vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-10-24T14:38:08+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4016Clones chevauchants sur certaines représentation bar (arrondir ?)2019-10-24T14:38:08+02:00Thonier FlorianClones chevauchants sur certaines représentation bar (arrondir ?)Il arrive que certains axes génèrent des valeurs qui rendent mal à l'affichage.
Par exemple, sur le fichier de test doc/fused_distribution_multiple.vidjil. Si on se met en preset 4, nous avons un clone à 162.15, d'autres à 162.0, et d'a...Il arrive que certains axes génèrent des valeurs qui rendent mal à l'affichage.
Par exemple, sur le fichier de test doc/fused_distribution_multiple.vidjil. Si on se met en preset 4, nous avons un clone à 162.15, d'autres à 162.0, et d'autres à diverses tailles. Le rendu n'est pas toujours parfait, notamment à cause de la largeur des barres et du comportement que l'on souhaiterait attendre lorsque celles-ci sont chevauchantes.
Exemple:
![Screenshot_20191023_141816](/uploads/d9491a0e84ca3ec1db2df2c4c8512b69/Screenshot_20191023_141816.png)
Je me suis aperçu de l'effet avec !515, mais il existe aussi sur le serveur de prod courant.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4015clones virtuels: le preset 0 fait apparaitre les clones qui ne sont pas du lo...2020-07-21T17:48:52+02:00Thonier Florianclones virtuels: le preset 0 fait apparaitre les clones qui ne sont pas du locus courrant sur la grillSur le preset 0, si nous avons des clones de différents locus, nous avons les clones de distributions qui apparaissent consentement. Cela est dû au fait qu'ils n'ont pas de locus désignés. Cela peut poser souci par exemple dans ce graphi...Sur le preset 0, si nous avons des clones de différents locus, nous avons les clones de distributions qui apparaissent consentement. Cela est dû au fait qu'ils n'ont pas de locus désignés. Cela peut poser souci par exemple dans ce graphique.
Pour remedier à ce souci, il faudrait être capable de deviner le locus depuis certaines valeurs d'axes, mais pas toujours possible, ni même fiable (seg5==TRDV1 => TRD ou TRD+). Une solution encore moins pratique serait d'inclure en plus, de manière constante, cette information dans les distributions générées par `fuse.py`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3956un clone ajouté manuellement passe à 100k reads si clusterisé2019-07-23T11:54:29+02:00Thonier Florianun clone ajouté manuellement passe à 100k reads si clusteriséJe suis parti du demo X5 100, j'ai selectionné le clone `TRDV1 2/7/2 D2 0/CGT/0 D3 3/CTCGGG/0 J1`, copié la séquence
et ajouté manuellement. Pas de souci, sauf si on fait un cluster avec un autre clone (ici l'original).
La taille est f...Je suis parti du demo X5 100, j'ai selectionné le clone `TRDV1 2/7/2 D2 0/CGT/0 D3 3/CTCGGG/0 J1`, copié la séquence
et ajouté manuellement. Pas de souci, sauf si on fait un cluster avec un autre clone (ici l'original).
La taille est fixé à 100k lors de son ajout (variable SIZE_MANUALLY_ADDED_CLONE dans model.js). Dans le scatter, on ne tient pas compte de cette taille car le clone est déclaré non quantifiable, et il y a un hack dessus. MAis en cas de clusteristaion, ce paramètre n'est plus valable, et on a un clone dont la taille est 100k qui vient ecrasé l'analyse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4026Distributions et graphe2020-02-25T19:30:47+01:00Mathieu GiraudDistributions et grapheDéjà évoqué il y a quelques jours avec @flothoni et @mikael-s.
Actuellement on les affiche tous (car pas de top), illisible. Et même on les affiche *tous* (si 3 distributions, somme plus grosse)
- 1) en afficher aucun, simple
- 2) af...Déjà évoqué il y a quelques jours avec @flothoni et @mikael-s.
Actuellement on les affiche tous (car pas de top), illisible. Et même on les affiche *tous* (si 3 distributions, somme plus grosse)
- 1) en afficher aucun, simple
- 2) afficher la somme: plus complexe ? Et même trompeur: un trait qui relierait deux points ne montrerait pas nécessairement les mêmes clones. Probablement juste un *point gris* sera quand même informatif
Bref, pour l'instant solution simple, en attendant de discuter à l'intérêt de la solution 2.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3960clones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteur2020-10-14T11:29:53+02:00Thonier Florianclones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteurUn clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones v...Un clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones virtuels (other) et les clones de distributions.
Une solution envisageable est que pour chaque clones que nous devrions afficher dans une vue, nous lui fassions passer un test de compatibilité avec celle-ci. Pour le cas de la séquence, son absence bloquerait l'utilisation de ce clone avec la vue segmenter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4029Bar plot en multi-sample, verrouillage de l'axe y size ?2019-11-26T16:47:54+01:00Mathieu GiraudBar plot en multi-sample, verrouillage de l'axe y size ?Discuté avec @flothoni vdj#921
Quand on compare des samples, le changement d'axe y peut être bizarre, typiquement si un sample est mono-clonal 50% et les autres poly-clonaux, top à ~1%. Évidemment on ne peut pas faire de log ici.
Mais....Discuté avec @flothoni vdj#921
Quand on compare des samples, le changement d'axe y peut être bizarre, typiquement si un sample est mono-clonal 50% et les autres poly-clonaux, top à ~1%. Évidemment on ne peut pas faire de log ici.
Mais... si on verrouille pour que tout soit visble, la distribution poly-clonale est écrasée.
Verrouiller plutôt à l'échelle minimale, et donc des gros clones sortiraient par le haut ?
Pas par défaut, mais une option pour cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4018clones virtuels, filter/focus/hide2019-11-28T17:15:44+01:00Thonier Florianclones virtuels, filter/focus/hideJe suis en train de réfléchir au comportement et l'implémentation des actions de focus sur les clones de distributions. Si je fais une sélection de 3 clones de distributions et que je fais un focus sur eux, que dois-je voir ?
Je me dem...Je suis en train de réfléchir au comportement et l'implémentation des actions de focus sur les clones de distributions. Si je fais une sélection de 3 clones de distributions et que je fais un focus sur eux, que dois-je voir ?
Je me demande si je dois ne voir plus qu'eux à taille constante, c'est à dire la même, qu'ils soient focus ou non, ou bien si leur taille doit refléter les clones qui ont été cachés par le focus.
Dans un second temps, je me demande si on ne devrais pas rajouter des actions dans le `menu filter`:
* Hide distributions clones: explicite
* Show only distribution clones: dans ce cas, cacher tous les clones réels pour ne plus qu'afficher les clones de distributions. Ce comportement n'est pas possible avec le slider du top car il restera toujours, à la marge, des clones que le slider empêche de cacher (à moins de réduire sa valeur minimum à 0). Un bouton me semble plus explicite dans ce cas.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4013clone virtuels: gestion du tag2019-10-24T14:32:01+02:00Thonier Florianclone virtuels: gestion du tagDepuis la mise en place des clones virtuels, je ne suis pas certains du comportement attendu sur les tags.
Pour le moment, nous affichons toujours la petite étoile qui permet d'ouvrir le menu des tags.
Dans ce menu, il y a les tuiles q...Depuis la mise en place des clones virtuels, je ne suis pas certains du comportement attendu sur les tags.
Pour le moment, nous affichons toujours la petite étoile qui permet d'ouvrir le menu des tags.
Dans ce menu, il y a les tuiles qui sont sans effet, mais pourtant cliquable (les mettre en disable ?). Ensuite, la gestion du normalize n'est semble-t-il pas correcte non plus.
Pas d'effet provoqué par ces clones sur le `multitag` (qui permet d'inférer un tag à l'ensemble des clones sélectionnés). Pour l'instant, ils ne semblent pas être pris en compte et seuls les clones réels sont taggés. J'ai vérifié en jouant sur le filtre des tags).
Une solution temporaire serait de retirer le bouton tag dans un premier temps tant que nous n'avons pas trancher sur ces points, ou bien de mettre le contenu en disable (comme la normalisation lors d'un multitag).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3969Clones virtuel et liste2019-10-29T09:09:11+01:00Mathieu GiraudClones virtuel et listeSoulevé par @mikael-s à propos de #3945 : à terme, les clones de distribution ne devraient peut-être pas tous apparaître dans la liste... mais les gros sont tout de même très intéressants. Peut-être les mettre sous un "smaller clones" ? ...Soulevé par @mikael-s à propos de #3945 : à terme, les clones de distribution ne devraient peut-être pas tous apparaître dans la liste... mais les gros sont tout de même très intéressants. Peut-être les mettre sous un "smaller clones" ? Uniquement certains ? À voir plus tard, voir déjà ce que cela donne.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3959clones virtuels: gestion des couleurs2019-12-10T10:58:34+01:00Thonier Florianclones virtuels: gestion des couleursPour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probable...Pour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probablement grise il me semble).
Nous pourrions imaginer pour les clones virtuels une couleur lambda différente, voir carrément une couleur différente pour tous les axes.
Une version simple serait de donner un paramètre alpha sur la couleur différent suivant le statu du clone. Ainsi, un clone non défini aura un gris classique, tandis que le clone virtuel aurait un gris pâle.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2602Ajouter un clone et relance de fuse2021-11-26T13:45:56+01:00Mathieu GiraudAjouter un clone et relance de fuseEn discutant de #1921 avec Aurélie ~"LIL-Lille", une motivation pour ajouter un clone serait de voir s'il n'est pas plus loin que le top 100... on voit bien l'intérêt côté bio, vérifier si un séquence Sanger est bien absente ou pas.
Cel...En discutant de #1921 avec Aurélie ~"LIL-Lille", une motivation pour ajouter un clone serait de voir s'il n'est pas plus loin que le top 100... on voit bien l'intérêt côté bio, vérifier si un séquence Sanger est bien absente ou pas.
Cela impliquerait de relancer ~"server-fuse" avec des séquences forcées. Pas facile... et surtout #1921 pouvait sinon se voir comme une fonctionnalité sans connexion à la ~"server-database".
Faire déjà #1921 sans cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4450Pouvoir masquer les clones peu sûrs sur toutes les vues2020-08-04T14:13:17+02:00Mathieu GiraudPouvoir masquer les clones peu sûrs sur toutes les vuesAvoir une option pour que le `getSize` des clones peu sûrs (zone grise, < 5 reads) passe à 0 reads.
Ou filtre/slider là-dessus ?
Mais est-ce que cela influe sur le total des clones ? Sur les clones de distribution ?Avoir une option pour que le `getSize` des clones peu sûrs (zone grise, < 5 reads) passe à 0 reads.
Ou filtre/slider là-dessus ?
Mais est-ce que cela influe sur le total des clones ? Sur les clones de distribution ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4424Changement de tag et "smaller clones"2020-07-28T12:45:49+02:00Mathieu GiraudChangement de tag et "smaller clones"Actuellement, on voit le panneau de changement de tag même sur les "smaller clones", alors qu'on ne peut pas changer leur tag
Voir aussi ce que cela devient avec !755
cc @flothoniActuellement, on voit le panneau de changement de tag même sur les "smaller clones", alors qu'on ne peut pas changer leur tag
Voir aussi ce que cela devient avec !755
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4400Cacher les clones de distribution dans un "compare two samples"2020-07-27T10:40:38+02:00Mathieu GiraudCacher les clones de distribution dans un "compare two samples"Le preset "compare two samples" permet de mettre en valeur des clones communs à la fois dans l'échantillon A et l'échantillon B,
Il semble que les clones de distribution apparaissent, mais donnent une image faussée de la comparaison: le...Le preset "compare two samples" permet de mettre en valeur des clones communs à la fois dans l'échantillon A et l'échantillon B,
Il semble que les clones de distribution apparaissent, mais donnent une image faussée de la comparaison: les clones communs sont alors juste ceux qui ont la même longueur... c'est trompeur.
#4375 est une possibilité, mais les cacher par défaut dans ce mode ?
Y a-t-il d'autres plots où ces clones pourraient être trompeurs ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4350Clones de distribution trop abondants ?2020-07-09T14:14:01+02:00Mikaël SalsonClones de distribution trop abondants ?Sur le patient L3, sur le 2è échantillon (http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar&clone=654) il y a un clone de distribution assez abondant (environ 120 000 reads) composé de peu d...Sur le patient L3, sur le 2è échantillon (http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar&clone=654) il y a un clone de distribution assez abondant (environ 120 000 reads) composé de peu de clones (71 clones).
Ça me semble surprenant car cela fait environ 1700 reads par clone en moyenne (avec des clones probablement plus abondants parmi cela). Or avec de telles abondances les clones ne devraient-ils pas être normalement affichés ?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4294getHTMLInfo et distribution; avoir le nombre de clone non nul du sample2020-05-19T13:38:59+02:00Thonier FloriangetHTMLInfo et distribution; avoir le nombre de clone non nul du sampleJe m'aperçois que lorsque l'on ouvre un clone de distribution, nous avons le nombre de clone non nul recouvert par cet agrégat de clone (ligne `clone name`). Nous n'avons en revanche pas les informations pour les autres échantillons.
A...Je m'aperçois que lorsque l'on ouvre un clone de distribution, nous avons le nombre de clone non nul recouvert par cet agrégat de clone (ligne `clone name`). Nous n'avons en revanche pas les informations pour les autres échantillons.
Ainsi , si nous changeons de sample, nous n'avons pas de mis à jour de cette valeur, nu même si nous changeons le slider de filtre. Une solution serait d'avoir une ligne en plus pour ces clones qui indiquerait cette valeur pour chacun d'entre eux.
En revanche je n'ai pas de solution à par un update du gethtml si on modifie la valeur du slider de filtre.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4234Distributions : tester la position des clones dans le graphe2020-04-03T12:18:11+02:00Mathieu GiraudDistributions : tester la position des clones dans le graphe
cc @flothoni @duez
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4202Clones dans .analysis (et pas dans .vidjil): ne créer de nouveau locus que si...2020-02-25T19:37:07+01:00Mathieu GiraudClones dans .analysis (et pas dans .vidjil): ne créer de nouveau locus que si reads existe et est > 0 ?
Pour compléter !602 :
> éventuellement ne créer le clone que si le nombre de reads est > 0, mais il faudrait être sûr que cela ne gène pas les créations manuelles de clones
Évoqué avec @flothoni, ~"priority-1-low". Après #2603.
Pour compléter !602 :
> éventuellement ne créer le clone que si le nombre de reads est > 0, mais il faudrait être sûr que cela ne gène pas les créations manuelles de clones
Évoqué avec @flothoni, ~"priority-1-low". Après #2603.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4021Distributions et noms des axes2019-10-31T18:41:52+01:00Mathieu GiraudDistributions et noms des axesÉvoqué il y a quelques jours puis hier avec @flothoni.
Comment nommer les axes ?
Actuellement `seg3` dans ~"server-fuse" est `v` dans le ~client.
On pourra avoir une réflexion globale sur les axes un jour, en attendant éviter de défini...Évoqué il y a quelques jours puis hier avec @flothoni.
Comment nommer les axes ?
Actuellement `seg3` dans ~"server-fuse" est `v` dans le ~client.
On pourra avoir une réflexion globale sur les axes un jour, en attendant éviter de définir des nouvelles choses et mettre le minimum de choses hard-codées.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4019Clones virtuels et normalisation2019-10-31T18:46:29+01:00Mathieu GiraudClones virtuels et normalisationVoir déjà ce [thread dans !515](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/515?diff_id=34485&start_sha=f509f0c7502df6f172c788ed8850df01134d707b#note_266941).Voir déjà ce [thread dans !515](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/515?diff_id=34485&start_sha=f509f0c7502df6f172c788ed8850df01134d707b#note_266941).