vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-12-04T22:30:17+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3350Faire un artefact avec la doc .html et le déployer2019-12-04T22:30:17+01:00Mathieu GiraudFaire un artefact avec la doc .html et le déployerDemande aussi de finir la doc .md pour client #3348 #3349.Demande aussi de finir la doc .md pour client #3348 #3349.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3349doc en .md en anchors pour l'aide depuis le client2018-07-12T11:26:54+02:00Mathieu Girauddoc en .md en anchors pour l'aide depuis le clientAvec .md + mkdocs, plus besoin d'anchors, c'est le nom de la section qui est une anchor.
Vérifier les liens et adapter si besoin.Avec .md + mkdocs, plus besoin d'anchors, c'est le nom de la section qui est une anchor.
Vérifier les liens et adapter si besoin.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3348doc en .md : org-babel-tangle.py pour les tests browser2018-07-12T15:12:19+02:00Mathieu Girauddoc en .md : org-babel-tangle.py pour les tests browserExtrait de #3004 : Adapter [org-babel-tangle.py](/vidjil/vidjil/blob/dev/tools/org-babel-tangle.py) au MarkdownExtrait de #3004 : Adapter [org-babel-tangle.py](/vidjil/vidjil/blob/dev/tools/org-babel-tangle.py) au MarkdownMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3313Déplacer la documentation de Filter2018-06-27T14:14:47+02:00Cyprien BoréeDéplacer la documentation de FilterPour simplifier la lecture de la classe `FilterWithACAutomaton` et pour centraliser les informations sur le code, certains commentaires sur l'explication du fonctionnement de la classe doivent se trouver dans `doc/dev.org`.Pour simplifier la lecture de la classe `FilterWithACAutomaton` et pour centraliser les informations sur le code, certains commentaires sur l'explication du fonctionnement de la classe doivent se trouver dans `doc/dev.org`.Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3295Options : bikeshedding noms longs, suppression de certains noms courts2019-03-12T11:53:57+01:00Mathieu GiraudOptions : bikeshedding noms longs, suppression de certains noms courtsÀ faire après !105. Forte charge émotionnelle, avec 49 options :-)
- noms longs partout ou pas ? Peut-être `-V` n'a pas besoin de nom court. Mais c'est presque un élément de `doc`, ce n'est pas impossible qu'on aie à la fois `-g, --ger...À faire après !105. Forte charge émotionnelle, avec 49 options :-)
- noms longs partout ou pas ? Peut-être `-V` n'a pas besoin de nom court. Mais c'est presque un élément de `doc`, ce n'est pas impossible qu'on aie à la fois `-g, --germline` et `-3, --cdr3`.
- supprimer certains noms courts ? Évidemment pas ceux auquel on est habitués... Mais pourquoi pas pour les options obsures.Algo 2018.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3196.vidjil: better document `top` and/or make it optionnal2019-07-23T10:03:08+02:00Mathieu Giraud.vidjil: better document `top` and/or make it optionnalIn https://github.com/ablab/y-tools/commit/41687407b738436b2c05615afa24548f83fbc595#diff-dfa29d568694d4d8189ce3e61b44972dR79
@eodus assigns a `"top": 1` for every clone. We are doing almost the same in `vidjil-algo` (`json_clone["top"] =...In https://github.com/ablab/y-tools/commit/41687407b738436b2c05615afa24548f83fbc595#diff-dfa29d568694d4d8189ce3e61b44972dR79
@eodus assigns a `"top": 1` for every clone. We are doing almost the same in `vidjil-algo` (`json_clone["top"] = 0`).
It looks like that the actual `top` value used in the ~client is then computed by fuse.py. We should investigate and better document the value.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3180Documenter le multi-upload2020-09-28T00:23:36+02:00Mathieu GiraudDocumenter le multi-uploadMettre à jour `doc/user.org` en s'inspirant par exemple
- de la news mise sur le serveur
- et du retour de certains utilisateurs depuis la mise en prod : qu'avons-nous mal expliqué ?
Y aurait-il aussi des choses à reformuler sur le...Mettre à jour `doc/user.org` en s'inspirant par exemple
- de la news mise sur le serveur
- et du retour de certains utilisateurs depuis la mise en prod : qu'avons-nous mal expliqué ?
Y aurait-il aussi des choses à reformuler sur le nouveau formulaire pour que ce soit plus clair ?
A priori rien à changer dans le tutorial (pas d'upload ?)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3175Documenter le processus de A à Z pour déployer sur un serveur sous Docker2018-10-16T11:11:39+02:00Mikaël SalsonDocumenter le processus de A à Z pour déployer sur un serveur sous DockerOn a de la doc concernant la construction des paquets ou l'utilisation de Docker. Mais il manque un pas à pas complet qui permette de savoir comment mettre à jour (ou installer) un serveur avec Docker. Cette doc pourra évidemment faire ...On a de la doc concernant la construction des paquets ou l'utilisation de Docker. Mais il manque un pas à pas complet qui permette de savoir comment mettre à jour (ou installer) un serveur avec Docker. Cette doc pourra évidemment faire référence à ce qui existe déjà.
Pour avoir une idée de ce qu'il peut manquer comme information (voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/issues/644#note_84839)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3105should.py : recodage, diffusion2018-04-20T17:53:38+02:00Mathieu Giraudshould.py : recodage, diffusionÀ la journée INCa-BioinfoDiag, on s'est rendu compte qu'un des outils qui pourrait être utilisé par d'autres est ce joli script. On pourrait le re-diffuser.
Ce qui serait intéressant serait d'avoir des exemples "auto-suffisants", type ...À la journée INCa-BioinfoDiag, on s'est rendu compte qu'un des outils qui pourrait être utilisé par d'autres est ce joli script. On pourrait le re-diffuser.
Ce qui serait intéressant serait d'avoir des exemples "auto-suffisants", type commande de shell (et pas vidjil-algo), pour accompagner cette diffusion. Le script comme les exemples pourraient être dans un dossier `tools/should-to-tap/`. Ou ping #1491...
Au passage, `algo/tests/should-status.py` est aussi générique.Algo 2018.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3104Comment organiser les recombinaisons vdj mediées2018-08-07T09:17:20+02:00Thonier FlorianComment organiser les recombinaisons vdj mediéesOn est confronté avec ikaros et ERG à un nouveau type de germline. Il faut prévoir une protocole assez flexible pour permettre d'intégré à la volée des systèmes similaires.
Pour l'instant je propose de passer par un germline ``homo-sapi...On est confronté avec ikaros et ERG à un nouveau type de germline. Il faut prévoir une protocole assez flexible pour permettre d'intégré à la volée des systèmes similaires.
Pour l'instant je propose de passer par un germline ``homo-sapiens-xxx.g`` spécifique de toutes ces configurations.
Je rajouterais aussi dans ce cas un point dans le doc du germline pour expliquer la démarche (il doit déjà y avoir un mot de souvenir).
cf #2139;
cc @magiraud @mikael-sThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3088Pear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dump2023-05-23T15:50:12+02:00Thonier FlorianPear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dumpUn utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):...Un utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 734, in run_pre_process
(stdoutdata, stderrdata) = p.communicate()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 796, in communicate
self.wait()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1376, in wait
pid, sts = _eintr_retry_call(os.waitpid, self.pid, 0)
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 476, in _eintr_retry_call
return func(*args)
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 901, in <lambda>
signal.signal(signal.SIGTERM, lambda signum, stack_frame: sys.exit(1))
SystemExit: 1
```
Je pense qu'il s'agit d'une erreur de surcharge dans la mémoire, mais je ne peux pas accéder à vda pour voir les logs (connexion au chu), et les logs dispo depuis l'interface sont trop récents.
A vérifier lorsque je peux accéder au serveur.
En tout cas je ne suis pas certain qu'il s'agisse d'un bug à proprement parler si cela vient de la mémoire.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3086Documenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.org2018-04-13T12:49:06+02:00Mathieu GiraudDocumenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.orgVoir aussi #2797Voir aussi #2797https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3067test unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjil2018-03-07T11:35:24+01:00Mathieu Giraudtest unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjilVu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@R...Vu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@RyanHerb fait un fix rapide. Il faudra qu'on voie comment faire cela plus proprement... Derrière, c'est une question de ~doc: est-ce qu'on a bien quelque part ce qu'il faut pour montrer un .vidjil d'un sample, puis de plusieurs samples ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3060Aide détaillée sur les warnings2021-02-03T09:21:42+01:00Mathieu GiraudAide détaillée sur les warningsDepuis #3029 :
> Lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
Partir de `warnings.md`, y mettre une doc plus complète, l'extraire quelque part ?Depuis #3029 :
> Lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
Partir de `warnings.md`, y mettre une doc plus complète, l'extraire quelque part ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3037Compléter la documentation sur Docker2018-10-16T11:11:38+02:00Mikaël SalsonCompléter la documentation sur DockerSi on n'est pas habitué de Docker, il semble y avoir certaines étapes qui sont implicites dans [doc/dev.org](doc/dev.org) (en particulier par rapport à l'installation et l'utilisation de `docker-compose`.Si on n'est pas habitué de Docker, il semble y avoir certaines étapes qui sont implicites dans [doc/dev.org](doc/dev.org) (en particulier par rapport à l'installation et l'utilisation de `docker-compose`.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3029Client : afficher les warnings, se servir éventuellement du code2018-02-20T19:46:10+01:00Mathieu GiraudClient : afficher les warnings, se servir éventuellement du codeOriginellement dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_65739 :
> Le ~client pourrait
>
> - afficher le message en `:hover` (!139), mais aussi getHTMLInfo et autres
> - lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant a...Originellement dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_65739 :
> Le ~client pourrait
>
> - afficher le message en `:hover` (!139), mais aussi getHTMLInfo et autres
> - lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
> - voire faire un truc plus futé sur certains warnings -> mvouaisMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3027Sortir partiellement vidjil-h-examples.should-get vers un nouveau stage de test2018-06-26T10:41:01+02:00Mathieu GiraudSortir partiellement vidjil-h-examples.should-get vers un nouveau stage de testDepuis ee762649 / f7c71ba pour #2635, les tests mettent 7 minutes de plus pour se lancer deux fois sur LIL-L4.
J'avais mis dans un premier temps `-x 10000` pour que cela soit plus rapide, mais le but est bien de montrer dans l'aide des...Depuis ee762649 / f7c71ba pour #2635, les tests mettent 7 minutes de plus pour se lancer deux fois sur LIL-L4.
J'avais mis dans un premier temps `-x 10000` pour que cela soit plus rapide, mais le but est bien de montrer dans l'aide des commandes utiles en situation réelle.
Cela pourrait encore s'empirer si on en met dans `doc/algo.org` (ce qui est souhaitable).
Pour %"Algo 2017.11" cela peut aller, mais pour la suite (et surtout pour notre ~"dev-ci" régulière), il faudrait sortir ces choses longues vers un stage appelé rarement comme valgrind.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3022Mettre à jour Demo-X52019-03-06T08:52:26+01:00Mathieu GiraudMettre à jour Demo-X5Aurait-on des systèmes / recombinaisons particulières qui mériteraient d'être dans `Demo-X5` ?Aurait-on des systèmes / recombinaisons particulières qui mériteraient d'être dans `Demo-X5` ?Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3021Avoir un fichier qui teste tous les warnings ou presque2018-06-26T10:40:27+02:00Mathieu GiraudAvoir un fichier qui teste tous les warnings ou presque#2247
Pour l’instant les warnings sont dans des should-get différents. Pourquoi pas, mais ce serait intéressant d’avoir aussi un fichier qui donnerait plusieurs clones avec chacun un warning différent, un peu dans l'esprit de `Demo-X5`....#2247
Pour l’instant les warnings sont dans des should-get différents. Pourquoi pas, mais ce serait intéressant d’avoir aussi un fichier qui donnerait plusieurs clones avec chacun un warning différent, un peu dans l'esprit de `Demo-X5`. Cela ferait une bonne ~doc pour ces wanrings.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3015Support de gcc 7.3 ?2018-06-21T17:46:46+02:00Mathieu GiraudSupport de gcc 7.3 ?`doc/algo.org:` Vidjil-algo will not work with a =g++= 7.0 or above.
On devrait avoir au moins 7.2 vu #2615.
Est-ce que 7.3 fonctionne ?`doc/algo.org:` Vidjil-algo will not work with a =g++= 7.0 or above.
On devrait avoir au moins 7.2 vu #2615.
Est-ce que 7.3 fonctionne ?Algo 2018.08