vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-01-06T15:56:55+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4097Documentation Docker, permissions2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudDocumentation Docker, permissions
- Permissions
- Quelques choses spécifiques à Windows
Des scripts vont évoluer, mais prendre des notes sur ce qu'il se passe, choses à changer...
cc @flothoni @RyanHerb
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- Quelques choses spécifiques à Windows
Des scripts vont évoluer, mais prendre des notes sur ce qu'il se passe, choses à changer...
cc @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4092Doc "color by CDR3"2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudDoc "color by CDR3"Rajouter dans la doc : "Each cdr3 has a unique color". (Pas de gradient, de distance...)Rajouter dans la doc : "Each cdr3 has a unique color". (Pas de gradient, de distance...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4089Color by abundance at this sample2021-08-23T11:16:13+02:00Mathieu GiraudColor by abundance at this sampleDiscussion pour @pduroux.
D'habitude, les "color by" concernent *tous* les clones.
Indiquer plutôt "by abundance at this sample"Discussion pour @pduroux.
D'habitude, les "color by" concernent *tous* les clones.
Indiquer plutôt "by abundance at this sample"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4088Que renseigner dans le .vidjil pour que le "color by N" soit fonctionnel ?2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudQue renseigner dans le .vidjil pour que le "color by N" soit fonctionnel ?Question de @pduroux.
Dans `clone.js` :
```
getNlength: function () {
if (this.hasSeg('3', '5')){
return this.seg['3'].start-this.seg['5'].stop-1
```Question de @pduroux.
Dans `clone.js` :
```
getNlength: function () {
if (this.hasSeg('3', '5')){
return this.seg['3'].start-this.seg['5'].stop-1
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4087Perte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junction2019-12-10T10:56:36+01:00Mathieu GiraudPerte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junctionVu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.Vu par @pduroux : il doit actuellement y avoir `junction` et `AA`.
De plus, la ~doc n'est pas évidente à ce sujet.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4024Clones with different analyses at diagnosis and follow-up2019-10-28T12:56:03+01:00Mathieu GiraudClones with different analyses at diagnosis and follow-upUsers sometimes report sequences with different analyses at diagnosis and follow-up (link to old issue ?)
@meidanis has recently seen such sequences (could you share them?).
The main reason is probably #3970. See also #2726.
We have to ...Users sometimes report sequences with different analyses at diagnosis and follow-up (link to old issue ?)
@meidanis has recently seen such sequences (could you share them?).
The main reason is probably #3970. See also #2726.
We have to be sure and to investigate and/or document things.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4021Distributions et noms des axes2019-10-31T18:41:52+01:00Mathieu GiraudDistributions et noms des axesÉvoqué il y a quelques jours puis hier avec @flothoni.
Comment nommer les axes ?
Actuellement `seg3` dans ~"server-fuse" est `v` dans le ~client.
On pourra avoir une réflexion globale sur les axes un jour, en attendant éviter de défini...Évoqué il y a quelques jours puis hier avec @flothoni.
Comment nommer les axes ?
Actuellement `seg3` dans ~"server-fuse" est `v` dans le ~client.
On pourra avoir une réflexion globale sur les axes un jour, en attendant éviter de définir des nouvelles choses et mettre le minimum de choses hard-codées.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4011Better document "slow" options that should be avoided2019-10-23T07:06:33+02:00Mathieu GiraudBetter document "slow" options that should be avoided(Zhang, 2019) used `-a` (the option is now `--out-reads`), that is far from optimal, taking time to output all reads vdj#919
Since !434, options were renamed and are more explicit.
However, we should ensure that the non-recommended opti...(Zhang, 2019) used `-a` (the option is now `--out-reads`), that is far from optimal, taking time to output all reads vdj#919
Since !434, options were renamed and are more explicit.
However, we should ensure that the non-recommended options are clearly docuemted as such:
- in `-h` / `-H` (we could also move options from `-h` to advanced usage `-H`)
- with `Warning for non-optimal use` on stdout (we have already some)
- in `doc/vidjil-algo.md`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4010Tag "0"2019-12-10T10:56:35+01:00Mathieu GiraudTag "0"Reported by @pduroux and @espyr : can we tag sequences with the tag `0` ?
At least we should properly document somewhere the available tags/colors.
See also #2862 et #2879.Reported by @pduroux and @espyr : can we tag sequences with the tag `0` ?
At least we should properly document somewhere the available tags/colors.
See also #2862 et #2879.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3993Flash et docker2020-09-21T09:22:31+02:00Mathieu GiraudFlash et dockerSuite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.Suite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3966Faire fonctionner MiXCR avec Docker2020-02-03T16:46:22+01:00Mikaël SalsonFaire fonctionner MiXCR avec DockerLorsqu'on lance MiXCR depuis un container Docker cela nécessite d'avoir java dans le container, ce qui n'est pas le cas.
À l'heure actuelle, MiXCR ne peut être lancé sur app.
Comment corriger ?Lorsqu'on lance MiXCR depuis un container Docker cela nécessite d'avoir java dans le container, ce qui n'est pas le cas.
À l'heure actuelle, MiXCR ne peut être lancé sur app.
Comment corriger ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3964Running MiXCR through Vidjil2020-09-28T16:44:10+02:00Mathieu GiraudRunning MiXCR through VidjilReported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it ...Reported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it is
written in some other format. How can I continue the analysis then?
> Even if I continue the analysis calling mixcr again for the next step,
will it produce a `.vidjil` file? Does it know how to do that?
> Finally, is mixcr (the binary, executable) already installed in the
containers?
cc @flothoni @mikael-sThonier FlorianThonier Florian2019-12-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3931Documenter config.addons2020-01-15T18:57:50+01:00Mathieu GiraudDocumenter config.addonsSuite à !481 / #3929Suite à !481 / #3929https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3923Documenter / déployer la nouvelle normalisation2021-01-19T10:53:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / déployer la nouvelle normalisationAu VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-confi...Au VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-config" #3901 ?
Au moins de la ~doc ?
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3912Normalized ratios and hiding a locus2019-06-12T14:21:10+02:00Mathieu GiraudNormalized ratios and hiding a locusDiscussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothon...Discussed with @meidanis : how does the normalization works when we (un)hide some loci from the top left panel (or when we do other filterings) ? Is it coherent to the main behavior ? Is it properly explained or documented ?
cc @flothoni @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3901Faire une première config spike/MRD de test2023-06-28T17:34:41+02:00Mathieu GiraudFaire une première config spike/MRD de testvidjil#3838
Prendre le script de Joao ?
Un autre "jouet" (par exemple divise par 2 IGH mais pas TRG) ?vidjil#3838
Prendre le script de Joao ?
Un autre "jouet" (par exemple divise par 2 IGH mais pas TRG) ?Web 2023.10Thonier FlorianThonier Florian2021-09-24https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3881Doc : add germline genes, hypermutations...2019-03-29T14:39:25+01:00Mathieu GiraudDoc : add germline genes, hypermutations...(pas besoin d'attendre #2836...)
Voir aussi #3877.
cc @flothoni (pas besoin d'attendre #2836...)
Voir aussi #3877.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3877Mettre à jour la doc sur "voir tous les clones" et sur "get reads" / récupére...2019-09-24T17:54:47+02:00Mathieu GiraudMettre à jour la doc sur "voir tous les clones" et sur "get reads" / récupérer les readsOn reçoit encore fréquemment des demandes. Ce serait bien d'avoir une référence en ligne plus claire.
Refaire une passe sur http://www.vidjil.org/doc/user/#can-i-see-all-the-clones-and-all-the-reads et
http://www.vidjil.org/doc/user/#go...On reçoit encore fréquemment des demandes. Ce serait bien d'avoir une référence en ligne plus claire.
Refaire une passe sur http://www.vidjil.org/doc/user/#can-i-see-all-the-clones-and-all-the-reads et
http://www.vidjil.org/doc/user/#going-back-to-the-analyzed-reads
- pour expliquer le get reads #1469
- et pour #3842
- et si d'autres choses nous viennent en tête là-dessus
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3799Que se passe-t-il si on supprime une config ?2019-03-14T14:45:17+01:00Mikaël SalsonQue se passe-t-il si on supprime une config ?J'ai souvenir que ce n'est pas à faire mais sans en retrouver trace.
Perd-t-on l'accès à tous les résultats avec cette config ?
À clarifier et à documenter.J'ai souvenir que ce n'est pas à faire mais sans en retrouver trace.
Perd-t-on l'accès à tous les résultats avec cette config ?
À clarifier et à documenter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3781Association de samples à sample sets : documenter, mieux indiquer2020-01-23T17:47:24+01:00Mathieu GiraudAssociation de samples à sample sets : documenter, mieux indiquerÉditer le texte du bouton pour dire que cela permet de changer les associations d'un set.
Documenter dans `user.md` comment gérer ces associations.Éditer le texte du bouton pour dire que cela permet de changer les associations d'un set.
Documenter dans `user.md` comment gérer ces associations.