vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-02-20T19:46:10+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3029Client : afficher les warnings, se servir éventuellement du code2018-02-20T19:46:10+01:00Mathieu GiraudClient : afficher les warnings, se servir éventuellement du codeOriginellement dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_65739 :
> Le ~client pourrait
>
> - afficher le message en `:hover` (!139), mais aussi getHTMLInfo et autres
> - lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant a...Originellement dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_65739 :
> Le ~client pourrait
>
> - afficher le message en `:hover` (!139), mais aussi getHTMLInfo et autres
> - lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
> - voire faire un truc plus futé sur certains warnings -> mvouaisMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3067test unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjil2018-03-07T11:35:24+01:00Mathieu Giraudtest unitaire testCustomData() et doc/analysis-example.vidjilVu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@R...Vu par @RyanHerb à l'occasion de #3065 et décortiqué ensemble.
Le test `testCustomData()` échoue à cause des modifications faites à `doc/analysis-example.vidjil` dans 2e654f3 (fait pour #2493) puis 0c2ad6b8 (fait pour homogénéiser).
@RyanHerb fait un fix rapide. Il faudra qu'on voie comment faire cela plus proprement... Derrière, c'est une question de ~doc: est-ce qu'on a bien quelque part ce qu'il faut pour montrer un .vidjil d'un sample, puis de plusieurs samples ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1757should-to-tap.sh veut un sed GNU ?2018-04-12T19:07:17+02:00Vidjil Teamshould-to-tap.sh veut un sed GNU ?Les tests ne passaient plus sur mon système tout neuf (pourtant POSIX ?)
```
sed: illegal option -- r
usage: sed script [-Ealn] [-i extension] [file ...]
sed [-Ealn] [-i extension] [-e script] ... [-f script_file] ... [file ...Les tests ne passaient plus sur mon système tout neuf (pourtant POSIX ?)
```
sed: illegal option -- r
usage: sed script [-Ealn] [-i extension] [file ...]
sed [-Ealn] [-i extension] [-e script] ... [-f script_file] ... [file ...]
```
J'ai installé `gsed` (`port install gsed`), puis `ln -s /opt/local/bin/gsed /usr/local/bin/sed`, et cela refonctionne.
Documenter si c'est obligé.
***
C'est aussi accepté sur freeBSD mais en lisant le man, c'est effectivement non standard, le mieux serait de le remplacer. Mais par quoi ?
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3086Documenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.org2018-04-13T12:49:06+02:00Mathieu GiraudDocumenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.orgVoir aussi #2797Voir aussi #2797https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3105should.py : recodage, diffusion2018-04-20T17:53:38+02:00Mathieu Giraudshould.py : recodage, diffusionÀ la journée INCa-BioinfoDiag, on s'est rendu compte qu'un des outils qui pourrait être utilisé par d'autres est ce joli script. On pourrait le re-diffuser.
Ce qui serait intéressant serait d'avoir des exemples "auto-suffisants", type ...À la journée INCa-BioinfoDiag, on s'est rendu compte qu'un des outils qui pourrait être utilisé par d'autres est ce joli script. On pourrait le re-diffuser.
Ce qui serait intéressant serait d'avoir des exemples "auto-suffisants", type commande de shell (et pas vidjil-algo), pour accompagner cette diffusion. Le script comme les exemples pourraient être dans un dossier `tools/should-to-tap/`. Ou ping #1491...
Au passage, `algo/tests/should-status.py` est aussi générique.Algo 2018.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2116Sélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateur2018-06-04T10:24:06+02:00Mikaël SalsonSélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateurExcellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite...Excellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite main (`cursor: pointer`).
Il me semble que c'est géré par D3. Je ne suis pas sûr que ce soit aussi simple que ça en a l'air.
@magiraud @RyanHerb @tydax @flothoni Web 2017.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2742CLI: pouvoir ordonner les groupes d'options dans le -h2018-06-17T17:23:40+02:00Mathieu GiraudCLI: pouvoir ordonner les groupes d'options dans le -hBloque #2732.
Les groupes d’options sont par ordre alphabétique. Nous voulons avoir un ordre plus pertinent. Au pire, si on n'arrive pas, on mettra des 1/2/3 sur les groupes.Bloque #2732.
Les groupes d’options sont par ordre alphabétique. Nous voulons avoir un ordre plus pertinent. Au pire, si on n'arrive pas, on mettra des 1/2/3 sur les groupes.Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3015Support de gcc 7.3 ?2018-06-21T17:46:46+02:00Mathieu GiraudSupport de gcc 7.3 ?`doc/algo.org:` Vidjil-algo will not work with a =g++= 7.0 or above.
On devrait avoir au moins 7.2 vu #2615.
Est-ce que 7.3 fonctionne ?`doc/algo.org:` Vidjil-algo will not work with a =g++= 7.0 or above.
On devrait avoir au moins 7.2 vu #2615.
Est-ce que 7.3 fonctionne ?Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3021Avoir un fichier qui teste tous les warnings ou presque2018-06-26T10:40:27+02:00Mathieu GiraudAvoir un fichier qui teste tous les warnings ou presque#2247
Pour l’instant les warnings sont dans des should-get différents. Pourquoi pas, mais ce serait intéressant d’avoir aussi un fichier qui donnerait plusieurs clones avec chacun un warning différent, un peu dans l'esprit de `Demo-X5`....#2247
Pour l’instant les warnings sont dans des should-get différents. Pourquoi pas, mais ce serait intéressant d’avoir aussi un fichier qui donnerait plusieurs clones avec chacun un warning différent, un peu dans l'esprit de `Demo-X5`. Cela ferait une bonne ~doc pour ces wanrings.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3027Sortir partiellement vidjil-h-examples.should-get vers un nouveau stage de test2018-06-26T10:41:01+02:00Mathieu GiraudSortir partiellement vidjil-h-examples.should-get vers un nouveau stage de testDepuis ee762649 / f7c71ba pour #2635, les tests mettent 7 minutes de plus pour se lancer deux fois sur LIL-L4.
J'avais mis dans un premier temps `-x 10000` pour que cela soit plus rapide, mais le but est bien de montrer dans l'aide des...Depuis ee762649 / f7c71ba pour #2635, les tests mettent 7 minutes de plus pour se lancer deux fois sur LIL-L4.
J'avais mis dans un premier temps `-x 10000` pour que cela soit plus rapide, mais le but est bien de montrer dans l'aide des commandes utiles en situation réelle.
Cela pourrait encore s'empirer si on en met dans `doc/algo.org` (ce qui est souhaitable).
Pour %"Algo 2017.11" cela peut aller, mais pour la suite (et surtout pour notre ~"dev-ci" régulière), il faudrait sortir ces choses longues vers un stage appelé rarement comme valgrind.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3313Déplacer la documentation de Filter2018-06-27T14:14:47+02:00Cyprien BoréeDéplacer la documentation de FilterPour simplifier la lecture de la classe `FilterWithACAutomaton` et pour centraliser les informations sur le code, certains commentaires sur l'explication du fonctionnement de la classe doivent se trouver dans `doc/dev.org`.Pour simplifier la lecture de la classe `FilterWithACAutomaton` et pour centraliser les informations sur le code, certains commentaires sur l'explication du fonctionnement de la classe doivent se trouver dans `doc/dev.org`.Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3005Génération doc html2018-07-10T11:34:20+02:00Mathieu GiraudGénération doc htmlLe `emacs -batch $^ -f "org-html-export-to-html"` n'a jamais fonctionné en batch chez moi (et comme certaines releases ont été faites en .tar.gz depuis chez moi, ce n'est pas sûr que tous les fichiers `html` étaient toujours à jour et/o...Le `emacs -batch $^ -f "org-html-export-to-html"` n'a jamais fonctionné en batch chez moi (et comme certaines releases ont été faites en .tar.gz depuis chez moi, ce n'est pas sûr que tous les fichiers `html` étaient toujours à jour et/ou aient été inclus dans les dernières releases).
Bref dans !97 c'est pour l'instant commenté... à voir si on le met ou pas. Les `.org` sont de toute façon bien présents. Tout cela sera probablement obsolète par #3004.Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3349doc en .md en anchors pour l'aide depuis le client2018-07-12T11:26:54+02:00Mathieu Girauddoc en .md en anchors pour l'aide depuis le clientAvec .md + mkdocs, plus besoin d'anchors, c'est le nom de la section qui est une anchor.
Vérifier les liens et adapter si besoin.Avec .md + mkdocs, plus besoin d'anchors, c'est le nom de la section qui est une anchor.
Vérifier les liens et adapter si besoin.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3348doc en .md : org-babel-tangle.py pour les tests browser2018-07-12T15:12:19+02:00Mathieu Girauddoc en .md : org-babel-tangle.py pour les tests browserExtrait de #3004 : Adapter [org-babel-tangle.py](/vidjil/vidjil/blob/dev/tools/org-babel-tangle.py) au MarkdownExtrait de #3004 : Adapter [org-babel-tangle.py](/vidjil/vidjil/blob/dev/tools/org-babel-tangle.py) au MarkdownMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3104Comment organiser les recombinaisons vdj mediées2018-08-07T09:17:20+02:00Thonier FlorianComment organiser les recombinaisons vdj mediéesOn est confronté avec ikaros et ERG à un nouveau type de germline. Il faut prévoir une protocole assez flexible pour permettre d'intégré à la volée des systèmes similaires.
Pour l'instant je propose de passer par un germline ``homo-sapi...On est confronté avec ikaros et ERG à un nouveau type de germline. Il faut prévoir une protocole assez flexible pour permettre d'intégré à la volée des systèmes similaires.
Pour l'instant je propose de passer par un germline ``homo-sapiens-xxx.g`` spécifique de toutes ces configurations.
Je rajouterais aussi dans ce cas un point dans le doc du germline pour expliquer la démarche (il doit déjà y avoir un mot de souvenir).
cf #2139;
cc @magiraud @mikael-sThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2754Histogramme et axe y2018-08-14T22:21:53+02:00Mathieu GiraudHistogramme et axe yVu par @flothoni.
L'axe `y` ne change pas la taille des barres des histogrammes.
En théorie il change juste l'ordre des clones dans chaque barre... mais cela ne fonctionne plus.
Et, même dans ce cas, il faudrait mieux le documenter.
Br...Vu par @flothoni.
L'axe `y` ne change pas la taille des barres des histogrammes.
En théorie il change juste l'ordre des clones dans chaque barre... mais cela ne fonctionne plus.
Et, même dans ce cas, il faudrait mieux le documenter.
Bref, on pourrait enlever la légende "axe y", elle est plus trompeuse qu'autre chose.
Enlever/cacher aussi la boîte "axe y" ou autre ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3363Documenter le format utilisé dans les fichiers `.g`2018-09-07T08:06:36+02:00Mikaël SalsonDocumenter le format utilisé dans les fichiers `.g`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1787Documentation : format de la doc, technique2018-09-07T08:17:05+02:00Vidjil TeamDocumentation : format de la doc, technique- garder le truc actuel (.org) ? avec navigation entre les docs ?
- https://readthedocs.org
- autre ?
Je pense que readthedocs ou alors un wiki seraient le plus facile d'accès/ergonomique
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duez- garder le truc actuel (.org) ? avec navigation entre les docs ?
- https://readthedocs.org
- autre ?
Je pense que readthedocs ou alors un wiki seraient le plus facile d'accès/ergonomique
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3004Passer la doc en markdown2018-09-07T08:17:05+02:00Mathieu GiraudPasser la doc en markdownVoir comment conserver (ou même améliorer) l'export html. Ou bien voir directement si on passe à readthedocs ou autre chose ?
* [ ] ~~Adapter [org-babel-tangle.py](tools/org-babel-tangle.py) au Markdown~~ -> #3348
* [x] Utiliser un con...Voir comment conserver (ou même améliorer) l'export html. Ou bien voir directement si on passe à readthedocs ou autre chose ?
* [ ] ~~Adapter [org-babel-tangle.py](tools/org-babel-tangle.py) au Markdown~~ -> #3348
* [x] Utiliser un convertisseur Markdown → HTML pour la génération automatique des fichiers (cf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3004#note_78478) -> voir finalement 97890159Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3362À quoi sert le ref dans les fichiers .g / à quoi sert germline_id2018-09-07T09:43:25+02:00Mikaël SalsonÀ quoi sert le ref dans les fichiers .g / à quoi sert germline_idLors d'une mise à jour du germline il est nécessaire de mettre à jour les fichiers `.g` afin de faire passer le test `should-get-tests/11-get-saved-germline-id.should-get`.
Le champ `"ref"` des fichiers germlines renseigne une version p...Lors d'une mise à jour du germline il est nécessaire de mettre à jour les fichiers `.g` afin de faire passer le test `should-get-tests/11-get-saved-germline-id.should-get`.
Le champ `"ref"` des fichiers germlines renseigne une version précise des germlines. Pourquoi ? À quoi cela sert ? Je comprends qu'il soit nécessaire d'avoir une version minimale mais je ne vois pas l'utilité d'imposer une version (et de devoir la changer à chaque mise à jour des germlines).