vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-07-24T12:10:35+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3742Des clones ne sont pas rendu sur le graphiques2020-07-24T12:10:35+02:00Thonier FlorianDes clones ne sont pas rendu sur le graphiquesUn léger bug que je n'arrive pas encore à comprendre, mais qui peux induire des erreurs d’interprétations.
En analysant ce [lien](https://app.vidjil.org/browser/?set=30453&config=25), je m'aperçois que quelques clones minoritaire ne son...Un léger bug que je n'arrive pas encore à comprendre, mais qui peux induire des erreurs d’interprétations.
En analysant ce [lien](https://app.vidjil.org/browser/?set=30453&config=25), je m'aperçois que quelques clones minoritaire ne sont pas affichés.
Ici les screenshots pour le support visuel :
![Screenshot_20190222_105631](/uploads/eeb1b4ce381a92721a5f6abfb79de232/Screenshot_20190222_105631.png)
![Screenshot_20190222_105710](/uploads/a17e9aa468c6474e822222dcca667c1a/Screenshot_20190222_105710.png)
On peut voir sur ces graphiques les mêmes données, mais j'ai juste fait une sélection sur quelques clones (en l’occurrence les 6 premiers, mais l'effet ce fait aussi sentir si je clic sur plus de clones).
On peut voir qu'un nouveau clone apparaît en bas du graphique timeline. Ce clone fait pourtant bien parti de la liste et on peut le retrouver en bas de celle-ci (IGHV4-34*01 0/CTACCC/2 IGHD5-18*01 1/AGCG/4 IGHJ6*02, Id GCTACCCGGATACAGCTGTGGTTAAGCGCTACTATTATTACGGAATGGAG).
Le slider des clones est bien mis au maximum; donc ici à top 100 clones (même si le nombre affichér est de `130...`). Je pense que cela correspond au nombre effectif de clones présent dans le top 100 des 2 samples, donc à 30 clones non partagés entre les deux samples.
Si je sélectionne d'autres clones, j'en vois apparaître d'autres.
Après quelques recherche, il apparaît que ce nouveau clone est pourtant bien présent dans le second graphique (le grid), mais juste absent du graph timeline. Ils apparaissent sans souci si ont les sélectionne/survol dans ce second graph d'ailleurs.
cc @magiraud et @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3741redéployer la doc2019-03-14T16:28:26+01:00Mathieu Giraudredéployer la dochttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3703Documenter les variables d'environnement2019-02-05T12:13:39+01:00Mathieu GiraudDocumenter les variables d'environnementUne réflexion en faisant !400 :
on devrait documnter dans `dev.{org,md}` les variables d'environnement ~"dev\-gitlab" (idéalement quelqu'un devrait avoir toutes les infos pour forker et configurer un gitlab).Une réflexion en faisant !400 :
on devrait documnter dans `dev.{org,md}` les variables d'environnement ~"dev\-gitlab" (idéalement quelqu'un devrait avoir toutes les infos pour forker et configurer un gitlab).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3672Documenter dans js/lib/info.txt les librairies manquantes2021-08-16T08:49:50+02:00Mathieu GiraudDocumenter dans js/lib/info.txt les librairies manquantes- jquery.atwho.js et jquery.caret.js (8e49b7db, 2017)
- jquery.form.js et jquery.zclip.js (2014 !)
Voir #1171- jquery.atwho.js et jquery.caret.js (8e49b7db, 2017)
- jquery.form.js et jquery.zclip.js (2014 !)
Voir #1171https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3574Tutorial en .md2020-10-31T10:25:56+01:00Mathieu GiraudTutorial en .md- soit en le passant en .md
- soit en configurant ce qu'il faut si c'est possible- soit en le passant en .md
- soit en configurant ce qu'il faut si c'est possiblehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3556Docker : documenter l'installation de programmes externes dans `/opt` ou aill...2022-03-08T12:05:24+01:00Mathieu GiraudDocker : documenter l'installation de programmes externes dans `/opt` ou ailleursSuite à 9ce7a54c51
cc @RyanHerb @flothoniSuite à 9ce7a54c51
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3544manuel; ajouter un point sur le chargement des données.2018-10-10T09:18:31+02:00Thonier Florianmanuel; ajouter un point sur le chargement des données.Une utilisatrice me pointe le fait qu'il manque une partie sur la description pour l'upload des données.
Une simple reformulation au début du paragraphe `Samples and pre-processes`.Une utilisatrice me pointe le fait qu'il manque une partie sur la description pour l'upload des données.
Une simple reformulation au début du paragraphe `Samples and pre-processes`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3473Avoir un tutoriel pour les amdinistrateurs2020-09-18T11:34:20+02:00Thonier FlorianAvoir un tutoriel pour les amdinistrateursPour l'instant, nous n'avons qu'un tutoriel pour les utilisateurs. Il serait intéressant de faire un petit tuto qui viendrait compléter la documentation pour les administrateurs, avec notamment les étapes pour créer un preprocess qui peu...Pour l'instant, nous n'avons qu'un tutoriel pour les utilisateurs. Il serait intéressant de faire un petit tuto qui viendrait compléter la documentation pour les administrateurs, avec notamment les étapes pour créer un preprocess qui peuvent être assez complexes et qui me semble très lourdes par la documentation.
On pourrait ainsi splitter la documentation pour qu'elle présente les étapes générales et la logique, et d'un autre côté voir les aspects plus techniques pour les preprocess et l'installation des différents algo.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3464Export SVG, et tester les exports SVG+PNG2021-03-30T09:18:28+02:00Mathieu GiraudExport SVG, et tester les exports SVG+PNGFait suite à !287.
Reverter partiellement 3eb36527ac et donner une possibilité d'export en .svg, en plus du .png.Fait suite à !287.
Reverter partiellement 3eb36527ac et donner une possibilité d'export en .svg, en plus du .png.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3449Readthedocs ?2021-11-19T11:06:57+01:00Mathieu GiraudReadthedocs ?www.readthedocs.org
Évoqué dans #1787. Serait possible depuis #3004.
- Est-ce toujours pertinent ? Au moins la gestion des versions à l'air bien propre
- Mais si le soft est libre, quel est le statut de l'hébgergement www.readthedocs.o...www.readthedocs.org
Évoqué dans #1787. Serait possible depuis #3004.
- Est-ce toujours pertinent ? Au moins la gestion des versions à l'air bien propre
- Mais si le soft est libre, quel est le statut de l'hébgergement www.readthedocs.org ?
- Si oui, est-ce encore utile de maintenir un doublon dans www.vidjil.org/doc ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3369Tester tools/validate-links.py2020-05-20T18:47:09+02:00Mikaël SalsonTester tools/validate-links.pySuite à !202 il faudra tester ce script (doctests par exemple), ce qui pourra servir de documentation.Suite à !202 il faudra tester ce script (doctests par exemple), ce qui pourra servir de documentation.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3363Documenter le format utilisé dans les fichiers `.g`2018-09-07T08:06:36+02:00Mikaël SalsonDocumenter le format utilisé dans les fichiers `.g`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3362À quoi sert le ref dans les fichiers .g / à quoi sert germline_id2018-09-07T09:43:25+02:00Mikaël SalsonÀ quoi sert le ref dans les fichiers .g / à quoi sert germline_idLors d'une mise à jour du germline il est nécessaire de mettre à jour les fichiers `.g` afin de faire passer le test `should-get-tests/11-get-saved-germline-id.should-get`.
Le champ `"ref"` des fichiers germlines renseigne une version p...Lors d'une mise à jour du germline il est nécessaire de mettre à jour les fichiers `.g` afin de faire passer le test `should-get-tests/11-get-saved-germline-id.should-get`.
Le champ `"ref"` des fichiers germlines renseigne une version précise des germlines. Pourquoi ? À quoi cela sert ? Je comprends qu'il soit nécessaire d'avoir une version minimale mais je ne vois pas l'utilité d'imposer une version (et de devoir la changer à chaque mise à jour des germlines).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3349doc en .md en anchors pour l'aide depuis le client2018-07-12T11:26:54+02:00Mathieu Girauddoc en .md en anchors pour l'aide depuis le clientAvec .md + mkdocs, plus besoin d'anchors, c'est le nom de la section qui est une anchor.
Vérifier les liens et adapter si besoin.Avec .md + mkdocs, plus besoin d'anchors, c'est le nom de la section qui est une anchor.
Vérifier les liens et adapter si besoin.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3313Déplacer la documentation de Filter2018-06-27T14:14:47+02:00Cyprien BoréeDéplacer la documentation de FilterPour simplifier la lecture de la classe `FilterWithACAutomaton` et pour centraliser les informations sur le code, certains commentaires sur l'explication du fonctionnement de la classe doivent se trouver dans `doc/dev.org`.Pour simplifier la lecture de la classe `FilterWithACAutomaton` et pour centraliser les informations sur le code, certains commentaires sur l'explication du fonctionnement de la classe doivent se trouver dans `doc/dev.org`.Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3196.vidjil: better document `top` and/or make it optionnal2019-07-23T10:03:08+02:00Mathieu Giraud.vidjil: better document `top` and/or make it optionnalIn https://github.com/ablab/y-tools/commit/41687407b738436b2c05615afa24548f83fbc595#diff-dfa29d568694d4d8189ce3e61b44972dR79
@eodus assigns a `"top": 1` for every clone. We are doing almost the same in `vidjil-algo` (`json_clone["top"] =...In https://github.com/ablab/y-tools/commit/41687407b738436b2c05615afa24548f83fbc595#diff-dfa29d568694d4d8189ce3e61b44972dR79
@eodus assigns a `"top": 1` for every clone. We are doing almost the same in `vidjil-algo` (`json_clone["top"] = 0`).
It looks like that the actual `top` value used in the ~client is then computed by fuse.py. We should investigate and better document the value.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3086Documenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.org2018-04-13T12:49:06+02:00Mathieu GiraudDocumenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.orgVoir aussi #2797Voir aussi #2797https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3067test unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjil2018-03-07T11:35:24+01:00Mathieu Giraudtest unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjilVu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@R...Vu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@RyanHerb fait un fix rapide. Il faudra qu'on voie comment faire cela plus proprement... Derrière, c'est une question de ~doc: est-ce qu'on a bien quelque part ce qu'il faut pour montrer un .vidjil d'un sample, puis de plusieurs samples ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3060Aide détaillée sur les warnings2021-02-03T09:21:42+01:00Mathieu GiraudAide détaillée sur les warningsDepuis #3029 :
> Lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
Partir de `warnings.md`, y mettre une doc plus complète, l'extraire quelque part ?Depuis #3029 :
> Lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
Partir de `warnings.md`, y mettre une doc plus complète, l'extraire quelque part ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3027Sortir partiellement vidjil-h-examples.should-get vers un nouveau stage de test2018-06-26T10:41:01+02:00Mathieu GiraudSortir partiellement vidjil-h-examples.should-get vers un nouveau stage de testDepuis ee762649 / f7c71ba pour #2635, les tests mettent 7 minutes de plus pour se lancer deux fois sur LIL-L4.
J'avais mis dans un premier temps `-x 10000` pour que cela soit plus rapide, mais le but est bien de montrer dans l'aide des...Depuis ee762649 / f7c71ba pour #2635, les tests mettent 7 minutes de plus pour se lancer deux fois sur LIL-L4.
J'avais mis dans un premier temps `-x 10000` pour que cela soit plus rapide, mais le but est bien de montrer dans l'aide des commandes utiles en situation réelle.
Cela pourrait encore s'empirer si on en met dans `doc/algo.org` (ce qui est souhaitable).
Pour %"Algo 2017.11" cela peut aller, mais pour la suite (et surtout pour notre ~"dev-ci" régulière), il faudrait sortir ces choses longues vers un stage appelé rarement comme valgrind.Algo -- Important