vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-10-21T11:35:39+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4444Filtrage des warnings2022-10-21T11:35:39+02:00Mathieu GiraudFiltrage des warningsÉvoqué la semaine dernière, probablement fait partie de #4165
Je peux décider d'un coup que je veux ignorer W65: ensuite, tous ces warnings sont ignorés sur les clones/la nouvelle vue.Évoqué la semaine dernière, probablement fait partie de #4165
Je peux décider d'un coup que je veux ignorer W65: ensuite, tous ces warnings sont ignorés sur les clones/la nouvelle vue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4441warning 69 (Several genes with equal probability) ; pouvoir corriger automati...2020-07-30T18:47:08+02:00Thonier Florianwarning 69 (Several genes with equal probability) ; pouvoir corriger automatiquement ou verifier un peu plusOn a parfois un warning disant que 'lon a le choix entre plusieurs segments.
On pourrait imaginer un bouton qui permette de mettre ces genes dans le segmenter et de les comparer, avec une option pour valider l'un par rapport à l'autre d...On a parfois un warning disant que 'lon a le choix entre plusieurs segments.
On pourrait imaginer un bouton qui permette de mettre ces genes dans le segmenter et de les comparer, avec une option pour valider l'un par rapport à l'autre de façon plus ou moins automatique.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4412Avoir un warning quand le nombre de différences est faible par rapport au nom...2020-07-22T16:15:30+02:00Mikaël SalsonAvoir un warning quand le nombre de différences est faible par rapport au nombre d'hypermutations
On a un cas avec avec des LLC très mutées où les V sont trop courts et on se trompe de V (vdj#1089). On ne peut pas y faire grand chose : la similitude est effectivement meilleure pour le V qu'on sort et V-QUEST comme IgBlast sortent la...
On a un cas avec avec des LLC très mutées où les V sont trop courts et on se trompe de V (vdj#1089). On ne peut pas y faire grand chose : la similitude est effectivement meilleure pour le V qu'on sort et V-QUEST comme IgBlast sortent la même chose.
Mais il existe un V à une mutation près qu'on ne signale pas. En temps normal c'est probablement légitime : si on a l'intégralité d'un V qui matche à 100% avec le read, on n'a probablement pas envie de signaler les V qui sont à 1nt d'écart. En revanche quand on a 5%-10% de mutations, avoir seulement une différence dans le V c'est de l'ordre du bruit de fond et cela devrait probablement être signalé.
Cela m'évoque d'une certaine façon !157 où le score des délétions change en fonction du % de mutations.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4373Prendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?2020-06-23T10:58:15+02:00Mathieu GiraudPrendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi m...
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi mettre un ~"client-warning".
Sur la position des gènes, voir aussi #3192 #4180https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4337Warning si version très ancienne de l'algorithme (et vue database)2020-06-11T09:52:07+02:00Thonier FlorianWarning si version très ancienne de l'algorithme (et vue database)Hier une utilisatrice qui n'avait pas utilisé vidjil depuis des années m'a demandé de réactiver son compte.
Dans le cas présent, il n'y avait pas de données. Mais si elle avait voulu rajouter un ou plusieurs samples dans ses run/sets, el...Hier une utilisatrice qui n'avait pas utilisé vidjil depuis des années m'a demandé de réactiver son compte.
Dans le cas présent, il n'y avait pas de données. Mais si elle avait voulu rajouter un ou plusieurs samples dans ses run/sets, elle aurait potentiellement voulu relancer les analyses avec la dernière version de l'algorithme.
Pour ce faire, il faudrait avoir l'information en base pour ne pas avoir a reparcourir le fichier de résultat, et l'information de la version courante du logiciel (le tag release à minima).
On a un warning potentiel non encore implémenté `W0x` qui indique si l'algo utilisé est outdated. Mais on pourrait aussi indiqué l'alerte en amont, dans la page patient/run.
De la même manière, on pourrait aussi imaginer que le bouton permettant de relancer toutes les analyses permette de relancer différentiellement en fonction de ce paramètre (une idée en l'air, dans la pratique l'option de tout relancer indifféremment me semble en réalité plus pertinente, mais je le mentionne au cas ou).
D'une manière générale, y-a-t-il d'autre informations/warnings qu'il serait pertinent de faire remonter avant l'ouverture ? Cela recoupe aussi des informations que l'on pourrait avoir potentiellement dans la vue statshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4163AIRR: warnings pour IgBlast2020-01-24T10:49:25+01:00Mathieu GiraudAIRR: warnings pour IgBlast@flothoni : ~"bio-e-value"
mais "IgBlast n'est pas un bon candidat"@flothoni : ~"bio-e-value"
mais "IgBlast n'est pas un bon candidat"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4080CloneDB sur clones ayant déjà des warnings2019-12-03T17:50:49+01:00Mathieu GiraudCloneDB sur clones ayant déjà des warningsQuand un clone a déjà un ~"client-warning" , on n'a pas de retour visuel quand on a un match de ~"app-clonedb" dessus. Par exemple, depuis !550 :
> https://vdd.vidjil.org/browser/?set=26912&config=25&clone=8 avec le plus gros clone en I...Quand un clone a déjà un ~"client-warning" , on n'a pas de retour visuel quand on a un match de ~"app-clonedb" dessus. Par exemple, depuis !550 :
> https://vdd.vidjil.org/browser/?set=26912&config=25&clone=8 avec le plus gros clone en IGKV2D-30 du 2è sample
#3135 et priorité des warnings ? #4049 ? Ou séparer emplacement warnings et CloneDB (bof) ?
Au passage, on n'a jamais de retour visuel quand on n'a *pas de match* de ~"app-clonedb"...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4050Warning (algo puis client) quand un clone peut avoir plusieurs dénominations ...2020-06-22T15:17:20+02:00Mathieu GiraudWarning (algo puis client) quand un clone peut avoir plusieurs dénominations prochesNotamment pour #4048 ? Plus généralement quand deux scores proches ?
Mais #4049...
cc @duez Notamment pour #4048 ? Plus généralement quand deux scores proches ?
Mais #4049...
cc @duez https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3906Stéréotypie CDR3, en général2020-11-20T17:04:06+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3, en généralExtrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques ave...Extrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques avec ~"client\-warning" ?
(Différent de #1726 !)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3735Affichage des différents niveaux de warning2021-02-03T09:10:12+01:00Mikaël SalsonAffichage des différents niveaux de warningEn pensant à CloneDB je me dis qu'on devrait avoir des warnings affichés très clairement.
On a pour l'instant un petit panneau qui change de couleur selon le niveau de warning (#3127). Mais finalement seule la couleur change (perceptibl...En pensant à CloneDB je me dis qu'on devrait avoir des warnings affichés très clairement.
On a pour l'instant un petit panneau qui change de couleur selon le niveau de warning (#3127). Mais finalement seule la couleur change (perceptible pour tout le monde ?) pour les niveaux `warn`, `error`, `fatal`. Peut-on imaginer quelque chose de plus marquant, pour de très gros warning (`fatal` ou `error`) ?
Par exemple en cas de warning très important sur un clone s'autoriserait-on à le faire apparaître différemment (avec un style particulier sur le clone lui même, dans les listes et les différents graphs) ?
Par exemple si un clone vu dans la CloneDB est vu dans des centaines d'échantillons, parfois à des abondances importantes, et qu'il est très abondant, n'aurait-on pas envie de lever un warning majeur sur ce clone ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3580Étendre le warning W69 à des scores proches à une p-valeur près2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudÉtendre le warning W69 à des scores proches à une p-valeur près@flothoni, dans !333 :
> En revanche, dès un nt d'écart, on n'a plus de warning.
Oui.
@mikael\-s, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3575#note_126449:
> idéalement quand on a des scores suffisamment proches… mais plus ...@flothoni, dans !333 :
> En revanche, dès un nt d'écart, on n'a plus de warning.
Oui.
@mikael\-s, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3575#note_126449:
> idéalement quand on a des scores suffisamment proches… mais plus difficile à définir
Serait-ce des calculs similaires à !268 ?
En tout cas ~"priority\-1\-low", on peut déjà expérimenter un peu ce que donne le W69 et en reparler dans quelques temps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3443ERG; ajouter un warning pour une séquence aspecifique2018-08-30T17:47:05+02:00Thonier FlorianERG; ajouter un warning pour une séquence aspecifiqueChloé Arfeuille m'a signalé une séquence aspécifique.
J'attends de l'obtenir.
On pourrait ensuite ajouter un warning sur celle-ci.
Je ne me suis âs encore penché sur la méthode mais je présume que c'est la même que pour le clone non...Chloé Arfeuille m'a signalé une séquence aspécifique.
J'attends de l'obtenir.
On pourrait ensuite ajouter un warning sur celle-ci.
Je ne me suis âs encore penché sur la méthode mais je présume que c'est la même que pour le clone non recombiné DJ ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3357Détection de séquences VJ particulières2018-08-30T17:47:05+02:00Mikaël SalsonDétection de séquences VJ particulièresPour #2232, mais cela peut aussi être dans d'autres situations comme avec des dimers d'amorces, on a des clones qui ressortent et qui ne sont pas significatifs.
On aimerait leur mettre des warnings (#2247).
Une solution est de coder en...Pour #2232, mais cela peut aussi être dans d'autres situations comme avec des dimers d'amorces, on a des clones qui ressortent et qui ne sont pas significatifs.
On aimerait leur mettre des warnings (#2247).
Une solution est de coder en dur la valeur des recombinaisons et de lever un warning lorsqu'on rencontre cette valeur-là. Une autre solution serait de stocker les séquences elle-mêmes et de détecter les fenêtres dans ces séquences. Toutes les séquences partageant cette fenêtre seront clusterisées avec ce qui nous permet ensuite de faire ce qu'on veut.
Cela éviterait de stocker des choses plus ou moins robustes en dur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3135Faire utiliser à Clonedb les warnings2019-12-03T17:46:53+01:00Mathieu GiraudFaire utiliser à Clonedb les warningsFaire que clonedb génère un warning (éventuellement avec un nouveau level INFO_CLONEDB à 25) et enlever `if (this.hasSeg('clonedb'))` dans `clone.isWarned()`.
Je peux le faire, mais n'y a-t-il pas de conflit avec ce que fait Alexia ?Faire que clonedb génère un warning (éventuellement avec un nouveau level INFO_CLONEDB à 25) et enlever `if (this.hasSeg('clonedb'))` dans `clone.isWarned()`.
Je peux le faire, mais n'y a-t-il pas de conflit avec ce que fait Alexia ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3086Documenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.org2018-04-13T12:49:06+02:00Mathieu GiraudDocumenter le mécanisme de warnings dans format-analysis.orgVoir aussi #2797Voir aussi #2797https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3059Warnings e-value / coverage calculé par le client2018-02-20T19:44:35+01:00Mathieu GiraudWarnings e-value / coverage calculé par le clientDepuis #3029.
Par exemple http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=v,j,plot&clone=94,110
- est-ce bien le e-valueur le Fine (et donc pas le W52 ?)
- que faire quand ils seront redondant avec un warning de vidjil-algo ? Depuis #3029.
Par exemple http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=v,j,plot&clone=94,110
- est-ce bien le e-valueur le Fine (et donc pas le W52 ?)
- que faire quand ils seront redondant avec un warning de vidjil-algo ? https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3030Implémenter le warning sur CDR3 sur séquences non gappées2018-04-05T10:09:39+02:00Mathieu GiraudImplémenter le warning sur CDR3 sur séquences non gappéesOu même interdire `-3` quand on a des séquences non gappées ?
Aurait été utile pour #2187 et #3008.Ou même interdire `-3` quand on a des séquences non gappées ?
Aurait été utile pour #2187 et #3008.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3021Avoir un fichier qui teste tous les warnings ou presque2018-06-26T10:40:27+02:00Mathieu GiraudAvoir un fichier qui teste tous les warnings ou presque#2247
Pour l’instant les warnings sont dans des should-get différents. Pourquoi pas, mais ce serait intéressant d’avoir aussi un fichier qui donnerait plusieurs clones avec chacun un warning différent, un peu dans l'esprit de `Demo-X5`....#2247
Pour l’instant les warnings sont dans des should-get différents. Pourquoi pas, mais ce serait intéressant d’avoir aussi un fichier qui donnerait plusieurs clones avec chacun un warning différent, un peu dans l'esprit de `Demo-X5`. Cela ferait une bonne ~doc pour ces wanrings.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2875Qualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)2024-02-14T10:49:13+01:00Mikaël SalsonQualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)Avoir l'information pour chaque échantillon uploadé (% de reads mergés, % de reads analysés…).
En lien avec #1362 et #2235.
Avoir l'information pour chaque échantillon uploadé (% de reads mergés, % de reads analysés…).
En lien avec #1362 et #2235.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2864Doc/Tuto : à partir de quel seuil apparaissent les warnings ?2020-09-18T11:34:20+02:00Tatiana RocherDoc/Tuto : à partir de quel seuil apparaissent les warnings ?A expliquer dans la doc et dans le tuto.
Question posée par ~"PAR-Debré"A expliquer dans la doc et dans le tuto.
Question posée par ~"PAR-Debré"