vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-04-20T17:53:38+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3105should.py : recodage, diffusion2018-04-20T17:53:38+02:00Mathieu Giraudshould.py : recodage, diffusionÀ la journée INCa-BioinfoDiag, on s'est rendu compte qu'un des outils qui pourrait être utilisé par d'autres est ce joli script. On pourrait le re-diffuser.
Ce qui serait intéressant serait d'avoir des exemples "auto-suffisants", type ...À la journée INCa-BioinfoDiag, on s'est rendu compte qu'un des outils qui pourrait être utilisé par d'autres est ce joli script. On pourrait le re-diffuser.
Ce qui serait intéressant serait d'avoir des exemples "auto-suffisants", type commande de shell (et pas vidjil-algo), pour accompagner cette diffusion. Le script comme les exemples pourraient être dans un dossier `tools/should-to-tap/`. Ou ping #1491...
Au passage, `algo/tests/should-status.py` est aussi générique.Algo 2018.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4238Documenter FLASH2020-07-23T12:31:34+02:00Mathieu GiraudDocumenter FLASH
Je ne sais pas s'il y a grand chose à documenter, mais mentionner que l'on utilise FLASH quelque part à l'endroit où on mentionne R1/R2. Plus besoin de mentionner PEAR.
Je ne sais pas s'il y a grand chose à documenter, mais mentionner que l'on utilise FLASH quelque part à l'endroit où on mentionne R1/R2. Plus besoin de mentionner PEAR.Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4237Documenter les distributions + export all clones2021-02-03T19:46:59+01:00Mathieu GiraudDocumenter les distributions + export all clonesOn a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we wo...On a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we would like to share with you some news, in particular the availability of two long requested features for repertoire analysis that we began to present you at the last meeting. Vidjil displays the top 100 most abundant clones by default, and you know that we made this choice to keep an efficient interactivity. However behind the scenes, Vidjil-algo computes all the clones. We today offer two features to better interact and work with this full list of clones:
> Show distributions of the full repertoire (see attached image). We display the fragment length distribution for all clones instead of the most abundant ones. After tests with some users to ensure it was fitting their needs, we now make it the default configuration.
> Export all clones. We now give the possibility to retrieve them all under the AIRR format for further investigations. This is available through the "Export all clones (AIRR)" configuration.Déploiement 2020.062020-06-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1944Clarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommer2021-05-25T10:05:29+02:00Vidjil TeamClarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommerÉventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Éventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4143mkdocs: réorganiser la navigation dans la doc2020-02-18T10:16:19+01:00Mathieu Giraudmkdocs: réorganiser la navigation dans la docBeaucoup de fichiers et de points d'entrées, http://www.vidjil.org/doc devient un peu complexe.
On a la possibilité de faire une doc hiérarchique, je fais bientôt une proposition.Beaucoup de fichiers et de points d'entrées, http://www.vidjil.org/doc devient un peu complexe.
On a la possibilité de faire une doc hiérarchique, je fais bientôt une proposition.Déploiement 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3646Document normalize_reads in doc/vidjil-format.md2023-03-28T16:34:30+02:00Mathieu GiraudDocument normalize_reads in doc/vidjil-format.md#3645#3645Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2859Terminologie des locus : documenter le +2023-03-28T16:48:53+02:00Mathieu GiraudTerminologie des locus : documenter le +@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorial@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorialWeb 2021.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4743Nouvel aligneur: doc dev-client2021-04-28T18:24:54+02:00Mathieu GiraudNouvel aligneur: doc dev-clientFrom [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477949):
> Comment sont générés les templates ? Un peu de doc sur le sujet ne ferait pas de mal. Et aussi plus généralement sur le fonctionnement de l...From [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477949):
> Comment sont générés les templates ? Un peu de doc sur le sujet ne ferait pas de mal. Et aussi plus généralement sur le fonctionnement de l'aligneur.Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4734doc usager nouvel aligneur2021-05-05T15:21:49+02:00Mathieu Girauddoc usager nouvel aligneur
Après !836
- un screenshot ou deux
- ...
- expliquer `#`
Après !836
- un screenshot ou deux
- ...
- expliquer `#`Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4587My Account et ailleurs : terme "job" → "process"2020-12-30T10:07:16+01:00Mathieu GiraudMy Account et ailleurs : terme "job" → "process"Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on p...Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on parle de "task", de "processing"...Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4224Avoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel...2021-05-05T15:20:46+02:00Thonier FlorianAvoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel, le web et les slidesJe suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'ap...Je suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'apercevoir que watir a une option pour faire des [screenshot](http://watir.com/guides/screenshots/) inclut par défaut. J'imagine qu'il serait intéressant à certains endroit bien placer de pouvoir générer des screenshot qui seront ensuite exploiter comme illustration dans le tuto/manuel.
Il faudrait imaginer un job en plus dans le CI pour ensuite exporter les images, voir pour faire des crop automatiques de celle-ci pour se concentrer sur la partie intéréssante.Web 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4736Follow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentation2023-03-28T16:35:40+02:00Thonier FlorianFollow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentationThe following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelqu...The following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelques part sur cette fonction.
>
> C'est possible de la faire après cette MR pour ne pas géner le freeze mais ce serait mieux avec.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3901Faire une première config spike/MRD de test2023-06-28T17:34:41+02:00Mathieu GiraudFaire une première config spike/MRD de testvidjil#3838
Prendre le script de Joao ?
Un autre "jouet" (par exemple divise par 2 IGH mais pas TRG) ?vidjil#3838
Prendre le script de Joao ?
Un autre "jouet" (par exemple divise par 2 IGH mais pas TRG) ?Web 2023.10Thonier FlorianThonier Florian2021-09-24https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2710Méta-données de démo réalistes, utiliser ci.sql dans les tests, tests unitair...2024-01-25T14:15:00+01:00Mathieu GiraudMéta-données de démo réalistes, utiliser ci.sql dans les tests, tests unitaire qui vérifient vraiment les réponsesJe suis en train de mettre sur `dev` (user `u3`) un jeu de données crédible, notamment avec des tags #2683 un peu cohérents. Essai d'une liste de noms un peu variée, bien que fort occidentale, mais bon, ~"ec-ngs". Voir si, quand ce sera ...Je suis en train de mettre sur `dev` (user `u3`) un jeu de données crédible, notamment avec des tags #2683 un peu cohérents. Essai d'une liste de noms un peu variée, bien que fort occidentale, mais bon, ~"ec-ngs". Voir si, quand ce sera fait, on essaie de récupérer les tags pour une série de screenshots.
```
Florbela Espanca 1894-12-08
Paulina Wilkońska 1815
Camilla Collett 1813-01-23
Διονύσιος Σολωμός 1798-04-08
Vasile Alecsandri 1801-07-21
Sophia Elisabet Brenner 1659-04-29
Marin Držić 1508
老子 6 BCE
Emil Aarestrup 1800-12-04
Božena Němcová 1820-02-04
ابن خلدون (Ibn Khaldoûn), 1332-05-27
Willem Bilderdijk 1756-09-07
Johann Wolfgang Goethe, 1749-08-28
George Sand 1804-02-01
Dante Alighieri 1265
Friedrich von Schiller 1759
Miguel de Cervantes 1547-09-29
Jane Austeen 1775-12-16
```Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1589API des controlleurs : documenter2023-06-29T10:23:44+02:00Vidjil TeamAPI des controlleurs : documenterPour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Pour que Martin puisse faire ce qu'il veut, il faudrait documenter quelques controlleurs.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5134Refresh admin.md documentation2024-01-22T15:27:45+01:00Mikaël SalsonRefresh admin.md documentation@flothoni points some inconsistencies in the `admin.md` documentation.@flothoni points some inconsistencies in the `admin.md` documentation.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5221Tag; add them to doc2024-01-24T18:04:04+01:00THONIER FlorianTag; add them to docWe can extract default list of tags to insert them in doc.
Maybe class them by type (disease, locus, sequencing protocol, ...).We can extract default list of tags to insert them in doc.
Maybe class them by type (disease, locus, sequencing protocol, ...).Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5184Py4web; delete web2py2024-02-20T12:20:36+01:00THONIER FlorianPy4web; delete web2pyWhen should we delete all occurrences to web2py ? before/after release of py4web ? release+1 ?
* [ ] Documentation
* [ ] Server
* [ ] Tests
* [ ] Makefile
Other points to suggest ?When should we delete all occurrences to web2py ? before/after release of py4web ? release+1 ?
* [ ] Documentation
* [ ] Server
* [ ] Tests
* [ ] Makefile
Other points to suggest ?Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5183Py4web; update documentation2024-01-22T14:14:19+01:00THONIER FlorianPy4web; update documentationSome documentation need to be added and updated, on dev, usage, migration, ...Some documentation need to be added and updated, on dev, usage, migration, ...Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4983Pipeline de publi de la doc HS2022-04-07T18:28:49+02:00Mathieu GiraudPipeline de publi de la doc HSVoir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1924159 lancé à l'instant
```
$ scp -r site/ $VIDJIL_WWW:doc/
Warning: Permanently added 'vde...' (ECDSA) to the list of known hosts.
site: No such file or directory
```
Pourtant cela a...Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1924159 lancé à l'instant
```
$ scp -r site/ $VIDJIL_WWW:doc/
Warning: Permanently added 'vde...' (ECDSA) to the list of known hosts.
site: No such file or directory
```
Pourtant cela avait marché pour vidjil-algo 2022.03. Je relance.