vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-02-14T22:56:53+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2179Mettre à jour l'aide2017-02-14T22:56:53+01:00Mathieu GiraudMettre à jour l'aideEn particulier suite à #2134.
cc @mikael-sEn particulier suite à #2134.
cc @mikael-sAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2130Champ 'germlines' dans le .vidjil et germlines par défaut2017-04-25T17:24:01+02:00Mathieu GiraudChamp 'germlines' dans le .vidjil et germlines par défautEn faisant #1987, j'ai mis `species{,_taxon_id}` à la racine du `.vidjil`.
Il y a bien un champ `germlines` dans le `.vidjil`, mais il sert uniquement pour les 'custom', et est peu documenté dans `format-analysis.org`.
Que devrait-on fa...En faisant #1987, j'ai mis `species{,_taxon_id}` à la racine du `.vidjil`.
Il y a bien un champ `germlines` dans le `.vidjil`, mais il sert uniquement pour les 'custom', et est peu documenté dans `format-analysis.org`.
Que devrait-on faire de champ `germlines` ? Sert-il déjà au ~client ? Devrait-on toujours le peupler avec les infos venant de `homo-sapiens.germlines`/`germlines.data` ?
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2116Sélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateur2018-06-04T10:24:06+02:00Mikaël SalsonSélection avec un axe de la grille/histogramme : l'indiquer à l'utilisateurExcellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite...Excellente suggestion d'Aurélie : le curseur de la souris lorsqu'on survole un label d'axe de la grille/histogramme ne se transforme pas ce qui n'aide pas à penser que ces labels sont cliquables. Il faut mettre un pointeur avec la petite main (`cursor: pointer`).
Il me semble que c'est géré par D3. Je ne suis pas sûr que ce soit aussi simple que ça en a l'air.
@magiraud @RyanHerb @tydax @flothoni Web 2017.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2083Doc pour Ngnix2023-03-01T16:53:50+01:00Mathieu GiraudDoc pour Ngnixdoc/server.org contient les infos pour Apache (sont-elles toujours à jour ?).
Il devrait aussi y avoir quelques infos pour Nginx.
@mikael-sdoc/server.org contient les infos pour Apache (sont-elles toujours à jour ?).
Il devrait aussi y avoir quelques infos pour Nginx.
@mikael-sRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2076Coûts du FineSegmenter et documentation de -f2017-11-17T11:53:45+01:00Mathieu GiraudCoûts du FineSegmenter et documentation de -f@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :
> Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs `9999` dans les paramètres.
> rappel sur le scoring :
> `-f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match,...@flothoni, à propos d'une réponse à Aurélie :
> Par contre je ne comprend pas a quoi correspondent les valeurs `9999` dans les paramètres.
> rappel sur le scoring :
> `-f <string> use custom Cost for fine segmenter : format "match, subst, indels, homo, del_end" (default (4, -6/-10/-10, -9999-9999/-9999-9999, -1, -2) 0.05/0.346574 )`
`algo/core/dynprog.cpp: 91` : Le `-9999` est un « moins l’infini », et ce n’est pas très propre. Ici, ce sont les valeurs pour des indels avec gap open/extend (pas utilisé pour le FineSegmenter, mais utilisé pour le « align » depuis le browser (`align.cgi`))
- le message d'aide en ligne devrait être plus cohérent avec ce que prend `-f`
- Le `-9999` ne devrait pas être affiché comme tel.
@mikael-sAlgo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2075Faire une passe sur doc/user.org avec le papier PLOS2023-03-01T16:35:43+01:00Mathieu GiraudFaire une passe sur doc/user.org avec le papier PLOSCompléter/mettre à jour la documentation avec le papier PLOS, et/ou lier plus vers le papier PLOS.
Voir par exemple 3bebb21a.
En particulier, il y a actuellement peu d'intro bio.
@mikael-sCompléter/mettre à jour la documentation avec le papier PLOS, et/ou lier plus vers le papier PLOS.
Voir par exemple 3bebb21a.
En particulier, il y a actuellement peu d'intro bio.
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2074Documenter ?/?2023-03-01T18:16:19+01:00Mathieu GiraudDocumenter ?/?http://www.vidjil.org/doc/user.html ne mentionne pas `?/?`.
D'ailleurs, il n'y a quasiment rien sur ~client-grid, voir aussi #2060.
@mikael-shttp://www.vidjil.org/doc/user.html ne mentionne pas `?/?`.
D'ailleurs, il n'y a quasiment rien sur ~client-grid, voir aussi #2060.
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2065Pre-process par défaut2019-10-07T16:10:55+02:00Mathieu GiraudPre-process par défautSuite à #2048.
Faudrait-il des entrées pour le pre-process dans `controllers/default.py` ?
Évidemment, on peut fonctionner sans pear... Mais bon, avoir des entrées permettrait de faire des bons exemples. On pourrait par défaut cré...Suite à #2048.
Faudrait-il des entrées pour le pre-process dans `controllers/default.py` ?
Évidemment, on peut fonctionner sans pear... Mais bon, avoir des entrées permettrait de faire des bons exemples. On pourrait par défaut créer tout de même les deux pre-process, en mettant les droits pour que cela ne soit pas accessible tant que l'admin ne les ait pas activés.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2060Afficher la documentation des axes2023-03-01T18:19:49+01:00Mathieu GiraudAfficher la documentation des axesDans `available_axis` (pour l’instant dans `scatterplot.js`), avoir pour chaque axe, une documentation / commentaire en ~1 ligne. Cela aiderait en particulier pour les choses obscures comme « coverage » et autres :-)
Cette doc serait vi...Dans `available_axis` (pour l’instant dans `scatterplot.js`), avoir pour chaque axe, une documentation / commentaire en ~1 ligne. Cela aiderait en particulier pour les choses obscures comme « coverage » et autres :-)
Cette doc serait visible en ` :hover` :
- dans le choix des axes x/y dans le sous-menu plot
- sur la grid, sur la légende
- et potentiellement à d'autres endroits une fois qu'on aura #1471
@mikael-s @RyanHerb
* [x] Rajouter un champ `.doc` dans certains axes
* [ ] Implémenter le `:hover`, déjà sur la grid, dans la légendehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2058Tutorial : Mettre un fichier démo de L3 sans analyse déjà faite2017-11-20T01:28:28+01:00Mikaël SalsonTutorial : Mettre un fichier démo de L3 sans analyse déjà faiteLe [tutoriel](doc/tutorial/mastering-vidjil.tex) demande d'ouvrir le patient L3 depuis l'application web, mais la version chargée est celle avec analyse, alors que les manipulations demandées dans le tutoriel supposent que l'analyse n'es...Le [tutoriel](doc/tutorial/mastering-vidjil.tex) demande d'ouvrir le patient L3 depuis l'application web, mais la version chargée est celle avec analyse, alors que les manipulations demandées dans le tutoriel supposent que l'analyse n'est pas chargée (par exemples les merges sont déjà faits). Il faut donc probablement proposer une version de L3 sans analyse, mais comment ?
@magiraudWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2050Faire une erreur propre lorsqu'on utilise un client frais, sans avoir fait `m...2016-12-08T18:05:42+01:00Ghost UserFaire une erreur propre lorsqu'on utilise un client frais, sans avoir fait `make germline`080eb55e
en local quand j'essaie de charger un fichier .vidjil a l'aide de l'interface import/export -> import data(.vidjil) je n'ai pas de pop up qui apparait. La console produit une erreur : " ReferenceError: m is not defined " dans ...080eb55e
en local quand j'essaie de charger un fichier .vidjil a l'aide de l'interface import/export -> import data(.vidjil) je n'ai pas de pop up qui apparait. La console produit une erreur : " ReferenceError: m is not defined " dans menu.js ligne 85 . Il semble qu'il y ait un probleme de définition de la variable m de l'objet model.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2034Format JSON pour réponse2022-07-01T11:49:44+02:00Mathieu GiraudFormat JSON pour réponseSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1992app/analyze: exposer/documenter une API2023-03-28T16:21:00+02:00Vidjil Teamapp/analyze: exposer/documenter une APIShugay et d'autres seraient contents de pouvoir utiliser cela.
(Mais attention, pour l'instant bloquant pour le reste du serveur ?)
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@nobodyShugay et d'autres seraient contents de pouvoir utiliser cela.
(Mais attention, pour l'instant bloquant pour le reste du serveur ?)
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@nobodyWeb 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1959Tutorial2016-12-27T16:18:15+01:00Vidjil TeamTutorial- faire une passe sur la traduction d'Aurélie
- mettre éventuellement tout en LaTeX
- mettre éventuellement à jour l'ensemble, EN+FR
- envoyer à Aurélie, mais aussi à Naïs + d'autres éventuellement
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Mikaël+Mathieu: tout est fait, r...- faire une passe sur la traduction d'Aurélie
- mettre éventuellement tout en LaTeX
- mettre éventuellement à jour l'ensemble, EN+FR
- envoyer à Aurélie, mais aussi à Naïs + d'autres éventuellement
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Mikaël+Mathieu: tout est fait, reste plus que
- faire http://vidjil.org/doc (page statique, lien vers tout)
- (fichier du tutorial ? L3 Demo, ok ?)
- envoyer à Aurélie + Naïs
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ok
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1947Le format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?2016-11-29T14:42:27+01:00Vidjil TeamLe format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la q...Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la question se pose pour la e-value. Elle est pour l'instant stockée dans seg['_evalue'] mais cela semble ensuite supprimé par convertSeg dans model_loader.js. Heureusement la e-value est sauvegardée dans le champ eValue du clone avant la réécriture (par la fonction computeEValue). Mais un nouvel appel à computeEValue rendrait la e-value indéfinie : le champ seg ayant été réécrit, seg['_evalue'] n'existe plus (j'ai écrit un test pour ça, cf. 2edf5eb)
Donc comment la e-value doit-elle être stockée dans le champs seg ? Et la question se pose plus généralement pour le format attendu pour seg.
***
C'est une bonne question. Si on décide de spécifier, la référence doit être... format-analysis.org, et on part de cela, même si (temporairement) le browser ou le c++ ne le respecte pas. C'est d'autant plus important si on interagit avec d'autres logiciels : on doit avoir une référence claire (et changer la version, 2016a, si on fait des choses incompatibles), et non pas se référer à des détails/bugs du browser ou du c++. Le fait que le browser puisse faire des "bêtises" comme ici avec seg._evalue est un point indépendant qui ne concerne pas la définition du format.
Après, on peut avoir des choses non spécifiées (quelque part, chaque programme d'analyse peut rajouter des trucs dans le format).
Quelque chose d'intermédiaire serait de spécifier comment on encode des valeurs génériques (numériques, autres)... on le fait déjà pour les "features".
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Même si des logiciels ajoutent des éléments qui leur sont propres dans le fichier, cela doit être spécifié. Quelle est la manière d'ajouter des données spécifiques à chaque logiciel ?
Concernant le browser, il ne fait pas spécialement de bêtises. Il suit la spéc stricte du format seg. Et comme un champ comme la e-valeur n'est pas prévu pour le seg (mais seulement des champs avec des start et des stop), ce champ-là passe à la trappe. Pour corriger le problème, il faut donc savoir comment doivent-être spécifiés ces champs.
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b354da2, suite à audio du 7 juillet.
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Pris en compte dans le browser : 987b107
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1945Tooltips riches dans la webapp : implémentation2019-01-10T15:21:23+01:00Vidjil TeamTooltips riches dans la webapp : implémentationDescription un peu complète et lien vers la doc. Si la tooltip apparaît plus rapidement qu'un "title" c'est mieux aussi. Exemple, sans bibliothèque JS (à part JQuery) : https://codepen.io/jamilhijjawi/pen/lIwbK
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Remarque de Marc duran...Description un peu complète et lien vers la doc. Si la tooltip apparaît plus rapidement qu'un "title" c'est mieux aussi. Exemple, sans bibliothèque JS (à part JQuery) : https://codepen.io/jamilhijjawi/pen/lIwbK
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Remarque de Marc durant la rando : on crée beaucoup de contenu dynamiquement, bref cela impose de relancer le .js (soit sur tout, soit sur l'objet nouvellement créé).
Solution purement CSS dans features/tooltip (ce qu'avait fait François), simplification/re-travail en cours.
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@magiraud @mikael-sWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1944Clarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommer2021-05-25T10:05:29+02:00Vidjil TeamClarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommerÉventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Éventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1879Seuil pour les D, e-valeur2020-10-14T11:25:55+02:00Vidjil TeamSeuil pour les D, e-valeurVW16: deux écoles.
* 4nt (Hélène ~"PAR-Debré" ), pour éviter de faire un primer qui tombe dedans
* 8nt (c'est bien cela ?), (Frédéric ~"Paris-Pitié" , "vieux papiers")
Et nous, on a dit "euh, 5nt". Sommes-nous confiant dans notre c...VW16: deux écoles.
* 4nt (Hélène ~"PAR-Debré" ), pour éviter de faire un primer qui tombe dedans
* 8nt (c'est bien cela ?), (Frédéric ~"Paris-Pitié" , "vieux papiers")
Et nous, on a dit "euh, 5nt". Sommes-nous confiant dans notre calcul de e-valeur pour les D ?
***
Oui c'est bien cela. Le seuil de 8nt correspond à un seuil immuno pour avoir un D qui ait du sens.
***
segment.cpp, FineSegmenter::FineSegmentD
`float evalue_D = multiplier * (r-l) * germline->rep_4.totalSize() * segment_cost.toPValue(box_DD->score[0].first);`
Ouf, `(r-l) `est bien la taille de la zone considérée.
Calcul à priori correct... sauf qu'il dépend de` .toPValue`, donc de `K` et `lambda` qui sont fixés à la légère (mais qui ne devraient pas changer l'ordre de grandeur)
***
Depuis 2016.08, on peut jouer avec `-E`.
Avec e6ffb91, on a perdu 6 séquences de .should-vdj VDDJ.
Retravailler là-dessus, voir s'il faut des seuils différents pour premier D et D suivants, peut-être retravailler sur le score et/ou K/lambda.
***
ping, voir "Configuration trop stringeante sur la recherche du D" #2002
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@magiraud @mikael-sAlgo -- ImportantThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1837MiXCR : rebaser avant un pull request2019-08-19T16:08:56+02:00Vidjil TeamMiXCR : rebaser avant un pull requestIl faudra à un moment tout rebaser (en fait, plus simplement, refaire tous les commits directement, on en parlera). On fait cela après le workshop.
***
@RyanHerbIl faudra à un moment tout rebaser (en fait, plus simplement, refaire tous les commits directement, on en parlera). On fait cela après le workshop.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1787Documentation : format de la doc, technique2018-09-07T08:17:05+02:00Vidjil TeamDocumentation : format de la doc, technique- garder le truc actuel (.org) ? avec navigation entre les docs ?
- https://readthedocs.org
- autre ?
Je pense que readthedocs ou alors un wiki seraient le plus facile d'accès/ergonomique
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duez- garder le truc actuel (.org) ? avec navigation entre les docs ?
- https://readthedocs.org
- autre ?
Je pense que readthedocs ou alors un wiki seraient le plus facile d'accès/ergonomique
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duez