vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-01T15:39:01+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2545Documenter vmi.js et vmi_mocker.js2023-03-01T15:39:01+01:00Mathieu GiraudDocumenter vmi.js et vmi_mocker.js2017-06-30https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2582Tip of the day : implémentation2017-11-17T12:10:37+01:00Mathieu GiraudTip of the day : implémentationVoir #2581
cc @RyanHerbVoir #2581
cc @RyanHerbRyan HerbertRyan Herbert2017-11-10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2776Mettre à jour le tutoriel pour les TPs2017-11-20T19:18:05+01:00Mathieu GiraudMettre à jour le tutoriel pour les TPsQue mettre à jour dans le tutoriel ? Nouveautés 2016/17 ? Autres points ?
On le limite plutôt aux aspects clients. (Serveur: limiter à ce qui est accessible à partir du compte Demo ?).
@flothoni fait déjà une première passe, merci à toi...Que mettre à jour dans le tutoriel ? Nouveautés 2016/17 ? Autres points ?
On le limite plutôt aux aspects clients. (Serveur: limiter à ce qui est accessible à partir du compte Demo ?).
@flothoni fait déjà une première passe, merci à toi, et on en discute ce mercredi à 14h.
Voir aussi #2058 vdj#195 vdj#352Web 2017.112017-11-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2744Tip of the day : édition et mise en prod2019-08-19T15:28:09+02:00Mathieu GiraudTip of the day : édition et mise en prodAprès #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.Après #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.2017-11-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3964Running MiXCR through Vidjil2020-09-28T16:44:10+02:00Mathieu GiraudRunning MiXCR through VidjilReported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it ...Reported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it is
written in some other format. How can I continue the analysis then?
> Even if I continue the analysis calling mixcr again for the next step,
will it produce a `.vidjil` file? Does it know how to do that?
> Finally, is mixcr (the binary, executable) already installed in the
containers?
cc @flothoni @mikael-sThonier FlorianThonier Florian2019-12-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4210Documentation docker; dev en local2020-10-16T18:40:08+02:00Thonier FlorianDocumentation docker; dev en localCette issue pour y mettre des points de documentation si on veux faire du dev en local (qui est pour l'instant un peu piégeux).Cette issue pour y mettre des points de documentation si on veux faire du dev en local (qui est pour l'instant un peu piégeux).Thonier FlorianThonier Florian2020-03-13https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4237Documenter les distributions + export all clones2021-02-03T19:46:59+01:00Mathieu GiraudDocumenter les distributions + export all clonesOn a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we wo...On a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we would like to share with you some news, in particular the availability of two long requested features for repertoire analysis that we began to present you at the last meeting. Vidjil displays the top 100 most abundant clones by default, and you know that we made this choice to keep an efficient interactivity. However behind the scenes, Vidjil-algo computes all the clones. We today offer two features to better interact and work with this full list of clones:
> Show distributions of the full repertoire (see attached image). We display the fragment length distribution for all clones instead of the most abundant ones. After tests with some users to ensure it was fitting their needs, we now make it the default configuration.
> Export all clones. We now give the possibility to retrieve them all under the AIRR format for further investigations. This is available through the "Export all clones (AIRR)" configuration.Déploiement 2020.062020-06-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4509Documenter la migration de données par migrator.sh2021-02-09T17:32:21+01:00Mathieu GiraudDocumenter la migration de données par migrator.sh
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la...
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la place du paragraphe "Filtering data" ? Marc, dès que tu as des choses dessus, on testera/affinera cela
cc @flothoni2020-10-08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4562Mise en prod "My Account"2020-12-10T09:27:00+01:00Mathieu GiraudMise en prod "My Account"Suite à !837
- [x] test live sur app après un premier deploy
- [x] ~bikeshedding : chaînes de texte (assign @magiraud)
- [x] ~doc
- [ ] ~com : préparer des news (sera déployé probablement avec !813)
@duez disait qu'il ne fallait p...Suite à !837
- [x] test live sur app après un premier deploy
- [x] ~bikeshedding : chaînes de texte (assign @magiraud)
- [x] ~doc
- [ ] ~com : préparer des news (sera déployé probablement avec !813)
@duez disait qu'il ne fallait pas traîner, tout à fait d'accord ;) On peut en parler pochainement !
cc @flothoniWeb 2020.12Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-12-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4695Indice de diversité; affiché les noms complets dans le panel information de l...2021-02-12T12:59:50+01:00Thonier FlorianIndice de diversité; affiché les noms complets dans le panel information de l'échantillonPour l'instant on a des abréviations et pas le nom clair des indicesPour l'instant on a des abréviations et pas le nom clair des indices2021-03-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4165Nouvelle vue pour l'affichage des warnings2023-01-13T16:47:09+01:00Mikaël SalsonNouvelle vue pour l'affichage des warningsUne manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste ...Une manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste des clones concernés (dans une sorte de segmenteur ?). Parmi le lot de warnings, l'utilisatrice peut ainsi voir rapidement lesquels lui semblent les plus pertinents.
On n'aurait plus besoin d'inonder l'interface de petits :warning:, on pourrait se contenter d'afficher ceux vraiment importants. Et, dans le menu par exemple, on pourrait avoir une icône indiquant le nombre de warnings total, cliquer dessus permettrait d'accéder au panneau que je propose.Web 2022.122021-05-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3901Faire une première config spike/MRD de test2023-06-28T17:34:41+02:00Mathieu GiraudFaire une première config spike/MRD de testvidjil#3838
Prendre le script de Joao ?
Un autre "jouet" (par exemple divise par 2 IGH mais pas TRG) ?vidjil#3838
Prendre le script de Joao ?
Un autre "jouet" (par exemple divise par 2 IGH mais pas TRG) ?Web 2023.10Thonier FlorianThonier Florian2021-09-24https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5221Tag; add them to doc2024-01-24T18:04:04+01:00THONIER FlorianTag; add them to docWe can extract default list of tags to insert them in doc.
Maybe class them by type (disease, locus, sequencing protocol, ...).We can extract default list of tags to insert them in doc.
Maybe class them by type (disease, locus, sequencing protocol, ...).Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5184Py4web; delete web2py2024-02-20T12:20:36+01:00THONIER FlorianPy4web; delete web2pyWhen should we delete all occurrences to web2py ? before/after release of py4web ? release+1 ?
* [ ] Documentation
* [ ] Server
* [ ] Tests
* [ ] Makefile
Other points to suggest ?When should we delete all occurrences to web2py ? before/after release of py4web ? release+1 ?
* [ ] Documentation
* [ ] Server
* [ ] Tests
* [ ] Makefile
Other points to suggest ?Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5183Py4web; update documentation2024-01-22T14:14:19+01:00THONIER FlorianPy4web; update documentationSome documentation need to be added and updated, on dev, usage, migration, ...Some documentation need to be added and updated, on dev, usage, migration, ...Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5139Document analysis configurations2023-06-21T15:11:48+02:00Mathieu GiraudDocument analysis configurationshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5136Warnings: documenter pour les usagers2023-05-03T14:40:26+02:00Mathieu GiraudWarnings: documenter pour les usagersOn a https://www.vidjil.org/doc/warnings/ (générée à partir de warning.md), mais c'est encore un peu cryptique
Avoir une explication orientée usager, 1-3 phrase par warning, surtout pour ceux qui sont "fréquents". D'ailleurs, lesquels s...On a https://www.vidjil.org/doc/warnings/ (générée à partir de warning.md), mais c'est encore un peu cryptique
Avoir une explication orientée usager, 1-3 phrase par warning, surtout pour ceux qui sont "fréquents". D'ailleurs, lesquels sont les plus fréquents ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5134Refresh admin.md documentation2024-01-22T15:27:45+01:00Mikaël SalsonRefresh admin.md documentation@flothoni points some inconsistencies in the `admin.md` documentation.@flothoni points some inconsistencies in the `admin.md` documentation.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5128Missing image for diversity measures in the documentation2023-03-22T18:05:13+01:00Mikaël SalsonMissing image for diversity measures in the documentationSee here: https://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indices
The image filename is `diversity_splitted_by_locus.png` but, indeed, it doesn't exist on the repository.
The reference to the figure was included in !1151...See here: https://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indices
The image filename is `diversity_splitted_by_locus.png` but, indeed, it doesn't exist on the repository.
The reference to the figure was included in !1151.
@flothoni can you include this image?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5083Faire un point sur tSNE, puis doc2023-03-21T16:52:04+01:00Mathieu GiraudFaire un point sur tSNE, puis docWeb 2022.12