vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-01T16:49:30+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2569Intégrer IGREC / VJ Finder ?2023-03-01T16:49:30+01:00Mathieu GiraudIntégrer IGREC / VJ Finder ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2443Updated ERIC recommendations2023-03-28T16:20:07+02:00Mathieu GiraudUpdated ERIC recommendationsTransmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.1...Transmis par Stéphanie ~"LIL-Lille" :
Rosenquist et al., [Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5508071/), doi:10.1038/leu.2017.125
Quelles sont les recommandations ? A-t-on des choses à implémenter/corriger dans le ~"client-segmenter" ?
cc @flothoniWeb 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2240Fournir un module python qui sait lire, vérifier et générer des fichiers vidjil2019-06-12T11:47:19+02:00Ryan HerbertFournir un module python qui sait lire, vérifier et générer des fichiers vidjilPour encourager nos utilisateurs à développer des wrappers pour de nouveaux logiciels externes.
L'idée serait d'avoir un module qui fourni par exemple une classe Clone ainsi qu'un module capable de générer un fichier vidjil à partir d'u...Pour encourager nos utilisateurs à développer des wrappers pour de nouveaux logiciels externes.
L'idée serait d'avoir un module qui fourni par exemple une classe Clone ainsi qu'un module capable de générer un fichier vidjil à partir d'une liste d'instances de Clone.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1992app/analyze: exposer/documenter une API2023-03-28T16:21:00+02:00Vidjil Teamapp/analyze: exposer/documenter une APIShugay et d'autres seraient contents de pouvoir utiliser cela.
(Mais attention, pour l'instant bloquant pour le reste du serveur ?)
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@nobodyShugay et d'autres seraient contents de pouvoir utiliser cela.
(Mais attention, pour l'instant bloquant pour le reste du serveur ?)
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@nobodyWeb 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1697Mettre les séquences de Gary en .should-vdj2016-11-29T14:39:36+01:00Vidjil TeamMettre les séquences de Gary en .should-vdjavec le format should-vdj
Garry (?) était prêt à nous faire du .should-vdj.
garry.wright@ nhs (?)
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Fait.
Gary Wright <gary.wright@gosh.nhs.uk>.
Il attend qu'on le relance par email après EC-NGS.
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Gary m'a dit bonjour au repas. Il...avec le format should-vdj
Garry (?) était prêt à nous faire du .should-vdj.
garry.wright@ nhs (?)
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Fait.
Gary Wright <gary.wright@gosh.nhs.uk>.
Il attend qu'on le relance par email après EC-NGS.
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Gary m'a dit bonjour au repas. Il envoie bientôt des séquences (mais m'a demandé si on veut les recombinaisons, je ne sais pas s'il a bien compris notre message).
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Le relancer si pas de nouvelles dans quelques temps
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Relancé 3 février.
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@nobody @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1678Tests .should-vdj: format ?2017-07-10T17:01:50+02:00Vidjil TeamTests .should-vdj: format ?On a pour l'instant ces deux formats :
TRBV6-1 7/0/12 TRBD2 1/8/2 TRBJ2-7 TRDV2*02_14/TCCCGGCCT/0_TRDD3*01_3/CCACGGC/4_TRAJ29*01__TRA+D
ou bien :
TRDD2*01_18//4_TRAJ29*01__TRA+D commentaire seq15
Il faut trouver un bon format qui convie...On a pour l'instant ces deux formats :
TRBV6-1 7/0/12 TRBD2 1/8/2 TRBJ2-7 TRDV2*02_14/TCCCGGCCT/0_TRDD3*01_3/CCACGGC/4_TRAJ29*01__TRA+D
ou bien :
TRDD2*01_18//4_TRAJ29*01__TRA+D commentaire seq15
Il faut trouver un bon format qui conviennent à tous.
- espace ou _ ?
espace plus naturel, mais comment savoir où l'on s'arrête ? (surtout si commentaire derrière)
'#' pour commentaires ?
- On avait des tests uniquement sur le locus. Pour l'instant "__" + locus. Comment faire ? [TRG] ?
- Accepter à la fois 4/ACT/0 et 4/3/0 ?
- Accepter à la fois TRDD2 et TRDD2*01 ? Le '*' dit qu'il y a un allèle ensuite ?
Problème si pas l'allèle: à quoi fait référence la délétion ?
-> *01 par convention (YF/AC ne savent pas vraiment, mais il faut bien qu'on décide quelque chose)
TRGV4 1/3/4 TRGJ2 -> TRGV4{soit rien, soit *..} 1/{soit 3, soit [ACGT]^3}/4 TRGJ2{soit rien, soit *..}
- Accepte-t-on à la fois TRGV4 et TRGV04 ?
Cela devient lourd, proposition: se limiter à la nomenclature IMGT
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Le moins que l'on puisse dire, c'est que ce n'est pas clair.
Le format que j'ai donnée, c'est ce qur j'ai impossé comme transformation car popur rappel, toutes les annotations sanger sont faites a la main, avec du copié/collé des séquence et recherche sur IMGT.
A terme, maintenant que des outils efficaces axistent, les annotatons vont peu à peu se conformer à l'outil utilisé (vidijl ou IMGT, si il y a un standard ...).
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Mon avis, c'est qu'il peux être interressant de pouvoir switcher entre 4/AGG/3 et 4/3/3. c'est parfois plus parlant.
-Les alleles sont interessantes a conservé. Nous ne les avions pas car apperment les technicienne du lab ne les notait pas ici.
-Pour les alleles toujours, si encore certains étaient sureprésenté (genre 90% du temps) on pourrait se permettre de ne pas forcer son indication, mais je ne pense pas que ce soit le cas ... Donc il a son intérêt.
- Pour le 4 ou le 04, il faudrait voir comment c'est noté dans imgt pour faciliter l'utilisation par l'user des différents outils.
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ok.
Allèles : il s'agit bien de donner la possibilité de soit les avoir, soit ne pas les avoir, en fonction de qui fait le fichier .should-vdj.fa et des pratiques des uns ou des autres.
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9c7a029
On accepte ainsi 4/AGG/3 et 4/3/3, tout comme TRDD2 et TRDD2*01.
make shouldvdj -> déjà 3 séquences sur les 15 de Florian passent, on est sur la bonne voie :-)
Florian, d'où viennent les nomenclatures telles que TRGJ1-1 et TRBD2-2 que tu utilises ?
Dans IMGT, c'est TRGJ1*01 TRBD2*02 (ici c'est bien un allèle),
à la différence de IGHV3-11 qui est bien un gène (si on veut l'allèle, c'est IGHV3-11*01)
Peut-être vaudrait-il mieux se conforter à l'usage IMGT ?
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Je viens de verifier les séquences et d'en corriger certaines (pour lesquelles vidjil avait effectivement raison) et d'autre dont la nomenclature pechaient.
Il ne reste que trois erreurs, 2 dd2-DD3 non vu tel quel, et un cas difficile a arbitrer (enfin je prefererais avoir votre avis, cf fichier joint).
Il y a dans le cas de vidjil à la fois des insertions/déletions et mutations. Mais en même temps ,il y a un fragment de 6 nt qui colle après ça ...
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e54b4f7 : on peut mettre "TODO" sur un .should-vdj (on sait qu'il loupe, mais les tests passent)
4c1bd7b : mis sur les trois tests en question de Florian
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@magiraud @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1578Documenter le format should-vdj2016-11-29T14:38:09+01:00Vidjil TeamDocumenter le format should-vdjGarry (?) était prêt à nous faire du .should-vdj.
garry.wright@ nhs (?)
Stabiliser le format (peut-être en rediscuter avant avec Yann), et lui envoyer une doc.
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Yann met des - devant le nombre de délétions et ne spécifie pas la séque...Garry (?) était prêt à nous faire du .should-vdj.
garry.wright@ nhs (?)
Stabiliser le format (peut-être en rediscuter avant avec Yann), et lui envoyer une doc.
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Yann met des - devant le nombre de délétions et ne spécifie pas la séquence nucléotidique des insertions du coup plutôt que d'avoir >TRDV2*02_14/TCCCGGCCT/0_TRDD3*01_3/CCACGGC/4_TRAJ29*01__VdJa (should-vdj), Yann donnerait >TRDV2*02 -14/9/-0_TRDD3*01_-3/7/-4_TRAJ29*01__VdJa
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Pfff, c'est pas très beau, les "-"... mais bon, on peut être souple et les enlever si besoin. Idem pour transformer les " " en "_".
Les deux espaces " " ou "__" sont un peu limite, on devrait être indépendant par rapport à cela. Mettre un symbole en plus, type @TRB ? (Ce qui permet vraiment de virer les "_" et de mettre un nombre quelconque de " ").
Ou rien du tout et on se débrouille pour parser derrière ?
On devrait aussi être flexible et accepter aussi bien 3/CCACGGC/4 (forme préférée) que 3/7/4.
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On a un beau format, on pourrait le documenter. Cela irait parfaitement avec la release 2015.10.
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1178API pour lancer le browser en chargeant un .data2016-11-29T14:32:49+01:00Vidjil TeamAPI pour lancer le browser en chargeant un .dataNos nouveaux amis de Galaxy veulent pouvoir lancer le browser en donnant un .data dans le même répertoire que index.html.
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merci Marc !
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.data
ou bien
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=http://...Nos nouveaux amis de Galaxy veulent pouvoir lancer le browser en donnant un .data dans le même répertoire que index.html.
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merci Marc !
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.data
ou bien
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=http://rbx.vidjil.org/browser/test.data
marche chez moi sous Chrome, Safari
mais pas Firefox ??
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The server hosting the data file must accept Cross-Domain queries.
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Est-ce qu'on ne peut pas exécuter du code arbitraire en passant un fichier de code ou en passant un fichier mal formé ?
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mail à David Van Zessen + Andrew Stubbs
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1176Algo: mode "filter"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamAlgo: mode "filter"Qui sera presque notre mode principal.
On prend un fasta, on renvoie un fasta.
***
Intéressés :
- Galaxy
- ... et peut-être même IMGT... évoqué avec VG : un filtre pour lancer avant (High)VQ ? Rêvons. #1442
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`out/...Qui sera presque notre mode principal.
On prend un fasta, on renvoie un fasta.
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Intéressés :
- Galaxy
- ... et peut-être même IMGT... évoqué avec VG : un filtre pour lancer avant (High)VQ ? Rêvons. #1442
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`out/clones.vdj.fa` est déjà presque ce qu'on veut, sauf qu'il y a le FineSegmenter et pas tout
***
`/vidjil -G germline/TRG ~/vdj/data/runs/12-09/Lec_10-5.cut_100000.fa -r 1`
À chaque fois, les 12000 windows toujours sorties, et pas de SimilarityMatrix
```
& 20 clones & 1000 clones & tous les 12000
representative + finesegmenter & 7,0 s & 54s & :-)
representative & 1,5 s & 2,1s & 6,3s
representative + out all windows & 2,1 s & 3,3s & 6,3s
```
Q: Est-ce que cela vaut la peine de lancer representative sur tous les 12000 windows ? En gros 2x plus lent.
Pour la MRD, inutile, la representative suffit.
On peut s'arrêter à 100 ou 1000 représentatives par défaut, avec option pour en avoir plus (par défaut, vidjil doit aller vite)
Et c'est presque transparent : dans le fichier de sortie on aura :
```
>clone-099----0000015--0.0604%--BF7RV:268:1192--1-[20,160]
GTGGAGGCAAGAAAGAATTCTCAAACTCTCACTTCAATCCTTACCATCAAGTCCGTAGAGAAAGAAGACATGGCCGTTTACTACTGTGCTGCGTGGGATCCTCCCGACTTATTATAAGAAACTCTTTGGCAGTGGAACAAC
>clone-100----0000015--0.0604%--BF7RV:101:1096--1-[0,143]
GTTGTTCCACTGCCAAAGAGTTTCTTATAATAATGGAGATCCCACGCAGCACAGTAGTAAACGGCCATGTCTTCTTTCTCTACGGACTTGATGGTAAGGATTGAAGTGAGAGTTTGAGAATTCTTTCTTGCCTCCACTTTGTTG
>clone-101----0000015--0.0604%--window
CCGTTTACTACTGTGCTGCGTACCACTGGTTGGTTCAAGA
>clone-102----0000015--0.0604%--window
ACTGTGCTGCGTGGGATTATAAACCACTGGTTGGTTCAAG
```
***
739a4e3
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1172IMGT API: récupérer directement en .csv, intégrer des résultats au segmenter2016-11-29T14:32:44+01:00Vidjil TeamIMGT API: récupérer directement en .csv, intégrer des résultats au segmenterRévolution à Montpellier : pourraient-ils avoir une API ? Pour V-QUEST ?
Véronique nous conseille de demander par mail à elle + MPL + Patrice Duroux
(PD : 3D, adminsys pour tout IMGT)
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Peut-être leur faire coucou par mail cette semai...Révolution à Montpellier : pourraient-ils avoir une API ? Pour V-QUEST ?
Véronique nous conseille de demander par mail à elle + MPL + Patrice Duroux
(PD : 3D, adminsys pour tout IMGT)
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Peut-être leur faire coucou par mail cette semaine, avant que Marc n'aille les voir ?
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ok, mail envoyé, à voir si on a des nouvelles mardi ou plus tard...
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il n'étaient pas prêt à faire un POST, le formulaire leur va très bien...
En rediscuter dans longtemps, disons 6 mois.
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Confirmé, Véronique fait cela en mai (mais tjs formulaire)
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IMGT relancé vendredi 12 juin
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"Ce sera pour la prochaine version d'IMGT/V-QUEST".
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C'est à nous de le faire... au minimum, répondre...
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Ce serait bien d'avoir avancé là-dessus avant EC-NGS, où on va forcément les voir...
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mail avant EC-NGS, Ryan pourrait s'y mettre en novembre ?
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Pour fin novembre (cf mail IMGT)
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-> François nov/déc
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Libby/Fred hier soir soutiennent complètement ce point.
IMGT et Vidjil sont complémentaires.
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On fera un mail à IMGT lorsque François aura un truc fonctionnel.
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Yeah.
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@RyanHerb