vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-09-28T16:13:43+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4201Le dégradé gris peut-il être désactivable ?2020-09-28T16:13:43+02:00Thonier FlorianLe dégradé gris peut-il être désactivable ?En lien avec le dégradé gris (#988)
Je tombe sur un cas ou le dégradé n'est pas très joli ni pratique à mon sens. Nous avons ici 2 samples avec 8k clones, et 2 autre avec seulement 10 clones. Le rendu de la zone grise n'est pas très est...En lien avec le dégradé gris (#988)
Je tombe sur un cas ou le dégradé n'est pas très joli ni pratique à mon sens. Nous avons ici 2 samples avec 8k clones, et 2 autre avec seulement 10 clones. Le rendu de la zone grise n'est pas très esthétique et remonte assez haut, ce qui pertube un peu la lecture. De plus, un clone avec une taille nulle voit sa courbe cachée derrière ce dégradé ce qui donne l'impression d'une erreur.
![Screenshot_20200225_174221](/uploads/00dceac5e008682b0d7752160054a91f/Screenshot_20200225_174221.png)
Questions:
* Un utilisateur me demande si il est possible de cacher cette zone grise.
* Il faudrait forcer les clones séléctionné ou hover à être au dessus
* Nous avons des clones avec 0 reads pour l'échantillon 3. Comment l'afficher ? Il n'y a pas d'axe à 0.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4150validate-links.py: liens relatifs2020-06-10T08:30:07+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py: liens relatifsPour l'instant, `validate-links.py` ne vérifie pas les liens relatifs, et il y en a.Pour l'instant, `validate-links.py` ne vérifie pas les liens relatifs, et il y en a.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4149mkdocs: rendre les #4149 comme liens vers les issues gitlab2020-04-23T19:18:28+02:00Mathieu Giraudmkdocs: rendre les #4149 comme liens vers les issues gitlabEn particulier pour #3894.
Vraisemblablement par un plugin custom.
https://www.mkdocs.org/user-guide/plugins/En particulier pour #3894.
Vraisemblablement par un plugin custom.
https://www.mkdocs.org/user-guide/plugins/Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4148Utiliser only: pour lancer les tests de doc sur toute modification sur doc/2020-02-21T07:15:21+01:00Mathieu GiraudUtiliser only: pour lancer les tests de doc sur toute modification sur doc/Pour commencer #3588.
Merci Mikaël pour cette suggestion :)
(et aussi si mkdocs.yml change ? tant pis si pas possible)Pour commencer #3588.
Merci Mikaël pour cette suggestion :)
(et aussi si mkdocs.yml change ? tant pis si pas possible)Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4143mkdocs: réorganiser la navigation dans la doc2020-02-18T10:16:19+01:00Mathieu Giraudmkdocs: réorganiser la navigation dans la docBeaucoup de fichiers et de points d'entrées, http://www.vidjil.org/doc devient un peu complexe.
On a la possibilité de faire une doc hiérarchique, je fais bientôt une proposition.Beaucoup de fichiers et de points d'entrées, http://www.vidjil.org/doc devient un peu complexe.
On a la possibilité de faire une doc hiérarchique, je fais bientôt une proposition.Déploiement 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4142Convertir doc/should-vdj.org et doc/tags.org en md2020-11-13T19:38:56+01:00Mathieu GiraudConvertir doc/should-vdj.org et doc/tags.org en mdMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4131validate-links.py est en échec sur une URL a priori bonne2020-05-20T23:54:56+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py est en échec sur une URL a priori bonneVoir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_292827.
L'URL en question a été enlevée !574.Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_292827.
L'URL en question a été enlevée !574.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4130Documenter dans locus.md des choses sur la longueur des reads2020-01-16T19:06:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter dans locus.md des choses sur la longueur des readsExtrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_290631
Une proposition est sur ghent.Extrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_290631
Une proposition est sur ghent.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4121Documenter les tags des runners2024-01-18T10:55:50+01:00Mathieu GiraudDocumenter les tags des runnersDocumenter ce qu'il faut pour les différents tags des runners. (Voire consturire les runners par ~"server-docker" ~"dev-ci" ?)
(Les parties de déploiement, spécifiques à ~"#-team" et qui nécessitent des clés particulières, doivent être ...Documenter ce qu'il faut pour les différents tags des runners. (Voire consturire les runners par ~"server-docker" ~"dev-ci" ?)
(Les parties de déploiement, spécifiques à ~"#-team" et qui nécessitent des clés particulières, doivent être clairement identifiées et optionnelles.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4103Documentation sur l'effet du bouton cluster2019-12-13T10:58:19+01:00Thonier FlorianDocumentation sur l'effet du bouton clusterNous n'avons pas de description du bouton `cluster` et de ses effets dans la documentation de l'aligneur de séquences, ni ailleurs il me semble.Nous n'avons pas de description du bouton `cluster` et de ses effets dans la documentation de l'aligneur de séquences, ni ailleurs il me semble.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4101Get the number of current logged-in users2020-09-23T20:27:49+02:00Thonier FlorianGet the number of current logged-in users@meidanis ask me if it is possible to see the number of current users logged on the browser.
For the moment, we haven't an easy way to see it from the client. And we didn't mention the way to do it directly from the server neither.
cc ...@meidanis ask me if it is possible to see the number of current users logged on the browser.
For the moment, we haven't an easy way to see it from the client. And we didn't mention the way to do it directly from the server neither.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4097Documentation Docker, permissions2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudDocumentation Docker, permissions
- Permissions
- Quelques choses spécifiques à Windows
Des scripts vont évoluer, mais prendre des notes sur ce qu'il se passe, choses à changer...
cc @flothoni @RyanHerb
- Permissions
- Quelques choses spécifiques à Windows
Des scripts vont évoluer, mais prendre des notes sur ce qu'il se passe, choses à changer...
cc @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4092Doc "color by CDR3"2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudDoc "color by CDR3"Rajouter dans la doc : "Each cdr3 has a unique color". (Pas de gradient, de distance...)Rajouter dans la doc : "Each cdr3 has a unique color". (Pas de gradient, de distance...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4089Color by abundance at this sample2021-08-23T11:16:13+02:00Mathieu GiraudColor by abundance at this sampleDiscussion pour @pduroux.
D'habitude, les "color by" concernent *tous* les clones.
Indiquer plutôt "by abundance at this sample"Discussion pour @pduroux.
D'habitude, les "color by" concernent *tous* les clones.
Indiquer plutôt "by abundance at this sample"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4088Que renseigner dans le .vidjil pour que le "color by N" soit fonctionnel ?2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudQue renseigner dans le .vidjil pour que le "color by N" soit fonctionnel ?Question de @pduroux.
Dans `clone.js` :
```
getNlength: function () {
if (this.hasSeg('3', '5')){
return this.seg['3'].start-this.seg['5'].stop-1
```Question de @pduroux.
Dans `clone.js` :
```
getNlength: function () {
if (this.hasSeg('3', '5')){
return this.seg['3'].start-this.seg['5'].stop-1
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4087Perte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junction2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudPerte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junctionVu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.Vu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4045Documenter les constantes de clone.js2019-11-13T11:09:23+01:00Mikaël SalsonDocumenter les constantes de clone.jsDans clone.js on a maintenant des constantes pour définir ce que sait faire ou non un clone.
A-t-on quelque part une documentation de la signification des constantes ? Je suis un peu perdu pour certaines.
```js
C_CLUSTERIZABLE = 1...Dans clone.js on a maintenant des constantes pour définir ce que sait faire ou non un clone.
A-t-on quelque part une documentation de la signification des constantes ? Je suis un peu perdu pour certaines.
```js
C_CLUSTERIZABLE = 1
C_INTERACTABLE = 4
C_IN_SCATTERPLOT = 32
C_SIZE_DISTRIB = 64
C_SIZE_CONSTANT = 128
C_SIZE_OTHER = 256
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4024Clones with different analyses at diagnosis and follow-up2019-10-28T12:56:03+01:00Mathieu GiraudClones with different analyses at diagnosis and follow-upUsers sometimes report sequences with different analyses at diagnosis and follow-up (link to old issue ?)
@meidanis has recently seen such sequences (could you share them?).
The main reason is probably #3970. See also #2726.
We have to ...Users sometimes report sequences with different analyses at diagnosis and follow-up (link to old issue ?)
@meidanis has recently seen such sequences (could you share them?).
The main reason is probably #3970. See also #2726.
We have to be sure and to investigate and/or document things.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4021Distributions et noms des axes2019-10-31T18:41:52+01:00Mathieu GiraudDistributions et noms des axesÉvoqué il y a quelques jours puis hier avec @flothoni.
Comment nommer les axes ?
Actuellement `seg3` dans ~"server-fuse" est `v` dans le ~client.
On pourra avoir une réflexion globale sur les axes un jour, en attendant éviter de défini...Évoqué il y a quelques jours puis hier avec @flothoni.
Comment nommer les axes ?
Actuellement `seg3` dans ~"server-fuse" est `v` dans le ~client.
On pourra avoir une réflexion globale sur les axes un jour, en attendant éviter de définir des nouvelles choses et mettre le minimum de choses hard-codées.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4020Documenter les distributions2020-04-07T20:01:20+02:00Mathieu GiraudDocumenter les distributionsAvec !515 en cours de finalisation, documenter
- `doc/dev-client.md` (des choses faites, à compléter ?)
- `doc/vidjil-format.md`: décrire le format .json stats#199
En particulier @pduroux sera intéressé
cc @flothoniAvec !515 en cours de finalisation, documenter
- `doc/dev-client.md` (des choses faites, à compléter ?)
- `doc/vidjil-format.md`: décrire le format .json stats#199
En particulier @pduroux sera intéressé
cc @flothoni