanks for providing this support email. We managed to install Vidjil
locally, initiated a database, created an admin user and a couple of
ordinary users. But we are facing problems:
>- when the ordinary users log in, create a patient and load a sample, the
"config" drop down list is empty; the admin's "config" list shows more
options, namely: TRG, multi+inc+xxx, multi+inc, multi, IGH,
default+extract_reads
>- even the admin user, when we select "multi+inc+xxx" in the "config"
list, cannot run the analysis. They apparently get stuck in the QUEUED
mode forever.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3449Readthedocs ?2021-11-19T11:06:57+01:00Mathieu GiraudReadthedocs ?www.readthedocs.org
Évoqué dans #1787. Serait possible depuis #3004.
- Est-ce toujours pertinent ? Au moins la gestion des versions à l'air bien propre
- Mais si le soft est libre, quel est le statut de l'hébgergement www.readthedocs.o...www.readthedocs.org
Évoqué dans #1787. Serait possible depuis #3004.
- Est-ce toujours pertinent ? Au moins la gestion des versions à l'air bien propre
- Mais si le soft est libre, quel est le statut de l'hébgergement www.readthedocs.org ?
- Si oui, est-ce encore utile de maintenir un doublon dans www.vidjil.org/doc ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3464Export SVG, et tester les exports SVG+PNG2021-03-30T09:18:28+02:00Mathieu GiraudExport SVG, et tester les exports SVG+PNGFait suite à !287.
Reverter partiellement 3eb36527ac et donner une possibilité d'export en .svg, en plus du .png.Fait suite à !287.
Reverter partiellement 3eb36527ac et donner une possibilité d'export en .svg, en plus du .png.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3473Avoir un tutoriel pour les amdinistrateurs2020-09-18T11:34:20+02:00Thonier FlorianAvoir un tutoriel pour les amdinistrateursPour l'instant, nous n'avons qu'un tutoriel pour les utilisateurs. Il serait intéressant de faire un petit tuto qui viendrait compléter la documentation pour les administrateurs, avec notamment les étapes pour créer un preprocess qui peu...Pour l'instant, nous n'avons qu'un tutoriel pour les utilisateurs. Il serait intéressant de faire un petit tuto qui viendrait compléter la documentation pour les administrateurs, avec notamment les étapes pour créer un preprocess qui peuvent être assez complexes et qui me semble très lourdes par la documentation.
On pourrait ainsi splitter la documentation pour qu'elle présente les étapes générales et la logique, et d'un autre côté voir les aspects plus techniques pour les preprocess et l'installation des différents algo.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3474Remplir les profils / descriptions sur DockerHub, nettoyer2018-10-15T17:44:55+02:00Mathieu GiraudRemplir les profils / descriptions sur DockerHub, nettoyerhttps://hub.docker.com/r/vidjil/
Pas urgent, en tout cas bien moins que #3175.https://hub.docker.com/r/vidjil/
Pas urgent, en tout cas bien moins que #3175.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3544manuel; ajouter un point sur le chargement des données.2018-10-10T09:18:31+02:00Thonier Florianmanuel; ajouter un point sur le chargement des données.Une utilisatrice me pointe le fait qu'il manque une partie sur la description pour l'upload des données.
Une simple reformulation au début du paragraphe `Samples and pre-processes`.Une utilisatrice me pointe le fait qu'il manque une partie sur la description pour l'upload des données.
Une simple reformulation au début du paragraphe `Samples and pre-processes`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3556Docker : documenter l'installation de programmes externes dans `/opt` ou aill...2022-03-08T12:05:24+01:00Mathieu GiraudDocker : documenter l'installation de programmes externes dans `/opt` ou ailleursSuite à 9ce7a54c51
cc @RyanHerb @flothoniSuite à 9ce7a54c51
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3568AIRR : documenter2018-10-24T16:16:47+02:00Mathieu GiraudAIRR : documenter> @flothoni, #3457 :
> Je pense que si l'on adopte ce format, on pourrait reprendre directement ce tableau
Oui, bonne idée. On mettra dans notre ~doc au moins les champs qu'on utilise et le sens qu'on y met, pas besoin de s'étendre s...> @flothoni, #3457 :
> Je pense que si l'on adopte ce format, on pourrait reprendre directement ce tableau
Oui, bonne idée. On mettra dans notre ~doc au moins les champs qu'on utilise et le sens qu'on y met, pas besoin de s'étendre sur ceux qu'on n'utilise pas.Algo 2018.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3574Tutorial en .md2020-10-31T10:25:56+01:00Mathieu GiraudTutorial en .md- soit en le passant en .md
- soit en configurant ce qu'il faut si c'est possible- soit en le passant en .md
- soit en configurant ce qu'il faut si c'est possiblehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3646Document normalize_reads in doc/vidjil-format.md2023-03-28T16:34:30+02:00Mathieu GiraudDocument normalize_reads in doc/vidjil-format.md#3645#3645Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3672Documenter dans js/lib/info.txt les librairies manquantes2021-08-16T08:49:50+02:00Mathieu GiraudDocumenter dans js/lib/info.txt les librairies manquantes- jquery.atwho.js et jquery.caret.js (8e49b7db, 2017)
- jquery.form.js et jquery.zclip.js (2014 !)
Voir #1171- jquery.atwho.js et jquery.caret.js (8e49b7db, 2017)
- jquery.form.js et jquery.zclip.js (2014 !)
Voir #1171https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3684Mieux documenter --label2019-03-14T09:27:42+01:00Mathieu GiraudMieux documenter --labelLe filtrage est fait dans `WindowsStorage::getLabel(junction window) `, introduit en partie par 14602c2292.Le filtrage est fait dans `WindowsStorage::getLabel(junction window) `, introduit en partie par 14602c2292.Algo 2018.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3703Documenter les variables d'environnement2019-02-05T12:13:39+01:00Mathieu GiraudDocumenter les variables d'environnementUne réflexion en faisant !400 :
on devrait documnter dans `dev.{org,md}` les variables d'environnement ~"dev\-gitlab" (idéalement quelqu'un devrait avoir toutes les infos pour forker et configurer un gitlab).Une réflexion en faisant !400 :
on devrait documnter dans `dev.{org,md}` les variables d'environnement ~"dev\-gitlab" (idéalement quelqu'un devrait avoir toutes les infos pour forker et configurer un gitlab).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3718Tutoriel : mettre à jour en ajoutant les nouveautés2019-11-22T18:26:19+01:00Mikaël SalsonTutoriel : mettre à jour en ajoutant les nouveautésIl y a de nouvelles fonctionnalités depuis le dernier workshop (voire avant). Ce serait bien qu'elles soient mentionnées dans le tutoriel.
Il faut faire un peu le tour des nouvelles fonctionnalités et de ce qu'on devrait ajouter dans le...Il y a de nouvelles fonctionnalités depuis le dernier workshop (voire avant). Ce serait bien qu'elles soient mentionnées dans le tutoriel.
Il faut faire un peu le tour des nouvelles fonctionnalités et de ce qu'on devrait ajouter dans le tutoriel.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3719Tutoriel : ajouter les choses spécifiques à la CLL2019-03-15T09:33:34+01:00Mikaël SalsonTutoriel : ajouter les choses spécifiques à la CLLOn a des fonctionnalités plus spécifiques à la CLL, elles devraient apparaître dans le tutoriel. Voire avoir une partie plus LAL et une partie plus CLL ?On a des fonctionnalités plus spécifiques à la CLL, elles devraient apparaître dans le tutoriel. Voire avoir une partie plus LAL et une partie plus CLL ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3741redéployer la doc2019-03-14T16:28:26+01:00Mathieu Giraudredéployer la doc