vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-02-03T09:09:32+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3360Gestion plus propre des warnings2021-02-03T09:09:32+01:00Mikaël SalsonGestion plus propre des warningsPour l'instant l'ajout d'un warning se fait dans le JSON. Si on veut afficher quelque chose sur la sortie standard c'est géré indépendamment, avec des messages qui peuvent diverger.
Ce n'est donc pas très générique.
De plus l'ajout d'un...Pour l'instant l'ajout d'un warning se fait dans le JSON. Si on veut afficher quelque chose sur la sortie standard c'est géré indépendamment, avec des messages qui peuvent diverger.
Ce n'est donc pas très générique.
De plus l'ajout d'un warning dans le JSON se fait par un code unique, sous forme de chaîne, suivie d'une description.
Plusieurs éléments :
* [ ] Ne pourrait-on pas avoir une constante pour chaque warning (toujours préférable aux chaînes pour lesquelles on risque une typo) ?
* [ ] Le message ne peut-il pas être mis automatiquement (tous définis dans un tableau commun) plutôt que d'avoir à le réécrire à chaque fois ?
* [x] Les warnings ne peuvent-ils pas exister indépendamment du JSON ? Ensuite c'est chaque type de sortie qui définit ce qu'elle fait du warning.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2875Qualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)2024-02-14T10:49:13+01:00Mikaël SalsonQualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)Avoir l'information pour chaque échantillon uploadé (% de reads mergés, % de reads analysés…).
En lien avec #1362 et #2235.
Avoir l'information pour chaque échantillon uploadé (% de reads mergés, % de reads analysés…).
En lien avec #1362 et #2235.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5123Warning view; Ugly display on chrome2023-03-28T16:14:38+02:00THONIER FlorianWarning view; Ugly display on chromeWhile I was testing to take screenshot for documentation, I found that warning view is not similar that the view on firefox.
![Screenshot_20230228_102853](/uploads/7e5eff9708e63deadfb4961ff384b425/Screenshot_20230228_102853.png)While I was testing to take screenshot for documentation, I found that warning view is not similar that the view on firefox.
![Screenshot_20230228_102853](/uploads/7e5eff9708e63deadfb4961ff384b425/Screenshot_20230228_102853.png)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5071Lever un nouveau warning si mutation seulement dans les primers ?2022-10-04T16:32:42+02:00Mathieu GiraudLever un nouveau warning si mutation seulement dans les primers ?@flothoni : "ce serait une fonction au retour du calcul des primers"@flothoni : "ce serait une fonction au retour du calcul des primers"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4849pre-process et warnings json : utiliser le même format que vidjil-algo et war...2021-09-17T16:57:50+02:00Mathieu Giraudpre-process et warnings json : utiliser le même format que vidjil-algo et warnings.mdhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4753Warning s'affiche sur un coverage faible alors que ce n'est pas le coverage p...2021-04-08T18:56:34+02:00Mikaël SalsonWarning s'affiche sur un coverage faible alors que ce n'est pas le coverage pris par fuseSur un sample set avec plusieurs échantillons, dans l'un des échantillons le clone principal a un coverage faible. Du coup le warning est affiché alors que ce n'est pas la séquence consensus prise par le fuse. Le warning induit ici en er...Sur un sample set avec plusieurs échantillons, dans l'un des échantillons le clone principal a un coverage faible. Du coup le warning est affiché alors que ce n'est pas la séquence consensus prise par le fuse. Le warning induit ici en erreur.
https://app.vidjil.org/31213-2?clone=0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4673Suggestion de nouveaux warnings2021-02-03T09:06:40+01:00Mathieu GiraudSuggestion de nouveaux warningsDe @flothoni, dans #2247 :
> ce que je vois comme informations manquantes serait en amont de l'utilisation de vidjil, plus sur le preprocess (cf #3054 ) ou les fichiers sources.
> * bad (mean) quality fastq
> * short reads
> * degenera...De @flothoni, dans #2247 :
> ce que je vois comme informations manquantes serait en amont de l'utilisation de vidjil, plus sur le preprocess (cf #3054 ) ou les fichiers sources.
> * bad (mean) quality fastq
> * short reads
> * degenerated nucleotides
> Je repense aux preprocess. Il m'était arrivé un jour à Necker de me retrouver avec des fichiers corrompus pour lesquelles le `gz` sortait des fichiers très inférieurs à sa propre taille, mais qui restait ds les règles du format fastq. Ca mériterais un warning mais je ne pense pas que l'on ait d'outil pour détecter ça.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4669Warning sur certaines séquences en sortie des pre-process2021-01-27T18:45:13+01:00Mathieu GiraudWarning sur certaines séquences en sortie des pre-processEst-ce qu'un pre-process pourrait transmettre des warnings sur certains reads ?
Hum, pas facile, il pourrait éventuellement mettre des choses dans les header, type `>!W91!blabla`, mais il faudrait ensuite du traitement particulier dans ...Est-ce qu'un pre-process pourrait transmettre des warnings sur certains reads ?
Hum, pas facile, il pourrait éventuellement mettre des choses dans les header, type `>!W91!blabla`, mais il faudrait ensuite du traitement particulier dans le ~cpp pour propager ces warnings aux clones. Bof-bof.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4666Warning reads Illumina non mergés à 151bp ?2021-01-27T18:23:45+01:00Mathieu GiraudWarning reads Illumina non mergés à 151bp ?Vu avec @flothoni : on a des cas avec un pic à 151bp (en distribution) venant probablement de read non mergées.
Florian, c'est quelque chose que tu as vu souvent ?
Est-ce que cela ferait sens de mettre un warning sur les R1 dans "merge+...Vu avec @flothoni : on a des cas avec un pic à 151bp (en distribution) venant probablement de read non mergées.
Florian, c'est quelque chose que tu as vu souvent ?
Est-ce que cela ferait sens de mettre un warning sur les R1 dans "merge+R1" ? Est-on capable de mettre des ~"client-warning" sur les clones de distribution ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4654vidjil-algo: warning quand une désignation a un mauvais score2021-01-19T15:48:42+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: warning quand une désignation a un mauvais score
Beaucoup de logiciels d'analyse indiquent des choses type pourcentage d'identité ou score à la blast.
De notre côté, nous avons certes des calculs assez précis de ~"bio-e-value". Mais, quand une séquence passe le seuil, cela veut simpl...
Beaucoup de logiciels d'analyse indiquent des choses type pourcentage d'identité ou score à la blast.
De notre côté, nous avons certes des calculs assez précis de ~"bio-e-value". Mais, quand une séquence passe le seuil, cela veut simplement dire "on estime que le match entre cette séquence et le gène de la germline n'est pas aléatoire"...
... ce qui ne veut pas dire que c'est le bon gène, juste que c'est le moins pire. On a parfois des cas où l'alignement avec le gene est vraiment douteux, une des causes pouvant être certes, un très forte hypermutation, mais aussi des allèles voir gènes non référencés dans nos ~"bio-germlines". Dans ce cas on passe tout de même la ~"bio-e-value" car il y a une homologie entre les IGHV.
Pourrait-on par exemple lever un ~"client-warning" quand le score n'est "pas bon" ? Mais comment évaluer cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4652Warning et/ou confirmation quand merge de séquences productives + non-product...2021-01-19T10:41:05+01:00Mathieu GiraudWarning et/ou confirmation quand merge de séquences productives + non-productivesÉvoqué hier avec ~"LIL-Lille" le merge de séquences, discuté avec @flothoni aujourd'hui.
- un ~"client-warning" habituel: jouable
- voire même... une confirmation "do you want really to merge?"Évoqué hier avec ~"LIL-Lille" le merge de séquences, discuté avec @flothoni aujourd'hui.
- un ~"client-warning" habituel: jouable
- voire même... une confirmation "do you want really to merge?"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4651Warning quand des programmes différents donnent des estimations différentes d...2022-01-05T16:20:03+01:00Mathieu GiraudWarning quand des programmes différents donnent des estimations différentes de productivitéDisucté avec @flothoni : pour contourner ou au moins prendre en compte #2526, on pourrait avoir un warning quand on a deux estimations de productivité différentes.Disucté avec @flothoni : pour contourner ou au moins prendre en compte #2526, on pourrait avoir un warning quand on a deux estimations de productivité différentes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4502Warning sur le formulaire d'upload des fichiers suivant les noms2020-09-30T11:13:23+02:00Thonier FlorianWarning sur le formulaire d'upload des fichiers suivant les nomsJ'imagine 2 erreurs classiques qu'il serait possible d'éviter aisément par ce warning:
* Glisser deux fois le même fichier; devrait être simple à détecter. Là on met le champs en rouge très visible
* Glisser deux fichiers dont le noms di...J'imagine 2 erreurs classiques qu'il serait possible d'éviter aisément par ce warning:
* Glisser deux fois le même fichier; devrait être simple à détecter. Là on met le champs en rouge très visible
* Glisser deux fichiers dont le noms diverges franchement: Je ne suis pas certain de la facilité ou de la propreté d'un tel code, mais on pourrait imaginer que des fichiers qui divergent par plus que R1/R2 ne sont pas conformes.
Ensuite dans les deux cas, ouvrir un popup/modal si l'utilisateur clique sur `submit samples`. Celui-ci listant les erreurs présentes et demandant de confirmer le choix si l'utilisateur pense que c'est bon quand même.
Pour autant que je sache, par défaut les séquenceurs appliquent déjà une politique de nommage par défaut assez strict.
Attention, j'ai déjà vu des associations de fichiers R1/R3 aussi (avec les UMI).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4444Filtrage des warnings2022-10-21T11:35:39+02:00Mathieu GiraudFiltrage des warningsÉvoqué la semaine dernière, probablement fait partie de #4165
Je peux décider d'un coup que je veux ignorer W65: ensuite, tous ces warnings sont ignorés sur les clones/la nouvelle vue.Évoqué la semaine dernière, probablement fait partie de #4165
Je peux décider d'un coup que je veux ignorer W65: ensuite, tous ces warnings sont ignorés sur les clones/la nouvelle vue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4441warning 69 (Several genes with equal probability) ; pouvoir corriger automati...2020-07-30T18:47:08+02:00Thonier Florianwarning 69 (Several genes with equal probability) ; pouvoir corriger automatiquement ou verifier un peu plusOn a parfois un warning disant que 'lon a le choix entre plusieurs segments.
On pourrait imaginer un bouton qui permette de mettre ces genes dans le segmenter et de les comparer, avec une option pour valider l'un par rapport à l'autre d...On a parfois un warning disant que 'lon a le choix entre plusieurs segments.
On pourrait imaginer un bouton qui permette de mettre ces genes dans le segmenter et de les comparer, avec une option pour valider l'un par rapport à l'autre de façon plus ou moins automatique.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4412Avoir un warning quand le nombre de différences est faible par rapport au nom...2020-07-22T16:15:30+02:00Mikaël SalsonAvoir un warning quand le nombre de différences est faible par rapport au nombre d'hypermutations
On a un cas avec avec des LLC très mutées où les V sont trop courts et on se trompe de V (vdj#1089). On ne peut pas y faire grand chose : la similitude est effectivement meilleure pour le V qu'on sort et V-QUEST comme IgBlast sortent la...
On a un cas avec avec des LLC très mutées où les V sont trop courts et on se trompe de V (vdj#1089). On ne peut pas y faire grand chose : la similitude est effectivement meilleure pour le V qu'on sort et V-QUEST comme IgBlast sortent la même chose.
Mais il existe un V à une mutation près qu'on ne signale pas. En temps normal c'est probablement légitime : si on a l'intégralité d'un V qui matche à 100% avec le read, on n'a probablement pas envie de signaler les V qui sont à 1nt d'écart. En revanche quand on a 5%-10% de mutations, avoir seulement une différence dans le V c'est de l'ordre du bruit de fond et cela devrait probablement être signalé.
Cela m'évoque d'une certaine façon !157 où le score des délétions change en fonction du % de mutations.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4373Prendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?2020-06-23T10:58:15+02:00Mathieu GiraudPrendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi m...
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi mettre un ~"client-warning".
Sur la position des gènes, voir aussi #3192 #4180https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4337Warning si version très ancienne de l'algorithme (et vue database)2020-06-11T09:52:07+02:00Thonier FlorianWarning si version très ancienne de l'algorithme (et vue database)Hier une utilisatrice qui n'avait pas utilisé vidjil depuis des années m'a demandé de réactiver son compte.
Dans le cas présent, il n'y avait pas de données. Mais si elle avait voulu rajouter un ou plusieurs samples dans ses run/sets, el...Hier une utilisatrice qui n'avait pas utilisé vidjil depuis des années m'a demandé de réactiver son compte.
Dans le cas présent, il n'y avait pas de données. Mais si elle avait voulu rajouter un ou plusieurs samples dans ses run/sets, elle aurait potentiellement voulu relancer les analyses avec la dernière version de l'algorithme.
Pour ce faire, il faudrait avoir l'information en base pour ne pas avoir a reparcourir le fichier de résultat, et l'information de la version courante du logiciel (le tag release à minima).
On a un warning potentiel non encore implémenté `W0x` qui indique si l'algo utilisé est outdated. Mais on pourrait aussi indiqué l'alerte en amont, dans la page patient/run.
De la même manière, on pourrait aussi imaginer que le bouton permettant de relancer toutes les analyses permette de relancer différentiellement en fonction de ce paramètre (une idée en l'air, dans la pratique l'option de tout relancer indifféremment me semble en réalité plus pertinente, mais je le mentionne au cas ou).
D'une manière générale, y-a-t-il d'autre informations/warnings qu'il serait pertinent de faire remonter avant l'ouverture ? Cela recoupe aussi des informations que l'on pourrait avoir potentiellement dans la vue statshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4163AIRR: warnings pour IgBlast2020-01-24T10:49:25+01:00Mathieu GiraudAIRR: warnings pour IgBlast@flothoni : ~"bio-e-value"
mais "IgBlast n'est pas un bon candidat"@flothoni : ~"bio-e-value"
mais "IgBlast n'est pas un bon candidat"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4080CloneDB sur clones ayant déjà des warnings2019-12-03T17:50:49+01:00Mathieu GiraudCloneDB sur clones ayant déjà des warningsQuand un clone a déjà un ~"client-warning" , on n'a pas de retour visuel quand on a un match de ~"app-clonedb" dessus. Par exemple, depuis !550 :
> https://vdd.vidjil.org/browser/?set=26912&config=25&clone=8 avec le plus gros clone en I...Quand un clone a déjà un ~"client-warning" , on n'a pas de retour visuel quand on a un match de ~"app-clonedb" dessus. Par exemple, depuis !550 :
> https://vdd.vidjil.org/browser/?set=26912&config=25&clone=8 avec le plus gros clone en IGKV2D-30 du 2è sample
#3135 et priorité des warnings ? #4049 ? Ou séparer emplacement warnings et CloneDB (bof) ?
Au passage, on n'a jamais de retour visuel quand on n'a *pas de match* de ~"app-clonedb"...