vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-01-13T15:09:05+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4634Doc dev et/ou code : documenter le schéma de la db2021-01-13T15:09:05+01:00Mathieu GiraudDoc dev et/ou code : documenter le schéma de la dbEn discutant sur #4633, je me rends compte que j'ai du mal à savoir le rôle précis de certains champs de la db. C'est probablement lié à ma faible connaissance du sujet, mais c'est à se demander si cela vaudrait le coup de documenter ce ...En discutant sur #4633, je me rends compte que j'ai du mal à savoir le rôle précis de certains champs de la db. C'est probablement lié à ma faible connaissance du sujet, mais c'est à se demander si cela vaudrait le coup de documenter ce que fait chaque champ.
En ~doc `dev-server.md` ou, peut-être mieux, en commentaire dans `models/db.py` ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4631Follow-up from "Resolve "Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)""2021-04-06T15:06:29+02:00Thonier FlorianFollow-up from "Resolve "Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)""The following discussion from !839 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910): (+5 comments)
> Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien d...The following discussion from !839 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910): (+5 comments)
> Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien des noms de gènes différents ? Autrement dit est-ce que, par exemple, on ne va pas se retrouver avec deux IGHV1*01 chez *Sus scrofa* ?
```
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH1|3..296|294 nt|1| | | | |294+72=366| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|H|297..332|36 nt|1| | | | |36+0=36| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH2|333..659|327 nt|1| | | | |327+51=378| | |
IGHC=G1.fa:>M81770|IGHG1*02|Sus scrofa_Minnesota miniature swine|F|CH3-CHS|660..986|327 nt|1| | | | |327+66=393| | |
```
>Ces 4 séquences correspondent en fait à une même séquence d'identifiant M81770 mais ce sont des régions différentes de la séquence (comme l'indiquent les positions : 3 à 296, puis 297 à 332 puis 333 à 659, et enfin 660 à 986). Bref il faudrait certainement clarifier cela, mais ça n'a pas l'air si grave qu'elles aient le même nom… puisque c'est la même séquence.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4623Enlever lessc de js/lib/info.txt ?2021-01-04T09:53:46+01:00Mathieu GiraudEnlever lessc de js/lib/info.txt ?
```
less : dynamic stylesheet
* @version less-1.5.0
* @author Alexis Sellier
* @link <self@cloudhead.net> / http://lesscss.org/
* @license apache v2
```
Voir ...
```
less : dynamic stylesheet
* @version less-1.5.0
* @author Alexis Sellier
* @link <self@cloudhead.net> / http://lesscss.org/
* @license apache v2
```
Voir b795ea59f3a (et 9a8c272d). Mais `lessc` est désormais en version 4.0, et il me semble que nulle part on embarque son code: aucune occurrence de `lessc` dans tout notre code excepté dans `/browser/css/Makefile`. Peut-on donc enlever cette référence dans `info.txt` ?
Mais alors... d'où l'installe-t-on, en particulier pour ~"server-docker" ? Ce serait déjà inclus dans l'image `nginx` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4570Documenter comment travailler sur un format .vidjil2021-02-03T18:52:47+01:00Mathieu GiraudDocumenter comment travailler sur un format .vidjilIl serait intéressant d'encourager les bioinformaticiens à utiliser le format vidjil, plus riche que des exports comme l'export CSV du ~client.
Dans `doc/vidjil-format`, rajouter un script python simple d'exemple pour itérer sur des cl...Il serait intéressant d'encourager les bioinformaticiens à utiliser le format vidjil, plus riche que des exports comme l'export CSV du ~client.
Dans `doc/vidjil-format`, rajouter un script python simple d'exemple pour itérer sur des clones d'un .vijdil multi-sample.
Voir également, côté API, #4207 et #1589.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4538Devrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?2023-11-09T11:04:58+01:00Mathieu GiraudDevrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résul...Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résultats ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4509Documenter la migration de données par migrator.sh2021-02-09T17:32:21+01:00Mathieu GiraudDocumenter la migration de données par migrator.sh
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la...
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la place du paragraphe "Filtering data" ? Marc, dès que tu as des choses dessus, on testera/affinera cela
cc @flothoni2020-10-08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4493Nom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process2020-09-30T10:58:25+02:00Mathieu GiraudNom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il...
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il y a des résultats, c'est que tout s'est bien passé. Plus en détail, le log du process de merge est disponible en cliquant sur "M+R2..." dans la colonne "pre-process"
Cela dit...
- en général, est-ce que le nom est celui du premier fichier ? On pourrait enlever R1/R2 ou d'autres chaînes fréquentes, et mettre "merged" quelque part ?
- ce n'est pas très clair qu'il faut cliquer dessus (~doc). Peut-être un "COMPLETED" ou un checkmark aiderait et montrerait que tout s'est bien passéhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4456Docker installation: Check what the documentation says on volumes / mount poi...2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudDocker installation: Check what the documentation says on volumes / mount points / permissionsBy default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation ...By default, there are `/mnt/...` paths in `docker-compose.yml`. Do the people installing Vidjil need to create some folders / mount points on their host? A missing permission in `/vidjil/upload/uploads` ?
- check that the documentation http://www.vidjil.org/doc/server/#docker-installation is complete or update it
- make clear in `docker-compose.yml` the lines which should usually be changed for a first-time installationmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4440Screenshots par cypress "histoires bio" de vidjil.org2021-04-29T18:22:25+02:00Mathieu GiraudScreenshots par cypress "histoires bio" de vidjil.orgExtrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3655#note_362291
@flothoni, peux-tu faire une MR (nouvelle, pas dans !671) avec le code pour générer les screenshots par cypress ?
vdj@4a07e7536
:smiling_imp: Cela ne veut pas d...Extrait de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3655#note_362291
@flothoni, peux-tu faire une MR (nouvelle, pas dans !671) avec le code pour générer les screenshots par cypress ?
vdj@4a07e7536
:smiling_imp: Cela ne veut pas dire encore qu'on va se lier avec cypress, mais cela fait partie de l'évaluation :smiley:Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4393Procedure pour transferer les patients d'un groupe à un autre2020-07-01T13:33:22+02:00Thonier FlorianProcedure pour transferer les patients d'un groupe à un autreJ'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques test...J'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques tests avant de décrire la procédure dans la doc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4344validate-links: code d'erreur2020-06-12T12:40:46+02:00Mathieu Giraudvalidate-links: code d'erreurQuand une URL ne passe pas, ce serait sympa de savoir si c'est un 404/403/500/... ou bien un Timeout. Et de mettre cette info aussi à la fin dans le récapitulatif des failed.Quand une URL ne passe pas, ce serait sympa de savoir si c'est un 404/403/500/... ou bien un Timeout. Et de mettre cette info aussi à la fin dans le récapitulatif des failed.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/43270-based / 1-based2021-12-07T18:39:44+01:00Mathieu Giraud0-based / 1-basedSuite à remarque de @flothoni sur !715.
Je pense qu'on est, pour nos usagers, pour les sorties du ~cpp, et pour le ~client, partout 1-based. Probablement il faut le dire mieux dans la ~doc.
(très anciennes issues: #1942, #1958, #1869)...Suite à remarque de @flothoni sur !715.
Je pense qu'on est, pour nos usagers, pour les sorties du ~cpp, et pour le ~client, partout 1-based. Probablement il faut le dire mieux dans la ~doc.
(très anciennes issues: #1942, #1958, #1869)
Par contre, je pense qu'on est 0-based en *interne* du ~cpp. Mais est-ce systématique ? (Je vois par exemple "JUNCTIONstart is 1-based"). Faut-il progresser vers quelque chose de plus systématique ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4317Faire évoluer vidjil_format ?2020-06-11T22:18:16+02:00Mathieu GiraudFaire évoluer vidjil_format ?
Actuellement `vidjil_format_version` est toujours `2016b`. Est-on vraiment compatible avec les champs que l'on sortait il y a quatre ans ?
On a ajouté des choses (normalisations, distributions, ...), comme on n'a rien cassé est-ce norm...
Actuellement `vidjil_format_version` est toujours `2016b`. Est-on vraiment compatible avec les champs que l'on sortait il y a quatre ans ?
On a ajouté des choses (normalisations, distributions, ...), comme on n'a rien cassé est-ce normal qu'on n'ait pas changé le numéro de version ? Mais... si quelqu'un avait fait un script qui parsait tout `2016b` il y a quatre ans, désormais il ne parserait pas tout...
Rien de pressé, mais y-a-t-il des choses à faire évoluer ? #4316
Enfin notre ~doc là-dessus est peut-être moins complète que sur d'autres points. Rajouter des `tangle` ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4307validate-links.py: ancres dans les liens relatifs2020-09-17T07:10:52+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py: ancres dans les liens relatifsSuite à #4150/!703, on ne valide toujours pas les liens relatifs qui contiennent des ancres.
Ils sont tout de même désormais affichés.Suite à #4150/!703, on ne valide toujours pas les liens relatifs qui contiennent des ancres.
Ils sont tout de même désormais affichés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4300vidjil-algo: Improve documentation on clustering2020-05-26T12:14:23+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Improve documentation on clusteringNow there is only a rather cryptic sentence in `vidjil-algo.md`.
See also #1332.Now there is only a rather cryptic sentence in `vidjil-algo.md`.
See also #1332.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4283make forcedep2020-05-06T14:53:41+02:00Mathieu Giraudmake forcedepQuand on met à jour son système (et son gcc), `make clean` ne suffit pas tojours, il faut souvent un `make forcedep`.
Documenter cela, ou c'est normal ?Quand on met à jour son système (et son gcc), `make clean` ne suffit pas tojours, il faut souvent un `make forcedep`.
Documenter cela, ou c'est normal ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4201Le dégradé gris peut-il être désactivable ?2020-09-28T16:13:43+02:00Thonier FlorianLe dégradé gris peut-il être désactivable ?En lien avec le dégradé gris (#988)
Je tombe sur un cas ou le dégradé n'est pas très joli ni pratique à mon sens. Nous avons ici 2 samples avec 8k clones, et 2 autre avec seulement 10 clones. Le rendu de la zone grise n'est pas très est...En lien avec le dégradé gris (#988)
Je tombe sur un cas ou le dégradé n'est pas très joli ni pratique à mon sens. Nous avons ici 2 samples avec 8k clones, et 2 autre avec seulement 10 clones. Le rendu de la zone grise n'est pas très esthétique et remonte assez haut, ce qui pertube un peu la lecture. De plus, un clone avec une taille nulle voit sa courbe cachée derrière ce dégradé ce qui donne l'impression d'une erreur.
![Screenshot_20200225_174221](/uploads/00dceac5e008682b0d7752160054a91f/Screenshot_20200225_174221.png)
Questions:
* Un utilisateur me demande si il est possible de cacher cette zone grise.
* Il faudrait forcer les clones séléctionné ou hover à être au dessus
* Nous avons des clones avec 0 reads pour l'échantillon 3. Comment l'afficher ? Il n'y a pas d'axe à 0.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4103Documentation sur l'effet du bouton cluster2019-12-13T10:58:19+01:00Thonier FlorianDocumentation sur l'effet du bouton clusterNous n'avons pas de description du bouton `cluster` et de ses effets dans la documentation de l'aligneur de séquences, ni ailleurs il me semble.Nous n'avons pas de description du bouton `cluster` et de ses effets dans la documentation de l'aligneur de séquences, ni ailleurs il me semble.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4101Get the number of current logged-in users2020-09-23T20:27:49+02:00Thonier FlorianGet the number of current logged-in users@meidanis ask me if it is possible to see the number of current users logged on the browser.
For the moment, we haven't an easy way to see it from the client. And we didn't mention the way to do it directly from the server neither.
cc ...@meidanis ask me if it is possible to see the number of current users logged on the browser.
For the moment, we haven't an easy way to see it from the client. And we didn't mention the way to do it directly from the server neither.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4097Documentation Docker, permissions2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudDocumentation Docker, permissions
- Permissions
- Quelques choses spécifiques à Windows
Des scripts vont évoluer, mais prendre des notes sur ce qu'il se passe, choses à changer...
cc @flothoni @RyanHerb
- Permissions
- Quelques choses spécifiques à Windows
Des scripts vont évoluer, mais prendre des notes sur ce qu'il se passe, choses à changer...
cc @flothoni @RyanHerb