vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-12-07T18:39:44+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/43270-based / 1-based2021-12-07T18:39:44+01:00Mathieu Giraud0-based / 1-basedSuite à remarque de @flothoni sur !715.
Je pense qu'on est, pour nos usagers, pour les sorties du ~cpp, et pour le ~client, partout 1-based. Probablement il faut le dire mieux dans la ~doc.
(très anciennes issues: #1942, #1958, #1869)...Suite à remarque de @flothoni sur !715.
Je pense qu'on est, pour nos usagers, pour les sorties du ~cpp, et pour le ~client, partout 1-based. Probablement il faut le dire mieux dans la ~doc.
(très anciennes issues: #1942, #1958, #1869)
Par contre, je pense qu'on est 0-based en *interne* du ~cpp. Mais est-ce systématique ? (Je vois par exemple "JUNCTIONstart is 1-based"). Faut-il progresser vers quelque chose de plus systématique ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4344validate-links: code d'erreur2020-06-12T12:40:46+02:00Mathieu Giraudvalidate-links: code d'erreurQuand une URL ne passe pas, ce serait sympa de savoir si c'est un 404/403/500/... ou bien un Timeout. Et de mettre cette info aussi à la fin dans le récapitulatif des failed.Quand une URL ne passe pas, ce serait sympa de savoir si c'est un 404/403/500/... ou bien un Timeout. Et de mettre cette info aussi à la fin dans le récapitulatif des failed.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4393Procedure pour transferer les patients d'un groupe à un autre2020-07-01T13:33:22+02:00Thonier FlorianProcedure pour transferer les patients d'un groupe à un autreJ'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques test...J'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques tests avant de décrire la procédure dans la doc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4440Screenshots par cypress "histoires bio" de vidjil.org2021-04-29T18:22:25+02:00Mathieu GiraudScreenshots par cypress "histoires bio" de vidjil.orgExtrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3655#note_362291
@flothoni, peux-tu faire une MR (nouvelle, pas dans !671) avec le code pour générer les screenshots par cypress ?
vdj@4a07e7536
:smiling_imp: Cela ne veut pas d...Extrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3655#note_362291
@flothoni, peux-tu faire une MR (nouvelle, pas dans !671) avec le code pour générer les screenshots par cypress ?
vdj@4a07e7536
:smiling_imp: Cela ne veut pas dire encore qu'on va se lier avec cypress, mais cela fait partie de l'évaluation :smiley:Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4456Docker installation: Check what the documentation says on volumes / mount poi...2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudDocker installation: Check what the documentation says on volumes / mount points / permissionsBy default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation ...By default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation http://www.vidjil.org/doc/server/#docker-installation is complete or update it
- make clear in `docker-compose.yml` the lines which should usually be changed for a first-time installationmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4493Nom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process2020-09-30T10:58:25+02:00Mathieu GiraudNom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il...
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il y a des résultats, c'est que tout s'est bien passé. Plus en détail, le log du process de merge est disponible en cliquant sur "M+R2..." dans la colonne "pre-process"
Cela dit...
- en général, est-ce que le nom est celui du premier fichier ? On pourrait enlever R1/R2 ou d'autres chaînes fréquentes, et mettre "merged" quelque part ?
- ce n'est pas très clair qu'il faut cliquer dessus (~doc). Peut-être un "COMPLETED" ou un checkmark aiderait et montrerait que tout s'est bien passéhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4509Documenter la migration de données par migrator.sh2021-02-09T17:32:21+01:00Mathieu GiraudDocumenter la migration de données par migrator.sh
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la...
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la place du paragraphe "Filtering data" ? Marc, dès que tu as des choses dessus, on testera/affinera cela
cc @flothoni2020-10-08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4538Devrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?2023-11-09T11:04:58+01:00Mathieu GiraudDevrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résul...Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résultats ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4570Documenter comment travailler sur un format .vidjil2021-02-03T18:52:47+01:00Mathieu GiraudDocumenter comment travailler sur un format .vidjilIl serait intéressant d'encourager les bioinformaticiens à utiliser le format vidjil, plus riche que des exports comme l'export CSV du ~client.
Dans `doc/vidjil-format`, rajouter un script python simple d'exemple pour itérer sur des cl...Il serait intéressant d'encourager les bioinformaticiens à utiliser le format vidjil, plus riche que des exports comme l'export CSV du ~client.
Dans `doc/vidjil-format`, rajouter un script python simple d'exemple pour itérer sur des clones d'un .vijdil multi-sample.
Voir également, côté API, #4207 et #1589.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4623Enlever lessc de js/lib/info.txt ?2021-01-04T09:53:46+01:00Mathieu GiraudEnlever lessc de js/lib/info.txt ?
```
less : dynamic stylesheet
* @version less-1.5.0
* @author Alexis Sellier
* @link <self@cloudhead.net> / http://lesscss.org/
* @license apache v2
```
Voir ...
```
less : dynamic stylesheet
* @version less-1.5.0
* @author Alexis Sellier
* @link <self@cloudhead.net> / http://lesscss.org/
* @license apache v2
```
Voir b795ea59f3a (et 9a8c272d). Mais `lessc` est désormais en version 4.0, et il me semble que nulle part on embarque son code: aucune occurrence de `lessc` dans tout notre code excepté dans `/browser/css/Makefile`. Peut-on donc enlever cette référence dans `info.txt` ?
Mais alors... d'où l'installe-t-on, en particulier pour ~"server-docker" ? Ce serait déjà inclus dans l'image `nginx` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4631Follow-up from "Resolve "Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)""2021-04-06T15:06:29+02:00Thonier FlorianFollow-up from "Resolve "Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)""The following discussion from !839 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910): (+5 comments)
> Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien d...The following discussion from !839 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910): (+5 comments)
> Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien des noms de gènes différents ? Autrement dit est-ce que, par exemple, on ne va pas se retrouver avec deux IGHV1*01 chez *Sus scrofa* ?
```
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH1|3..296|294 nt|1| | | | |294+72=366| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|H|297..332|36 nt|1| | | | |36+0=36| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH2|333..659|327 nt|1| | | | |327+51=378| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH3-CHS|660..986|327 nt|1| | | | |327+66=393| | |
```
>Ces 4 séquences correspondent en fait à une même séquence d'identifiant M81770 mais ce sont des régions différentes de la séquence (comme l'indiquent les positions : 3 à 296, puis 297 à 332 puis 333 à 659, et enfin 660 à 986). Bref il faudrait certainement clarifier cela, mais ça n'a pas l'air si grave qu'elles aient le même nom… puisque c'est la même séquence.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4634Doc dev et/ou code : documenter le schéma de la db2021-01-13T15:09:05+01:00Mathieu GiraudDoc dev et/ou code : documenter le schéma de la dbEn discutant sur #4633, je me rends compte que j'ai du mal à savoir le rôle précis de certains champs de la db. C'est probablement lié à ma faible connaissance du sujet, mais c'est à se demander si cela vaudrait le coup de documenter ce ...En discutant sur #4633, je me rends compte que j'ai du mal à savoir le rôle précis de certains champs de la db. C'est probablement lié à ma faible connaissance du sujet, mais c'est à se demander si cela vaudrait le coup de documenter ce que fait chaque champ.
En ~doc `dev-server.md` ou, peut-être mieux, en commentaire dans `models/db.py` ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4638Console : doc dev2021-01-13T15:55:38+01:00Mathieu GiraudConsole : doc devmettre à jour les exemples dans `com.js`mettre à jour les exemples dans `com.js`marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4667Documentation, avoir un champ de recherhce2021-01-27T11:13:55+01:00Thonier FlorianDocumentation, avoir un champ de recherhceNotre doc est sur Mkdocs, et il existe par défaut un moyen d'avoir une bar de recherche interne à la doc.
En ce moment c'est désactivé. Cela est possiblement provoqué par le fait que nous ayons une version statique de la doc, et non pa...Notre doc est sur Mkdocs, et il existe par défaut un moyen d'avoir une bar de recherche interne à la doc.
En ce moment c'est désactivé. Cela est possiblement provoqué par le fait que nous ayons une version statique de la doc, et non pas un serveur. Il faut vérifier si c'est la raison, et voir quand même si il n'existe pas l'option sur un site statique, ou via un plugin.
L'autre option est de lancer des recherches sur google avec l'option site:vidjil.org/docMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4676vidjil-format.md : mieux tester / linter / verrouiller2021-02-03T19:43:49+01:00Mathieu Giraudvidjil-format.md : mieux tester / linter / verrouiller`vidjil-format.md` est déjà partiellement testé, via `org-babel-tangle`
Au passage, le format s'appelle `2016b`... mais qu'est-ce que cela signifie ? On a rajouté des champs au fur et à mesure, et je ne suis pas sûr qu'un truc de 2016 pa...`vidjil-format.md` est déjà partiellement testé, via `org-babel-tangle`
Au passage, le format s'appelle `2016b`... mais qu'est-ce que cela signifie ? On a rajouté des champs au fur et à mesure, et je ne suis pas sûr qu'un truc de 2016 passe encore.
Quelques réflexions en vrac:
- rajouter un tangle+test sur le gros bloc `clones` list
- faire un "linter" de fichier `.vidjil` ? Qui lève des warnings si un champ est inconnu ?
- quand cela est fait, ce sera plus simple de donner un nouveau "nom de format" ?
(voir aussi #4570)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4680Remonter AUTODELETE dans defs.py2021-02-05T13:07:25+01:00Mathieu GiraudRemonter AUTODELETE dans defs.pyÉvoqué avec @flothoni et tous ce matin.
On a bien #1503 et http://www.vidjil.org/doc/server/#autodelete-and-permissions en tête.
Permettre que pour du dev ou autre (~"dev-ci" ?), on puisse avoir `AUTODELETE = True` dans `defs.py`.
Mett...Évoqué avec @flothoni et tous ce matin.
On a bien #1503 et http://www.vidjil.org/doc/server/#autodelete-and-permissions en tête.
Permettre que pour du dev ou autre (~"dev-ci" ?), on puisse avoir `AUTODELETE = True` dans `defs.py`.
Mettre dans `defs.py` le warning actuellement présent dans `db.py`, et ajuster la doc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4684Mise à jour Docker et service de relancement2021-02-10T14:51:50+01:00Mathieu GiraudMise à jour Docker et service de relancement
@duez: down puis `docker pull`, mais est-ce que le service qui relance les containeurs ne pourrait pas courrir et relancer avant des choses ? Bref, Marc propose de couper le service avant. Le documenter dans `server.md` ?
Mais ce servi...
@duez: down puis `docker pull`, mais est-ce que le service qui relance les containeurs ne pourrait pas courrir et relancer avant des choses ? Bref, Marc propose de couper le service avant. Le documenter dans `server.md` ?
Mais ce service de relance est-il uniquement sur lil ? Serait-il intéressant ailleurs, et faut-il le documenter aussi ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4695Indice de diversité; affiché les noms complets dans le panel information de l...2021-02-12T12:59:50+01:00Thonier FlorianIndice de diversité; affiché les noms complets dans le panel information de l'échantillonPour l'instant on a des abréviations et pas le nom clair des indicesPour l'instant on a des abréviations et pas le nom clair des indices2021-03-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4704Documenter / cacher -c detect / windows / germline ?2021-02-17T14:39:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / cacher -c detect / windows / germline ?Depuis [discussion dans !906](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/906#note_466377):
> Peut-être cacher ici `-c detect` ? D'ailleurs, cacher également `-c windows` (pas décrit dans la doc...) ? Voire `-c germlines` ?...Depuis [discussion dans !906](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/906#note_466377):
> Peut-être cacher ici `-c detect` ? D'ailleurs, cacher également `-c windows` (pas décrit dans la doc...) ? Voire `-c germlines` ?
Je penche pour cacher tout cela, ou au moins le mettre en "advanced options" (à voir comment, passer tout `-c` en advanced ? Et faire un preset pour `-c designations -2 -3` ?)
Ce n'est pas que du ~bikeshedding, c'est juste qu'une commande non documentée n'apporte pas de clarté. Dans tout vidjil-algo.md, il y a une seule occurrence de `-c designations`, et aucune des autres. Surtout que, selon la commande, plein d'autres options ne servent plus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4736Follow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentation2023-03-28T16:35:40+02:00Thonier FlorianFollow-up from "Feature c/genescan primer search"; add documentationThe following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelqu...The following discussion from !930 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_498147): (+1 comment)
> Je dois encore faire de la documentation quelques part sur cette fonction.
>
> C'est possible de la faire après cette MR pour ne pas géner le freeze mais ce serait mieux avec.Web 2023.10