vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-02-02T12:21:19+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4532Clarifier et documenter l'ajout de germlines2021-02-02T12:21:19+01:00Mathieu GiraudClarifier et documenter l'ajout de germlinesSuggestion de @flothoni dans !831 (au final !839)
Le process actuel:
- mettre des choses dans `split-germlines`
- tester en local, voire sur le serveur avec des germlines déployées à la main, paramétrer avec l'usager sur des données
- p...Suggestion de @flothoni dans !831 (au final !839)
Le process actuel:
- mettre des choses dans `split-germlines`
- tester en local, voire sur le serveur avec des germlines déployées à la main, paramétrer avec l'usager sur des données
- puis MR sur une `feature-g`
- et MR sur `feature-a` en changeant `germline_id` ? Ou non, #3919 ? Ce n'est pas très clair.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4503Passer le tutoriel par un test dédié2020-09-30T15:38:45+02:00Thonier FlorianPasser le tutoriel par un test dédiéLors du dernier workshop, nous avons quelques soucis au niveau du tutoriel:
* Des points qui ont bloqués des utilisateurs (#4495)
* Quelques illustrations sur des slides qui commencent à devenir vieillissantes et plus tout a fait représe...Lors du dernier workshop, nous avons quelques soucis au niveau du tutoriel:
* Des points qui ont bloqués des utilisateurs (#4495)
* Quelques illustrations sur des slides qui commencent à devenir vieillissantes et plus tout a fait représentatives (lignes courbes, bouton get reads, ...).
* Très peu d'illustrations dans la doc
Lorsque l'erreur sur les cluster est arrivée, j'ai proposé aux utilisateurs de recharger la page. Mais je n'étais pas certain que l'état de départ était compatible avec le déroulé des observations/manipulations du tuto. Dans la même veine, si je rajoute quelque chose dans le tuto suite à une nouvelle feature, je n'ai pas forcement envie de le refaire en entier pour vérifier que je suis sur le bon sample, que les clusters présent n'empêchent pas une observation, ... Le pipeline de tests me permettrait de facilement voir l'état courant quand j'ajoute la nouvelle question/observation, et que celle-ci est compatible avec le reste du déroulé du tutoriel.
Je me proposerais bien de faire deux scripts de tests: un pour la doc pour tester que l'on peut exécuter tous les points et bien voir ce qui est attendu. Il peut se faire exclusivement par watir.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4493Nom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process2020-09-30T10:58:25+02:00Mathieu GiraudNom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il...
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il y a des résultats, c'est que tout s'est bien passé. Plus en détail, le log du process de merge est disponible en cliquant sur "M+R2..." dans la colonne "pre-process"
Cela dit...
- en général, est-ce que le nom est celui du premier fichier ? On pourrait enlever R1/R2 ou d'autres chaînes fréquentes, et mettre "merged" quelque part ?
- ce n'est pas très clair qu'il faut cliquer dessus (~doc). Peut-être un "COMPLETED" ou un checkmark aiderait et montrerait que tout s'est bien passéhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4491Doc, lister tous les axes disponibles pour le graph et donner des détail dessus2021-05-05T17:41:27+02:00Thonier FlorianDoc, lister tous les axes disponibles pour le graph et donner des détail dessusDans la doc, http://www.vidjil.org/doc/user/#the-sample-graph, nous listons quelques cas de preset.
Nous pourrions en plus lister l'ensemble des axes disponibles.Dans la doc, http://www.vidjil.org/doc/user/#the-sample-graph, nous listons quelques cas de preset.
Nous pourrions en plus lister l'ensemble des axes disponibles.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4456Docker installation: Check what the documentation says on volumes / mount poi...2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudDocker installation: Check what the documentation says on volumes / mount points / permissionsBy default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation ...By default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation http://www.vidjil.org/doc/server/#docker-installation is complete or update it
- make clear in `docker-compose.yml` the lines which should usually be changed for a first-time installationmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4440Screenshots par cypress "histoires bio" de vidjil.org2021-04-29T18:22:25+02:00Mathieu GiraudScreenshots par cypress "histoires bio" de vidjil.orgExtrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3655#note_362291
@flothoni, peux-tu faire une MR (nouvelle, pas dans !671) avec le code pour générer les screenshots par cypress ?
vdj@4a07e7536
:smiling_imp: Cela ne veut pas d...Extrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3655#note_362291
@flothoni, peux-tu faire une MR (nouvelle, pas dans !671) avec le code pour générer les screenshots par cypress ?
vdj@4a07e7536
:smiling_imp: Cela ne veut pas dire encore qu'on va se lier avec cypress, mais cela fait partie de l'évaluation :smiley:Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4434Certbot : documenter ce qui est fait sur vdb2020-12-24T10:59:48+01:00Mikaël SalsonCertbot : documenter ce qui est fait sur vdbPlus robuste que ce que j'ai décrit dans !770Plus robuste que ce que j'ai décrit dans !770Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4393Procedure pour transferer les patients d'un groupe à un autre2020-07-01T13:33:22+02:00Thonier FlorianProcedure pour transferer les patients d'un groupe à un autreJ'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques test...J'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques tests avant de décrire la procédure dans la doc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4364Documenter `stock_order`2020-07-23T12:11:28+02:00Mikaël SalsonDocumenter `stock_order`Suite à !737Suite à !737Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4344validate-links: code d'erreur2020-06-12T12:40:46+02:00Mathieu Giraudvalidate-links: code d'erreurQuand une URL ne passe pas, ce serait sympa de savoir si c'est un 404/403/500/... ou bien un Timeout. Et de mettre cette info aussi à la fin dans le récapitulatif des failed.Quand une URL ne passe pas, ce serait sympa de savoir si c'est un 404/403/500/... ou bien un Timeout. Et de mettre cette info aussi à la fin dans le récapitulatif des failed.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/43270-based / 1-based2021-12-07T18:39:44+01:00Mathieu Giraud0-based / 1-basedSuite à remarque de @flothoni sur !715.
Je pense qu'on est, pour nos usagers, pour les sorties du ~cpp, et pour le ~client, partout 1-based. Probablement il faut le dire mieux dans la ~doc.
(très anciennes issues: #1942, #1958, #1869)...Suite à remarque de @flothoni sur !715.
Je pense qu'on est, pour nos usagers, pour les sorties du ~cpp, et pour le ~client, partout 1-based. Probablement il faut le dire mieux dans la ~doc.
(très anciennes issues: #1942, #1958, #1869)
Par contre, je pense qu'on est 0-based en *interne* du ~cpp. Mais est-ce systématique ? (Je vois par exemple "JUNCTIONstart is 1-based"). Faut-il progresser vers quelque chose de plus systématique ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4317Faire évoluer vidjil_format ?2020-06-11T22:18:16+02:00Mathieu GiraudFaire évoluer vidjil_format ?
Actuellement `vidjil_format_version` est toujours `2016b`. Est-on vraiment compatible avec les champs que l'on sortait il y a quatre ans ?
On a ajouté des choses (normalisations, distributions, ...), comme on n'a rien cassé est-ce norm...
Actuellement `vidjil_format_version` est toujours `2016b`. Est-on vraiment compatible avec les champs que l'on sortait il y a quatre ans ?
On a ajouté des choses (normalisations, distributions, ...), comme on n'a rien cassé est-ce normal qu'on n'ait pas changé le numéro de version ? Mais... si quelqu'un avait fait un script qui parsait tout `2016b` il y a quatre ans, désormais il ne parserait pas tout...
Rien de pressé, mais y-a-t-il des choses à faire évoluer ? #4316
Enfin notre ~doc là-dessus est peut-être moins complète que sur d'autres points. Rajouter des `tangle` ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4307validate-links.py: ancres dans les liens relatifs2020-09-17T07:10:52+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py: ancres dans les liens relatifsSuite à #4150/!703, on ne valide toujours pas les liens relatifs qui contiennent des ancres.
Ils sont tout de même désormais affichés.Suite à #4150/!703, on ne valide toujours pas les liens relatifs qui contiennent des ancres.
Ils sont tout de même désormais affichés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4300vidjil-algo: Improve documentation on clustering2020-05-26T12:14:23+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Improve documentation on clusteringNow there is only a rather cryptic sentence in `vidjil-algo.md`.
See also #1332.Now there is only a rather cryptic sentence in `vidjil-algo.md`.
See also #1332.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4283make forcedep2020-05-06T14:53:41+02:00Mathieu Giraudmake forcedepQuand on met à jour son système (et son gcc), `make clean` ne suffit pas tojours, il faut souvent un `make forcedep`.
Documenter cela, ou c'est normal ?Quand on met à jour son système (et son gcc), `make clean` ne suffit pas tojours, il faut souvent un `make forcedep`.
Documenter cela, ou c'est normal ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4256Documenter le filtre de graphe2023-06-22T10:09:58+02:00Mathieu GiraudDocumenter le filtre de graphe
Incluant aussi !636
Incluant aussi !636Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4249Comment accéder aux environnements de review server sur une nouvelle MR ?2020-04-28T15:46:12+02:00Mathieu GiraudComment accéder aux environnements de review server sur une nouvelle MR ?Je n'arrive pas à accéder aux environnements sur !656, nouvelle MR faite à partir de dev (et en cliquant sur le déploiement manuel). On arrive sur "Init database" / "load backup", mais le premier donne un 'Server Error'. J'imagine que ce...Je n'arrive pas à accéder aux environnements sur !656, nouvelle MR faite à partir de dev (et en cliquant sur le déploiement manuel). On arrive sur "Init database" / "load backup", mais le premier donne un 'Server Error'. J'imagine que cela vient de quelque chose que je n'ai pas compris, plusieurs autres environnements tournent ces derniers jours.
Que dois-je faire ? Quelques lignes de ~doc dans server.md ou ailleurs seraient intéressantes, déjà pour expliquer l'architecture ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4238Documenter FLASH2020-07-23T12:31:34+02:00Mathieu GiraudDocumenter FLASH
Je ne sais pas s'il y a grand chose à documenter, mais mentionner que l'on utilise FLASH quelque part à l'endroit où on mentionne R1/R2. Plus besoin de mentionner PEAR.
Je ne sais pas s'il y a grand chose à documenter, mais mentionner que l'on utilise FLASH quelque part à l'endroit où on mentionne R1/R2. Plus besoin de mentionner PEAR.Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4224Avoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel...2021-05-05T15:20:46+02:00Thonier FlorianAvoir des screenshot par cypress pour les glisser dans le manuel, le tutoriel, le web et les slidesJe suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'ap...Je suis en train d'expliquer une démarche pour choisir la config à un utilisateur (au passage nous n'avons pas ce poitn décrit dans la doc). Et avoir une illustration m'aiderait probablement pour ne pas écrire un pavé.
Je viens de m'apercevoir que watir a une option pour faire des [screenshot](http://watir.com/guides/screenshots/) inclut par défaut. J'imagine qu'il serait intéressant à certains endroit bien placer de pouvoir générer des screenshot qui seront ensuite exploiter comme illustration dans le tuto/manuel.
Il faudrait imaginer un job en plus dans le CI pour ensuite exporter les images, voir pour faire des crop automatiques de celle-ci pour se concentrer sur la partie intéréssante.Web 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4207API : script d'exemple2022-06-28T16:14:40+02:00Mathieu GiraudAPI : script d'exemplePrélude à #1589.
vu avec @flothoni et @mikael-s
- `tests/functional/*.rb` fait un login sur serveur externe, mais en clic bouton sur navigateur
- `tests/unit/controllers/*.py` teste des controlleurs, mais à l'intérieur de web2py
Fai...Prélude à #1589.
vu avec @flothoni et @mikael-s
- `tests/functional/*.rb` fait un login sur serveur externe, mais en clic bouton sur navigateur
- `tests/unit/controllers/*.py` teste des controlleurs, mais à l'intérieur de web2py
Faire un script python qui se connecte par API à serveur et tape directement sur les controlleurs.Web 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraud