vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-06-29T13:18:36+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1652small_example.html ne fonctionne pas sous FF et Chrome2023-06-29T13:18:36+02:00Vidjil Teamsmall_example.html ne fonctionne pas sous FF et ChromeLe chargement ne se fait pas correctement : il faut redimensionner la fenêtre pour voir les clones et aucune interaction n'est possible (les clics sur les clones ou sur les systèmes ne produisent aucun effet).
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@magiraud @mikael-sLe chargement ne se fait pas correctement : il faut redimensionner la fenêtre pour voir les clones et aucune interaction n'est possible (les clics sur les clones ou sur les systèmes ne produisent aucun effet).
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1667Avoir un message d'erreur explicite si on n'a pas fait "make" dans browser2021-10-21T17:13:29+02:00Vidjil TeamAvoir un message d'erreur explicite si on n'a pas fait "make" dans browser?
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Le msg d'Armand me fait penser à cela.
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@magiraud @mikael-s?
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Le msg d'Armand me fait penser à cela.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1712Install serveur propre www-data + utilisateur normal2018-11-20T09:02:09+01:00Vidjil TeamInstall serveur propre www-data + utilisateur normalPremière version de doc d'installation manuelle détaillée dans /home/www-data ajoutée à /doc/server.org
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@RyanHerbPremière version de doc d'installation manuelle détaillée dans /home/www-data ajoutée à /doc/server.org
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1720installation via binaire statique et doc/algo.org2021-04-15T12:52:40+02:00Vidjil Teaminstallation via binaire statique et doc/algo.orgMême avec un binaire, on doit avoir fait make germline.
96f8eb1 explique cela (pas testé, j'espère que cela fonctionne :-)
On pourrait faire mieux, peut-être un "make static-download" qui charge ce qu'il faut.
Et/ou, dans doc/algo.org, ...Même avec un binaire, on doit avoir fait make germline.
96f8eb1 explique cela (pas testé, j'espère que cela fonctionne :-)
On pourrait faire mieux, peut-être un "make static-download" qui charge ce qu'il faut.
Et/ou, dans doc/algo.org, faire un paragraphe "quick installation" et un autre "build".
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(fait cela pour envoyer à Michaela)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1730Déploiement de la doc2018-11-20T09:00:49+01:00Vidjil TeamDéploiement de la docLa doc est actuellement à plusieurs endroits :
http://rbx.vidjil.org/browser/help/ (fait à la main ?)
http://rbx.vidjil.org/browser/doc/algo.html
/var/www/browser/doc/algo.org -> lien vers /home/vidjil/vidjil-release/latest/doc/al...La doc est actuellement à plusieurs endroits :
http://rbx.vidjil.org/browser/help/ (fait à la main ?)
http://rbx.vidjil.org/browser/doc/algo.html
/var/www/browser/doc/algo.org -> lien vers /home/vidjil/vidjil-release/latest/doc/algo.org) (mais html fait à la main)
Je plaide coupable :-)
Il faudrait certainement être plus rigoureux.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1757should-to-tap.sh veut un sed GNU ?2018-04-12T19:07:17+02:00Vidjil Teamshould-to-tap.sh veut un sed GNU ?Les tests ne passaient plus sur mon système tout neuf (pourtant POSIX ?)
```
sed: illegal option -- r
usage: sed script [-Ealn] [-i extension] [file ...]
sed [-Ealn] [-i extension] [-e script] ... [-f script_file] ... [file ...Les tests ne passaient plus sur mon système tout neuf (pourtant POSIX ?)
```
sed: illegal option -- r
usage: sed script [-Ealn] [-i extension] [file ...]
sed [-Ealn] [-i extension] [-e script] ... [-f script_file] ... [file ...]
```
J'ai installé `gsed` (`port install gsed`), puis `ln -s /opt/local/bin/gsed /usr/local/bin/sed`, et cela refonctionne.
Documenter si c'est obligé.
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C'est aussi accepté sur freeBSD mais en lisant le man, c'est effectivement non standard, le mieux serait de le remplacer. Mais par quoi ?
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1767Notifications : mettre un lien vers le format de markdown (?) supporté sur la...2017-11-09T12:37:02+01:00Vidjil TeamNotifications : mettre un lien vers le format de markdown (?) supporté sur la page d'édition
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@RyanHerb
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1787Documentation : format de la doc, technique2018-09-07T08:17:05+02:00Vidjil TeamDocumentation : format de la doc, technique- garder le truc actuel (.org) ? avec navigation entre les docs ?
- https://readthedocs.org
- autre ?
Je pense que readthedocs ou alors un wiki seraient le plus facile d'accès/ergonomique
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duez- garder le truc actuel (.org) ? avec navigation entre les docs ?
- https://readthedocs.org
- autre ?
Je pense que readthedocs ou alors un wiki seraient le plus facile d'accès/ergonomique
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1947Le format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?2016-11-29T14:42:27+01:00Vidjil TeamLe format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la q...Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la question se pose pour la e-value. Elle est pour l'instant stockée dans seg['_evalue'] mais cela semble ensuite supprimé par convertSeg dans model_loader.js. Heureusement la e-value est sauvegardée dans le champ eValue du clone avant la réécriture (par la fonction computeEValue). Mais un nouvel appel à computeEValue rendrait la e-value indéfinie : le champ seg ayant été réécrit, seg['_evalue'] n'existe plus (j'ai écrit un test pour ça, cf. 2edf5eb)
Donc comment la e-value doit-elle être stockée dans le champs seg ? Et la question se pose plus généralement pour le format attendu pour seg.
***
C'est une bonne question. Si on décide de spécifier, la référence doit être... format-analysis.org, et on part de cela, même si (temporairement) le browser ou le c++ ne le respecte pas. C'est d'autant plus important si on interagit avec d'autres logiciels : on doit avoir une référence claire (et changer la version, 2016a, si on fait des choses incompatibles), et non pas se référer à des détails/bugs du browser ou du c++. Le fait que le browser puisse faire des "bêtises" comme ici avec seg._evalue est un point indépendant qui ne concerne pas la définition du format.
Après, on peut avoir des choses non spécifiées (quelque part, chaque programme d'analyse peut rajouter des trucs dans le format).
Quelque chose d'intermédiaire serait de spécifier comment on encode des valeurs génériques (numériques, autres)... on le fait déjà pour les "features".
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Même si des logiciels ajoutent des éléments qui leur sont propres dans le fichier, cela doit être spécifié. Quelle est la manière d'ajouter des données spécifiques à chaque logiciel ?
Concernant le browser, il ne fait pas spécialement de bêtises. Il suit la spéc stricte du format seg. Et comme un champ comme la e-valeur n'est pas prévu pour le seg (mais seulement des champs avec des start et des stop), ce champ-là passe à la trappe. Pour corriger le problème, il faut donc savoir comment doivent-être spécifiés ces champs.
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b354da2, suite à audio du 7 juillet.
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Pris en compte dans le browser : 987b107
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1959Tutorial2016-12-27T16:18:15+01:00Vidjil TeamTutorial- faire une passe sur la traduction d'Aurélie
- mettre éventuellement tout en LaTeX
- mettre éventuellement à jour l'ensemble, EN+FR
- envoyer à Aurélie, mais aussi à Naïs + d'autres éventuellement
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Mikaël+Mathieu: tout est fait, r...- faire une passe sur la traduction d'Aurélie
- mettre éventuellement tout en LaTeX
- mettre éventuellement à jour l'ensemble, EN+FR
- envoyer à Aurélie, mais aussi à Naïs + d'autres éventuellement
***
Mikaël+Mathieu: tout est fait, reste plus que
- faire http://vidjil.org/doc (page statique, lien vers tout)
- (fichier du tutorial ? L3 Demo, ok ?)
- envoyer à Aurélie + Naïs
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ok
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1992app/analyze: exposer/documenter une API2023-03-28T16:21:00+02:00Vidjil Teamapp/analyze: exposer/documenter une APIShugay et d'autres seraient contents de pouvoir utiliser cela.
(Mais attention, pour l'instant bloquant pour le reste du serveur ?)
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@nobodyShugay et d'autres seraient contents de pouvoir utiliser cela.
(Mais attention, pour l'instant bloquant pour le reste du serveur ?)
***
@nobodyWeb 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2034Format JSON pour réponse2022-07-01T11:49:44+02:00Mathieu GiraudFormat JSON pour réponseSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2050Faire une erreur propre lorsqu'on utilise un client frais, sans avoir fait `m...2016-12-08T18:05:42+01:00Ghost UserFaire une erreur propre lorsqu'on utilise un client frais, sans avoir fait `make germline`080eb55e
en local quand j'essaie de charger un fichier .vidjil a l'aide de l'interface import/export -> import data(.vidjil) je n'ai pas de pop up qui apparait. La console produit une erreur : " ReferenceError: m is not defined " dans ...080eb55e
en local quand j'essaie de charger un fichier .vidjil a l'aide de l'interface import/export -> import data(.vidjil) je n'ai pas de pop up qui apparait. La console produit une erreur : " ReferenceError: m is not defined " dans menu.js ligne 85 . Il semble qu'il y ait un probleme de définition de la variable m de l'objet model.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2058Tutorial : Mettre un fichier démo de L3 sans analyse déjà faite2017-11-20T01:28:28+01:00Mikaël SalsonTutorial : Mettre un fichier démo de L3 sans analyse déjà faiteLe [tutoriel](doc/tutorial/mastering-vidjil.tex) demande d'ouvrir le patient L3 depuis l'application web, mais la version chargée est celle avec analyse, alors que les manipulations demandées dans le tutoriel supposent que l'analyse n'es...Le [tutoriel](doc/tutorial/mastering-vidjil.tex) demande d'ouvrir le patient L3 depuis l'application web, mais la version chargée est celle avec analyse, alors que les manipulations demandées dans le tutoriel supposent que l'analyse n'est pas chargée (par exemples les merges sont déjà faits). Il faut donc probablement proposer une version de L3 sans analyse, mais comment ?
@magiraudWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2074Documenter ?/?2023-03-01T18:16:19+01:00Mathieu GiraudDocumenter ?/?http://www.vidjil.org/doc/user.html ne mentionne pas `?/?`.
D'ailleurs, il n'y a quasiment rien sur ~client-grid, voir aussi #2060.
@mikael-shttp://www.vidjil.org/doc/user.html ne mentionne pas `?/?`.
D'ailleurs, il n'y a quasiment rien sur ~client-grid, voir aussi #2060.
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2075Faire une passe sur doc/user.org avec le papier PLOS2023-03-01T16:35:43+01:00Mathieu GiraudFaire une passe sur doc/user.org avec le papier PLOSCompléter/mettre à jour la documentation avec le papier PLOS, et/ou lier plus vers le papier PLOS.
Voir par exemple 3bebb21a.
En particulier, il y a actuellement peu d'intro bio.
@mikael-sCompléter/mettre à jour la documentation avec le papier PLOS, et/ou lier plus vers le papier PLOS.
Voir par exemple 3bebb21a.
En particulier, il y a actuellement peu d'intro bio.
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2076Coûts du FineSegmenter et documentation de -f2017-11-17T11:53:45+01:00Mathieu GiraudCoûts du FineSegmenter et documentation de -f@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :
> Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs `9999` dans les paramètres.
> rappel sur le scoring :
> `-f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match,...@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :
> Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs `9999` dans les paramètres.
> rappel sur le scoring :
> `-f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match, subst, indels, homo, del_end" (default (4, -6/-10/-10, -9999-9999/-9999-9999, -1, -2) 0.05/0.346574 )`
`algo/core/dynprog.cpp: 91` : Le `-9999` est un « moins l’infini », et ce n’est pas très propre. Ici, ce sont les valeurs pour des indels avec gap open/extend (pas utilisé pour le FineSegmenter, mais utilisé pour le « align » depuis le browser (`align.cgi`))
- le message d'aide en ligne devrait être plus cohérent avec ce que prend `-f`
- Le `-9999` ne devrait pas être affiché comme tel.
@mikael-sAlgo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2179Mettre à jour l'aide2017-02-14T22:56:53+01:00Mathieu GiraudMettre à jour l'aideEn particulier suite à #2134.
cc @mikael-sEn particulier suite à #2134.
cc @mikael-sAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2187Mauvais CDR3 trouvé lorsqu'on utilise des germlines non gappés2018-02-05T08:47:18+01:00Mikaël SalsonMauvais CDR3 trouvé lorsqu'on utilise des germlines non gappésMail de Andrea Marquard :
```
>clone-001--human_tra--0009653--69.1%--SJYUR:01076:03044-[122,307]-#2 - 186 bp (125% of 148.1 bp) + VJ
1 124 125 186 TRAV12-3*01 0//8 TRAJ31*01 human_tra SEG_+ 1.374841e-24 0.000000e+00/1.374841e-24 {112...Mail de Andrea Marquard :
```
>clone-001--human_tra--0009653--69.1%--SJYUR:01076:03044-[122,307]-#2 - 186 bp (125% of 148.1 bp) + VJ
1 124 125 186 TRAV12-3*01 0//8 TRAJ31*01 human_tra SEG_+ 1.374841e-24 0.000000e+00/1.374841e-24 {112(43)154 u CAMN#VPDSCLEMEL}
TCCAGTGGTAACAAAGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGGTCGATAAATCCAGCAAGTATATCTCCTTGTTCATCAGAGACTCACAGCCCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGCAATGAACG
GTGCCAGACTCATGTTTGGAGATGGAACTCAGCTGGTGGTGAAGCCCAATATCCAGAACCCT
```
Le CDR3 attendu (et trouvé par IMGT aussi bien que MiXCR) est CAMNGARLMF.
On trouve donc un CDR3 plus long qu'attendu et non productif, alors qu'on est censé avoir un CDR3 productif apparemment.
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2247Inventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleurs2021-02-03T09:08:25+01:00Mathieu GiraudInventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleursPour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.v...Pour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.vidjil, que ce soit par clone ou en global #2916. Mais cela ne suffit pas pour les ~"server-pre-process"...
Inventaire des warnings possibles, à compléter / discuter / implémenter -> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/warnings.md
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2275analyze: message d'erreur lorsqu'on n'envoie pas de fichier FASTA2017-03-22T15:10:36+01:00Mathieu Giraudanalyze: message d'erreur lorsqu'on n'envoie pas de fichier FASTAVu par @flothoni : le ~"segmenter-app" (maintenant sur http://app.vidjil.org/analyze) devrait donner une erreur correcte ("This is not a FASTA file") si on n'envoie pas un fichier Fasta, ce que peut faire un ~"com-first-time-user".
Est-...Vu par @flothoni : le ~"segmenter-app" (maintenant sur http://app.vidjil.org/analyze) devrait donner une erreur correcte ("This is not a FASTA file") si on n'envoie pas un fichier Fasta, ce que peut faire un ~"com-first-time-user".
Est-ce que le controlleur renvoie déjà quelque chose dans ce cas ?
cc @tydax @mikael-sMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2328Clarifier ce que sont les clusters2024-01-19T18:26:06+01:00Mathieu GiraudClarifier ce que sont les clustershttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2409Documenter jshint et nightmare dans dev.org2017-05-10T06:51:48+02:00Mathieu GiraudDocumenter jshint et nightmare dans dev.orget retirer phantomjset retirer phantomjsRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2462segmenter.js : refactorer updateElem()2019-12-06T17:17:30+01:00Mathieu Giraudsegmenter.js : refactorer updateElem()1) Il y a un test de `(document.getElementById("seq" + id))`sur tous les clones.
@RyanHerb : Faire une deuxième boucle, uniquement sur les clones présents dans la lite du segmenteur
2) Ce qui se passe pour les clones déjà présents n'es...1) Il y a un test de `(document.getElementById("seq" + id))`sur tous les clones.
@RyanHerb : Faire une deuxième boucle, uniquement sur les clones présents dans la lite du segmenteur
2) Ce qui se passe pour les clones déjà présents n'est pas clairhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4532Clarifier et documenter l'ajout de germlines2021-02-02T12:21:19+01:00Mathieu GiraudClarifier et documenter l'ajout de germlinesSuggestion de @flothoni dans !831 (au final !839)
Le process actuel:
- mettre des choses dans `split-germlines`
- tester en local, voire sur le serveur avec des germlines déployées à la main, paramétrer avec l'usager sur des données
- p...Suggestion de @flothoni dans !831 (au final !839)
Le process actuel:
- mettre des choses dans `split-germlines`
- tester en local, voire sur le serveur avec des germlines déployées à la main, paramétrer avec l'usager sur des données
- puis MR sur une `feature-g`
- et MR sur `feature-a` en changeant `germline_id` ? Ou non, #3919 ? Ce n'est pas très clair.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4562Mise en prod "My Account"2020-12-10T09:27:00+01:00Mathieu GiraudMise en prod "My Account"Suite à !837
- [x] test live sur app après un premier deploy
- [x] ~bikeshedding : chaînes de texte (assign @magiraud)
- [x] ~doc
- [ ] ~com : préparer des news (sera déployé probablement avec !813)
@duez disait qu'il ne fallait p...Suite à !837
- [x] test live sur app après un premier deploy
- [x] ~bikeshedding : chaînes de texte (assign @magiraud)
- [x] ~doc
- [ ] ~com : préparer des news (sera déployé probablement avec !813)
@duez disait qu'il ne fallait pas traîner, tout à fait d'accord ;) On peut en parler pochainement !
cc @flothoniWeb 2020.12Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-12-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4587My Account et ailleurs : terme "job" → "process"2020-12-30T10:07:16+01:00Mathieu GiraudMy Account et ailleurs : terme "job" → "process"Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on p...Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on parle de "task", de "processing"...Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4674vidjil-format.md: documenter les raisons de non-productivité2021-02-04T21:52:18+01:00Mathieu Giraudvidjil-format.md: documenter les raisons de non-productivitéSuite à !860Suite à !860Algo 2021.02Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4743Nouvel aligneur: doc dev-client2021-04-28T18:24:54+02:00Mathieu GiraudNouvel aligneur: doc dev-clientFrom [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477949):
> Comment sont générés les templates ? Un peu de doc sur le sujet ne ferait pas de mal. Et aussi plus généralement sur le fonctionnement de l...From [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477949):
> Comment sont générés les templates ? Un peu de doc sur le sujet ne ferait pas de mal. Et aussi plus généralement sur le fonctionnement de l'aligneur.Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4755Mieux documenter les raisons de non-productivité2021-04-19T20:14:32+02:00Mathieu GiraudMieux documenter les raisons de non-productivité
Et parler aussi du WPGxG !937.
Suite à !901.
Et parler aussi du WPGxG !937.
Suite à !901.Algo 2021.04Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4756Axes dans un ordre arbitraire ?2021-09-02T16:14:45+02:00Mathieu GiraudAxes dans un ordre arbitraire ?Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/940#note_505134:
@flothoni : "L'ordre est alphabétique. Je n'ai pas vu d'options possible pour fixer un ordre prédéfini."
cc @duezDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/940#note_505134:
@flothoni : "L'ordre est alphabétique. Je n'ai pas vu d'options possible pour fixer un ordre prédéfini."
cc @duezThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4759Installation binaire : rendre cela possible et/ou supprimer2021-04-19T20:14:30+02:00Mathieu GiraudInstallation binaire : rendre cela possible et/ou supprimer
Est-ce qu'une seule personne sur la planète a déjà utilisé les binaires distribués sur www.vidjil.org/releases ?
Peut-être dans l'équipe de dev, mais sinon j'en doute : on ne fournit *aucune* instruction pour l'installation, en particu...
Est-ce qu'une seule personne sur la planète a déjà utilisé les binaires distribués sur www.vidjil.org/releases ?
Peut-être dans l'équipe de dev, mais sinon j'en doute : on ne fournit *aucune* instruction pour l'installation, en particulier pour... récupérer les germlines, qui nécessitent d'avoir `germline/Makefile`
- Supprimer ces binaires ? Cela simplifierait nos process !
- Faire mieux, avec Debian ou autre ? #3226 Bof... personne ne s'est jamais plaint qu'il n'arrivait pas à installer from source...Algo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4769Message plus explicite quand un pre-process est cours2021-09-21T18:42:14+02:00Mathieu GiraudMessage plus explicite quand un pre-process est cours
@mikael-s (https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/34) :
> C'est néanmoins le déroulement normal quand il y a des fichiers à fusionner : d'abord la fusion est en cours et en attendant que la fusion soit faite le l...
@mikael-s (https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/34) :
> C'est néanmoins le déroulement normal quand il y a des fichiers à fusionner : d'abord la fusion est en cours et en attendant que la fusion soit faite le lancement de Vidjil est mis en pause (indiqué comme STOPPED). Une fois les fichiers fusionnés, cela reprend son cours normal : QUEUED → ASSIGNED → RUNNING → COMPLETED.
Affiche-t-on déjà clairement que le ~"server-fuse" est en cours ?
Renommer le `STOPPED` dans ces cas-là ?Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4786Screenshot aligner2021-07-13T11:58:59+02:00Mathieu GiraudScreenshot alignerdepuis #4224 :
> trouvé avec Florian: https://app.vidjil.org/3241-32?patient=68&clone=5,25,104,112,124
@flothoni, merci pour tes screenshots dans !962. Pour l'aligner, est-ce que ce serait plutôt possible d'avoir une capture de cette u...depuis #4224 :
> trouvé avec Florian: https://app.vidjil.org/3241-32?patient=68&clone=5,25,104,112,124
@flothoni, merci pour tes screenshots dans !962. Pour l'aligner, est-ce que ce serait plutôt possible d'avoir une capture de cette url ?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4787Faire les screenshots par cypress2022-04-25T17:37:54+02:00Mathieu GiraudFaire les screenshots par cypress
Suite à !962
Suite à !962Web 2022.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4828Documenter dans locus.md les possibilités de détection SEG_METHOD_ONE2022-02-25T18:21:15+01:00Mathieu GiraudDocumenter dans locus.md les possibilités de détection SEG_METHOD_ONE
Suite à !788
Voir #1724 (et #4689)
Suite à !788
Voir #1724 (et #4689)Algo 2022.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4855Index/barcodes2021-10-20T17:56:41+02:00Mathieu GiraudIndex/barcodesDire à nos usagers dnas `locus.md qu'on conseille de mettre des séquences sans index. C'est probablement déjà le cas pour la très grande majorité d'entre eux.Dire à nos usagers dnas `locus.md qu'on conseille de mettre des séquences sans index. C'est probablement déjà le cas pour la très grande majorité d'entre eux.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4857Doc; Indiquer de charger les fichier sans les index/amorces2021-09-22T11:09:27+02:00Thonier FlorianDoc; Indiquer de charger les fichier sans les index/amorcesEn faisant quelque tests sur l'option de trimming des amorces, je me suis rendu compte que nous avons parfois des données avec les amorces ET les indexs.
On peut déja indiquer dans la doc l'impact des amorces et des indexs.En faisant quelque tests sur l'option de trimming des amorces, je me suis rendu compte que nous avons parfois des données avec les amorces ET les indexs.
On peut déja indiquer dans la doc l'impact des amorces et des indexs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4870Doc "Working with primers"2021-11-03T10:52:30+01:00Mathieu GiraudDoc "Working with primers"...
Working with primers
There can be various primers See locus.md
Primers can be displayed
Primers can be trimmed before being sent to external tools......
Working with primers
There can be various primers See locus.md
Primers can be displayed
Primers can be trimmed before being sent to external tools...Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4879Licence et germlines2021-10-29T17:24:56+02:00Mathieu GiraudLicence et germlinesDepuis #4824:
> voire pour les germlines #2639.
Mettre aussi dans license.md un paragraphe clair pour l'utilisation de germlines non-libres.Depuis #4824:
> voire pour les germlines #2639.
Mettre aussi dans license.md un paragraphe clair pour l'utilisation de germlines non-libres.Web 2021.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4967Rajouter dans user.md un screenshot de diversité par locus2022-04-21T12:59:12+02:00Mathieu GiraudRajouter dans user.md un screenshot de diversité par locushttps://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indiceshttps://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indicesWeb 2022.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4970Champ recherche dans toute la doc2022-05-06T14:15:09+02:00Mathieu GiraudChamp recherche dans toute la doc
Un paramètre dans mkdocs ? Et/ou recherche via moteur externe ?
Un paramètre dans mkdocs ? Et/ou recherche via moteur externe ?Web 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4983Pipeline de publi de la doc HS2022-04-07T18:28:49+02:00Mathieu GiraudPipeline de publi de la doc HSVoir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1924159 lancé à l'instant
```
$ scp -r site/ $VIDJIL_WWW:doc/
Warning: Permanently added 'vde...' (ECDSA) to the list of known hosts.
site: No such file or directory
```
Pourtant cela a...Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1924159 lancé à l'instant
```
$ scp -r site/ $VIDJIL_WWW:doc/
Warning: Permanently added 'vde...' (ECDSA) to the list of known hosts.
site: No such file or directory
```
Pourtant cela avait marché pour vidjil-algo 2022.03. Je relance.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4988RAM/CPU requirements for vidjil-algo2022-04-07T18:11:35+02:00Mathieu GiraudRAM/CPU requirements for vidjil-algoDans server.md, on a:
> vidjil-algo typically uses approx. 1.2GB of RAM to run on a 1GB .fastq and will take approx. 5+ minutes. Therefore in order to process requests from a single user with a few samples, any standard multi-core proc...Dans server.md, on a:
> vidjil-algo typically uses approx. 1.2GB of RAM to run on a 1GB .fastq and will take approx. 5+ minutes. Therefore in order to process requests from a single user with a few samples, any standard multi-core processor with 2GB RAM will be enough.
> (...) since 2018 (100+ users, including 30+ regular users) (...) 8 virtual CPUs 6 workers RAM: 28GB
mais rien pour l'instant dans doc/vidjil-algo.md (et donc dans ce qu'on distribue dans le .tar.gz)
Est-ce que ce 1.2GB / 5 minutes est toujours d'actualité ?Algo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5002[VW] Nouveaux rapports : documenter :)2022-05-19T07:05:21+02:00Mathieu Giraud[VW] Nouveaux rapports : documenter :)On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5083Faire un point sur tSNE, puis doc2023-03-21T16:52:04+01:00Mathieu GiraudFaire un point sur tSNE, puis docWeb 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5128Missing image for diversity measures in the documentation2023-03-22T18:05:13+01:00Mikaël SalsonMissing image for diversity measures in the documentationSee here: https://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indices
The image filename is `diversity_splitted_by_locus.png` but, indeed, it doesn't exist on the repository.
The reference to the figure was included in !1151...See here: https://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indices
The image filename is `diversity_splitted_by_locus.png` but, indeed, it doesn't exist on the repository.
The reference to the figure was included in !1151.
@flothoni can you include this image?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5139Document analysis configurations2023-06-21T15:11:48+02:00Mathieu GiraudDocument analysis configurationshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5184Py4web; delete web2py2024-02-20T12:20:36+01:00THONIER FlorianPy4web; delete web2pyWhen should we delete all occurrences to web2py ? before/after release of py4web ? release+1 ?
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