vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-21T16:52:04+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5083Faire un point sur tSNE, puis doc2023-03-21T16:52:04+01:00Mathieu GiraudFaire un point sur tSNE, puis docWeb 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4674vidjil-format.md: documenter les raisons de non-productivité2021-02-04T21:52:18+01:00Mathieu Giraudvidjil-format.md: documenter les raisons de non-productivitéSuite à !860Suite à !860Algo 2021.02Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4142Convertir doc/should-vdj.org et doc/tags.org en md2020-11-13T19:38:56+01:00Mathieu GiraudConvertir doc/should-vdj.org et doc/tags.org en mdMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4012Better document .g files and how to use custom germlines2020-08-27T12:15:50+02:00Mathieu GiraudBetter document .g files and how to use custom germlinesvidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources.
Beyond the `-V / `-D` / `-J` options, the `.g` file is very flexible.
However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to ma...vidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources.
Beyond the `-V / `-D` / `-J` options, the `.g` file is very flexible.
However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to manage customization".
We should ensure that this is properly documented. What is the syntax of the `.g` file, and what are the recommended steps for anyone wishing to better use a custom germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3927Mounted files / network : docker, documentation2020-03-23T13:03:53+01:00Mathieu GiraudMounted files / network : docker, documentation@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3684Mieux documenter --label2019-03-14T09:27:42+01:00Mathieu GiraudMieux documenter --labelLe filtrage est fait dans `WindowsStorage::getLabel(junction window) `, introduit en partie par 14602c2292.Le filtrage est fait dans `WindowsStorage::getLabel(junction window) `, introduit en partie par 14602c2292.Algo 2018.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3180Documenter le multi-upload2020-09-28T00:23:36+02:00Mathieu GiraudDocumenter le multi-uploadMettre à jour `doc/user.org` en s'inspirant par exemple
- de la news mise sur le serveur
- et du retour de certains utilisateurs depuis la mise en prod : qu'avons-nous mal expliqué ?
Y aurait-il aussi des choses à reformuler sur le...Mettre à jour `doc/user.org` en s'inspirant par exemple
- de la news mise sur le serveur
- et du retour de certains utilisateurs depuis la mise en prod : qu'avons-nous mal expliqué ?
Y aurait-il aussi des choses à reformuler sur le nouveau formulaire pour que ce soit plus clair ?
A priori rien à changer dans le tutorial (pas d'upload ?)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2865Tuto : annotations dans la marge trop petites2020-09-28T00:25:14+02:00Tatiana RocherTuto : annotations dans la marge trop petitesLors du TP il y avait des +60ans =)Lors du TP il y avait des +60ans =)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2863Tuto : allèle "only not *01"2020-09-28T00:25:10+02:00Tatiana RocherTuto : allèle "only not *01"Expliquer dans le tuto à quoi il sert de cacher seulement les allèles *01.Expliquer dans le tuto à quoi il sert de cacher seulement les allèles *01.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2839Tuto : déplacer l'utilisation des shortcut H et G2020-09-28T00:25:10+02:00Thonier FlorianTuto : déplacer l'utilisation des shortcut H et GAu cours du TP, plusieurs utilisateurs n'ont pas pu utiliser les shortcut H et G comme demandé car il n'y avait pas d'effet.
Si on recharge la page, on retrouve un fonctionnement normal.
La source du bug est peut-être a chercher dans...Au cours du TP, plusieurs utilisateurs n'ont pas pu utiliser les shortcut H et G comme demandé car il n'y avait pas d'effet.
Si on recharge la page, on retrouve un fonctionnement normal.
La source du bug est peut-être a chercher dans l'une des étapes du TPhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2631Informer sur la version requise des compilateurs2017-11-19T19:27:05+01:00Mathieu GiraudInformer sur la version requise des compilateursAlgo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2582Tip of the day : implémentation2017-11-17T12:10:37+01:00Mathieu GiraudTip of the day : implémentationVoir #2581
cc @RyanHerbVoir #2581
cc @RyanHerbRyan HerbertRyan Herbert2017-11-10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2409Documenter jshint et nightmare dans dev.org2017-05-10T06:51:48+02:00Mathieu GiraudDocumenter jshint et nightmare dans dev.orget retirer phantomjset retirer phantomjsRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2116Sélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateur2018-06-04T10:24:06+02:00Mikaël SalsonSélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateurExcellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite...Excellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite main (`cursor: pointer`).
Il me semble que c'est géré par D3. Je ne suis pas sûr que ce soit aussi simple que ça en a l'air.
@magiraud @RyanHerb @tydax @flothoni Web 2017.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2076Coûts du FineSegmenter et documentation de -f2017-11-17T11:53:45+01:00Mathieu GiraudCoûts du FineSegmenter et documentation de -f@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :
> Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs `9999` dans les paramètres.
> rappel sur le scoring :
> `-f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match,...@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :
> Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs `9999` dans les paramètres.
> rappel sur le scoring :
> `-f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match, subst, indels, homo, del_end" (default (4, -6/-10/-10, -9999-9999/-9999-9999, -1, -2) 0.05/0.346574 )`
`algo/core/dynprog.cpp: 91` : Le `-9999` est un « moins l’infini », et ce n’est pas très propre. Ici, ce sont les valeurs pour des indels avec gap open/extend (pas utilisé pour le FineSegmenter, mais utilisé pour le « align » depuis le browser (`align.cgi`))
- le message d'aide en ligne devrait être plus cohérent avec ce que prend `-f`
- Le `-9999` ne devrait pas être affiché comme tel.
@mikael-sAlgo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2050Faire une erreur propre lorsqu'on utilise un client frais, sans avoir fait `m...2016-12-08T18:05:42+01:00Ghost UserFaire une erreur propre lorsqu'on utilise un client frais, sans avoir fait `make germline`080eb55e
en local quand j'essaie de charger un fichier .vidjil a l'aide de l'interface import/export -> import data(.vidjil) je n'ai pas de pop up qui apparait. La console produit une erreur : " ReferenceError: m is not defined " dans ...080eb55e
en local quand j'essaie de charger un fichier .vidjil a l'aide de l'interface import/export -> import data(.vidjil) je n'ai pas de pop up qui apparait. La console produit une erreur : " ReferenceError: m is not defined " dans menu.js ligne 85 . Il semble qu'il y ait un probleme de définition de la variable m de l'objet model.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1947Le format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?2016-11-29T14:42:27+01:00Vidjil TeamLe format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la q...Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la question se pose pour la e-value. Elle est pour l'instant stockée dans seg['_evalue'] mais cela semble ensuite supprimé par convertSeg dans model_loader.js. Heureusement la e-value est sauvegardée dans le champ eValue du clone avant la réécriture (par la fonction computeEValue). Mais un nouvel appel à computeEValue rendrait la e-value indéfinie : le champ seg ayant été réécrit, seg['_evalue'] n'existe plus (j'ai écrit un test pour ça, cf. 2edf5eb)
Donc comment la e-value doit-elle être stockée dans le champs seg ? Et la question se pose plus généralement pour le format attendu pour seg.
***
C'est une bonne question. Si on décide de spécifier, la référence doit être... format-analysis.org, et on part de cela, même si (temporairement) le browser ou le c++ ne le respecte pas. C'est d'autant plus important si on interagit avec d'autres logiciels : on doit avoir une référence claire (et changer la version, 2016a, si on fait des choses incompatibles), et non pas se référer à des détails/bugs du browser ou du c++. Le fait que le browser puisse faire des "bêtises" comme ici avec seg._evalue est un point indépendant qui ne concerne pas la définition du format.
Après, on peut avoir des choses non spécifiées (quelque part, chaque programme d'analyse peut rajouter des trucs dans le format).
Quelque chose d'intermédiaire serait de spécifier comment on encode des valeurs génériques (numériques, autres)... on le fait déjà pour les "features".
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Même si des logiciels ajoutent des éléments qui leur sont propres dans le fichier, cela doit être spécifié. Quelle est la manière d'ajouter des données spécifiques à chaque logiciel ?
Concernant le browser, il ne fait pas spécialement de bêtises. Il suit la spéc stricte du format seg. Et comme un champ comme la e-valeur n'est pas prévu pour le seg (mais seulement des champs avec des start et des stop), ce champ-là passe à la trappe. Pour corriger le problème, il faut donc savoir comment doivent-être spécifiés ces champs.
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b354da2, suite à audio du 7 juillet.
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Pris en compte dans le browser : 987b107
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/862Documentation technique2016-11-29T14:20:41+01:00Vidjil TeamDocumentation techniqueA destination des codeurs
-harmonisation
-nom des fonctions/commentaires
-deploiement
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oui... à décliner suivant algo / browser / server ? à voir
***
C'est clairement un point qui remontera dans les semaines à venir.
- doc/*.org : d...A destination des codeurs
-harmonisation
-nom des fonctions/commentaires
-deploiement
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oui... à décliner suivant algo / browser / server ? à voir
***
C'est clairement un point qui remontera dans les semaines à venir.
- doc/*.org : des infos génériques
- des commentaires dans le code !
- et on a aussi bcp de doc qui traîne dans les messages de commit :)
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J'ai fait une passe de réorganisation de la doc :
admin.org / server.org / dev.org
à continuer...
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Je ferme les tâches qui disent "il faut plus de doc". Ce n'est pas assez précis.
***
@mikael-s @RyanHerb @Duez @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2545Documenter vmi.js et vmi_mocker.js2023-03-01T15:39:01+01:00Mathieu GiraudDocumenter vmi.js et vmi_mocker.js2017-06-30https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4532Clarifier et documenter l'ajout de germlines2021-02-02T12:21:19+01:00Mathieu GiraudClarifier et documenter l'ajout de germlinesSuggestion de @flothoni dans !831 (au final !839)
Le process actuel:
- mettre des choses dans `split-germlines`
- tester en local, voire sur le serveur avec des germlines déployées à la main, paramétrer avec l'usager sur des données
- p...Suggestion de @flothoni dans !831 (au final !839)
Le process actuel:
- mettre des choses dans `split-germlines`
- tester en local, voire sur le serveur avec des germlines déployées à la main, paramétrer avec l'usager sur des données
- puis MR sur une `feature-g`
- et MR sur `feature-a` en changeant `germline_id` ? Ou non, #3919 ? Ce n'est pas très clair.Mathieu GiraudMathieu Giraud