vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-01-25T09:40:58+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5018Alignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correct2023-01-25T09:40:58+01:00Mikaël SalsonAlignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correctQuand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoi...Quand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoie bien des tirets pour toutes les séquences.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4258Tests : `&&` au lieu de `;` ?2020-04-21T16:03:23+02:00Mathieu GiraudTests : `&&` au lieu de `;` ?Sur ma machine, j'ai du faire 5f47cb9f5 pour faire louper un test qui devait l'être.
Sans cela, le test passait uniquement grâce à la présence de fichiers d'un précédent test.
Sur ~"dev-ci", pas de soucis ? Nouveaux répertoires ?
Mais ...Sur ma machine, j'ai du faire 5f47cb9f5 pour faire louper un test qui devait l'être.
Sans cela, le test passait uniquement grâce à la présence de fichiers d'un précédent test.
Sur ~"dev-ci", pas de soucis ? Nouveaux répertoires ?
Mais devrait-on tout de même mettre `&&` partout ?
Ou y aurait-il dans `should` quelque chose à faire pour qu'il s'arrête au premier code de sortie non vide ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4123Tester la génération de fichiers AIRR par d'autres ?2020-01-14T12:25:27+01:00Mathieu GiraudTester la génération de fichiers AIRR par d'autres ?
@flothoni : "pour !558, j'ai pris Demo-X5, lancé avec
- vidjil-algo
- igblast (web+copier/coller, à voir si possible en ligne de commande)
- MiXCR (question de noms de colonnes, ok par hack !558)
- IMGT/V-QUEST (web) avec exp...
@flothoni : "pour !558, j'ai pris Demo-X5, lancé avec
- vidjil-algo
- igblast (web+copier/coller, à voir si possible en ligne de commande)
- MiXCR (question de noms de colonnes, ok par hack !558)
- IMGT/V-QUEST (web) avec export AIRR"
Les quatre fichiers sont déjà dans !558, mais teste-t-on la génération de ces fichiers (pour être robuste à leur évolution ?) Mais est-ce à nous à tester les autres programmes ? Ou ~doc quelque part ?
Déjà lister ici les lignes de commande pour avoir ces fichiershttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4078AIRR Example Files2020-01-10T16:26:08+01:00Mathieu GiraudAIRR Example FilesFor #3673 (and more generally #3591), put 2/3 files in our test suite
- one by vidjil-algo (Demo-X5, perhaps some clones with more than 1 reads ?)
- other from other programs (first MiXCR)For #3673 (and more generally #3591), put 2/3 files in our test suite
- one by vidjil-algo (Demo-X5, perhaps some clones with more than 1 reads ?)
- other from other programs (first MiXCR)Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3940Tester sur des valeurs les distributions2019-06-21T11:35:25+02:00Mathieu GiraudTester sur des valeurs les distributionsVoir #3902Voir #3902Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3763Extraire des tests 'a' des tests 'f' dans un stage gitlab2019-04-01T11:07:01+02:00Mathieu GiraudExtraire des tests 'a' des tests 'f' dans un stage gitlabSuite à !414 (et potentiellement d'autres tests déjà existants), l'avis d'un expert en test est sollicité sur https://gitlab.inria.fr/vidjil/should/issues/27#note_175709 pour voir si ce serait une solution viable pour mieux suivre ces te...Suite à !414 (et potentiellement d'autres tests déjà existants), l'avis d'un expert en test est sollicité sur https://gitlab.inria.fr/vidjil/should/issues/27#note_175709 pour voir si ce serait une solution viable pour mieux suivre ces tests `a` comme `f`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3297Faire des cas difficiles pour les heuristiques (segmentation, filtrage) par g...2018-07-11T18:22:34+02:00Mathieu GiraudFaire des cas difficiles pour les heuristiques (segmentation, filtrage) par grainesPour #3183, #3223, #3225, ce serait bien de faire des séquences (même artificielles) qui mettraient l'heuristique de filtrage en difficulté... de la même manière qu'on a déjà beaucoup de tests sur des cas limites pour ~"cpp\-heuristic" ....Pour #3183, #3223, #3225, ce serait bien de faire des séquences (même artificielles) qui mettraient l'heuristique de filtrage en difficulté... de la même manière qu'on a déjà beaucoup de tests sur des cas limites pour ~"cpp\-heuristic" .
Cela dépend aussi fortement des graines choisies. #1364https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3206Repasser sur les tests .should en bénéficiant des nouvelles syntaxes2020-08-21T12:21:35+02:00Mathieu GiraudRepasser sur les tests .should en bénéficiant des nouvelles syntaxesEn particulier
- Viser un mode par défaut exact, ne mettre `r` et `b` que quand souhaité
- Enlever `z`
- Quand c'est possible, limiter les commandes enchaînées/pipées et voir si on ne peut pas utiliser `l` ou autre
- Rendre les tests...En particulier
- Viser un mode par défaut exact, ne mettre `r` et `b` que quand souhaité
- Enlever `z`
- Quand c'est possible, limiter les commandes enchaînées/pipées et voir si on ne peut pas utiliser `l` ou autre
- Rendre les tests plus lisibles en mettant les commandes successives sur plusieurs lignes
- Utiliser `j` (et enlever `format-json`)
En profiter pour se demander si on aimerait tester d'autres choses (y compris des fonctionnalités non encore implémentées dans `should`).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3161Vérifier le format d'IMGT2018-04-10T18:02:11+02:00Mathieu GiraudVérifier le format d'IMGTIMGT peut modifier ses APIs/csvs.
Avoir un test pour détecter si cela influence notre utilisation, si des colonnes changent.IMGT peut modifier ses APIs/csvs.
Avoir un test pour détecter si cela influence notre utilisation, si des colonnes changent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3109should: syntaxe claire pour expected / todo, bikeshedding `:`2018-04-04T08:19:44+02:00Mathieu Giraudshould: syntaxe claire pour expected / todo, bikeshedding `:`À la place de `1:` on peut mettre `f1:`, `s1:`, `e1:`. Y aurait-il d’autres modificateurs utiles ?
Pour `f` et `s`, y a-t-il des conventions (#3107 ou autres) sur coment désigner ce type de tests ?
Bikeshedding : faut-il imposer `1:`...À la place de `1:` on peut mettre `f1:`, `s1:`, `e1:`. Y aurait-il d’autres modificateurs utiles ?
Pour `f` et `s`, y a-t-il des conventions (#3107 ou autres) sur coment désigner ce type de tests ?
Bikeshedding : faut-il imposer `1:` ? Ne pourrait-on pas avoir une syntaxe avec rien ? Pas sûr du tout : on ne saurait plus distinguer les lignes avec un test ou sans test. Peut-être autoriser simplement `:` (ou `+:`) pour dire "au moins une occurrence".
Voir #3105.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3108should: bikeshedding2018-03-27T17:51:46+02:00Mathieu Giraudshould: bikeshedding`.should-get` est un peu verbeux. `.should` ? Autre chose ?
Si on fait #3107, le nom `should-to-tap` sera aussi probablement à changer. `should-testing` ? `stest` ? `shtest` (déjà pris) ? `shoutest` ?
Voir #3105`.should-get` est un peu verbeux. `.should` ? Autre chose ?
Si on fait #3107, le nom `should-to-tap` sera aussi probablement à changer. `should-testing` ? `stest` ? `shtest` (déjà pris) ? `shoutest` ?
Voir #3105https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3103Recombinaison avec ERG2018-08-30T14:51:55+02:00Thonier FlorianRecombinaison avec ERGWith the same protocole than for IKZF1 (cf #2139), some data with ERG recombination have been send to us.
I created germlines data from raw gene sequence and try the algorithm on 10 sequences.
Now, I created some should-get tests. Nee...With the same protocole than for IKZF1 (cf #2139), some data with ERG recombination have been send to us.
I created germlines data from raw gene sequence and try the algorithm on 10 sequences.
Now, I created some should-get tests. Need more examples to work correctly.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3021Avoir un fichier qui teste tous les warnings ou presque2018-06-26T10:40:27+02:00Mathieu GiraudAvoir un fichier qui teste tous les warnings ou presque#2247
Pour l’instant les warnings sont dans des should-get différents. Pourquoi pas, mais ce serait intéressant d’avoir aussi un fichier qui donnerait plusieurs clones avec chacun un warning différent, un peu dans l'esprit de `Demo-X5`....#2247
Pour l’instant les warnings sont dans des should-get différents. Pourquoi pas, mais ce serait intéressant d’avoir aussi un fichier qui donnerait plusieurs clones avec chacun un warning différent, un peu dans l'esprit de `Demo-X5`. Cela ferait une bonne ~doc pour ces wanrings.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2909Recombinaison atypique : grande insertion dans le V2018-01-19T10:04:56+01:00Mathieu GiraudRecombinaison atypique : grande insertion dans le V@Anne@Annehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2829Permutation entre nombres de délétions ?2017-11-21T16:37:18+01:00Mathieu GiraudPermutation entre nombres de délétions ?Dai aurait une séquence où Vidjil donne `V3-11 1/../14 D 0/../6 J6` alors que IMGT donne `V3-11 1/../0 D 14/../6 J6`.Dai aurait une séquence où Vidjil donne `V3-11 1/../14 D 0/../6 J6` alors que IMGT donne `V3-11 1/../0 D 14/../6 J6`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2825Coût du FineSegmenter : est-on trop généreux avec les mismatches ?2018-06-26T10:41:27+02:00Mikaël SalsonCoût du FineSegmenter : est-on trop généreux avec les mismatches ?Il y a certains cas où le nombre de mismatches, proches d'une extrémité semble important par rapport au nombre de matches.Il y a certains cas où le nombre de mismatches, proches d'une extrémité semble important par rapport au nombre de matches.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2750Blinder les tests sur les options2018-06-27T19:29:36+02:00Mathieu GiraudBlinder les tests sur les optionsAvant de faire #2732, il faudrait s'assurer que nos tests couvrent le plus d'options possibles, pour éviter des choses type #2748, ou pire sur une option réellement utilisée.
Voir aussi #1696.Avant de faire #2732, il faudrait s'assurer que nos tests couvrent le plus d'options possibles, pour éviter des choses type #2748, ou pire sur une option réellement utilisée.
Voir aussi #1696.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1971Plusieurs J à la suite : prendre le premier J2018-02-23T12:03:13+01:00Vidjil TeamPlusieurs J à la suite : prendre le premier Jcf. mail de Vincent ~"PAR-Debré" du 09/08/2016 15h13
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@magiraud @mikael-scf. mail de Vincent ~"PAR-Debré" du 09/08/2016 15h13
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@magiraud @mikael-s