vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-11-20T15:13:20+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2774Tip of the day: image2017-11-20T15:13:20+01:00Mathieu GiraudTip of the day: imageSuite à #2582, afficher l'image qui est dans `doc/tips` si elle est présente.Suite à #2582, afficher l'image qui est dans `doc/tips` si elle est présente.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2769Est-ce raisonnable d'avoir load_backup sur le web ?2020-09-23T20:09:58+02:00Mathieu GiraudEst-ce raisonnable d'avoir load_backup sur le web ?Discussion avec @RyanHerb et @mikael-s
Vu #2352, ce n'est peut-être pas raisonnable d'avoir un bouton qui fait `load_backup`. On ne peut
- au minimum, mettre dans le texte affiché de vérifier les erreurs après coup
- ou récupérer e...Discussion avec @RyanHerb et @mikael-s
Vu #2352, ce n'est peut-être pas raisonnable d'avoir un bouton qui fait `load_backup`. On ne peut
- au minimum, mettre dans le texte affiché de vérifier les erreurs après coup
- ou récupérer et afficher les erreurs (une notification ne suffit pas...) mais dangereux, si cela loupe...
- ou pourquoi pas retirer le bouton... et documenter ce qu'il faut fairehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2755Documenter l'utilisation de Docker2017-12-13T09:31:43+01:00Mathieu GiraudDocumenter l'utilisation de Docker`doc/server.org` pourrait contenir des infos sur l'installation Docker.
Il faudra d'ailleurs un jour qu'on fasse une journée tutorial Docker pour tous, puis qu'on communique sur cette installation.`doc/server.org` pourrait contenir des infos sur l'installation Docker.
Il faudra d'ailleurs un jour qu'on fasse une journée tutorial Docker pour tous, puis qu'on communique sur cette installation.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2754Histogramme et axe y2018-08-14T22:21:53+02:00Mathieu GiraudHistogramme et axe yVu par @flothoni.
L'axe `y` ne change pas la taille des barres des histogrammes.
En théorie il change juste l'ordre des clones dans chaque barre... mais cela ne fonctionne plus.
Et, même dans ce cas, il faudrait mieux le documenter.
Br...Vu par @flothoni.
L'axe `y` ne change pas la taille des barres des histogrammes.
En théorie il change juste l'ordre des clones dans chaque barre... mais cela ne fonctionne plus.
Et, même dans ce cas, il faudrait mieux le documenter.
Bref, on pourrait enlever la légende "axe y", elle est plus trompeuse qu'autre chose.
Enlever/cacher aussi la boîte "axe y" ou autre ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2745Tooltips / Lien vers de l'aide dans l'application web2019-03-19T19:37:56+01:00Mathieu GiraudTooltips / Lien vers de l'aide dans l'application web@mikael-s, dans #1945 :
> Mettre de l'info dans la webapp, cela fait partie du support. C'est important.
> https://speakerdeck.com/djo/lobsession-du-service-client-chez-captain-train
Rediscuté en réunion hier avec @aurelBZH, @Cyanael e...@mikael-s, dans #1945 :
> Mettre de l'info dans la webapp, cela fait partie du support. C'est important.
> https://speakerdeck.com/djo/lobsession-du-service-client-chez-captain-train
Rediscuté en réunion hier avec @aurelBZH, @Cyanael et @RyanHerb. Il devrait y avoir de l'aide (discrète) sur beaucoup d'éléments...
On peut débuter en mettant des choses du type :
~~`<span class='help'><a link="user#processing-samples-configs">Configs</a> are set of options to run an analysis program on the sample</span>`~~
-> non, compléter `js/doc.js`, voir ci dessous
Quand on le peut, on fait des liens vers des sections de `doc/user.md` (ici http://www.vidjil.org/doc/user#processing-samples-configs).
Cette tâche se concentre sur la rédaction de ce type liens d'aide pertinent (discussion sur l'implémentation et le rendu: #1945).Web 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2744Tip of the day : édition et mise en prod2019-08-19T15:28:09+02:00Mathieu GiraudTip of the day : édition et mise en prodAprès #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.Après #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.2017-11-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2742CLI: pouvoir ordonner les groupes d'options dans le -h2018-06-17T17:23:40+02:00Mathieu GiraudCLI: pouvoir ordonner les groupes d'options dans le -hBloque #2732.
Les groupes d’options sont par ordre alphabétique. Nous voulons avoir un ordre plus pertinent. Au pire, si on n'arrive pas, on mettra des 1/2/3 sur les groupes.Bloque #2732.
Les groupes d’options sont par ordre alphabétique. Nous voulons avoir un ordre plus pertinent. Au pire, si on n'arrive pas, on mettra des 1/2/3 sur les groupes.Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2729Mieux documenter les droits d'accès et ce qui est anonymisé2017-10-17T17:21:34+02:00Mathieu GiraudMieux documenter les droits d'accès et ce qui est anonymiséLes noms des fichiers Fasta contiennent parfois des données sensibles (et certains s'en servent exprès, #1362), et à plusieurs endroits on peut afficher ce type d'information, même sans droit `anon` #2285 #2725.
@mikael-s disait sur #27...Les noms des fichiers Fasta contiennent parfois des données sensibles (et certains s'en servent exprès, #1362), et à plusieurs endroits on peut afficher ce type d'information, même sans droit `anon` #2285 #2725.
@mikael-s disait sur #2725 :
> c'est déjà un problème pour plein d'endroits puisque dans le `sequence_file.data_file....` le nom du fichier d'origine est encodé en base 16 et qu'on a accès à ce nom un peu partout (bien-sûr c'est moins immédiat en base 16 qu'en plein texte)
et même
> on a évidemment accès au nom du fichier d'origine directement dans l'interface.
Bref, on ne va pas probablement changer cela. Il s'agit donc de :
- mieux documenter dans `doc/user.org` ce que fait le droit `anon`
- de mettre un warning sur ces possibilités de fuite de données en cas de partage de données même sans droit `anon`.
- lier ces sections d'aide depuis le formulaire de changement de droitshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2722Écrire un document sur la qualité logicielle2019-03-19T11:16:06+01:00Mathieu GiraudÉcrire un document sur la qualité logicielleNotre doc de dev détaille déjà les tests. Nous devrions cependant avoir un document à destination des utilisateurs décrivant la qualité et liant si possible vers des résultats de tests.
vdj#500Notre doc de dev détaille déjà les tests. Nous devrions cependant avoir un document à destination des utilisateurs décrivant la qualité et liant si possible vers des résultats de tests.
vdj#500https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2715Tutorial video / screencast2020-09-18T11:34:19+02:00Mathieu GiraudTutorial video / screencastNikos ~"repseq-Nikos" va préparer des tutoriels vidéos pour ARReST. Cela peut être une très bonne idée.Nikos ~"repseq-Nikos" va préparer des tutoriels vidéos pour ARReST. Cela peut être une très bonne idée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2710Méta-données de démo réalistes, utiliser ci.sql dans les tests, tests unitair...2024-01-25T14:15:00+01:00Mathieu GiraudMéta-données de démo réalistes, utiliser ci.sql dans les tests, tests unitaire qui vérifient vraiment les réponsesJe suis en train de mettre sur `dev` (user `u3`) un jeu de données crédible, notamment avec des tags #2683 un peu cohérents. Essai d'une liste de noms un peu variée, bien que fort occidentale, mais bon, ~"ec-ngs". Voir si, quand ce sera ...Je suis en train de mettre sur `dev` (user `u3`) un jeu de données crédible, notamment avec des tags #2683 un peu cohérents. Essai d'une liste de noms un peu variée, bien que fort occidentale, mais bon, ~"ec-ngs". Voir si, quand ce sera fait, on essaie de récupérer les tags pour une série de screenshots.
```
Florbela Espanca 1894-12-08
Paulina Wilkońska 1815
Camilla Collett 1813-01-23
Διονύσιος Σολωμός 1798-04-08
Vasile Alecsandri 1801-07-21
Sophia Elisabet Brenner 1659-04-29
Marin Držić 1508
老子 6 BCE
Emil Aarestrup 1800-12-04
Božena Němcová 1820-02-04
ابن خلدون (Ibn Khaldoûn), 1332-05-27
Willem Bilderdijk 1756-09-07
Johann Wolfgang Goethe, 1749-08-28
George Sand 1804-02-01
Dante Alighieri 1265
Friedrich von Schiller 1759
Miguel de Cervantes 1547-09-29
Jane Austeen 1775-12-16
```Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2679Un primo-utilisateur ne voit pas le lien "See results"2022-06-21T14:56:10+02:00Mathieu GiraudUn primo-utilisateur ne voit pas le lien "See results"Un utilisateur en contact avec @flothoni :
> Thanks a lot , I got result in multi+inc+xxx It seems an XML file.
> If I only want LGH V, D, J name in the result txt file, Is anyway I can do this?
Manifestement il a cliqué sur le lien ...Un utilisateur en contact avec @flothoni :
> Thanks a lot , I got result in multi+inc+xxx It seems an XML file.
> If I only want LGH V, D, J name in the result txt file, Is anyway I can do this?
Manifestement il a cliqué sur le lien `multi+inc+xxx` à côté de l'échantillon... Est-ce que ce n'est pas assez clair ? Comment mieux l'indiquer ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2675Documenter les branches dans dev.org2023-03-01T16:18:46+01:00Mathieu GiraudDocumenter les branches dans dev.orgNous devrions documenter dans `dev.org` la signification de nos différentes branches, qu'elles soient déjà traitées par ~"dev-ci" ou non.
(Même si certains points dépend du ~"server-hosting", ce sont clairement des points qui dépendent ...Nous devrions documenter dans `dev.org` la signification de nos différentes branches, qu'elles soient déjà traitées par ~"dev-ci" ou non.
(Même si certains points dépend du ~"server-hosting", ce sont clairement des points qui dépendent du projet `vidjil`.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2631Informer sur la version requise des compilateurs2017-11-19T19:27:05+01:00Mathieu GiraudInformer sur la version requise des compilateursAlgo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2629Le texte "(focus on some clones)" devrait être plus visible2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudLe texte "(focus on some clones)" devrait être plus visibleDiscussion avec @flothoni sur #2626 (pas sûr que ce soit lié).
On pourrait voir mieux qu'on est en focus, peut-être avec un fond de couleur.
Attendre #2245 ?Discussion avec @flothoni sur #2626 (pas sûr que ce soit lié).
On pourrait voir mieux qu'on est en focus, peut-être avec un fond de couleur.
Attendre #2245 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2594Tip of the day: images2017-11-20T15:10:51+01:00Mathieu GiraudTip of the day: imagesEssai dans f0fd50c.
- Fixer la taille (ici 300x300) ou pas ?
- Avoir un pointeur plus gros que normal ?
- Privilégier les jeux de Démo LIL-L3/L4 ?
Voir #2582.Essai dans f0fd50c.
- Fixer la taille (ici 300x300) ou pas ?
- Avoir un pointeur plus gros que normal ?
- Privilégier les jeux de Démo LIL-L3/L4 ?
Voir #2582.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2588Documentation responsive2022-06-21T13:55:10+02:00Mathieu GiraudDocumentation responsivehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2582Tip of the day : implémentation2017-11-17T12:10:37+01:00Mathieu GiraudTip of the day : implémentationVoir #2581
cc @RyanHerbVoir #2581
cc @RyanHerbRyan HerbertRyan Herbert2017-11-10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2581Tip of the day : avoir une liste de 20 tips2017-10-06T13:47:35+02:00Mathieu GiraudTip of the day : avoir une liste de 20 tipsProposition de @Cyanael et de tous
Voir aussi #1320 / #1945Proposition de @Cyanael et de tous
Voir aussi #1320 / #1945Web 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2553Documenter légèrement BAM2017-08-30T09:09:13+02:00Mathieu GiraudDocumenter légèrement BAM@mikael-s, dans !67
> However I think this should remain a hidden feature for two reasons:
>
> 1. A BAM file is generally obtained by aligning reads to reference sequences. This could make people think they have to align their reads be...@mikael-s, dans !67
> However I think this should remain a hidden feature for two reasons:
>
> 1. A BAM file is generally obtained by aligning reads to reference sequences. This could make people think they have to align their reads beforehand.
>
> 1. In the case of paired-end sequencing, there is only one BAM file (but two FASTQ files). So the people could provide a single BAM file where reads have not been merged.
On pourrait mettre exactement ce type d'infos dans `doc/algo.org`, et ne pas en faire la pub dans `doc/user.org` et sur le serveur.Algo 2017.07Mikaël SalsonMikaël Salson