vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-01-19T10:53:05+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3923Documenter / déployer la nouvelle normalisation2021-01-19T10:53:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / déployer la nouvelle normalisationAu VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-confi...Au VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-config" #3901 ?
Au moins de la ~doc ?
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3473Avoir un tutoriel pour les amdinistrateurs2020-09-18T11:34:20+02:00Thonier FlorianAvoir un tutoriel pour les amdinistrateursPour l'instant, nous n'avons qu'un tutoriel pour les utilisateurs. Il serait intéressant de faire un petit tuto qui viendrait compléter la documentation pour les administrateurs, avec notamment les étapes pour créer un preprocess qui peu...Pour l'instant, nous n'avons qu'un tutoriel pour les utilisateurs. Il serait intéressant de faire un petit tuto qui viendrait compléter la documentation pour les administrateurs, avec notamment les étapes pour créer un preprocess qui peuvent être assez complexes et qui me semble très lourdes par la documentation.
On pourrait ainsi splitter la documentation pour qu'elle présente les étapes générales et la logique, et d'un autre côté voir les aspects plus techniques pour les preprocess et l'installation des différents algo.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3449Readthedocs ?2021-11-19T11:06:57+01:00Mathieu GiraudReadthedocs ?www.readthedocs.org
Évoqué dans #1787. Serait possible depuis #3004.
- Est-ce toujours pertinent ? Au moins la gestion des versions à l'air bien propre
- Mais si le soft est libre, quel est le statut de l'hébgergement www.readthedocs.o...www.readthedocs.org
Évoqué dans #1787. Serait possible depuis #3004.
- Est-ce toujours pertinent ? Au moins la gestion des versions à l'air bien propre
- Mais si le soft est libre, quel est le statut de l'hébgergement www.readthedocs.org ?
- Si oui, est-ce encore utile de maintenir un doublon dans www.vidjil.org/doc ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3104Comment organiser les recombinaisons vdj mediées2018-08-07T09:17:20+02:00Thonier FlorianComment organiser les recombinaisons vdj mediéesOn est confronté avec ikaros et ERG à un nouveau type de germline. Il faut prévoir une protocole assez flexible pour permettre d'intégré à la volée des systèmes similaires.
Pour l'instant je propose de passer par un germline ``homo-sapi...On est confronté avec ikaros et ERG à un nouveau type de germline. Il faut prévoir une protocole assez flexible pour permettre d'intégré à la volée des systèmes similaires.
Pour l'instant je propose de passer par un germline ``homo-sapiens-xxx.g`` spécifique de toutes ces configurations.
Je rajouterais aussi dans ce cas un point dans le doc du germline pour expliquer la démarche (il doit déjà y avoir un mot de souvenir).
cf #2139;
cc @magiraud @mikael-sThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2247Inventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleurs2021-02-03T09:08:25+01:00Mathieu GiraudInventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleursPour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.v...Pour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.vidjil, que ce soit par clone ou en global #2916. Mais cela ne suffit pas pour les ~"server-pre-process"...
Inventaire des warnings possibles, à compléter / discuter / implémenter -> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/warnings.md
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1559model.js et vues: updateXxx(), découpage judicieux ?2019-11-04T06:50:47+01:00Vidjil Teammodel.js et vues: updateXxx(), découpage judicieux ?La doc devrait mieux expliquer le fonctionnement de `update()` / `updateModel()` / `updateElem()` / `updateElemStyle()` / `updateStyle()` et surtout leur relation entre eux. Je ne sais pas si c'est dans chaque fonction, ou plutôt au débu...La doc devrait mieux expliquer le fonctionnement de `update()` / `updateModel()` / `updateElem()` / `updateElemStyle()` / `updateStyle()` et surtout leur relation entre eux. Je ne sais pas si c'est dans chaque fonction, ou plutôt au début de `model.js`,
J'ai par exemple du mal à comprendre pourquoi `updateModel()` est appelé par certaines fonctions.
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1077Quelles versions de navigateur demande-t-on a nos usagers ?2021-11-11T10:39:32+01:00Vidjil TeamQuelles versions de navigateur demande-t-on a nos usagers ?
**Ici ~"!-reflexion", voir les stats sur #2417.**
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* IE : ne passe pas sur IE 9.0 (cf mails avec Jos), pourtant 2011 :-). Passe avec IE 10.0 ?
* IE : il semble que cela passe sur IE 10.0
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rempli browser.org, mais avec des versi...
**Ici ~"!-reflexion", voir les stats sur #2417.**
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* IE : ne passe pas sur IE 9.0 (cf mails avec Jos), pourtant 2011 :-). Passe avec IE 10.0 ?
* IE : il semble que cela passe sur IE 10.0
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rempli browser.org, mais avec des versions blindées actuelles... il faudrait enquêter plus pour donner des versions plus raisonnables (et aussi vérifier pour IE 10)
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Il faudrait une URL publique sans authentification pour lancer des « tests » (basiques) en utilisant des sites comme http://browsershots.org/ ou http://www.browserstack.com
Sur rbx on pourrait même utiliser le paramètre ?data pour tester la visualisation de http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil sur plein de navigateurs. Bien sûr il faudrait désactiver la vérification du navigateur pour ces tests (avec un param dans l'URL ?).
Ou alors on peut interagir directement avec browserling.com (mais ça demande pas mal de temps).
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Excellente idée...
et c'est déjà le cas : http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil ne demande pas d'authentification
Essayé sur browsershots.org, mais n'arrive pas à lire robots.txt (alors que j'en ai rajouté un dans sites-available)
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browserling, je ne connaissais pas. Rigolo, et il faut se dépécher en 3 minutes :)
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Yououh ! http://browsershots.org/http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil
(robots: c'était peut-être juste un problème de cache.)
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FF: le 21 a l'air de marcher... mais d'autres (22, 27, 28, 31) ne sont pas passés (pb juste temporaire ?)
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Chrome: à partir du 20, cela a l'air correct (mais boites de bug dans plusieurs versions ensuite) ?
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Bizarre pour FF, sur browserling j'avais pu jouer avec FF4 et ça marchait bien.
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Obtenir d'anciennes versions de Chrome : https://google-chrome.en.uptodown.com/ubuntu/old
(si qq1 connait une astuce pour avoir plusieurs versions en parallèle, je suis preneur).
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J'ai trouvé ça: http://stackoverflow.com/questions/10541225/cross-browser-testing-all-major-browsers-on-one-machine#10541484 mais je n'ai pas encore testé
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#1078, #1079, #1080
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@RyanHerb @Duez @mikael-s @aurelBZHWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1879Seuil pour les D, e-valeur2020-10-14T11:25:55+02:00Vidjil TeamSeuil pour les D, e-valeurVW16: deux écoles.
* 4nt (Hélène ~"PAR-Debré" ), pour éviter de faire un primer qui tombe dedans
* 8nt (c'est bien cela ?), (Frédéric ~"Paris-Pitié" , "vieux papiers")
Et nous, on a dit "euh, 5nt". Sommes-nous confiant dans notre c...VW16: deux écoles.
* 4nt (Hélène ~"PAR-Debré" ), pour éviter de faire un primer qui tombe dedans
* 8nt (c'est bien cela ?), (Frédéric ~"Paris-Pitié" , "vieux papiers")
Et nous, on a dit "euh, 5nt". Sommes-nous confiant dans notre calcul de e-valeur pour les D ?
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Oui c'est bien cela. Le seuil de 8nt correspond à un seuil immuno pour avoir un D qui ait du sens.
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segment.cpp, FineSegmenter::FineSegmentD
`float evalue_D = multiplier * (r-l) * germline->rep_4.totalSize() * segment_cost.toPValue(box_DD->score[0].first);`
Ouf, `(r-l) `est bien la taille de la zone considérée.
Calcul à priori correct... sauf qu'il dépend de` .toPValue`, donc de `K` et `lambda` qui sont fixés à la légère (mais qui ne devraient pas changer l'ordre de grandeur)
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Depuis 2016.08, on peut jouer avec `-E`.
Avec e6ffb91, on a perdu 6 séquences de .should-vdj VDDJ.
Retravailler là-dessus, voir s'il faut des seuils différents pour premier D et D suivants, peut-être retravailler sur le score et/ou K/lambda.
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ping, voir "Configuration trop stringeante sur la recherche du D" #2002
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@magiraud @mikael-sAlgo -- ImportantThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5221Tag; add them to doc2024-01-24T18:04:04+01:00THONIER FlorianTag; add them to docWe can extract default list of tags to insert them in doc.
Maybe class them by type (disease, locus, sequencing protocol, ...).We can extract default list of tags to insert them in doc.
Maybe class them by type (disease, locus, sequencing protocol, ...).Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5184Py4web; delete web2py2024-02-20T12:20:36+01:00THONIER FlorianPy4web; delete web2pyWhen should we delete all occurrences to web2py ? before/after release of py4web ? release+1 ?
* [ ] Documentation
* [ ] Server
* [ ] Tests
* [ ] Makefile
Other points to suggest ?When should we delete all occurrences to web2py ? before/after release of py4web ? release+1 ?
* [ ] Documentation
* [ ] Server
* [ ] Tests
* [ ] Makefile
Other points to suggest ?Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5183Py4web; update documentation2024-01-22T14:14:19+01:00THONIER FlorianPy4web; update documentationSome documentation need to be added and updated, on dev, usage, migration, ...Some documentation need to be added and updated, on dev, usage, migration, ...Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5139Document analysis configurations2023-06-21T15:11:48+02:00Mathieu GiraudDocument analysis configurationshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5136Warnings: documenter pour les usagers2023-05-03T14:40:26+02:00Mathieu GiraudWarnings: documenter pour les usagersOn a https://www.vidjil.org/doc/warnings/ (générée à partir de warning.md), mais c'est encore un peu cryptique
Avoir une explication orientée usager, 1-3 phrase par warning, surtout pour ceux qui sont "fréquents". D'ailleurs, lesquels s...On a https://www.vidjil.org/doc/warnings/ (générée à partir de warning.md), mais c'est encore un peu cryptique
Avoir une explication orientée usager, 1-3 phrase par warning, surtout pour ceux qui sont "fréquents". D'ailleurs, lesquels sont les plus fréquents ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5002[VW] Nouveaux rapports : documenter :)2022-05-19T07:05:21+02:00Mathieu Giraud[VW] Nouveaux rapports : documenter :)On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4988RAM/CPU requirements for vidjil-algo2022-04-07T18:11:35+02:00Mathieu GiraudRAM/CPU requirements for vidjil-algoDans server.md, on a:
> vidjil-algo typically uses approx. 1.2GB of RAM to run on a 1GB .fastq and will take approx. 5+ minutes. Therefore in order to process requests from a single user with a few samples, any standard multi-core proc...Dans server.md, on a:
> vidjil-algo typically uses approx. 1.2GB of RAM to run on a 1GB .fastq and will take approx. 5+ minutes. Therefore in order to process requests from a single user with a few samples, any standard multi-core processor with 2GB RAM will be enough.
> (...) since 2018 (100+ users, including 30+ regular users) (...) 8 virtual CPUs 6 workers RAM: 28GB
mais rien pour l'instant dans doc/vidjil-algo.md (et donc dans ce qu'on distribue dans le .tar.gz)
Est-ce que ce 1.2GB / 5 minutes est toujours d'actualité ?Algo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4987mkdocs : autre thème et/ou retravail css2022-04-07T17:14:18+02:00Mathieu Giraudmkdocs : autre thème et/ou retravail cssSuite à !1158, on n'a plus le scroll sur la navbar.
Mais bon, on pourrait aussi regarder les autres thèmes et partir sur autre chose.Suite à !1158, on n'a plus le scroll sur la navbar.
Mais bon, on pourrait aussi regarder les autres thèmes et partir sur autre chose.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4970Champ recherche dans toute la doc2022-05-06T14:15:09+02:00Mathieu GiraudChamp recherche dans toute la doc
Un paramètre dans mkdocs ? Et/ou recherche via moteur externe ?
Un paramètre dans mkdocs ? Et/ou recherche via moteur externe ?Web 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4967Rajouter dans user.md un screenshot de diversité par locus2022-04-21T12:59:12+02:00Mathieu GiraudRajouter dans user.md un screenshot de diversité par locushttps://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indiceshttps://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indicesWeb 2022.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4907Avoir des mini tuto / screenshots de release2021-11-19T11:16:13+01:00Thonier FlorianAvoir des mini tuto / screenshots de releaseEn parlant avec ~"REN-Rennes", et probablement que l'ensemble des usagers est pareil, je m'aperçois que les anciens utilisateurs ne refont pas le tutoriel régulièrement et que la liste des nouveautés lors des release est assez abstraite....En parlant avec ~"REN-Rennes", et probablement que l'ensemble des usagers est pareil, je m'aperçois que les anciens utilisateurs ne refont pas le tutoriel régulièrement et que la liste des nouveautés lors des release est assez abstraite.
On pourrait pour la com avoir un détail plus important des nouveautés, accompagné d'un mini tutoriel au besoin. Pourquoi pas un article de blog qui pointerait visuellement les nouveautés, avec des captures/gifs pour être plus explicites.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4895Interleaved R1&R2 fastq.gz2021-11-04T17:17:19+01:00Mathieu GiraudInterleaved R1&R2 fastq.gzMentionné par un usager.
Est-ce un format standard ?
Probablement ~"wont-fix", mais juste indiquer dans la ~doc qu'on ne prend pas cela ?
cc @flothoniMentionné par un usager.
Est-ce un format standard ?
Probablement ~"wont-fix", mais juste indiquer dans la ~doc qu'on ne prend pas cela ?
cc @flothoni