vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-08-27T12:15:50+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4012Better document .g files and how to use custom germlines2020-08-27T12:15:50+02:00Mathieu GiraudBetter document .g files and how to use custom germlinesvidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources.
Beyond the `-V / `-D` / `-J` options, the `.g` file is very flexible.
However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to ma...vidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources.
Beyond the `-V / `-D` / `-J` options, the `.g` file is very flexible.
However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to manage customization".
We should ensure that this is properly documented. What is the syntax of the `.g` file, and what are the recommended steps for anyone wishing to better use a custom germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4020Documenter les distributions2020-04-07T20:01:20+02:00Mathieu GiraudDocumenter les distributionsAvec !515 en cours de finalisation, documenter
- `doc/dev-client.md` (des choses faites, à compléter ?)
- `doc/vidjil-format.md`: décrire le format .json stats#199
En particulier @pduroux sera intéressé
cc @flothoniAvec !515 en cours de finalisation, documenter
- `doc/dev-client.md` (des choses faites, à compléter ?)
- `doc/vidjil-format.md`: décrire le format .json stats#199
En particulier @pduroux sera intéressé
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4045Documenter les constantes de clone.js2019-11-13T11:09:23+01:00Mikaël SalsonDocumenter les constantes de clone.jsDans clone.js on a maintenant des constantes pour définir ce que sait faire ou non un clone.
A-t-on quelque part une documentation de la signification des constantes ? Je suis un peu perdu pour certaines.
```js
C_CLUSTERIZABLE = 1...Dans clone.js on a maintenant des constantes pour définir ce que sait faire ou non un clone.
A-t-on quelque part une documentation de la signification des constantes ? Je suis un peu perdu pour certaines.
```js
C_CLUSTERIZABLE = 1
C_INTERACTABLE = 4
C_IN_SCATTERPLOT = 32
C_SIZE_DISTRIB = 64
C_SIZE_CONSTANT = 128
C_SIZE_OTHER = 256
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4121Documenter les tags des runners2024-01-18T10:55:50+01:00Mathieu GiraudDocumenter les tags des runnersDocumenter ce qu'il faut pour les différents tags des runners. (Voire consturire les runners par ~"server-docker" ~"dev-ci" ?)
(Les parties de déploiement, spécifiques à ~"#-team" et qui nécessitent des clés particulières, doivent être ...Documenter ce qu'il faut pour les différents tags des runners. (Voire consturire les runners par ~"server-docker" ~"dev-ci" ?)
(Les parties de déploiement, spécifiques à ~"#-team" et qui nécessitent des clés particulières, doivent être clairement identifiées et optionnelles.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4130Documenter dans locus.md des choses sur la longueur des reads2020-01-16T19:06:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter dans locus.md des choses sur la longueur des readsExtrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_290631
Une proposition est sur ghent.Extrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_290631
Une proposition est sur ghent.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4131validate-links.py est en échec sur une URL a priori bonne2020-05-20T23:54:56+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py est en échec sur une URL a priori bonneVoir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_292827.
L'URL en question a été enlevée !574.Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_292827.
L'URL en question a été enlevée !574.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4142Convertir doc/should-vdj.org et doc/tags.org en md2020-11-13T19:38:56+01:00Mathieu GiraudConvertir doc/should-vdj.org et doc/tags.org en mdMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4143mkdocs: réorganiser la navigation dans la doc2020-02-18T10:16:19+01:00Mathieu Giraudmkdocs: réorganiser la navigation dans la docBeaucoup de fichiers et de points d'entrées, http://www.vidjil.org/doc devient un peu complexe.
On a la possibilité de faire une doc hiérarchique, je fais bientôt une proposition.Beaucoup de fichiers et de points d'entrées, http://www.vidjil.org/doc devient un peu complexe.
On a la possibilité de faire une doc hiérarchique, je fais bientôt une proposition.Déploiement 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4148Utiliser only: pour lancer les tests de doc sur toute modification sur doc/2020-02-21T07:15:21+01:00Mathieu GiraudUtiliser only: pour lancer les tests de doc sur toute modification sur doc/Pour commencer #3588.
Merci Mikaël pour cette suggestion :)
(et aussi si mkdocs.yml change ? tant pis si pas possible)Pour commencer #3588.
Merci Mikaël pour cette suggestion :)
(et aussi si mkdocs.yml change ? tant pis si pas possible)Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4149mkdocs: rendre les #4149 comme liens vers les issues gitlab2020-04-23T19:18:28+02:00Mathieu Giraudmkdocs: rendre les #4149 comme liens vers les issues gitlabEn particulier pour #3894.
Vraisemblablement par un plugin custom.
https://www.mkdocs.org/user-guide/plugins/En particulier pour #3894.
Vraisemblablement par un plugin custom.
https://www.mkdocs.org/user-guide/plugins/Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4150validate-links.py: liens relatifs2020-06-10T08:30:07+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py: liens relatifsPour l'instant, `validate-links.py` ne vérifie pas les liens relatifs, et il y en a.Pour l'instant, `validate-links.py` ne vérifie pas les liens relatifs, et il y en a.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4165Nouvelle vue pour l'affichage des warnings2023-01-13T16:47:09+01:00Mikaël SalsonNouvelle vue pour l'affichage des warningsUne manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste ...Une manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste des clones concernés (dans une sorte de segmenteur ?). Parmi le lot de warnings, l'utilisatrice peut ainsi voir rapidement lesquels lui semblent les plus pertinents.
On n'aurait plus besoin d'inonder l'interface de petits :warning:, on pourrait se contenter d'afficher ceux vraiment importants. Et, dans le menu par exemple, on pourrait avoir une icône indiquant le nombre de warnings total, cliquer dessus permettrait d'accéder au panneau que je propose.Web 2022.122021-05-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4207API : script d'exemple2022-06-28T16:14:40+02:00Mathieu GiraudAPI : script d'exemplePrélude à #1589.
vu avec @flothoni et @mikael-s
- `tests/functional/*.rb` fait un login sur serveur externe, mais en clic bouton sur navigateur
- `tests/unit/controllers/*.py` teste des controlleurs, mais à l'intérieur de web2py
Fai...Prélude à #1589.
vu avec @flothoni et @mikael-s
- `tests/functional/*.rb` fait un login sur serveur externe, mais en clic bouton sur navigateur
- `tests/unit/controllers/*.py` teste des controlleurs, mais à l'intérieur de web2py
Faire un script python qui se connecte par API à serveur et tape directement sur les controlleurs.Web 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4210Documentation docker; dev en local2020-10-16T18:40:08+02:00Thonier FlorianDocumentation docker; dev en localCette issue pour y mettre des points de documentation si on veux faire du dev en local (qui est pour l'instant un peu piégeux).Cette issue pour y mettre des points de documentation si on veux faire du dev en local (qui est pour l'instant un peu piégeux).Thonier FlorianThonier Florian2020-03-13https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4224Avoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel...2021-05-05T15:20:46+02:00Thonier FlorianAvoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel, le web et les slidesJe suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'ap...Je suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'apercevoir que watir a une option pour faire des [screenshot](http://watir.com/guides/screenshots/) inclut par défaut. J'imagine qu'il serait intéressant à certains endroit bien placer de pouvoir générer des screenshot qui seront ensuite exploiter comme illustration dans le tuto/manuel.
Il faudrait imaginer un job en plus dans le CI pour ensuite exporter les images, voir pour faire des crop automatiques de celle-ci pour se concentrer sur la partie intéréssante.Web 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4237Documenter les distributions + export all clones2021-02-03T19:46:59+01:00Mathieu GiraudDocumenter les distributions + export all clonesOn a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we wo...On a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we would like to share with you some news, in particular the availability of two long requested features for repertoire analysis that we began to present you at the last meeting. Vidjil displays the top 100 most abundant clones by default, and you know that we made this choice to keep an efficient interactivity. However behind the scenes, Vidjil-algo computes all the clones. We today offer two features to better interact and work with this full list of clones:
> Show distributions of the full repertoire (see attached image). We display the fragment length distribution for all clones instead of the most abundant ones. After tests with some users to ensure it was fitting their needs, we now make it the default configuration.
> Export all clones. We now give the possibility to retrieve them all under the AIRR format for further investigations. This is available through the "Export all clones (AIRR)" configuration.Déploiement 2020.062020-06-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4238Documenter FLASH2020-07-23T12:31:34+02:00Mathieu GiraudDocumenter FLASH
Je ne sais pas s'il y a grand chose à documenter, mais mentionner que l'on utilise FLASH quelque part à l'endroit où on mentionne R1/R2. Plus besoin de mentionner PEAR.
Je ne sais pas s'il y a grand chose à documenter, mais mentionner que l'on utilise FLASH quelque part à l'endroit où on mentionne R1/R2. Plus besoin de mentionner PEAR.Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4249Comment accéder aux environnements de review server sur une nouvelle MR ?2020-04-28T15:46:12+02:00Mathieu GiraudComment accéder aux environnements de review server sur une nouvelle MR ?Je n'arrive pas à accéder aux environnements sur !656, nouvelle MR faite à partir de dev (et en cliquant sur le déploiement manuel). On arrive sur "Init database" / "load backup", mais le premier donne un 'Server Error'. J'imagine que ce...Je n'arrive pas à accéder aux environnements sur !656, nouvelle MR faite à partir de dev (et en cliquant sur le déploiement manuel). On arrive sur "Init database" / "load backup", mais le premier donne un 'Server Error'. J'imagine que cela vient de quelque chose que je n'ai pas compris, plusieurs autres environnements tournent ces derniers jours.
Que dois-je faire ? Quelques lignes de ~doc dans server.md ou ailleurs seraient intéressantes, déjà pour expliquer l'architecture ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4256Documenter le filtre de graphe2023-06-22T10:09:58+02:00Mathieu GiraudDocumenter le filtre de graphe
Incluant aussi !636
Incluant aussi !636Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4364Documenter `stock_order`2020-07-23T12:11:28+02:00Mikaël SalsonDocumenter `stock_order`Suite à !737Suite à !737Thonier FlorianThonier Florian