vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-06-15T10:58:14+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5125scatterplot; Add grahp update after a click on a scatterplot label2023-06-15T10:58:14+02:00THONIER Florianscatterplot; Add grahp update after a click on a scatterplot labelFor the moment, when we made a click on a scatterplot label, a selection is made on clonotype and an update of multiple view is done (at least scatterplot, clonotype list and aliger).
But the timeline graphic is seem to be not updated. ...For the moment, when we made a click on a scatterplot label, a selection is made on clonotype and an update of multiple view is done (at least scatterplot, clonotype list and aliger).
But the timeline graphic is seem to be not updated. Clonotype line is not shown as selected and a simple `m.update()` in console fix the issue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4165Nouvelle vue pour l'affichage des warnings2023-01-13T16:47:09+01:00Mikaël SalsonNouvelle vue pour l'affichage des warningsUne manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste ...Une manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste des clones concernés (dans une sorte de segmenteur ?). Parmi le lot de warnings, l'utilisatrice peut ainsi voir rapidement lesquels lui semblent les plus pertinents.
On n'aurait plus besoin d'inonder l'interface de petits :warning:, on pourrait se contenter d'afficher ceux vraiment importants. Et, dans le menu par exemple, on pourrait avoir une icône indiquant le nombre de warnings total, cliquer dessus permettrait d'accéder au panneau que je propose.Web 2022.122021-05-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2607ajouter une colonne statut dans le vue patient2022-06-21T13:56:48+02:00Thonier Florianajouter une colonne statut dans le vue patientUne idée saugrenue serait d’afficher dans la liste des patients (ou runs/sets) une colonne avec une petite gomette qui indiquerait l'état d'analyse du patient.
Par exemple :
* rond blanc : patient crée mais pas de données dispo
* gris,...Une idée saugrenue serait d’afficher dans la liste des patients (ou runs/sets) une colonne avec une petite gomette qui indiquerait l'état d'analyse du patient.
Par exemple :
* rond blanc : patient crée mais pas de données dispo
* gris, pas d'analyse lancée, mais des fichiers déposés
* orange : des jobs sont en attente/cours
* vert : tous les jobs du patient sont terminées.
* autre couleur (sur la ligne cette fois) : le patient a été ouvert par l'utilisateur depuis les dernières analyses. Permettrait de faire ressortir directement les patients ayant été récemment mis à jours.
Ps: comme pour l'autre nécessiterait un ajout dans la DB.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4366Verifier les resets lors du chargement d'une nouvelle analyse2022-05-10T10:22:21+02:00Thonier FlorianVerifier les resets lors du chargement d'une nouvelle analyseAprès avoir ouvert une première analyse et changer la coloration (productive), puis ouvert une seconde analyse, la liste indique encore `color by productive`, mais ce n'est pas la coloration effective.
Il me semble que l'erreur est aus...Après avoir ouvert une première analyse et changer la coloration (productive), puis ouvert une seconde analyse, la liste indique encore `color by productive`, mais ce n'est pas la coloration effective.
Il me semble que l'erreur est aussi présente sur les choix de settings (verifier à l'instant avec le choix fait de `sample key`).
Il s'agit de répercuter des resets fait sur le modèle lors du chargement d'une nouvelle analyse avec les choix correspondant sur le html.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2586la dernière coloration appliquée reste selectionnée lorsqe l'on ouvre un nouv...2021-11-23T15:19:47+01:00Thonier Florianla dernière coloration appliquée reste selectionnée lorsqe l'on ouvre un nouveau patientSi on colore un fichier par prod (et peut-être d'autre), que l'on le réouvre une seconde fois (ou que l'on en ouvre un autre), la liste déroulante reste sur la dernière coloration sélectionnée sans l'appliquer.
Il faudrait que la liste ...Si on colore un fichier par prod (et peut-être d'autre), que l'on le réouvre une seconde fois (ou que l'on en ouvre un autre), la liste déroulante reste sur la dernière coloration sélectionnée sans l'appliquer.
Il faudrait que la liste déroulante revienne à la coloration initiale.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2528Positionnement précis des vues2021-11-23T15:17:22+01:00Mathieu GiraudPositionnement précis des vues@heto : on pourrait, avec des overlays, afficher précisément la zone du panel où la vue serait ajoutée. (Voire choisir la zone, avec du drag et drop, ~"!-hard").
Pas le plus urgent pour l'instant.@heto : on pourrait, avec des overlays, afficher précisément la zone du panel où la vue serait ajoutée. (Voire choisir la zone, avec du drag et drop, ~"!-hard").
Pas le plus urgent pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3896Ameliorer l'interaction avec des sample dans la vue timeline2021-11-22T14:34:47+01:00Thonier FlorianAmeliorer l'interaction avec des sample dans la vue timelinePour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je...Pour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je pense qu'il faut rajouter une interaction sur les noms de samples pour que l'on puisse les cacher par des clics directement dessus.
* Quelle combinaison ? juste un double clic, ctrl+clic ?
* Pouvoir cacher tous les autres par un shift+clic comme sur les locus (que l'on pourrait d’ailleurs implémenter aussi sur les tags).
* Afficher le nombre de samples cachés au lieu des points de suspension.
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1041courbes visualisées en "stack plot"2020-12-11T12:56:36+01:00Vidjil Teamcourbes visualisées en "stack plot"linéaire, donc écrasé pour petits clones (c'est en particulier pour cela que le other par paquet pourrait être intéressant)
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@Duezlinéaire, donc écrasé pour petits clones (c'est en particulier pour cela que le other par paquet pourrait être intéressant)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4600Réflexion sur l'ensemble du client, page blanche, nouvelles vues2020-12-04T22:17:28+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur l'ensemble du client, page blanche, nouvelles vuesDiscuté lors de la réunion ~"+-roadmap" cc @flothoni @duez.
Si Vidjil n'exisitait pas, que faudrait-il concevoir pour répondre aux besoins des usagers en hémato et en client ?
En partant d'une page blanche, que pourrions-nous imaginer ?
...Discuté lors de la réunion ~"+-roadmap" cc @flothoni @duez.
Si Vidjil n'exisitait pas, que faudrait-il concevoir pour répondre aux besoins des usagers en hémato et en client ?
En partant d'une page blanche, que pourrions-nous imaginer ?
Au final, cette réflexion *pourrait* donner lieu à de nouvelles vues
(comparaison répertoires, beaucoup échantillons, tables...) ou à d'autres changements.
Voir #2245, #4139, #1975, #4165, #2589, #4180, #1887...
Brainstorming à faire, par exemple en février ou mars 2021.2021-03-04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4180Nouvelle vue dessinant les chromosomes et les locus2020-12-04T14:19:03+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue dessinant les chromosomes et les locusÉvoqué avec @mikael-s et @duez
Probablement mauvaise idée ~"wont-fix": avoir une vue où serait dessinés les locus sur les chromosome, type figures des publis Biomed 2, pour mieux réaliser d'un coup d'oeil sur quels chromosomes/locus se ...Évoqué avec @mikael-s et @duez
Probablement mauvaise idée ~"wont-fix": avoir une vue où serait dessinés les locus sur les chromosome, type figures des publis Biomed 2, pour mieux réaliser d'un coup d'oeil sur quels chromosomes/locus se sont passés les recombinaisons.
(En utilisant les dessins qui auraient du être fait il y a quelques temps par un graphiste ?)
Mais comment représenter les recombinaisons ? Des points/bars à des positions ?
#3192 (et #1887) sont probablement plus réalisables.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2589Nouvelle vue pour remplacer getHTMLinfo(), information d'un clone responsif2020-12-04T14:18:26+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue pour remplacer getHTMLinfo(), information d'un clone responsifVu à Douai : la boîte info d'un clone (`.info-container`) n'est pas responsive, en particulier si on enlève les bandeaux de gauche. Mettre directement cela comme une vue de ~"vmi-responsive" ?
Discussion : cela pourrait être même une v...Vu à Douai : la boîte info d'un clone (`.info-container`) n'est pas responsive, en particulier si on enlève les bandeaux de gauche. Mettre directement cela comme une vue de ~"vmi-responsive" ?
Discussion : cela pourrait être même une vue au sens Vidjil. À voir ce que cela pourrait être si plusieurs clones sont sélectionnés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1887Nouvelle vue, grid avec tous les locus / résumé2020-12-04T14:17:28+01:00Vidjil TeamNouvelle vue, grid avec tous les locus / résuméProposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
...Proposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
Mais on pourrait aussi voir un "mini-scatterplot", comme sur le `TRA` (on ne voit pas les axes, mais on se doute qu'il y a deux paquets).
Les rectangles ne doivent pas être visible, ils montrent juste ce qui peut être regroupé pour que cela tienne tout seul sur 1 ligne ou 2.
Enfin, on verra ce qu'on mettra dans la liste des valeurs (reads, clone, ...). On n'est pas obligé d'avoir la légende, un tooltip pourrait suffire ?
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Il y a beaucoup de nombres, ce n'est pas parsable très facilement. Avoir la vue en histo pour montrer le nombre de reads, clones par système ? Plus une courbe pour montrer un indice de diversité ?
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On peut déjà faire une vue plot (ou bar): `x` = locus, `y` = autre chose (comme size ou...) Mais ce n'est pas très sexy.
L'idée est d'avoir un endroit avec une vue globale. Et de limiter effectivement les nombres à ce qu'on pense le plus important (voire à remplacer les nombres par un truc visuel). Mais peut-être que certaines personnes voudraient voir d'autres informations (par ex le % de productif). Autres propositions bienvenues.
courbe + indice de diversité : voir #1783. Par contre, une courbe avec l'axe `x` qui serait les locus serait confus (pour l'instant on ne fait que des courbes sur le time graph, voir nouvelle tâche)
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1975Nouvelle vue pour comparer beaucoup de samples2020-12-04T13:51:17+01:00Vidjil TeamNouvelle vue pour comparer beaucoup de samplesComment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
On pourrait avoir une nouvelle vue (et ne pas afficher le graphe) permettant d'un coup d'oeil de voir cela.
- matrice de comparaison / heatma...Comment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
On pourrait avoir une nouvelle vue (et ne pas afficher le graphe) permettant d'un coup d'oeil de voir cela.
- matrice de comparaison / heatmap : pratique, mais on n'a plus la vue clone
- autre solution qui respecterait la vue clone ? (mais quelle vue clone, tous, les clones d'un sample ?)
(Voir aussi #1974)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4139Nouvelle vue dédiée à l'affichage de beaucoup de samples2020-12-04T13:51:17+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue dédiée à l'affichage de beaucoup de samplesDepuis #4105 :
> À terme, il faudra une autre ~"client-views" dédiée à cela.
On fait pour l'instant des choses pour améliorer le ~"client-graph" actuel, mais se poser les questions de ce que l'on veut si on a 50, 100, 500+ échantillons...Depuis #4105 :
> À terme, il faudra une autre ~"client-views" dédiée à cela.
On fait pour l'instant des choses pour améliorer le ~"client-graph" actuel, mais se poser les questions de ce que l'on veut si on a 50, 100, 500+ échantillons, ce qui pourrait arriver avec single cell #3233 ou autres. Ne pas recréer ~"app-stats" non plus :)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2245Réflexion sur les zones dans le client et l'indépendance des vues2020-12-04T13:51:16+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur les zones dans le client et l'indépendance des vuesRegardons les différentes zones du client.
![layout-current](/uploads/e68cc06e63c6e47c5144104fb3cfefb9/layout-current.jpg)
- Il y a un mélange des genres en haut de la liste : `+/-` et `sort` concernent la liste, `search` et `x` co...Regardons les différentes zones du client.
![layout-current](/uploads/e68cc06e63c6e47c5144104fb3cfefb9/layout-current.jpg)
- Il y a un mélange des genres en haut de la liste : `+/-` et `sort` concernent la liste, `search` et `x` concernent le modèle
- `(focus)` et `(hide)` sont très liés à `search` et `x`
- La barre d’état / zone `:hover` est finalement peu utilisée
- `merge` est une des rares actions qui a un effet permanent sur le modèle. Ce n'est pas lié au segmenteur, mais on fait quand même très souvent `align` puis `merge`
- En tout cas tous les boutons `align` / `merge` / `> to *` concernent tous les clones sélectionnés (et même `▼` pour IMGT n'est pas vraiment lié au segmenteur mais complète le modèle)
- Le `plot` du scatterplot est bien placé, dans sa vue (et permet #2244), tout comme aussi le `...` du graphe.
Réfléchir à une indépendance des différentes vues ? Avoir #1740 en tête ?
cc @aurelBZH @RyanHerb @flothoni @mikael-s @tydaxWeb 2018.01Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4194Séparer le visu2 en deux vues vmi2020-11-13T19:37:07+01:00Mathieu GiraudSéparer le visu2 en deux vues vmiActuellement le div `visu2` est utilisé à la fois pour `graph` et pour `sp2` (toggle visible en dev-mode quand plusieurs samples).
Mettre `graph` et `sp2` comme deux vues vmi indépendantes, et supprimer le ~"dev-dead-code" de ce toggle.Actuellement le div `visu2` est utilisé à la fois pour `graph` et pour `sp2` (toggle visible en dev-mode quand plusieurs samples).
Mettre `graph` et `sp2` comme deux vues vmi indépendantes, et supprimer le ~"dev-dead-code" de ce toggle.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1740Responsive design pour le browser2020-11-13T19:36:21+01:00Vidjil TeamResponsive design pour le browserSerait utile aussi bien pour présentation que sur mobile/tablette
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2016: PJI en cours, voir le résultat en mai…
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http://www.vidjil.org//projet-mobile.html
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@magiraud @mikael-sSerait utile aussi bien pour présentation que sur mobile/tablette
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2016: PJI en cours, voir le résultat en mai…
***
http://www.vidjil.org//projet-mobile.html
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@magiraud @mikael-sWeb 2018.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3960clones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteur2020-10-14T11:29:53+02:00Thonier Florianclones virtuels : présence d'une séquence et affichage dans le segmenteurUn clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones v...Un clone qui ne possède pas de séquences ne pourra pas afficher toutes les informations normalement demandées.
On ne s'attend alors pas à le voir apparaître dans la vue segmenter.
Pour l'instant, nous avons 2 cas pratiques: les clones virtuels (other) et les clones de distributions.
Une solution envisageable est que pour chaque clones que nous devrions afficher dans une vue, nous lui fassions passer un test de compatibilité avec celle-ci. Pour le cas de la séquence, son absence bloquerait l'utilisation de ce clone avec la vue segmenter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4521vmi : supprimer/adapter switch_visu2 ?2020-10-13T19:12:03+02:00Mathieu Giraudvmi : supprimer/adapter switch_visu2 ?
`menu.js:switch_visu2` (qui au passage fait un `new ScatterPlot` probablement indésirable) pourrait probablement être supprimé/adapté (et déplacé dans `vidjil_vmi.js`) pour quelque chose de plus régulier avec ~"vmi-responsive" : la vue ...
`menu.js:switch_visu2` (qui au passage fait un `new ScatterPlot` probablement indésirable) pourrait probablement être supprimé/adapté (et déplacé dans `vidjil_vmi.js`) pour quelque chose de plus régulier avec ~"vmi-responsive" : la vue sp2 comme la vue graphe sont toujours disponibles, c'est juste la bonne qui vient au bon endroit quand on en a besoin.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4422Afficher les index d'overlap2020-09-15T11:11:53+02:00Mathieu GiraudAfficher les index d'overlapFait partie de #3857.
Suite à #3830, un simple tableau dans `getHTML` ? Une nouvelle vue ?
voir aussi #4139Fait partie de #3857.
Suite à #3830, un simple tableau dans `getHTML` ? Une nouvelle vue ?
voir aussi #4139Thonier FlorianThonier Florian