vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-14T10:49:13+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2875Qualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)2024-02-14T10:49:13+01:00Mikaël SalsonQualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)Avoir l'information pour chaque échantillon uploadé (% de reads mergés, % de reads analysés…).
En lien avec #1362 et #2235.
Avoir l'information pour chaque échantillon uploadé (% de reads mergés, % de reads analysés…).
En lien avec #1362 et #2235.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2820Détecter les primers dimers2023-06-28T18:28:32+02:00Mathieu GiraudDétecter les primers dimersMentionné par Aurélie ~"PAR-Debré" : les nouvelles amorces ~"ec-ngs" génèrent plus de dimers.
À controller.Mentionné par Aurélie ~"PAR-Debré" : les nouvelles amorces ~"ec-ngs" génèrent plus de dimers.
À controller.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5137Error of update on warings view2023-05-10T11:56:21+02:00THONIER FlorianError of update on warings viewA little mistake make the number of warnings for each sample not updated on the client.
Need an hotfixA little mistake make the number of warnings for each sample not updated on the client.
Need an hotfixhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5123Warning view; Ugly display on chrome2023-03-28T16:14:38+02:00THONIER FlorianWarning view; Ugly display on chromeWhile I was testing to take screenshot for documentation, I found that warning view is not similar that the view on firefox.
![Screenshot_20230228_102853](/uploads/7e5eff9708e63deadfb4961ff384b425/Screenshot_20230228_102853.png)While I was testing to take screenshot for documentation, I found that warning view is not similar that the view on firefox.
![Screenshot_20230228_102853](/uploads/7e5eff9708e63deadfb4961ff384b425/Screenshot_20230228_102853.png)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5118Warnings view; unknown warnings are not shown2023-03-28T16:00:55+02:00THONIER FlorianWarnings view; unknown warnings are not shownIf I open a file from Nantes with warnings from their scripts, their are not shown in the warnings view.If I open a file from Nantes with warnings from their scripts, their are not shown in the warnings view.Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4165Nouvelle vue pour l'affichage des warnings2023-01-13T16:47:09+01:00Mikaël SalsonNouvelle vue pour l'affichage des warningsUne manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste ...Une manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste des clones concernés (dans une sorte de segmenteur ?). Parmi le lot de warnings, l'utilisatrice peut ainsi voir rapidement lesquels lui semblent les plus pertinents.
On n'aurait plus besoin d'inonder l'interface de petits :warning:, on pourrait se contenter d'afficher ceux vraiment importants. Et, dans le menu par exemple, on pourrait avoir une icône indiquant le nombre de warnings total, cliquer dessus permettrait d'accéder au panneau que je propose.Web 2022.122021-05-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5102Fuse, bad merge of sample warnings2023-01-12T15:31:57+01:00Thonier FlorianFuse, bad merge of sample warningsWarnings of sample is not correctly design. We are not able to reasign these warnings to the correct sample.
On the client side, we don't show these values for the moment.
Need to be improve on the both side
* [ ] Better merge of war...Warnings of sample is not correctly design. We are not able to reasign these warnings to the correct sample.
On the client side, we don't show these values for the moment.
Need to be improve on the both side
* [ ] Better merge of warn (include sample position related to warning)
* [ ] Show warnings on the client ==> #5103https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4444Filtrage des warnings2022-10-21T11:35:39+02:00Mathieu GiraudFiltrage des warningsÉvoqué la semaine dernière, probablement fait partie de #4165
Je peux décider d'un coup que je veux ignorer W65: ensuite, tous ces warnings sont ignorés sur les clones/la nouvelle vue.Évoqué la semaine dernière, probablement fait partie de #4165
Je peux décider d'un coup que je veux ignorer W65: ensuite, tous ces warnings sont ignorés sur les clones/la nouvelle vue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5071Lever un nouveau warning si mutation seulement dans les primers ?2022-10-04T16:32:42+02:00Mathieu GiraudLever un nouveau warning si mutation seulement dans les primers ?@flothoni : "ce serait une fonction au retour du calcul des primers"@flothoni : "ce serait une fonction au retour du calcul des primers"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4651Warning quand des programmes différents donnent des estimations différentes d...2022-01-05T16:20:03+01:00Mathieu GiraudWarning quand des programmes différents donnent des estimations différentes de productivitéDisucté avec @flothoni : pour contourner ou au moins prendre en compte #2526, on pourrait avoir un warning quand on a deux estimations de productivité différentes.Disucté avec @flothoni : pour contourner ou au moins prendre en compte #2526, on pourrait avoir un warning quand on a deux estimations de productivité différentes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3334Stéréotypie CDR3 à un subset connu2021-11-19T11:06:56+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3 à un subset connuCas particulier de #3906.Cas particulier de #3906.CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1669Adapters Illumina2021-11-16T16:02:35+01:00Vidjil TeamAdapters IlluminaEnviron un tiers des fichiers `*.gz` dans `/mnt/upload` contiennent au moins 1000 reads avec exactement l'adaptateur Ilumina après index (25 bp) : `ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG`
Ce n'est pas un bug de notre côté mais de nos utilisateurs.......Environ un tiers des fichiers `*.gz` dans `/mnt/upload` contiennent au moins 1000 reads avec exactement l'adaptateur Ilumina après index (25 bp) : `ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG`
Ce n'est pas un bug de notre côté mais de nos utilisateurs....
https://support.illumina.com/downloads/illumina-customer-sequence-letter.html
https://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/experiment-design/illumina-customer-sequence-letter.pdf
Outils pour enlever adaptateurs : http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
***
Pourquoi ces adaptateurs sont là ?
Dans Vidjil, faire un warning s'il y a beaucoup d'adaptateurs ? #2247
Faire un traitement spécifique avec une cause de non-segmentation ? (d'un autre côté, on peut segmenter si la séquence est propre ensuite...)
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Dans le git bonsai, `vdj/seq/adapters.fa`
***
@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4881Spam de initMenu sur app2021-10-20T18:15:33+02:00Thonier FlorianSpam de initMenu sur appLorsque l'on ouvre la page app (ou même un localhost), nous avons un warning "Files are not available".
Ce message provient de la fonction initMenu de `menu.js`. On cherche a charger des fichiers, mais sur app ce n'est pas paramétré. On...Lorsque l'on ouvre la page app (ou même un localhost), nous avons un warning "Files are not available".
Ce message provient de la fonction initMenu de `menu.js`. On cherche a charger des fichiers, mais sur app ce n'est pas paramétré. On a donc cette erreur fictive qui s'affiche à charque chargement de page.
Je pense que l'on doit reparamètrer app pour ne pas chercher a afficher ces fichiers, et donc ne plus lever d'erreurs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4849pre-process et warnings json : utiliser le même format que vidjil-algo et war...2021-09-17T16:57:50+02:00Mathieu Giraudpre-process et warnings json : utiliser le même format que vidjil-algo et warnings.mdhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4425Vidjil-algo : les warnings sont affichés y compris pour des clones qui ne son...2021-04-28T14:38:32+02:00Mikaël SalsonVidjil-algo : les warnings sont affichés y compris pour des clones qui ne sont pas affichésEn lançant :
`./vidjil-algo -r 1 -g germline demo/LIL-L4.fastq.gz`
on obtient (depuis !711 ?) à la fin de nombreuses lignes consécutives :
```
[warning] (W50) Short or shifted window
```
Or on ne sait pas ce que ça veut dire puisque ...En lançant :
`./vidjil-algo -r 1 -g germline demo/LIL-L4.fastq.gz`
on obtient (depuis !711 ?) à la fin de nombreuses lignes consécutives :
```
[warning] (W50) Short or shifted window
```
Or on ne sait pas ce que ça veut dire puisque les clones ne sont plus affichés. Donc n'afficher ces warnings sur la sortie standard que si le clone lui-même est affiché.Algo 2022.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4701Non-productif + warning quand le motif {WP}GxG n'est pas présent2021-04-14T17:49:49+02:00Mathieu GiraudNon-productif + warning quand le motif {WP}GxG n'est pas présentTrès lié à la discussion de #4006.
Warning qui aiderait à comprendre les différences d'évaluation #4651.Très lié à la discussion de #4006.
Warning qui aiderait à comprendre les différences d'évaluation #4651.Algo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4753Warning s'affiche sur un coverage faible alors que ce n'est pas le coverage p...2021-04-08T18:56:34+02:00Mikaël SalsonWarning s'affiche sur un coverage faible alors que ce n'est pas le coverage pris par fuseSur un sample set avec plusieurs échantillons, dans l'un des échantillons le clone principal a un coverage faible. Du coup le warning est affiché alors que ce n'est pas la séquence consensus prise par le fuse. Le warning induit ici en er...Sur un sample set avec plusieurs échantillons, dans l'un des échantillons le clone principal a un coverage faible. Du coup le warning est affiché alors que ce n'est pas la séquence consensus prise par le fuse. Le warning induit ici en erreur.
https://app.vidjil.org/31213-2?clone=0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4049Améliorer le signal/bruit sur les warnings, warnings pertinents2021-03-17T16:16:42+01:00Mathieu GiraudAméliorer le signal/bruit sur les warnings, warnings pertinentsAurélie ~"LIL-Lille" : "Trops de warnings actuellement, on ne regarde plus".
Voir aussi #4032.
Sur combien de clones avons-nous de warnings sur des jeux récents ?
cc @duezAurélie ~"LIL-Lille" : "Trops de warnings actuellement, on ne regarde plus".
Voir aussi #4032.
Sur combien de clones avons-nous de warnings sur des jeux récents ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4578Warnings, avoir un nouveau warning si un clone a plusieurs productivité sur d...2021-02-23T10:33:35+01:00Thonier FlorianWarnings, avoir un nouveau warning si un clone a plusieurs productivité sur différents samplesEn lien avec #4566. Nous avons d'autre cas pour lequel c'est la productivité qui varie.
D'une manière générale, quels sont les champs pour lesquels nous devons lever une alerte ? Quel niveau ? Pour l'instant j'ai mis `warn/jaune`, mais...En lien avec #4566. Nous avons d'autre cas pour lequel c'est la productivité qui varie.
D'une manière générale, quels sont les champs pour lesquels nous devons lever une alerte ? Quel niveau ? Pour l'instant j'ai mis `warn/jaune`, mais il faudrait possiblement mettre un niveau plus élevé pour le faire ressortir (en attendant une meilleur gestion du bruit des warnings).
De plus, comment faire ressortir que c'est le sample 3 qui présente la divergence sur les XXX présent ? E tque c'est les samples 3 et 5 sur les YYY présent ?
Il faudrait faire des fusions des warning pour permettre d'extraire l'information et la fusionner au besoin au sein d'une seule entrée plus lisible.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3060Aide détaillée sur les warnings2021-02-03T09:21:42+01:00Mathieu GiraudAide détaillée sur les warningsDepuis #3029 :
> Lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
Partir de `warnings.md`, y mettre une doc plus complète, l'extraire quelque part ?Depuis #3029 :
> Lier sur de l'aide #1945/#2745, l'identifiant aidant à cela
Partir de `warnings.md`, y mettre une doc plus complète, l'extraire quelque part ?