vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-01T16:18:46+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2675Documenter les branches dans dev.org2023-03-01T16:18:46+01:00Mathieu GiraudDocumenter les branches dans dev.orgNous devrions documenter dans `dev.org` la signification de nos différentes branches, qu'elles soient déjà traitées par ~"dev-ci" ou non.
(Même si certains points dépend du ~"server-hosting", ce sont clairement des points qui dépendent ...Nous devrions documenter dans `dev.org` la signification de nos différentes branches, qu'elles soient déjà traitées par ~"dev-ci" ou non.
(Même si certains points dépend du ~"server-hosting", ce sont clairement des points qui dépendent du projet `vidjil`.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2629Le texte "(focus on some clones)" devrait être plus visible2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudLe texte "(focus on some clones)" devrait être plus visibleDiscussion avec @flothoni sur #2626 (pas sûr que ce soit lié).
On pourrait voir mieux qu'on est en focus, peut-être avec un fond de couleur.
Attendre #2245 ?Discussion avec @flothoni sur #2626 (pas sûr que ce soit lié).
On pourrait voir mieux qu'on est en focus, peut-être avec un fond de couleur.
Attendre #2245 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2238Avoir une doc au format manpage pour le paquet algo2017-12-13T07:22:14+01:00Ryan HerbertAvoir une doc au format manpage pour le paquet algoOn pourrait avoir une man page qui s'installe avec le paquet debian de l'algo.
https://liw.fi/manpages/On pourrait avoir une man page qui s'installe avec le paquet debian de l'algo.
https://liw.fi/manpages/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2200Documenter l'application web de manière indépendante de l'algo RepSeq2017-02-23T07:47:29+01:00Mathieu GiraudDocumenter l'application web de manière indépendante de l'algo RepSeqCe n'est pas possible de ne pas parler d'algo dans `doc/user.org` : plusieurs questions très importantes pour l'utilisateur sont dépendantes de l'algo utilisé. Mais la doc doit tout de même être claire pour, par exemple, un utilisateur q...Ce n'est pas possible de ne pas parler d'algo dans `doc/user.org` : plusieurs questions très importantes pour l'utilisateur sont dépendantes de l'algo utilisé. Mais la doc doit tout de même être claire pour, par exemple, un utilisateur qui se servirait de MiXCR. C'est peut-être d'ailleurs notre responsabilité d'indiquer comment se servir le mieux possible de chaque algo (même hors Vidjil-algo).
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2193API/URL: documenter, accès sur fichier distant2019-06-12T18:29:40+02:00Mathieu GiraudAPI/URL: documenter, accès sur fichier distantNe pas oublier de documenter les nouvelles fonctionnalités dans la section `Browser API` de `doc/dev.org`.
cc @mikael-s @RyanHerbNe pas oublier de documenter les nouvelles fonctionnalités dans la section `Browser API` de `doc/dev.org`.
cc @mikael-s @RyanHerbWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2189Lever un warning si on utilise -3 avec des séquences non gappées2017-02-16T18:59:40+01:00Mathieu GiraudLever un warning si on utilise -3 avec des séquences non gappéesVoir discussion dans #2187.
cc @mikael-sVoir discussion dans #2187.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2130Champ 'germlines' dans le .vidjil et germlines par défaut2017-04-25T17:24:01+02:00Mathieu GiraudChamp 'germlines' dans le .vidjil et germlines par défautEn faisant #1987, j'ai mis `species{,_taxon_id}` à la racine du `.vidjil`.
Il y a bien un champ `germlines` dans le `.vidjil`, mais il sert uniquement pour les 'custom', et est peu documenté dans `format-analysis.org`.
Que devrait-on fa...En faisant #1987, j'ai mis `species{,_taxon_id}` à la racine du `.vidjil`.
Il y a bien un champ `germlines` dans le `.vidjil`, mais il sert uniquement pour les 'custom', et est peu documenté dans `format-analysis.org`.
Que devrait-on faire de champ `germlines` ? Sert-il déjà au ~client ? Devrait-on toujours le peupler avec les infos venant de `homo-sapiens.germlines`/`germlines.data` ?
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2065Pre-process par défaut2019-10-07T16:10:55+02:00Mathieu GiraudPre-process par défautSuite à #2048.
Faudrait-il des entrées pour le pre-process dans `controllers/default.py` ?
Évidemment, on peut fonctionner sans pear... Mais bon, avoir des entrées permettrait de faire des bons exemples. On pourrait par défaut cré...Suite à #2048.
Faudrait-il des entrées pour le pre-process dans `controllers/default.py` ?
Évidemment, on peut fonctionner sans pear... Mais bon, avoir des entrées permettrait de faire des bons exemples. On pourrait par défaut créer tout de même les deux pre-process, en mettant les droits pour que cela ne soit pas accessible tant que l'admin ne les ait pas activés.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2060Afficher la documentation des axes2023-03-01T18:19:49+01:00Mathieu GiraudAfficher la documentation des axesDans `available_axis` (pour l’instant dans `scatterplot.js`), avoir pour chaque axe, une documentation / commentaire en ~1 ligne. Cela aiderait en particulier pour les choses obscures comme « coverage » et autres :-)
Cette doc serait vi...Dans `available_axis` (pour l’instant dans `scatterplot.js`), avoir pour chaque axe, une documentation / commentaire en ~1 ligne. Cela aiderait en particulier pour les choses obscures comme « coverage » et autres :-)
Cette doc serait visible en ` :hover` :
- dans le choix des axes x/y dans le sous-menu plot
- sur la grid, sur la légende
- et potentiellement à d'autres endroits une fois qu'on aura #1471
@mikael-s @RyanHerb
* [x] Rajouter un champ `.doc` dans certains axes
* [ ] Implémenter le `:hover`, déjà sur la grid, dans la légendehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1837MiXCR : rebaser avant un pull request2019-08-19T16:08:56+02:00Vidjil TeamMiXCR : rebaser avant un pull requestIl faudra à un moment tout rebaser (en fait, plus simplement, refaire tous les commits directement, on en parlera). On fait cela après le workshop.
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@RyanHerbIl faudra à un moment tout rebaser (en fait, plus simplement, refaire tous les commits directement, on en parlera). On fait cela après le workshop.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1743Rajouter de la doc pour pré-processing, check qualité...2020-08-27T12:00:02+02:00Vidjil TeamRajouter de la doc pour pré-processing, check qualité...Évoqué vendredi dernier au CHR.
Même si on a envie de rendre certains pré-processings accessibles depuis le serveur, nous n'allons pas tout faire... (erreurs, basse qualité, adaptateurs/barcodes mal trimmés...)
Mais par contre, nous p...Évoqué vendredi dernier au CHR.
Même si on a envie de rendre certains pré-processings accessibles depuis le serveur, nous n'allons pas tout faire... (erreurs, basse qualité, adaptateurs/barcodes mal trimmés...)
Mais par contre, nous pourrions donner dans la doc quelques conseils sur comment préparer/vérifier les données d'entrée.
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FASTQC
cutadapt
Galaxy
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/864Nomenclature Intron/KDE ?2018-11-20T12:15:33+01:00Vidjil TeamNomenclature Intron/KDE ?avoir un vocabulaire cohérent sur l'ensemble + concepts
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CDR3 / JUNCTION : maintenant on sait :)
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Discuté avec MP au petit-déj : il y a une nomenclature pour Intron et KDEavoir un vocabulaire cohérent sur l'ensemble + concepts
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CDR3 / JUNCTION : maintenant on sait :)
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Discuté avec MP au petit-déj : il y a une nomenclature pour Intron et KDE