vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-02T12:03:27+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2323Tests fonctionnels sur le serveur live pour détecter des incidents de prod2023-03-02T12:03:27+01:00Mathieu GiraudTests fonctionnels sur le serveur live pour détecter des incidents de prodOn en parlait il y a fort longtemps. Et il y a, dans browser/test/Makefile, un `make functional-rbx` (mais qui teste le client).
Plutôt tester des controlleurs (les tests serveur ?) en live.
cc @mikael-s @RyanHerbOn en parlait il y a fort longtemps. Et il y a, dans browser/test/Makefile, un `make functional-rbx` (mais qui teste le client).
Plutôt tester des controlleurs (les tests serveur ?) en live.
cc @mikael-s @RyanHerbThonier FlorianThonier Florian2021-01-18https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2197Étendre les tests de vitesse du client2019-09-04T19:13:40+02:00Mathieu GiraudÉtendre les tests de vitesse du clientVoir #2196. Chez moi, pas de différence notable sur ces tests avant/après !7, mais on ne teste peut-être pas ce qu'il faut.
cc @mikael-sVoir #2196. Chez moi, pas de différence notable sur ces tests avant/après !7, mais on ne teste peut-être pas ce qu'il faut.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2196Mesurer la performance du client2020-01-21T16:39:43+01:00Mathieu GiraudMesurer la performance du clientNe devrait-on pas avoir quelque part une mesure de vitesse du client ?
Cela permettrait en particulier de mieux apprécier les améliorations comme #2127 / !7.
Ah oui, Marc avait fait... `test_speed.html` qui appelle `js/test.js`, pas...Ne devrait-on pas avoir quelque part une mesure de vitesse du client ?
Cela permettrait en particulier de mieux apprécier les améliorations comme #2127 / !7.
Ah oui, Marc avait fait... `test_speed.html` qui appelle `js/test.js`, pas modifiés depuis presque 3 ans (e18b4077).
Ne marche pas actuellement (adresse DB + CGI en dur, voir si c'est juste cela ou d'autres choses).
Il pourrait être intégré à la suite de tests.
cc @tydax @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1805Tester align / cgi en test fonctionnel/intégration2023-01-25T09:40:24+01:00Vidjil TeamTester align / cgi en test fonctionnel/intégrationIl y a des soucis actuellement au CHR... mais peut-être est-ce tout simplement car on n'avait pas réinstallé align.cgi depuis longtemps ? Mais est-il vraiment testé ?
Quoique, sur rbx, /var/www/browser/cgi/align.cgi est du 6 février 2016...Il y a des soucis actuellement au CHR... mais peut-être est-ce tout simplement car on n'avait pas réinstallé align.cgi depuis longtemps ? Mais est-il vraiment testé ?
Quoique, sur rbx, /var/www/browser/cgi/align.cgi est du 6 février 2016... s'installe tout seul quand on installe vidjil ?
***
Il y a un test sur align.cgi (algo/tests/cgi-align.should-get) ce qui n'est pas très extensif mais permer de vérifier qu'il y a un truc qui tourne. Le align.cgi est automatiquement créé avec un make. Voici la règle all du Makefile dans algo :
all: $(VIDJIL) $(ALIGN_CGI) $(SIMILARITY_CGI) $(SIMILARITY_TOOL)
***
test: un peu mieux donc.
déploiement automatique : à rediscuter un de ces jours.
***
@nobodyThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1800should-vdj-to-tap.py: meilleur diff, détailler l'échec2016-11-29T14:40:46+01:00Vidjil Teamshould-vdj-to-tap.py: meilleur diff, détailler l'échecCe serait sympa d'avoir un meilleur diff (pourquoi pas coloré) entre le .should-vdj et ce que donne Vidjil (ou un autre programme). Et éventuellement des résultats à la fin du type "errors in V gene / V allele / N / ...". Et des calculs ...Ce serait sympa d'avoir un meilleur diff (pourquoi pas coloré) entre le .should-vdj et ce que donne Vidjil (ou un autre programme). Et éventuellement des résultats à la fin du type "errors in V gene / V allele / N / ...". Et des calculs plus rigolos sur le N (taille conservée...)
Mais tout cela demanderait de changer le principe actuel de should-vdj-to-tap.py: pour l'instant, on compile une regexp, c'est tout. Pour être plus flexible, on ferait tout à la main (ou bien une suite de regexps).
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1677Tests .should-vdj : couvrir tous les locus, séquences réelles2019-01-10T15:21:22+01:00Vidjil TeamTests .should-vdj : couvrir tous les locus, séquences réellesSuite à la discussion de vendredi dernier :
Dans les tests .should-vdj, si j'enlève les séquences artificielles, il reste à la louche :
TRA+D: 5 / IGK+: 3 / IGH+: 2 / TRD+: 1 / TRB+: 1
Évidemment, on a des séquences TRG comme IGH, et d'...Suite à la discussion de vendredi dernier :
Dans les tests .should-vdj, si j'enlève les séquences artificielles, il reste à la louche :
TRA+D: 5 / IGK+: 3 / IGH+: 2 / TRD+: 1 / TRB+: 1
Évidemment, on a des séquences TRG comme IGH, et d'autres, qui servent à faire du test en .should_get, mais ce serait plus robuste d'avoir plusieurs séquences "réelles" par locus pour renforcer les tests .should_vdj.
***
Je viens de creer 5 fichiers contenants chacun 3 sequences tirées d'analyse de Necker.
Il y a du TRB, TRB+, TRD, TRD+, TRG.
Par contre, avant de pusher, je me demandais si j'avais bien compris ce matin. Je laisse ma nomenclature actuelle ?
PS : en faisant la comparaison manuellement, vidjil ne trouve pas toujours la bonne nomenclature (certains cas avec des VDDJ).
***
oui, mets-les tel quels (sans noms de patients...), on va déjà voir à quoi cela ressemble.
***
070e611: des séquences fournies par Yann en février, segmentation reformalisée
***
merci Florian
***
Au fait, j'ai surement oublié de la préciser, mais dans le tas, il y a une ou deux séquences présentant un double segment D. Je crois que l'algo ne les voit pas tel quel, mais je ne sais pas si c'est des cas vraiment "particulier" ou communs. Le second induirait que l'option soit ajoutée par défaut dans germline.data.
***
Double segment D : on a une tâche "VDDJ". Cela intéresse aussi les gens de Lille, qui ont par exemple déjà eu TRDV1 9/22/0 TRDD2 4/6/0 TRDD3 2/15/1 TRDJ1
Bref, cela devrait être aussi mis dans les should_vdj.
***
Pour info, on n'a rien actuellement en IGK, IGK+ avec Intron IGL, TRA.
***
Je n'en ai pas en stock.
Je vais me renseigner voir si ici ils en ont, mais il y a des absent aujourd'hui donc j'auras une réponse demain je pense.
***
@Florian: ok. Ne t'inquiète pas, on en a ici aussi... (et, de manière générale, tous les labos ne font pas tous les locus / réarrangements.)
Bref, si de ton côté tu peux mettre une autre petite dizaine de séquences de ce que tu as déjà, cela sera très utile !
***
Je viens de rajouter 17 sequences comme la dernière fois.
Cela donne maintenant 32 sequences réelles de necker.
Sur celles ci, ils y en a 6 qui ne passent pas. 2 sont des nouveaux double DD, 3 sont difficile a arbitrer, et la derniere, je pense qu'il s'agit d'une erreur du finesegmenter. Je met plsu de détails dans la tache "un cas particulier"
***
Ce qu'il manque surtout maintenant, c'est TRA et IGL.
***
Kostas va nous envoyer du TRA.
***
@magiraud @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1664Colinéaire génome : test sur tout le génome ?2023-10-26T15:49:32+02:00Vidjil TeamColinéaire génome : test sur tout le génome ?On pourrait lancer vidjil par fenêtre sur tout le génome, voir ce qu'on récupère (même avec une e-valeur mauvaise et -t 0).
Cela fournirait des séquences fort intéressantes pour le test / pour améliorer l'algo...
***
@magiraud @mikael-sOn pourrait lancer vidjil par fenêtre sur tout le génome, voir ce qu'on récupère (même avec une e-valeur mauvaise et -t 0).
Cela fournirait des séquences fort intéressantes pour le test / pour améliorer l'algo...
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1584Makefile et make should2022-06-20T10:58:09+02:00Vidjil TeamMakefile et make shouldmake should lance un clean, parce qu'il fait -O0.
Ce "clean" est gênant quand on est en train de triturer le code / les tests.
Et au passage, "make test" global lance deux fois à la suite cette compilation (should_get, puis should-vdj)....make should lance un clean, parce qu'il fait -O0.
Ce "clean" est gênant quand on est en train de triturer le code / les tests.
Et au passage, "make test" global lance deux fois à la suite cette compilation (should_get, puis should-vdj).
- Faudrait-il définir un autre nom d'éxécutable ./vidjil-test qui serait avec -O0 ?
(mais demande à tout modifier les *should_get ?)
- Ou y-a-t-il peut-être un moyen de savoir si les flags de compil ont changé ?
- Ou, encore plus simple, on ne lance -O0 que depuis le make global, et le test/make ne touche pas à tout cela ?
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1443ajouter les tests fonctionnels dans make release_browser2017-11-18T12:29:30+01:00Vidjil Teamajouter les tests fonctionnels dans make release_browseril faut au moins doc/analysis_example... (à mettre plutôt dans data ?)
***
@nobodyil faut au moins doc/analysis_example... (à mettre plutôt dans data ?)
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/965fuse.py, autres prog python: PEP82019-08-20T11:31:19+02:00Vidjil Teamfuse.py, autres prog python: PEP8https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/886attraper toute les exceptions (=> flash message)2021-06-24T16:00:45+02:00Vidjil Teamattraper toute les exceptions (=> flash message)
***
#885
***
#885