vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-07-01T11:49:44+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2034Format JSON pour réponse2022-07-01T11:49:44+02:00Mathieu GiraudFormat JSON pour réponseSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4207API : script d'exemple2022-06-28T16:14:40+02:00Mathieu GiraudAPI : script d'exemplePrélude à #1589.
vu avec @flothoni et @mikael-s
- `tests/functional/*.rb` fait un login sur serveur externe, mais en clic bouton sur navigateur
- `tests/unit/controllers/*.py` teste des controlleurs, mais à l'intérieur de web2py
Fai...Prélude à #1589.
vu avec @flothoni et @mikael-s
- `tests/functional/*.rb` fait un login sur serveur externe, mais en clic bouton sur navigateur
- `tests/unit/controllers/*.py` teste des controlleurs, mais à l'intérieur de web2py
Faire un script python qui se connecte par API à serveur et tape directement sur les controlleurs.Web 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2679Un primo-utilisateur ne voit pas le lien "See results"2022-06-21T14:56:10+02:00Mathieu GiraudUn primo-utilisateur ne voit pas le lien "See results"Un utilisateur en contact avec @flothoni :
> Thanks a lot , I got result in multi+inc+xxx It seems an XML file.
> If I only want LGH V, D, J name in the result txt file, Is anyway I can do this?
Manifestement il a cliqué sur le lien ...Un utilisateur en contact avec @flothoni :
> Thanks a lot , I got result in multi+inc+xxx It seems an XML file.
> If I only want LGH V, D, J name in the result txt file, Is anyway I can do this?
Manifestement il a cliqué sur le lien `multi+inc+xxx` à côté de l'échantillon... Est-ce que ce n'est pas assez clair ? Comment mieux l'indiquer ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2588Documentation responsive2022-06-21T13:55:10+02:00Mathieu GiraudDocumentation responsivehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5002[VW] Nouveaux rapports : documenter :)2022-05-19T07:05:21+02:00Mathieu Giraud[VW] Nouveaux rapports : documenter :)On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4970Champ recherche dans toute la doc2022-05-06T14:15:09+02:00Mathieu GiraudChamp recherche dans toute la doc
Un paramètre dans mkdocs ? Et/ou recherche via moteur externe ?
Un paramètre dans mkdocs ? Et/ou recherche via moteur externe ?Web 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4787Faire les screenshots par cypress2022-04-25T17:37:54+02:00Mathieu GiraudFaire les screenshots par cypress
Suite à !962
Suite à !962Web 2022.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4967Rajouter dans user.md un screenshot de diversité par locus2022-04-21T12:59:12+02:00Mathieu GiraudRajouter dans user.md un screenshot de diversité par locushttps://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indiceshttps://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indicesWeb 2022.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4983Pipeline de publi de la doc HS2022-04-07T18:28:49+02:00Mathieu GiraudPipeline de publi de la doc HSVoir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1924159 lancé à l'instant
```
$ scp -r site/ $VIDJIL_WWW:doc/
Warning: Permanently added 'vde...' (ECDSA) to the list of known hosts.
site: No such file or directory
```
Pourtant cela a...Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1924159 lancé à l'instant
```
$ scp -r site/ $VIDJIL_WWW:doc/
Warning: Permanently added 'vde...' (ECDSA) to the list of known hosts.
site: No such file or directory
```
Pourtant cela avait marché pour vidjil-algo 2022.03. Je relance.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4988RAM/CPU requirements for vidjil-algo2022-04-07T18:11:35+02:00Mathieu GiraudRAM/CPU requirements for vidjil-algoDans server.md, on a:
> vidjil-algo typically uses approx. 1.2GB of RAM to run on a 1GB .fastq and will take approx. 5+ minutes. Therefore in order to process requests from a single user with a few samples, any standard multi-core proc...Dans server.md, on a:
> vidjil-algo typically uses approx. 1.2GB of RAM to run on a 1GB .fastq and will take approx. 5+ minutes. Therefore in order to process requests from a single user with a few samples, any standard multi-core processor with 2GB RAM will be enough.
> (...) since 2018 (100+ users, including 30+ regular users) (...) 8 virtual CPUs 6 workers RAM: 28GB
mais rien pour l'instant dans doc/vidjil-algo.md (et donc dans ce qu'on distribue dans le .tar.gz)
Est-ce que ce 1.2GB / 5 minutes est toujours d'actualité ?Algo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4828Documenter dans locus.md les possibilités de détection SEG_METHOD_ONE2022-02-25T18:21:15+01:00Mathieu GiraudDocumenter dans locus.md les possibilités de détection SEG_METHOD_ONE
Suite à !788
Voir #1724 (et #4689)
Suite à !788
Voir #1724 (et #4689)Algo 2022.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1077Quelles versions de navigateur demande-t-on a nos usagers ?2021-11-11T10:39:32+01:00Vidjil TeamQuelles versions de navigateur demande-t-on a nos usagers ?
**Ici ~"!-reflexion", voir les stats sur #2417.**
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* IE : ne passe pas sur IE 9.0 (cf mails avec Jos), pourtant 2011 :-). Passe avec IE 10.0 ?
* IE : il semble que cela passe sur IE 10.0
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rempli browser.org, mais avec des versi...
**Ici ~"!-reflexion", voir les stats sur #2417.**
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* IE : ne passe pas sur IE 9.0 (cf mails avec Jos), pourtant 2011 :-). Passe avec IE 10.0 ?
* IE : il semble que cela passe sur IE 10.0
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rempli browser.org, mais avec des versions blindées actuelles... il faudrait enquêter plus pour donner des versions plus raisonnables (et aussi vérifier pour IE 10)
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Il faudrait une URL publique sans authentification pour lancer des « tests » (basiques) en utilisant des sites comme http://browsershots.org/ ou http://www.browserstack.com
Sur rbx on pourrait même utiliser le paramètre ?data pour tester la visualisation de http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil sur plein de navigateurs. Bien sûr il faudrait désactiver la vérification du navigateur pour ces tests (avec un param dans l'URL ?).
Ou alors on peut interagir directement avec browserling.com (mais ça demande pas mal de temps).
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Excellente idée...
et c'est déjà le cas : http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil ne demande pas d'authentification
Essayé sur browsershots.org, mais n'arrive pas à lire robots.txt (alors que j'en ai rajouté un dans sites-available)
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browserling, je ne connaissais pas. Rigolo, et il faut se dépécher en 3 minutes :)
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Yououh ! http://browsershots.org/http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil
(robots: c'était peut-être juste un problème de cache.)
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FF: le 21 a l'air de marcher... mais d'autres (22, 27, 28, 31) ne sont pas passés (pb juste temporaire ?)
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Chrome: à partir du 20, cela a l'air correct (mais boites de bug dans plusieurs versions ensuite) ?
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Bizarre pour FF, sur browserling j'avais pu jouer avec FF4 et ça marchait bien.
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Obtenir d'anciennes versions de Chrome : https://google-chrome.en.uptodown.com/ubuntu/old
(si qq1 connait une astuce pour avoir plusieurs versions en parallèle, je suis preneur).
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J'ai trouvé ça: http://stackoverflow.com/questions/10541225/cross-browser-testing-all-major-browsers-on-one-machine#10541484 mais je n'ai pas encore testé
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#1078, #1079, #1080
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@RyanHerb @Duez @mikael-s @aurelBZHWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4870Doc "Working with primers"2021-11-03T10:52:30+01:00Mathieu GiraudDoc "Working with primers"...
Working with primers
There can be various primers See locus.md
Primers can be displayed
Primers can be trimmed before being sent to external tools......
Working with primers
There can be various primers See locus.md
Primers can be displayed
Primers can be trimmed before being sent to external tools...Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4879Licence et germlines2021-10-29T17:24:56+02:00Mathieu GiraudLicence et germlinesDepuis #4824:
> voire pour les germlines #2639.
Mettre aussi dans license.md un paragraphe clair pour l'utilisation de germlines non-libres.Depuis #4824:
> voire pour les germlines #2639.
Mettre aussi dans license.md un paragraphe clair pour l'utilisation de germlines non-libres.Web 2021.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1667Avoir un message d'erreur explicite si on n'a pas fait "make" dans browser2021-10-21T17:13:29+02:00Vidjil TeamAvoir un message d'erreur explicite si on n'a pas fait "make" dans browser?
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Le msg d'Armand me fait penser à cela.
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@magiraud @mikael-s?
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Le msg d'Armand me fait penser à cela.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4855Index/barcodes2021-10-20T17:56:41+02:00Mathieu GiraudIndex/barcodesDire à nos usagers dnas `locus.md qu'on conseille de mettre des séquences sans index. C'est probablement déjà le cas pour la très grande majorité d'entre eux.Dire à nos usagers dnas `locus.md qu'on conseille de mettre des séquences sans index. C'est probablement déjà le cas pour la très grande majorité d'entre eux.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4857Doc; Indiquer de charger les fichier sans les index/amorces2021-09-22T11:09:27+02:00Thonier FlorianDoc; Indiquer de charger les fichier sans les index/amorcesEn faisant quelque tests sur l'option de trimming des amorces, je me suis rendu compte que nous avons parfois des données avec les amorces ET les indexs.
On peut déja indiquer dans la doc l'impact des amorces et des indexs.En faisant quelque tests sur l'option de trimming des amorces, je me suis rendu compte que nous avons parfois des données avec les amorces ET les indexs.
On peut déja indiquer dans la doc l'impact des amorces et des indexs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4769Message plus explicite quand un pre-process est cours2021-09-21T18:42:14+02:00Mathieu GiraudMessage plus explicite quand un pre-process est cours
@mikael-s (https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/34) :
> C'est néanmoins le déroulement normal quand il y a des fichiers à fusionner : d'abord la fusion est en cours et en attendant que la fusion soit faite le l...
@mikael-s (https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/34) :
> C'est néanmoins le déroulement normal quand il y a des fichiers à fusionner : d'abord la fusion est en cours et en attendant que la fusion soit faite le lancement de Vidjil est mis en pause (indiqué comme STOPPED). Une fois les fichiers fusionnés, cela reprend son cours normal : QUEUED → ASSIGNED → RUNNING → COMPLETED.
Affiche-t-on déjà clairement que le ~"server-fuse" est en cours ?
Renommer le `STOPPED` dans ces cas-là ?Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4756Axes dans un ordre arbitraire ?2021-09-02T16:14:45+02:00Mathieu GiraudAxes dans un ordre arbitraire ?Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/940#note_505134:
@flothoni : "L'ordre est alphabétique. Je n'ai pas vu d'options possible pour fixer un ordre prédéfini."
cc @duezDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/940#note_505134:
@flothoni : "L'ordre est alphabétique. Je n'ai pas vu d'options possible pour fixer un ordre prédéfini."
cc @duezThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4786Screenshot aligner2021-07-13T11:58:59+02:00Mathieu GiraudScreenshot alignerdepuis #4224 :
> trouvé avec Florian: https://app.vidjil.org/3241-32?patient=68&clone=5,25,104,112,124
@flothoni, merci pour tes screenshots dans !962. Pour l'aligner, est-ce que ce serait plutôt possible d'avoir une capture de cette u...depuis #4224 :
> trouvé avec Florian: https://app.vidjil.org/3241-32?patient=68&clone=5,25,104,112,124
@flothoni, merci pour tes screenshots dans !962. Pour l'aligner, est-ce que ce serait plutôt possible d'avoir une capture de cette url ?Thonier FlorianThonier Florian