vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-01-19T10:53:05+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3923Documenter / déployer la nouvelle normalisation2021-01-19T10:53:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / déployer la nouvelle normalisationAu VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-confi...Au VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-config" #3901 ?
Au moins de la ~doc ?
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3931Documenter config.addons2020-01-15T18:57:50+01:00Mathieu GiraudDocumenter config.addonsSuite à !481 / #3929Suite à !481 / #3929https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3964Running MiXCR through Vidjil2020-09-28T16:44:10+02:00Mathieu GiraudRunning MiXCR through VidjilReported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it ...Reported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it is
written in some other format. How can I continue the analysis then?
> Even if I continue the analysis calling mixcr again for the next step,
will it produce a `.vidjil` file? Does it know how to do that?
> Finally, is mixcr (the binary, executable) already installed in the
containers?
cc @flothoni @mikael-sThonier FlorianThonier Florian2019-12-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3993Flash et docker2020-09-21T09:22:31+02:00Mathieu GiraudFlash et dockerSuite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.Suite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4010Tag "0"2019-12-10T10:56:35+01:00Mathieu GiraudTag "0"Reported by @pduroux and @espyr : can we tag sequences with the tag `0` ?
At least we should properly document somewhere the available tags/colors.
See also #2862 et #2879.Reported by @pduroux and @espyr : can we tag sequences with the tag `0` ?
At least we should properly document somewhere the available tags/colors.
See also #2862 et #2879.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4011Better document "slow" options that should be avoided2019-10-23T07:06:33+02:00Mathieu GiraudBetter document "slow" options that should be avoided(Zhang, 2019) used `-a` (the option is now `--out-reads`), that is far from optimal, taking time to output all reads vdj#919
Since !434, options were renamed and are more explicit.
However, we should ensure that the non-recommended opti...(Zhang, 2019) used `-a` (the option is now `--out-reads`), that is far from optimal, taking time to output all reads vdj#919
Since !434, options were renamed and are more explicit.
However, we should ensure that the non-recommended options are clearly docuemted as such:
- in `-h` / `-H` (we could also move options from `-h` to advanced usage `-H`)
- with `Warning for non-optimal use` on stdout (we have already some)
- in `doc/vidjil-algo.md`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4021Distributions et noms des axes2019-10-31T18:41:52+01:00Mathieu GiraudDistributions et noms des axesÉvoqué il y a quelques jours puis hier avec @flothoni.
Comment nommer les axes ?
Actuellement `seg3` dans ~"server-fuse" est `v` dans le ~client.
On pourra avoir une réflexion globale sur les axes un jour, en attendant éviter de défini...Évoqué il y a quelques jours puis hier avec @flothoni.
Comment nommer les axes ?
Actuellement `seg3` dans ~"server-fuse" est `v` dans le ~client.
On pourra avoir une réflexion globale sur les axes un jour, en attendant éviter de définir des nouvelles choses et mettre le minimum de choses hard-codées.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4024Clones with different analyses at diagnosis and follow-up2019-10-28T12:56:03+01:00Mathieu GiraudClones with different analyses at diagnosis and follow-upUsers sometimes report sequences with different analyses at diagnosis and follow-up (link to old issue ?)
@meidanis has recently seen such sequences (could you share them?).
The main reason is probably #3970. See also #2726.
We have to ...Users sometimes report sequences with different analyses at diagnosis and follow-up (link to old issue ?)
@meidanis has recently seen such sequences (could you share them?).
The main reason is probably #3970. See also #2726.
We have to be sure and to investigate and/or document things.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4087Perte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junction2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudPerte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junctionVu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.Vu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4088Que renseigner dans le .vidjil pour que le "color by N" soit fonctionnel ?2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudQue renseigner dans le .vidjil pour que le "color by N" soit fonctionnel ?Question de @pduroux.
Dans `clone.js` :
```
getNlength: function () {
if (this.hasSeg('3', '5')){
return this.seg['3'].start-this.seg['5'].stop-1
```Question de @pduroux.
Dans `clone.js` :
```
getNlength: function () {
if (this.hasSeg('3', '5')){
return this.seg['3'].start-this.seg['5'].stop-1
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4089Color by abundance at this sample2021-08-23T11:16:13+02:00Mathieu GiraudColor by abundance at this sampleDiscussion pour @pduroux.
D'habitude, les "color by" concernent *tous* les clones.
Indiquer plutôt "by abundance at this sample"Discussion pour @pduroux.
D'habitude, les "color by" concernent *tous* les clones.
Indiquer plutôt "by abundance at this sample"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4092Doc "color by CDR3"2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudDoc "color by CDR3"Rajouter dans la doc : "Each cdr3 has a unique color". (Pas de gradient, de distance...)Rajouter dans la doc : "Each cdr3 has a unique color". (Pas de gradient, de distance...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4097Documentation Docker, permissions2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudDocumentation Docker, permissions
- Permissions
- Quelques choses spécifiques à Windows
Des scripts vont évoluer, mais prendre des notes sur ce qu'il se passe, choses à changer...
cc @flothoni @RyanHerb
- Permissions
- Quelques choses spécifiques à Windows
Des scripts vont évoluer, mais prendre des notes sur ce qu'il se passe, choses à changer...
cc @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4101Get the number of current logged-in users2020-09-23T20:27:49+02:00Thonier FlorianGet the number of current logged-in users@meidanis ask me if it is possible to see the number of current users logged on the browser.
For the moment, we haven't an easy way to see it from the client. And we didn't mention the way to do it directly from the server neither.
cc ...@meidanis ask me if it is possible to see the number of current users logged on the browser.
For the moment, we haven't an easy way to see it from the client. And we didn't mention the way to do it directly from the server neither.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4103Documentation sur l'effet du bouton cluster2019-12-13T10:58:19+01:00Thonier FlorianDocumentation sur l'effet du bouton clusterNous n'avons pas de description du bouton `cluster` et de ses effets dans la documentation de l'aligneur de séquences, ni ailleurs il me semble.Nous n'avons pas de description du bouton `cluster` et de ses effets dans la documentation de l'aligneur de séquences, ni ailleurs il me semble.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4201Le dégradé gris peut-il être désactivable ?2020-09-28T16:13:43+02:00Thonier FlorianLe dégradé gris peut-il être désactivable ?En lien avec le dégradé gris (#988)
Je tombe sur un cas ou le dégradé n'est pas très joli ni pratique à mon sens. Nous avons ici 2 samples avec 8k clones, et 2 autre avec seulement 10 clones. Le rendu de la zone grise n'est pas très est...En lien avec le dégradé gris (#988)
Je tombe sur un cas ou le dégradé n'est pas très joli ni pratique à mon sens. Nous avons ici 2 samples avec 8k clones, et 2 autre avec seulement 10 clones. Le rendu de la zone grise n'est pas très esthétique et remonte assez haut, ce qui pertube un peu la lecture. De plus, un clone avec une taille nulle voit sa courbe cachée derrière ce dégradé ce qui donne l'impression d'une erreur.
![Screenshot_20200225_174221](/uploads/00dceac5e008682b0d7752160054a91f/Screenshot_20200225_174221.png)
Questions:
* Un utilisateur me demande si il est possible de cacher cette zone grise.
* Il faudrait forcer les clones séléctionné ou hover à être au dessus
* Nous avons des clones avec 0 reads pour l'échantillon 3. Comment l'afficher ? Il n'y a pas d'axe à 0.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4283make forcedep2020-05-06T14:53:41+02:00Mathieu Giraudmake forcedepQuand on met à jour son système (et son gcc), `make clean` ne suffit pas tojours, il faut souvent un `make forcedep`.
Documenter cela, ou c'est normal ?Quand on met à jour son système (et son gcc), `make clean` ne suffit pas tojours, il faut souvent un `make forcedep`.
Documenter cela, ou c'est normal ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4300vidjil-algo: Improve documentation on clustering2020-05-26T12:14:23+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Improve documentation on clusteringNow there is only a rather cryptic sentence in `vidjil-algo.md`.
See also #1332.Now there is only a rather cryptic sentence in `vidjil-algo.md`.
See also #1332.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4307validate-links.py: ancres dans les liens relatifs2020-09-17T07:10:52+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py: ancres dans les liens relatifsSuite à #4150/!703, on ne valide toujours pas les liens relatifs qui contiennent des ancres.
Ils sont tout de même désormais affichés.Suite à #4150/!703, on ne valide toujours pas les liens relatifs qui contiennent des ancres.
Ils sont tout de même désormais affichés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4317Faire évoluer vidjil_format ?2020-06-11T22:18:16+02:00Mathieu GiraudFaire évoluer vidjil_format ?
Actuellement `vidjil_format_version` est toujours `2016b`. Est-on vraiment compatible avec les champs que l'on sortait il y a quatre ans ?
On a ajouté des choses (normalisations, distributions, ...), comme on n'a rien cassé est-ce norm...
Actuellement `vidjil_format_version` est toujours `2016b`. Est-on vraiment compatible avec les champs que l'on sortait il y a quatre ans ?
On a ajouté des choses (normalisations, distributions, ...), comme on n'a rien cassé est-ce normal qu'on n'ait pas changé le numéro de version ? Mais... si quelqu'un avait fait un script qui parsait tout `2016b` il y a quatre ans, désormais il ne parserait pas tout...
Rien de pressé, mais y-a-t-il des choses à faire évoluer ? #4316
Enfin notre ~doc là-dessus est peut-être moins complète que sur d'autres points. Rajouter des `tangle` ?
cc @flothoni