vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-02-20T19:46:10+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3029Client : afficher les warnings, se servir éventuellement du code2018-02-20T19:46:10+01:00Mathieu GiraudClient : afficher les warnings, se servir éventuellement du codeOriginellement dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_65739 :
> Le ~client pourrait
>
> - afficher le message en `:hover` (!139), mais aussi getHTMLInfo et autres
> - lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant a...Originellement dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2247#note_65739 :
> Le ~client pourrait
>
> - afficher le message en `:hover` (!139), mais aussi getHTMLInfo et autres
> - lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
> - voire faire un truc plus futé sur certains warnings -> mvouaisMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2187Mauvais CDR3 trouvé lorsqu'on utilise des germlines non gappés2018-02-05T08:47:18+01:00Mikaël SalsonMauvais CDR3 trouvé lorsqu'on utilise des germlines non gappésMail de Andrea Marquard :
```
>clone-001--human_tra--0009653--69.1%--SJYUR:01076:03044-[122,307]-#2 - 186 bp (125% of 148.1 bp) + VJ
1 124 125 186 TRAV12-3*01 0//8 TRAJ31*01 human_tra SEG_+ 1.374841e-24 0.000000e+00/1.374841e-24 {112...Mail de Andrea Marquard :
```
>clone-001--human_tra--0009653--69.1%--SJYUR:01076:03044-[122,307]-#2 - 186 bp (125% of 148.1 bp) + VJ
1 124 125 186 TRAV12-3*01 0//8 TRAJ31*01 human_tra SEG_+ 1.374841e-24 0.000000e+00/1.374841e-24 {112(43)154 u CAMN#VPDSCLEMEL}
TCCAGTGGTAACAAAGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGGTCGATAAATCCAGCAAGTATATCTCCTTGTTCATCAGAGACTCACAGCCCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGCAATGAACG
GTGCCAGACTCATGTTTGGAGATGGAACTCAGCTGGTGGTGAAGCCCAATATCCAGAACCCT
```
Le CDR3 attendu (et trouvé par IMGT aussi bien que MiXCR) est CAMNGARLMF.
On trouve donc un CDR3 plus long qu'attendu et non productif, alors qu'on est censé avoir un CDR3 productif apparemment.
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3003Makefile et Makefile.algo, séquence de make2018-02-01T10:01:27+01:00Mathieu GiraudMakefile et Makefile.algo, séquence de makeEt retravailler si besoin les `Makefile`, et/ou en refaire un global, mais en sachant exactement ce qu'on met dedans, voir `release_check` dans fac04b1.
Voir #2255, #2999. Prépare aussi #1491.Et retravailler si besoin les `Makefile`, et/ou en refaire un global, mais en sachant exactement ce qu'on met dedans, voir `release_check` dans fac04b1.
Voir #2255, #2999. Prépare aussi #1491.Algo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2982Shorter / shifted w: documenter (algo.org, user.org)2018-01-31T09:21:21+01:00Mathieu GiraudShorter / shifted w: documenter (algo.org, user.org)Suite à #2913/!141.Suite à #2913/!141.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3011Short / shifted window : re-rendre cohérent le message sur stdout2018-01-29T20:08:49+01:00Mathieu GiraudShort / shifted window : re-rendre cohérent le message sur stdoutSuite à !141, le message historique sur stdout `found 11835 100-windows in 13152 reads` (provient au moins de 2013.07 !) est parfois inexact: ce ne sont pas que des 100-windows.
Ne mettre que le nombre de window non raccourcies ? (bof...Suite à !141, le message historique sur stdout `found 11835 100-windows in 13152 reads` (provient au moins de 2013.07 !) est parfois inexact: ce ne sont pas que des 100-windows.
Ne mettre que le nombre de window non raccourcies ? (bof).
Retirer "100-" ? Mettre une autre formulation ?Algo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2755Documenter l'utilisation de Docker2017-12-13T09:31:43+01:00Mathieu GiraudDocumenter l'utilisation de Docker`doc/server.org` pourrait contenir des infos sur l'installation Docker.
Il faudra d'ailleurs un jour qu'on fasse une journée tutorial Docker pour tous, puis qu'on communique sur cette installation.`doc/server.org` pourrait contenir des infos sur l'installation Docker.
Il faudra d'ailleurs un jour qu'on fasse une journée tutorial Docker pour tous, puis qu'on communique sur cette installation.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2238Avoir une doc au format manpage pour le paquet algo2017-12-13T07:22:14+01:00Ryan HerbertAvoir une doc au format manpage pour le paquet algoOn pourrait avoir une man page qui s'installe avec le paquet debian de l'algo.
https://liw.fi/manpages/On pourrait avoir une man page qui s'installe avec le paquet debian de l'algo.
https://liw.fi/manpages/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2884Mieux documenter les causes de non segmentation "UNSEG"2017-11-29T13:16:41+01:00Tatiana RocherMieux documenter les causes de non segmentation "UNSEG"Les décrire plus clairement dans la doc ou faire des bulles contextuelles au passage de la souris ?Les décrire plus clairement dans la doc ou faire des bulles contextuelles au passage de la souris ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1284Rajouter les commandes de la doc dans la suite de tests2017-11-24T10:04:36+01:00Vidjil TeamRajouter les commandes de la doc dans la suite de tests`doc/algo.org` contient un certain nombre de commandes. L'idée n'est pas de tester la sortie (*), mais déjà de vérifier que la commande se lance correctement (en particulier si on change les options, il peut y avoir un exit 1).
Seul un ...`doc/algo.org` contient un certain nombre de commandes. L'idée n'est pas de tester la sortie (*), mais déjà de vérifier que la commande se lance correctement (en particulier si on change les options, il peut y avoir un exit 1).
Seul un pervers du org-mode + des tests peut faire cela :)
(*) Quoique... une belle syntaxe à la `should_get` serait amusante (dans un esprit doctest à la python ?)
Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2870Mieux expliquer le "cluster" sur le client2017-11-22T13:00:23+01:00Tatiana RocherMieux expliquer le "cluster" sur le clientLors du tuto, Aurélie a eu une petite conversation avec Sofie (Helsinki) pour lui expliquer dans quels cas elle utilisait le bouton cluster.
Lors des présentations auprès d'utilisateurs, on ne fait que leur dire que c'est à eux, biologis...Lors du tuto, Aurélie a eu une petite conversation avec Sofie (Helsinki) pour lui expliquer dans quels cas elle utilisait le bouton cluster.
Lors des présentations auprès d'utilisateurs, on ne fait que leur dire que c'est à eux, biologistes, de faire le cluster. Les nouveaux utilisateurs pourraient être perdus.
Est ce qu'on pourrait rajouter des exemples de cluster, ou demander à quelqu'un de le faire ? Ou autre idée
?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2872Tips : shift-click pour cacher tous les locus sauf un2017-11-22T12:57:04+01:00Tatiana RocherTips : shift-click pour cacher tous les locus sauf unA rajouter dans les tips.A rajouter dans les tips.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2776Mettre à jour le tutoriel pour les TPs2017-11-20T19:18:05+01:00Mathieu GiraudMettre à jour le tutoriel pour les TPsQue mettre à jour dans le tutoriel ? Nouveautés 2016/17 ? Autres points ?
On le limite plutôt aux aspects clients. (Serveur: limiter à ce qui est accessible à partir du compte Demo ?).
@flothoni fait déjà une première passe, merci à toi...Que mettre à jour dans le tutoriel ? Nouveautés 2016/17 ? Autres points ?
On le limite plutôt aux aspects clients. (Serveur: limiter à ce qui est accessible à partir du compte Demo ?).
@flothoni fait déjà une première passe, merci à toi, et on en discute ce mercredi à 14h.
Voir aussi #2058 vdj#195 vdj#352Web 2017.112017-11-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2774Tip of the day: image2017-11-20T15:13:20+01:00Mathieu GiraudTip of the day: imageSuite à #2582, afficher l'image qui est dans `doc/tips` si elle est présente.Suite à #2582, afficher l'image qui est dans `doc/tips` si elle est présente.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2594Tip of the day: images2017-11-20T15:10:51+01:00Mathieu GiraudTip of the day: imagesEssai dans f0fd50c.
- Fixer la taille (ici 300x300) ou pas ?
- Avoir un pointeur plus gros que normal ?
- Privilégier les jeux de Démo LIL-L3/L4 ?
Voir #2582.Essai dans f0fd50c.
- Fixer la taille (ici 300x300) ou pas ?
- Avoir un pointeur plus gros que normal ?
- Privilégier les jeux de Démo LIL-L3/L4 ?
Voir #2582.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2801Tip of the day : ne pas l'afficher si on n'est pas loggué2017-11-20T07:11:29+01:00Mathieu GiraudTip of the day : ne pas l'afficher si on n'est pas logguéSi on n'est pas loggué, on a le "tip of the day" qui arrive à la connexion. Or on est encore loin de pouvoir essayer : il faut se logguer puis aller chercher un résultat.
Idéalement, on aimerait afficher le "tip of the day" uniquement a...Si on n'est pas loggué, on a le "tip of the day" qui arrive à la connexion. Or on est encore loin de pouvoir essayer : il faut se logguer puis aller chercher un résultat.
Idéalement, on aimerait afficher le "tip of the day" uniquement après un `loadDataUrl`... mais qu'une seule fois par session, ce qui n'est peut-être pas simple.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2058Tutorial : Mettre un fichier démo de L3 sans analyse déjà faite2017-11-20T01:28:28+01:00Mikaël SalsonTutorial : Mettre un fichier démo de L3 sans analyse déjà faiteLe [tutoriel](doc/tutorial/mastering-vidjil.tex) demande d'ouvrir le patient L3 depuis l'application web, mais la version chargée est celle avec analyse, alors que les manipulations demandées dans le tutoriel supposent que l'analyse n'es...Le [tutoriel](doc/tutorial/mastering-vidjil.tex) demande d'ouvrir le patient L3 depuis l'application web, mais la version chargée est celle avec analyse, alors que les manipulations demandées dans le tutoriel supposent que l'analyse n'est pas chargée (par exemples les merges sont déjà faits). Il faut donc probablement proposer une version de L3 sans analyse, mais comment ?
@magiraudWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2631Informer sur la version requise des compilateurs2017-11-19T19:27:05+01:00Mathieu GiraudInformer sur la version requise des compilateursAlgo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2790Samples dans plusieurs sample sets et .analysis : documenter2017-11-17T13:30:45+01:00Mathieu GiraudSamples dans plusieurs sample sets et .analysis : documenterUn sample est dans un patient et un run.
Je mets un clone en rouge dans le patient (ou je merge des clones, ou je renomme un clone). Que devient-il dans le run ? Et après un nouveau fuse éventuel du run ?
Je sais qu'on en avait déjà dis...Un sample est dans un patient et un run.
Je mets un clone en rouge dans le patient (ou je merge des clones, ou je renomme un clone). Que devient-il dans le run ? Et après un nouveau fuse éventuel du run ?
Je sais qu'on en avait déjà discuté et décidé quand @RyanHerb et Marc avaient mis en place les sample sets. Il faut peut-être juste bien expliquer ce qu'il se passe et le documenter.
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2582Tip of the day : implémentation2017-11-17T12:10:37+01:00Mathieu GiraudTip of the day : implémentationVoir #2581
cc @RyanHerbVoir #2581
cc @RyanHerbRyan HerbertRyan Herbert2017-11-10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2076Coûts du FineSegmenter et documentation de -f2017-11-17T11:53:45+01:00Mathieu GiraudCoûts du FineSegmenter et documentation de -f@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :
> Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs `9999` dans les paramètres.
> rappel sur le scoring :
> `-f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match,...@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :
> Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs `9999` dans les paramètres.
> rappel sur le scoring :
> `-f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match, subst, indels, homo, del_end" (default (4, -6/-10/-10, -9999-9999/-9999-9999, -1, -2) 0.05/0.346574 )`
`algo/core/dynprog.cpp: 91` : Le `-9999` est un « moins l’infini », et ce n’est pas très propre. Ici, ce sont les valeurs pour des indels avec gap open/extend (pas utilisé pour le FineSegmenter, mais utilisé pour le « align » depuis le browser (`align.cgi`))
- le message d'aide en ligne devrait être plus cohérent avec ce que prend `-f`
- Le `-9999` ne devrait pas être affiché comme tel.
@mikael-sAlgo 2017.11