vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-28T16:48:53+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2859Terminologie des locus : documenter le +2023-03-28T16:48:53+02:00Mathieu GiraudTerminologie des locus : documenter le +@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorial@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorialWeb 2021.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2839Tuto : déplacer l'utilisation des shortcut H et G2020-09-28T00:25:10+02:00Thonier FlorianTuto : déplacer l'utilisation des shortcut H et GAu cours du TP, plusieurs utilisateurs n'ont pas pu utiliser les shortcut H et G comme demandé car il n'y avait pas d'effet.
Si on recharge la page, on retrouve un fonctionnement normal.
La source du bug est peut-être a chercher dans...Au cours du TP, plusieurs utilisateurs n'ont pas pu utiliser les shortcut H et G comme demandé car il n'y avait pas d'effet.
Si on recharge la page, on retrouve un fonctionnement normal.
La source du bug est peut-être a chercher dans l'une des étapes du TPhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2631Informer sur la version requise des compilateurs2017-11-19T19:27:05+01:00Mathieu GiraudInformer sur la version requise des compilateursAlgo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2582Tip of the day : implémentation2017-11-17T12:10:37+01:00Mathieu GiraudTip of the day : implémentationVoir #2581
cc @RyanHerbVoir #2581
cc @RyanHerbRyan HerbertRyan Herbert2017-11-10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2409Documenter jshint et nightmare dans dev.org2017-05-10T06:51:48+02:00Mathieu GiraudDocumenter jshint et nightmare dans dev.orget retirer phantomjset retirer phantomjsRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2116Sélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateur2018-06-04T10:24:06+02:00Mikaël SalsonSélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateurExcellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite...Excellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite main (`cursor: pointer`).
Il me semble que c'est géré par D3. Je ne suis pas sûr que ce soit aussi simple que ça en a l'air.
@magiraud @RyanHerb @tydax @flothoni Web 2017.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2076Coûts du FineSegmenter et documentation de -f2017-11-17T11:53:45+01:00Mathieu GiraudCoûts du FineSegmenter et documentation de -f@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :
> Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs `9999` dans les paramètres.
> rappel sur le scoring :
> `-f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match,...@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :
> Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs `9999` dans les paramètres.
> rappel sur le scoring :
> `-f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match, subst, indels, homo, del_end" (default (4, -6/-10/-10, -9999-9999/-9999-9999, -1, -2) 0.05/0.346574 )`
`algo/core/dynprog.cpp: 91` : Le `-9999` est un « moins l’infini », et ce n’est pas très propre. Ici, ce sont les valeurs pour des indels avec gap open/extend (pas utilisé pour le FineSegmenter, mais utilisé pour le « align » depuis le browser (`align.cgi`))
- le message d'aide en ligne devrait être plus cohérent avec ce que prend `-f`
- Le `-9999` ne devrait pas être affiché comme tel.
@mikael-sAlgo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2050Faire une erreur propre lorsqu'on utilise un client frais, sans avoir fait `m...2016-12-08T18:05:42+01:00Ghost UserFaire une erreur propre lorsqu'on utilise un client frais, sans avoir fait `make germline`080eb55e
en local quand j'essaie de charger un fichier .vidjil a l'aide de l'interface import/export -> import data(.vidjil) je n'ai pas de pop up qui apparait. La console produit une erreur : " ReferenceError: m is not defined " dans ...080eb55e
en local quand j'essaie de charger un fichier .vidjil a l'aide de l'interface import/export -> import data(.vidjil) je n'ai pas de pop up qui apparait. La console produit une erreur : " ReferenceError: m is not defined " dans menu.js ligne 85 . Il semble qu'il y ait un probleme de définition de la variable m de l'objet model.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1947Le format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?2016-11-29T14:42:27+01:00Vidjil TeamLe format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la q...Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la question se pose pour la e-value. Elle est pour l'instant stockée dans seg['_evalue'] mais cela semble ensuite supprimé par convertSeg dans model_loader.js. Heureusement la e-value est sauvegardée dans le champ eValue du clone avant la réécriture (par la fonction computeEValue). Mais un nouvel appel à computeEValue rendrait la e-value indéfinie : le champ seg ayant été réécrit, seg['_evalue'] n'existe plus (j'ai écrit un test pour ça, cf. 2edf5eb)
Donc comment la e-value doit-elle être stockée dans le champs seg ? Et la question se pose plus généralement pour le format attendu pour seg.
***
C'est une bonne question. Si on décide de spécifier, la référence doit être... format-analysis.org, et on part de cela, même si (temporairement) le browser ou le c++ ne le respecte pas. C'est d'autant plus important si on interagit avec d'autres logiciels : on doit avoir une référence claire (et changer la version, 2016a, si on fait des choses incompatibles), et non pas se référer à des détails/bugs du browser ou du c++. Le fait que le browser puisse faire des "bêtises" comme ici avec seg._evalue est un point indépendant qui ne concerne pas la définition du format.
Après, on peut avoir des choses non spécifiées (quelque part, chaque programme d'analyse peut rajouter des trucs dans le format).
Quelque chose d'intermédiaire serait de spécifier comment on encode des valeurs génériques (numériques, autres)... on le fait déjà pour les "features".
***
Même si des logiciels ajoutent des éléments qui leur sont propres dans le fichier, cela doit être spécifié. Quelle est la manière d'ajouter des données spécifiques à chaque logiciel ?
Concernant le browser, il ne fait pas spécialement de bêtises. Il suit la spéc stricte du format seg. Et comme un champ comme la e-valeur n'est pas prévu pour le seg (mais seulement des champs avec des start et des stop), ce champ-là passe à la trappe. Pour corriger le problème, il faut donc savoir comment doivent-être spécifiés ces champs.
***
b354da2, suite à audio du 7 juillet.
***
Pris en compte dans le browser : 987b107
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/862Documentation technique2016-11-29T14:20:41+01:00Vidjil TeamDocumentation techniqueA destination des codeurs
-harmonisation
-nom des fonctions/commentaires
-deploiement
***
oui... à décliner suivant algo / browser / server ? à voir
***
C'est clairement un point qui remontera dans les semaines à venir.
- doc/*.org : d...A destination des codeurs
-harmonisation
-nom des fonctions/commentaires
-deploiement
***
oui... à décliner suivant algo / browser / server ? à voir
***
C'est clairement un point qui remontera dans les semaines à venir.
- doc/*.org : des infos génériques
- des commentaires dans le code !
- et on a aussi bcp de doc qui traîne dans les messages de commit :)
***
J'ai fait une passe de réorganisation de la doc :
admin.org / server.org / dev.org
à continuer...
***
Je ferme les tâches qui disent "il faut plus de doc". Ce n'est pas assez précis.
***
@mikael-s @RyanHerb @Duez @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2545Documenter vmi.js et vmi_mocker.js2023-03-01T15:39:01+01:00Mathieu GiraudDocumenter vmi.js et vmi_mocker.js2017-06-30https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4532Clarifier et documenter l'ajout de germlines2021-02-02T12:21:19+01:00Mathieu GiraudClarifier et documenter l'ajout de germlinesSuggestion de @flothoni dans !831 (au final !839)
Le process actuel:
- mettre des choses dans `split-germlines`
- tester en local, voire sur le serveur avec des germlines déployées à la main, paramétrer avec l'usager sur des données
- p...Suggestion de @flothoni dans !831 (au final !839)
Le process actuel:
- mettre des choses dans `split-germlines`
- tester en local, voire sur le serveur avec des germlines déployées à la main, paramétrer avec l'usager sur des données
- puis MR sur une `feature-g`
- et MR sur `feature-a` en changeant `germline_id` ? Ou non, #3919 ? Ce n'est pas très clair.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4165Nouvelle vue pour l'affichage des warnings2023-01-13T16:47:09+01:00Mikaël SalsonNouvelle vue pour l'affichage des warningsUne manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste ...Une manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste des clones concernés (dans une sorte de segmenteur ?). Parmi le lot de warnings, l'utilisatrice peut ainsi voir rapidement lesquels lui semblent les plus pertinents.
On n'aurait plus besoin d'inonder l'interface de petits :warning:, on pourrait se contenter d'afficher ceux vraiment importants. Et, dans le menu par exemple, on pourrait avoir une icône indiquant le nombre de warnings total, cliquer dessus permettrait d'accéder au panneau que je propose.Web 2022.122021-05-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3945Meilleur gestion des clones virtuels2019-10-29T14:40:18+01:00Thonier FlorianMeilleur gestion des clones virtuels#990, #3902, #3930
La question se pose de la méthode pour générer/afficher les clones virtuels. On a maintenant plusieurs types de clones, normaux ou virtuels, et il est peut-être temps de revoir le fonctionnement général.
* clone nor...#990, #3902, #3930
La question se pose de la méthode pour générer/afficher les clones virtuels. On a maintenant plusieurs types de clones, normaux ou virtuels, et il est peut-être temps de revoir le fonctionnement général.
* clone normal
* clone normal, mais normalisé
* clone other
* clone ajouté manuellement
* clone de distribution (et potentiellement doublé par les graphiques)
Pour le moment, on a un champ `virtual` au sein des clones, auquel j'ai ajouté un champ `distrib` pour les distinguer des clones de distribution.
Ces derniers sont générés à la volée suivant l'axe demandé sur le dernier graphique manipulé. Pour le moment, il ne sont pas affichés car probablement filtrés à cause de leur appartenance à la catégories des clones virtuels.avant-les-congés-2019https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3104Comment organiser les recombinaisons vdj mediées2018-08-07T09:17:20+02:00Thonier FlorianComment organiser les recombinaisons vdj mediéesOn est confronté avec ikaros et ERG à un nouveau type de germline. Il faut prévoir une protocole assez flexible pour permettre d'intégré à la volée des systèmes similaires.
Pour l'instant je propose de passer par un germline ``homo-sapi...On est confronté avec ikaros et ERG à un nouveau type de germline. Il faut prévoir une protocole assez flexible pour permettre d'intégré à la volée des systèmes similaires.
Pour l'instant je propose de passer par un germline ``homo-sapiens-xxx.g`` spécifique de toutes ces configurations.
Je rajouterais aussi dans ce cas un point dans le doc du germline pour expliquer la démarche (il doit déjà y avoir un mot de souvenir).
cf #2139;
cc @magiraud @mikael-sThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2247Inventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleurs2021-02-03T09:08:25+01:00Mathieu GiraudInventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleursPour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.v...Pour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.vidjil, que ce soit par clone ou en global #2916. Mais cela ne suffit pas pour les ~"server-pre-process"...
Inventaire des warnings possibles, à compléter / discuter / implémenter -> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/warnings.md
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1077Quelles versions de navigateur demande-t-on a nos usagers ?2021-11-11T10:39:32+01:00Vidjil TeamQuelles versions de navigateur demande-t-on a nos usagers ?
**Ici ~"!-reflexion", voir les stats sur #2417.**
***
* IE : ne passe pas sur IE 9.0 (cf mails avec Jos), pourtant 2011 :-). Passe avec IE 10.0 ?
* IE : il semble que cela passe sur IE 10.0
***
rempli browser.org, mais avec des versi...
**Ici ~"!-reflexion", voir les stats sur #2417.**
***
* IE : ne passe pas sur IE 9.0 (cf mails avec Jos), pourtant 2011 :-). Passe avec IE 10.0 ?
* IE : il semble que cela passe sur IE 10.0
***
rempli browser.org, mais avec des versions blindées actuelles... il faudrait enquêter plus pour donner des versions plus raisonnables (et aussi vérifier pour IE 10)
***
Il faudrait une URL publique sans authentification pour lancer des « tests » (basiques) en utilisant des sites comme http://browsershots.org/ ou http://www.browserstack.com
Sur rbx on pourrait même utiliser le paramètre ?data pour tester la visualisation de http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil sur plein de navigateurs. Bien sûr il faudrait désactiver la vérification du navigateur pour ces tests (avec un param dans l'URL ?).
Ou alors on peut interagir directement avec browserling.com (mais ça demande pas mal de temps).
***
Excellente idée...
et c'est déjà le cas : http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil ne demande pas d'authentification
Essayé sur browsershots.org, mais n'arrive pas à lire robots.txt (alors que j'en ai rajouté un dans sites-available)
***
browserling, je ne connaissais pas. Rigolo, et il faut se dépécher en 3 minutes :)
***
Yououh ! http://browsershots.org/http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil
(robots: c'était peut-être juste un problème de cache.)
***
FF: le 21 a l'air de marcher... mais d'autres (22, 27, 28, 31) ne sont pas passés (pb juste temporaire ?)
***
Chrome: à partir du 20, cela a l'air correct (mais boites de bug dans plusieurs versions ensuite) ?
***
Bizarre pour FF, sur browserling j'avais pu jouer avec FF4 et ça marchait bien.
***
Obtenir d'anciennes versions de Chrome : https://google-chrome.en.uptodown.com/ubuntu/old
(si qq1 connait une astuce pour avoir plusieurs versions en parallèle, je suis preneur).
***
J'ai trouvé ça: http://stackoverflow.com/questions/10541225/cross-browser-testing-all-major-browsers-on-one-machine#10541484 mais je n'ai pas encore testé
***
#1078, #1079, #1080
***
@RyanHerb @Duez @mikael-s @aurelBZHWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5184Py4web; delete web2py2024-02-20T12:20:36+01:00THONIER FlorianPy4web; delete web2pyWhen should we delete all occurrences to web2py ? before/after release of py4web ? release+1 ?
* [ ] Documentation
* [ ] Server
* [ ] Tests
* [ ] Makefile
Other points to suggest ?When should we delete all occurrences to web2py ? before/after release of py4web ? release+1 ?
* [ ] Documentation
* [ ] Server
* [ ] Tests
* [ ] Makefile
Other points to suggest ?Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5139Document analysis configurations2023-06-21T15:11:48+02:00Mathieu GiraudDocument analysis configurationshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5002[VW] Nouveaux rapports : documenter :)2022-05-19T07:05:21+02:00Mathieu Giraud[VW] Nouveaux rapports : documenter :)On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171On a des choses dans des mails, la présentation... faire un paragraphe.
sera fait dans !1171Web 2022.05