vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-05-22T15:26:06+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2293Le contrôleur run redirige sur l'ancien contrôleur run/index2017-05-22T15:26:06+02:00Ryan HerbertLe contrôleur run redirige sur l'ancien contrôleur run/indexAprès avoir ajouté ou édité un run, la redirection qui est renvoyée pointe sur le contrôleur run/index qui n'existe plus.
cc @magiraud @mikael-s @flothoni Après avoir ajouté ou édité un run, la redirection qui est renvoyée pointe sur le contrôleur run/index qui n'existe plus.
cc @magiraud @mikael-s @flothoni Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2271`germline` ne devrait pas être une variable globale2017-04-25T14:48:40+02:00Mathieu Giraud`germline` ne devrait pas être une variable globaleEn faisant c178a5a pour #2267, je me suis rendu compte que `germline` est une variable globale.
C'est problématique.
Voir aussi #2201.
cc @mikael-s @RyanHerbEn faisant c178a5a pour #2267, je me suis rendu compte que `germline` est une variable globale.
C'est problématique.
Voir aussi #2201.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2240Fournir un module python qui sait lire, vérifier et générer des fichiers vidjil2019-06-12T11:47:19+02:00Ryan HerbertFournir un module python qui sait lire, vérifier et générer des fichiers vidjilPour encourager nos utilisateurs à développer des wrappers pour de nouveaux logiciels externes.
L'idée serait d'avoir un module qui fourni par exemple une classe Clone ainsi qu'un module capable de générer un fichier vidjil à partir d'u...Pour encourager nos utilisateurs à développer des wrappers pour de nouveaux logiciels externes.
L'idée serait d'avoir un module qui fourni par exemple une classe Clone ainsi qu'un module capable de générer un fichier vidjil à partir d'une liste d'instances de Clone.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2228Déplacer focus et hide dans model.js, et les tester2017-03-15T16:38:40+01:00Mathieu GiraudDéplacer focus et hide dans model.js, et les testerSuite à #2227.
Voir #2201.Suite à #2227.
Voir #2201.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2204clone.js: factoriser getSize() et getSize2()2023-03-02T15:36:35+01:00Mathieu Giraudclone.js: factoriser getSize() et getSize2()Et clarifier la normalisation.
cc @mikael-sEt clarifier la normalisation.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2201Ne pas avoir de variables globales sur les différentes vues2021-08-10T16:39:43+02:00Mathieu GiraudNe pas avoir de variables globales sur les différentes vuesDiscussion avec @aurelBZH, @mikael-s et @RyanHerb (en partant de #2182 et autres).
On ne devrait pas utiliser de variables globales `sp`, `segment`... pour chaque vue, mais avoir uniquement des appels au modèle.
Les `m.graph` et `m.s...Discussion avec @aurelBZH, @mikael-s et @RyanHerb (en partant de #2182 et autres).
On ne devrait pas utiliser de variables globales `sp`, `segment`... pour chaque vue, mais avoir uniquement des appels au modèle.
Les `m.graph` et `m.sp` ne sont que des hacks temporaires (on pourrait avoir zéro ou plusieurs `sp`, et le code doit fonctionner).
Parmi les pistes évoquées, les vues pourraient s'enregistrer auprès de `shortcut` et `url_obs` (et potentiellement d'autres). Plus généralement, comme les vues s'enregistrent déjà auprès du modèle, une solution pourrait d'avoir des fonctions type `m.getViews(SP)` qui renvoie une *liste* de vues d'un certain type. À réfléchir/discuter encore, pas urgent pour l'instant.
/label ~client ~"!-reflexion" ~"!-hard"
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2198patient/index et run/index sont-ils encore utiles ?2017-04-28T11:33:05+02:00Mikaël Salsonpatient/index et run/index sont-ils encore utiles ?Lors des modifications pour #2150 (cf. !8), j'ai commencé par modifié les pages index pour patient et run (fonctions `index` dans `controllers/{patient,run}.py` et les vues correspondantes). Après avoir testé je me suis rendu compte que ...Lors des modifications pour #2150 (cf. !8), j'ai commencé par modifié les pages index pour patient et run (fonctions `index` dans `controllers/{patient,run}.py` et les vues correspondantes). Après avoir testé je me suis rendu compte que ça ne se passait plus du tout là (mais en fait dans la fonction `all` de `controllers/sample_set.py`).
Ce code est-il encore utilisé quelque part ? Si non peut-on le virer ? Et peut-on virer tous les contrôleurs de ces fichiers ou juste les contrôleurs `index` ?
cc @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1559model.js et vues: updateXxx(), découpage judicieux ?2019-11-04T06:50:47+01:00Vidjil Teammodel.js et vues: updateXxx(), découpage judicieux ?La doc devrait mieux expliquer le fonctionnement de `update()` / `updateModel()` / `updateElem()` / `updateElemStyle()` / `updateStyle()` et surtout leur relation entre eux. Je ne sais pas si c'est dans chaque fonction, ou plutôt au débu...La doc devrait mieux expliquer le fonctionnement de `update()` / `updateModel()` / `updateElem()` / `updateElemStyle()` / `updateStyle()` et surtout leur relation entre eux. Je ne sais pas si c'est dans chaque fonction, ou plutôt au début de `model.js`,
J'ai par exemple du mal à comprendre pourquoi `updateModel()` est appelé par certaines fonctions.
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1522database.js: centraliser tous les appels AJAX dans une fonction commune ?2020-12-11T13:09:49+01:00Vidjil Teamdatabase.js: centraliser tous les appels AJAX dans une fonction commune ?Y a-t-il une raison pour laquel il y a plusieurs requêtes AJAX dans database.js ? Elles se ressemblent beaucoup. Ne pourrait-on pas factoriser cela dans une méthode db.call() (qui prendrait éventuellement des options de timeout ou autres...Y a-t-il une raison pour laquel il y a plusieurs requêtes AJAX dans database.js ? Elles se ressemblent beaucoup. Ne pourrait-on pas factoriser cela dans une méthode db.call() (qui prendrait éventuellement des options de timeout ou autres, et une fonction de success) ?
Cela permettrait de gérer de manière rationnelle les timeouts et d'autres trucs.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1471Axes génériques : refactor scatterplot2017-04-27T08:15:50+02:00Vidjil TeamAxes génériques : refactor scatterplotJuste pour mémoire.
Rajouter un axe d'analyse ne devrait se faire qu'à un seul endroit, et il devrait être visible dans les axes du Grid/Bar plot, dans ceux de tri de la liste, dans ceux de coloration de la liste...
Un axe peut être...Juste pour mémoire.
Rajouter un axe d'analyse ne devrait se faire qu'à un seul endroit, et il devrait être visible dans les axes du Grid/Bar plot, dans ceux de tri de la liste, dans ceux de coloration de la liste...
Un axe peut être (cela pourrait être spécifié à l'initialisation) :
- booléen (productif / pas productif) (faut-il distinguer de discret ?)
- discret (gènes V)
- numérique entier
- numérique float
(faut-il distinguer les cas entiers/float ? à priori oui pour ne pas faire n'importe quoi dans les échelles de la Grid/BarPlot) #2360
- numérique float entre 0% et 100% (faut-il distinguer ?)
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@DuezRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1385export.js : seg_box et systemPie dans des fonctions à part2017-10-23T11:33:42+02:00Vidjil Teamexport.js : seg_box et systemPie dans des fonctions à part`seg_box`, et surtout `systemPie`, devraient être dans des fonctions indépendantes que l'on devrait pouvoir appeler sur n'importe quelle donnée. Il y aura un jour d'autre pies :-)
Pour le pie, une solution serait de construire dans `s...`seg_box`, et surtout `systemPie`, devraient être dans des fonctions indépendantes que l'on devrait pouvoir appeler sur n'importe quelle donnée. Il y aura un jour d'autre pies :-)
Pour le pie, une solution serait de construire dans `systemPie()` un tableau avec tout ce qu'on a besoin (couleurs, taille), et de le passer à une fonction indépendante qui fait les `cos`/`sin`.
(Il y a sûrement plein de librairies qui font ce type de chose, mais autant rester simple sans trop se créer de dépendances.)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1209Supprimer KmerStringAffect ?2016-11-29T14:33:13+01:00Vidjil TeamSupprimer KmerStringAffect ?N'est utilisé que dans les tests
et permettrait de passer affectanalyser.h détemplarisé en .cpp
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68671cf
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@mikael-sN'est utilisé que dans les tests
et permettrait de passer affectanalyser.h détemplarisé en .cpp
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68671cf
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1183vidjil.cpp: alléger le traitement de cluster-junctions.cpp2016-11-29T14:32:53+01:00Vidjil Teamvidjil.cpp: alléger le traitement de cluster-junctions.cppÉtat actuel : les clusters faits par cluster-jonctions sont balladés partout dans vidjil.cpp, et alourdissent le code. En particulier, 1 représentative est cherché pour le cluster.
État proposé : le module cluster_jonctions est indépend...État actuel : les clusters faits par cluster-jonctions sont balladés partout dans vidjil.cpp, et alourdissent le code. En particulier, 1 représentative est cherché pour le cluster.
État proposé : le module cluster_jonctions est indépendant, son seul boulot est d'écrire dans le vidjil.data (et sur stdout ou ailleurs) quelques merge de clones. Mais 1 représentative = 1 clone de base. Cela va alléger le code.
Pour plus tard : on pourra même déporter cluster-junctions.cpp... dans une commande / prog indépendant, avec l'évaluation des distances et le calcul de la matrice, et tout cela pourrait être fait *après* fuse.py.
Mikaël, ton avis ? Marc était déjà plutôt pour.
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600ef3d~1..859aedf
bonus : une seule option -r au lieu de -r/-R
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sur 14-04/084 en TRG, les fichiers vidjil.data sont identiques par rapport à la release 2014.09
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1182Tout ce qui touche au clustalw2016-11-29T14:32:52+01:00Vidjil TeamTout ce qui touche au clustalw
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#1181
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#1181https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1181vidjil.cpp: supprimer clustalw2016-11-29T14:32:52+01:00Vidjil Teamvidjil.cpp: supprimer clustalw
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#1182
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@magiraud
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#1182
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1180vidjil.cpp : modulariser selon les différentes commandes2021-04-28T07:51:49+02:00Vidjil Teamvidjil.cpp : modulariser selon les différentes commandes
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@mikael-s
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1167Clones sans representative ?2016-11-29T14:32:40+01:00Vidjil TeamClones sans representative ?Dans vidjil.cpp, il y a du code pour gérer le cas où un clone n'a pas de representative.
Est-ce que cela arrive vraiment ? Est-ce que dans le pire des cas, la representative ne devrait pas être la window ?
Faire aussi un .should_get ou u...Dans vidjil.cpp, il y a du code pour gérer le cas où un clone n'a pas de representative.
Est-ce que cela arrive vraiment ? Est-ce que dans le pire des cas, la representative ne devrait pas être la window ?
Faire aussi un .should_get ou un test sur un cas limite.
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d54bc1e oui la représentative sort au moins la window
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14b16e9 : qui eut cru que -r 2000 ne fonctionnait pas ?
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f2450b0
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1082model.js devrait faire moins de 2000 lignes :)2016-11-29T14:31:35+01:00Vidjil Teammodel.js devrait faire moins de 2000 lignes :)
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@Duez
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@Duez