vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-05-27T07:33:07+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4306benchmark-releases.py: isoler ce qui est spécifique à vidjil-algo2020-05-27T07:33:07+02:00Mathieu Giraudbenchmark-releases.py: isoler ce qui est spécifique à vidjil-algohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4147Simplifier scatterplot+graph en extrayant des choses indépendantes, pour les ...2020-01-21T17:03:42+01:00Mathieu GiraudSimplifier scatterplot+graph en extrayant des choses indépendantes, pour les paramètresSuggestion de @duez (en parlant de !565)
Voir aussi #2245.Suggestion de @duez (en parlant de !565)
Voir aussi #2245.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4114axes: refactor GermlineAxis, et plus généralement refactor des axes2020-01-22T15:20:37+01:00Mathieu Giraudaxes: refactor GermlineAxis, et plus généralement refactor des axes@duez est en train de travailler@duez est en train de travaillermarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4111Template pour créer les clones dans le client2019-12-19T14:09:36+01:00Mathieu GiraudTemplate pour créer les clones dans le client@duez veut faires des templates pour simplifier l'initialisation et avoir moins de `createElement*` et `addChild*`. Peut-être ~"client-speed", mais surtout plus propre !@duez veut faires des templates pour simplifier l'initialisation et avoir moins de `createElement*` et `addChild*`. Peut-être ~"client-speed", mais surtout plus propre !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4108À quoi sert la relance du KmerMultiSegmenter avec -c clones ?2019-12-16T07:18:35+01:00Mathieu GiraudÀ quoi sert la relance du KmerMultiSegmenter avec -c clones ?Back to 2015.
- "Re-launch KmerMultiSegmenter for debug purposes", au milieu de choses pour l'export json 2315f3055
- puis e-value 4a87b4eb4
- multiplieur 000a7728d
Aujourd'hui, le `kseg` venant de cette relance est bien utilisé (sur...Back to 2015.
- "Re-launch KmerMultiSegmenter for debug purposes", au milieu de choses pour l'export json 2315f3055
- puis e-value 4a87b4eb4
- multiplieur 000a7728d
Aujourd'hui, le `kseg` venant de cette relance est bien utilisé (sur les 100 clones) pour remplir le json (donc ce n'est pas du ~"dev-dead-code")... et je crois me souvenir que c'est parce que on ne stocke pas tous les `KmerSegmenter` lors de la première passe (~"cpp-mem").
... mais j'ai l'impression que cette relance n'est pas utilisé pour le Fine suivant (qui se base sur `segmented_germline = windowsStorage->getGermline();` venant du premier lancement). Bref, le `kseg` relancé sert-il uniquement à remplir le json (quoi exactement), et est-il indispensable ? (Ah si, affects ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4096Modulariser le conf.js (vues ou autres)2019-12-10T13:51:47+01:00Mathieu GiraudModulariser le conf.js (vues ou autres)
Proposition de @duez: par défaut un seul fichier de conf, fichiers séparés possibles et/ou
plus hiérarchisé.
Voir aussi lien avec add-ons persos.
Proposition de @duez: par défaut un seul fichier de conf, fichiers séparés possibles et/ou
plus hiérarchisé.
Voir aussi lien avec add-ons persos.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4084Simplifier les smartUpdate()2019-12-04T15:35:20+01:00Mathieu GiraudSimplifier les smartUpdate()@duez : "les trois fonctions, il pourrait y en avoir déjà deux. Demande du ~"dev-refactor" à plusieurs endroits"@duez : "les trois fonctions, il pourrait y en avoir déjà deux. Demande du ~"dev-refactor" à plusieurs endroits"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4074Indépendance vue/modèle : des vues vont taper dans d'autres vues2019-11-29T16:45:04+01:00Mikaël SalsonIndépendance vue/modèle : des vues vont taper dans d'autres vues@duez a relevé certaines dépendances entre les URL et le scatterplot (pour connaître les axes en cours). On devrait avoir une indépendance totale et repasser par le modèle à chaque fois.@duez a relevé certaines dépendances entre les URL et le scatterplot (pour connaître les axes en cours). On devrait avoir une indépendance totale et repasser par le modèle à chaque fois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4000updateStats(): dans model.js ?2019-10-08T11:39:29+02:00Mathieu GiraudupdateStats(): dans model.js ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3956un clone ajouté manuellement passe à 100k reads si clusterisé2019-07-23T11:54:29+02:00Thonier Florianun clone ajouté manuellement passe à 100k reads si clusteriséJe suis parti du demo X5 100, j'ai selectionné le clone `TRDV1 2/7/2 D2 0/CGT/0 D3 3/CTCGGG/0 J1`, copié la séquence
et ajouté manuellement. Pas de souci, sauf si on fait un cluster avec un autre clone (ici l'original).
La taille est f...Je suis parti du demo X5 100, j'ai selectionné le clone `TRDV1 2/7/2 D2 0/CGT/0 D3 3/CTCGGG/0 J1`, copié la séquence
et ajouté manuellement. Pas de souci, sauf si on fait un cluster avec un autre clone (ici l'original).
La taille est fixé à 100k lors de son ajout (variable SIZE_MANUALLY_ADDED_CLONE dans model.js). Dans le scatter, on ne tient pas compte de cette taille car le clone est déclaré non quantifiable, et il y a un hack dessus. MAis en cas de clusteristaion, ce paramètre n'est plus valable, et on a un clone dont la taille est 100k qui vient ecrasé l'analyse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3953Refactor repseq_vdj2019-07-11T20:03:10+02:00Mathieu GiraudRefactor repseq_vdjEn voyant ce qu'on a fait dans !493 / !495.
Ok, on a une classe `Result` dont dérivent des classes.
Mais on devrait probablement avoir aussi une classe `Parser` dont dérivent les autres, et une fonction de conversion générique qui pren...En voyant ce qu'on a fait dans !493 / !495.
Ok, on a une classe `Result` dont dérivent des classes.
Mais on devrait probablement avoir aussi une classe `Parser` dont dérivent les autres, et une fonction de conversion générique qui prend en argument le format et envoie dans le bon parser. Et au passage, déplacer cela dans `tools/`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3942override_rep5_rep3 ne devrait pas changer temporairement un objet2019-07-08T10:37:40+02:00Mathieu Giraudoverride_rep5_rep3 ne devrait pas changer temporairement un objetVu avec @mikael-s
`override` était un hack pour `xxx`, mais si cela devient la méthode principale !410, il faut revoir les objets.
On devrait pouvoir renvoyer une germline #3584 sans cela.
Appelé uniquement au début de `FineSegment...Vu avec @mikael-s
`override` était un hack pour `xxx`, mais si cela devient la méthode principale !410, il faut revoir les objets.
On devrait pouvoir renvoyer une germline #3584 sans cela.
Appelé uniquement au début de `FineSegmenter`, à remplacer par un `get_germline_from_labels`, et ensuite on utilise ce `Germline` pour le reste du `FineSegmenter`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3739Retirer les `using namespace std`2019-02-14T22:15:55+01:00Mathieu GiraudRetirer les `using namespace std`Vu par #3738.
https://stackoverflow.com/questions/1452721/why-is-using-namespace-std-considered-bad-practice
https://www.geeksforgeeks.org/using-namespace-std-considered-bad-practice/Vu par #3738.
https://stackoverflow.com/questions/1452721/why-is-using-namespace-std-considered-bad-practice
https://www.geeksforgeeks.org/using-namespace-std-considered-bad-practice/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3736FineSegmenter et séquences revcomp ?2020-05-28T12:09:12+02:00Mathieu GiraudFineSegmenter et séquences revcomp ?Le `FineSegmenter` est bien capable de recevoir des séquences dans un sens ou dans l'autre (et cela doit être testé, #2259). Mais le traitement "`reversed` ou pas" me semble finalement assez externe au `FineSegmenter` (notamment avec `se...Le `FineSegmenter` est bien capable de recevoir des séquences dans un sens ou dans l'autre (et cela doit être testé, #2259). Mais le traitement "`reversed` ou pas" me semble finalement assez externe au `FineSegmenter` (notamment avec `sequence_or_rc = revcomp(sequence, reversed);`)...
Peut-être qu'un ~"dev\-refactor" permettrait de séparer cela avec
- un `FineSegmenter` qui ne traite que des séquences dans le bon sens
- un wrapper qui fonctionne pour les deux senshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3727Utilisation de getS() ou de la graîne avec Aho-Corasick2019-02-28T20:52:32+01:00Mikaël SalsonUtilisation de getS() ou de la graîne avec Aho-CorasickDans plusieurs endroits du code, notamment `KmerAffectAnalyser::getMaximum`, on utilise le span de la graîne. Or cette graîne peut être différente selon les germlines et selon le gène étudié. Ce n'est pas un problème dans !78 car on a u...Dans plusieurs endroits du code, notamment `KmerAffectAnalyser::getMaximum`, on utilise le span de la graîne. Or cette graîne peut être différente selon les germlines et selon le gène étudié. Ce n'est pas un problème dans !78 car on a un automate par germline et les graînes ne sont pas encore différenciées selon le gène. Mais cela pourrait poser problème plus tard (ou à d'autres endroits du code), notamment avec #1169.Heuristique 2.0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3725Savoir si une germline est incomplète ou pas ?2019-02-12T14:03:15+01:00Mathieu GiraudSavoir si une germline est incomplète ou pas ?Il y a des occurrences de `code.find("+")` dans `core/germlines.cpp` et dans `core/segment.cpp` (et 5bc753ee).
Avoir explicitement un attribut `Germlines.regular` ?
Voir vieille tâche #2153 ? Dépassé par #1169 voire #3377 ?Il y a des occurrences de `code.find("+")` dans `core/germlines.cpp` et dans `core/segment.cpp` (et 5bc753ee).
Avoir explicitement un attribut `Germlines.regular` ?
Voir vieille tâche #2153 ? Dépassé par #1169 voire #3377 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3593Moins de json dans Sample/CloneOutput ?2018-10-24T16:25:25+02:00Mathieu GiraudMoins de json dans Sample/CloneOutput ?Prend la suite de #3358.
Voir en particulier https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3358#note_124650 et https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3358#note_124819.Prend la suite de #3358.
Voir en particulier https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3358#note_124650 et https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3358#note_124819.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3592stdout / .vdj.fa comme sous-classe de CloneOutput()2019-03-14T16:12:52+01:00Mathieu Giraudstdout / .vdj.fa comme sous-classe de CloneOutput()Voir #3566.Voir #3566.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3570Sous-classer SampleOutputAIRR() depuis un SampleOutputCSV()2018-10-24T16:16:47+02:00Mathieu GiraudSous-classer SampleOutputAIRR() depuis un SampleOutputCSV()Suite à #3358.Suite à #3358.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3567should_results_from_vidjil() pourrait utiliser le .vidjil ou bien le .tsv2018-10-17T16:04:31+02:00Mathieu Giraudshould_results_from_vidjil() pourrait utiliser le .vidjil ou bien le .tsvActuellement, should_results_from_vidjil, utilisé par ~"dev\-tests\-curated\-vdj", prend ses infos dans le header fasta qui est faiblement structuré #3566.
Lui faire prendre les infos dans le .vidjil ?Actuellement, should_results_from_vidjil, utilisé par ~"dev\-tests\-curated\-vdj", prend ses infos dans le header fasta qui est faiblement structuré #3566.
Lui faire prendre les infos dans le .vidjil ?